Kể từ khi bộ gene của Phage Φ-X174 được xác định trình tự (1977) cho đến nay, trình tự DNA của rất nhiều loài sinh vật đã được lưu trữ trong các ngân hàng cơ sở dữ liệu gene. Những dữ liệu này sẽ được phân tích để tìm ra những gene cấu trúc (gene mã hoá cho một protein nào đó), cũng như tìm ra qui luật của những trình tự tương đồng giữa các protein).
AMBIENT/
Chủ đề:
Nội dung Text: Bài giảng phương pháp thí nghiệm trong chăn nuôi và thú y tập 2 part 3
- Ví d ta s d ng b ng s ng u nhiên, thí nghi m v i 3 kh u ph n khác nhau (A, B, C)
• T b ng s ng u nhiên ta ch n dòng ñ u tiên t trên xu ng: 8, 4, 8, 7, ...
• S ng u nhiên t 1 ñ n 3 ch n kh u ph n A, s ng u nhiên t 4 ñ n 6 ch n ch n
kh u ph n B, s ng u nhiên t 7 ñ n 9 ch n ch n kh u ph n C và s ng u nhiên 0
b qua.
ðơn v thí S ng u Cách x lý
nghi m s nhiên
1 8 C
2 4 B
3 8 C
4 7 C
5 1 A
6 6 B
7 1 A
8 5 B
9 3 A
10 1 A
11 9 C
12 5 B
13 1 A (5A)
14 4 B (5B)
15 2 C (5C)
Sau ñó b trí ñ ng v t vào các kh u ph n tương ng như sau:
Kh u ph n 1 Kh u ph n 2 Kh u ph n 3
5 2 1
7 6 3
9 8 4
10 12 11
13 14 15
• Áp d ng Minitab ñ b c thăm ng u nhiên
Calc > Make Patterned Data > Arbitrary Set of Numbers…
MTB > SET C1
Calc > Random Data… / Sample from Columns...
MTB > SAMPLE 15 C1 C2
Calc > Make Patterned Data > Arbitrary Set of Numbers…
MTB > SET C3
Manip > Display Data…
MTB > PRINT C1-C3
Display Data
ROW UNIT RANDOM GROUP
1 1 5 1
2 2 13 1
3 3 11 1
4 4 1 1
5 5 15 1
6 6 3 2
7 7 2 2
8 8 6 2
9 9 14 2
10 10 7 2
11 11 10 3
12 12 12 3
13 13 9 3
14 14 4 3
15 15 8 3
13
- Manip > Unstack Columns…
MTB > UNSTACK C2 C4-C6;
SUBC> SUBS C3.
MTB > NAME C4 'TREAT A' C5 'TREAT B' C6 'TREAT C'
Manip > Display Data…
MTB > PRINT C4-C6
Display Data
ROW TREAT A TREAT B TREAT C
c¸c ®¬n vÞ thÝ nghiÖm ®−îc chia thµnh c¸c thÝ nghiÖm kh¸c nhau
1 5 3 10
2 13 2 12
3 11 6 9
4 1 14 4
5 15 7 8
• ð n ñơn v th 13 thì ta ñã có ñ y ñ 5 ñơn v thí nghi m v i kh u ph n A, và th
14 v i B. Như v y ñơn v thí nghi m 15 ph i nh n ñư c kh u ph n C.
3.1.4. Mô hình phân tích
• N u s li u có phân b chu n và các phương sai ñ ng nh t thì
thí nghi m có 2 nghi m th c → phép th t (t-test)
Thí nghi m ≥ 3 nghi m th c → phép phân tích phương sai 1 y u t
• N u s li u không tho mãn 2 ñi u ki n nêu trên chúng ta ph i ti n hành bi n ñ i s
li u ñ phân tích ho c dùng phép ki m ñ nh phi tham s (s không ñ c p ñ n trong
khoá h c này).
Mô hình toán h c mô t các quan sát ñ i v i thí nghi m có t nghi m th c và trong m i
nghi m th c có ni quan sát và N = n1 + n2 + ⋅⋅⋅ + nt
yij = µ + εij hay tương ñương v i yij = µι + τi + εij
Trong ñó i = 1, 2, ..., t
j = 1, 2, ..., ni
yij - quan sát j nghi m th c i
µι - giá tr trung bình c a nghi m th c i
µ - giá tr trung bình c a toàn b các quan sát
τi - hi u qu c a nghi m th c th i
εij - sai s ng u nhiên c a quan sát j nghi m th c i
B ng s li u t ng quát ñ i v i thí nghi m m t nhân t (d ng t ng quát t ví d 1.2.1)
Nghi m th c (t)
1 2 t
...
y11 y21 yt1
...
Các quan sát (n)
y12 y22 yt2
...
. . ... .
. . ... .
. . ... .
y1n1 y2n2 ytnt
...
− − − −
Trung bình ...
y1. y 2. y t. y ..
Ta bi t trong thí nghi m này có 2 ngu n bi n ñ ng (xem chi ti t trang 38, ph n I c a bài
gi ng)
14
- Bi n ñ ng trong t ng nhóm (ng u nhiên) có th khái quát dư i d ng mô hình
như sau:
2
_
ni
t
SSng u nhiên = ∑ ∑ yij − yi. .
i =1 j =1
Bi n ñ ng gi a các nhóm (nghi m th c) có th khái quát dư i d ng mô hình
như sau:
2
_ _
c = n ∑ y i. − y..
.
SSnghi
m th
Toàn b các bi n ñ ng c a thí nghi m chính b ng t ng c a bi n ñ ng ng u
nhiên và bi n ñ ng c a nghi m th c; ta có th khái quát b ng công th c sau:
2 2 2
ni _ _ _ t ni _
t
= n∑ yi. − y.. + ∑ ∑ yij − yi.
∑∑ yij − y..
i =1 j =1
i =1 j =1
Xây d ng c u trúc c a b ng phân tích phương sai
B c t do T ng bình Trung bình bình
Ngu n bi n ñ ng Giá tr F quan sát
phương (SS) phương (MS)
(df)
Nghi m th c t-1 SSnghi SSnghi m th c/(t-1) SSnghi m th c/(t-1)
m th c
SSng u nhiên/(N-t)
Sai s ng u nhiên N-t SSng u nhiên SSng u nhiên/(N-t)
T ng bi n ñ ng N-1 SSt ng s
Giá tr F lý thuy t ñư c xác ñ nh b ng ph n ph l c v i m c xác su t sai s a và b c
t do v1 = t - 1 và v2 = N - t. N u P ≥ 0,05 ta ch p nh n H0, và bác b H0 n u P < 0,05.
Ví d (trang 42, ph n I c a bài gi ng)
M t thí nghi m ñư c ti n hành ñ so sánh m c ñ tăng tr ng c a gà 4 kh u ph n ăn
khác nhau. 20 con gà ñ ng ñ u nhau ñư c phân m t cách ng u nhiên v m t trong 4
kh u ph n ăn. Như v y ta có 4 nhóm ñ ng v t thí nghi m, m i nhóm g m 5 gà; k t qu
thí nghi m ñư c ghi l i b ng sau (ñơn v tăng tr ng tính theo g):
Kh u ph n 1 Kh u ph n 2 Kh u ph n 3 Kh u ph n 4
99 61 42 169
88 112 97 137
76 30 81 169
38 89 95 85
94 63 92 154
15
- L i gi i:
• L p b ng phân tích phương sai
T ng bình Trung bình
B ct Giá tr F
Ngu n bi n ñ ng phương bình phương
do (df) quan sát
(SS) (MS)
Kh u ph n 3 16.467 5.489 6,65
Sai s ng u nhiên 16 13.212 826
T ng bi n ñ ng 19 29.679
Áp d ng ph n m m Minitab cũng cho ta k t qu tương t
One-way ANOVA: P versus KP Stat > ANOVA > One-way…
Analysis of Variance for P
Source DF SS MS F P
KP 3 16467 5489 6.65 0.004
Error 16 13212 826
Total 19 29679
Individual 95% CIs For Mean
Based on Pooled StDev
Level N Mean StDev --------+---------+---------+--------
KP1 5 79.00 24.47 (-------*------)
KP2 5 71.00 31.02 (------*-------)
KP3 5 81.40 22.88 (-------*-------)
KP4 5 142.80 34.90 (-------*-------)
--------+---------+---------+--------
Pooled StDev = 28.74 70 105 140
MTB >
V i P = 0,004, gi thuy t H0 b bác b hay nói cách khác hoàn toàn có th lo i b gi
thuy t r ng tăng tr ng trung bình gi a các kh u ph n ăn là b ng nhau.
• So sánh t ng c p các giá tr trung bình c a nghi m th c
Gi s ta mu n so sánh t t c các c p c a t nghi m th c v i nhau và gi thi t H0 trong
các phép th này là H0 : µ1 = µ2 (i ≠ j). Trong ví d trên ta có 6 c p c n ph i so sánh.
Có 4 phương pháp ñ ti n hành so sánh t ng c p các giá tr trung bình v i nhau:
S sai khác bé nh t có ý nghĩa (LSD)
Phép so sánh Duncan
Phép so sánh Newman - Keuls
Phép so sánh Tukey
Trong khuôn kh khoá h c s không ñ c p ñ n cách tính toán c th , ph n m m
Minitab ñư c s d ng ñ ti n hành các phép th này
16
- Tukey's pairwise comparisons
Family error rate = 0.0500
Individual error rate = 0.0113
Critical value = 4.05
Intervals for (column level mean) - (row level mean)
1 2 3
2 -44.0
60.0
3 -54.4 -62.4
49.6 41.6
4 -115.8 -123.8 -113.4
-11.8 -19.8 -9.4
Qua Output trên ta th y Minitab:
ðã th c hi n phép th Tukey ñ so sánh t ng c p v i nhau
Sai s c a toàn b 6 phép th là P = 0,05
Sai s c a t ng phép th là P = 0,0113
Minitab cho ta m t ma tr n 3 × 3 th hi n t ng c p so sánh. N u hi u s gi a
kho ng tin c y 95% c a các nghi m th c có ch a s không, ñi u này ch ng t
trung bình c a 2 t ng th ñó b ng nhau (P ≥ 0,05) và ngư c l i n u kho ng này
không ch a s không thì trung bình c a 2 t ng th không b ng nhau. Trong
output trên ta th y hi u s c a kho ng tin c y 95% c a c p sao sánh th nh t
gi a kp1 và 2 la (-44 ; +60) có ch a s 0; ch ng t µ1 = µ2.
B n ñ c có th tìm hi u chi ti t hơn ph n I trang 42 - 51 v phân tích phương sai và so
sánh c p ñôi t ng nghi m th c ph n I trang 49 - 51. ð ti n theo ph n so sánh c p ñôi
ñư c trình dư i ñây:
Ví d : So sánh tăng tr ng c a chu t 4 kh u ph n ăn khác nhau (kh u ph n 1, 2, 3 và
4). S chu t tham gia vào thí nghi m vào t ng kh u ph n là 7, 8, 6 và 8. S li u thu
ñư c trình bày b ng sau (% tăng tr ng so v i kh i lư ng cơ th ):
1 2 3 4
3,42 3,17 3,34 3,64
3,96 3,63 3,72 3,93
3,87 3,38 3,81 3,77
4,19 3,47 3,66 4,18
3,58 3,39 3,55 4,21
3,76 3,41 3,51 3,88
3,84 3,55 3,96
3,44 3,91
Bài gi i: (Dùng ph n m m Minitab ñ gi i quy t).
Nh p s li u vào Minitab, tính các tham s th ng kê mô t ta thu ñư c k t qu sau:
Variable N Mean Median TrMean StDev SE Mean
1 7 3.8029 3.8400 3.8029 0.2512 0.0949
2 8 3.4300 3.4250 3.4300 0.1353 0.0478
3 6 3.5983 3.6050 3.5983 0.1675 0.0684
4 8 3.9350 3.9200 3.9350 0.1906 0.0674
Variable Minimum Maximum Q1 Q3
1 3.4200 4.1900 3.5800 3.9600
2 3.1700 3.6300 3.3825 3.5300
3 3.3400 3.8100 3.4675 3.7425
4 3.6400 4.2100 3.7975 4.1250
17
- µ1 = µ2 = µ3 = µ4 (b ng l i, b n ñ c t nêu)
Gi thi t H0:
µ1 ≠ µ2 ≠ µ3 ≠ µ4
H1:
So sánh s ñ ng nh t c a phương sai: 0,2512 / 0,1353 = 1,86 < 2
Ki m tra phân b chu n: b ng cách ki m tra phân b chu n c a sai s ng u nhiên (ph n
dư). ðây là m t thí nghi m mà s ñ ng v t tham gia vào t ng công th c thí nghi m
h n ch (n1 = 7, n2 = 8 n3 = 6 và n4 = 8), vì v y ta không ki m tra phân b chu n c a
t ng bi n riêng bi t. dùng Minitab ñ ki m tra phân b chu n ta có P = 0,55
Phân tích phương sai
Analysis of Variance for P
Source DF SS MS F P
KP 3 1.1601 0.3867 10.73 0.000
Error 25 0.9012 0.0360
Total 28 2.0613
Individual 95% CIs For Mean
Based on Pooled StDev
Level N Mean StDev ---------+---------+---------+-------
1 7 3.8029 0.2512 (-----*-----)
2 8 3.4300 0.1353 (----*-----)
3 6 3.5983 0.1675 (-----*-----)
4 8 3.9350 0.1906 (----*-----)
---------+---------+---------+-------
Pooled StDev = 0.1899 3.50 3.75 4.00
K t lu n
Vì P = 0,000 < 0,05 ta bác b H0 và ch p nh n H1 (b ng l i, b n ñ c t nêu)
So sánh t ng c p.
Dùng menu Comparisons c a Minitab ta có
Tukey's pairwise comparisons
Family error rate = 0.0500
Individual error rate = 0.0109
Critical value = 3.89
Intervals for (column level mean) - (row level mean)
1 2 3
2 0.1026
0.6431
3 -0.0860 -0.4504
0.4951 0.1137
4 -0.4024 -0.7661 -0.6187
0.1381 -0.2439 -0.0546
N u nhìn vào Ma tr n trên ta th y µ1 ≠ µ2, µ1 = µ3, µ1 = µ4, µ2 = µ3, µ2 ≠ µ4, µ3 ≠ µ4.
Ta có th xây d ng m t b ng có các ch cái a, b, c... ñ th hi n s sai khác gi a các
nghi m th c.
Th c hi n theo các bư c sau:
18
Thêm vào BST
Báo xấu
Download
Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ
