Hướng dẫn cài đặt BIKA LIMS Inkosi trên Ubuntu Server

Chia sẻ: TRẨN THỊ THANH HẰNG | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:6

0
119
lượt xem
28
download

Hướng dẫn cài đặt BIKA LIMS Inkosi trên Ubuntu Server

Mô tả tài liệu
  Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Trước tiên, cần tải và cài đặt Ubuntu Hardy Heron 8.04 từ Ubuntu repository Tại đây chúng ta dùng LIMSERVER là tên của máy tính, giá trị USERNAME và PASSWORD bất cứ lúc nào cần thiết. Lựa chọn openssh và LAMP server tại những giá trị yêu cầu. Thêm vào đó, hãy chắc chắn rằng LIMSERVER có thể truy cập qua giao thức WWW. và không bị chặn bởi tường lửa hay bất cứ ứng dụng nào khác.

Chủ đề:
Lưu

Nội dung Text: Hướng dẫn cài đặt BIKA LIMS Inkosi trên Ubuntu Server

  1. Hư ng d n cài ñ t BIKA LIMS Inkosi trên Ubuntu Server Trong bài vi t này, s gi i thi u v i các b n cách xây d ng gi i pháp BIKA LIMS ñ c l p trên h th ng Ubuntu server. Trư c tiên, c n t i và cài ñ t Ubuntu Hardy Heron 8.04 t Ubuntu repository T i ñây chúng ta dùng LIMSERVER là tên c a máy tính, giá tr USERNAME và PASSWORD b t c lúc nào c n thi t. L a ch n openssh và LAMP server t i nh ng giá tr yêu c u. Thêm vào ñó, hãy ch c ch n r ng LIMSERVER có th truy c p qua giao th c WWW. và không b ch n b i tư ng l a hay b t c ng d ng nào khác. Khi cài ñ t thành công Ubuntu, ñăng nh p vào h th ng và ki m tra ñ a ch IP và các v n ñ khác có liên quan t i DHCP server t i LIMSERVER b ng l nh sau: ifconfig ð a ch LIMSERVER local ip là giá tr s theo dãy ñ a ch ñ u tiên c a inet. Ví d inet addr:192.168.2.8 có nghĩa ñ a ch local ip là 192.168.2.8 (không ph i 127.0.0.1 vì ñó là ñ a ch loopback).
  2. Ghi nh l i nh ng thi t l p này và ti p t c làm vi c v i nh ng máy tính khác trông cùng h th ng. Ti n hành t i và cài ñ t ng d ng tty client trên h th ng ñ giao ti p v i LIMS server. Trong bài vi t này chúng ta s d ng putty. Ti p theo, m 1 ssh session (port 22) t i ñ a ch ip local c a LIMSSERVER và ñăng nh p. Kh i t o nh ng thư m c phù h p và cài ñ t các gói ph n m m yêu c u: DOWNLOAD_DIR=~/temp BUILDS_DIR=~/builddirs MY_PRODUCTS_DIR=~/products T o thư m c Plone: SOFTWARE_HOME=~/zope-2.9.9 # Plone software PLONE_TARBALL_DIR=http://launchpad.net/plone/2.5/2.5.3/+download PLONE_TARBALL=Plone-2.5.3-final.tar.gz PLONE_VERSION=Plone-2.5.3-final PLONE_WGET_ADDRESS=$PLONE_TARBALL_DIR/$PLONE_TARBALL # What do you want your Zope instance to be called? INSTANCE_HOME=$SOFTWARE_HOME/Plone T o thư m c bika: ROOT_LOGIN='admin' ROOT_PASSWORD='PASSWORD' BIKA_TARBALL_DIR=http://downloads.sourceforge.net/project/bika/bika/2.2.1 BIKA_TARBALL=bika-2_2_1_bundle.tar.gz BIKA_VERSION=bika-2_2_1_bundle BIKA_WGET_ADDRESS=$BIKA_TARBALL_DIR/$BIKA_TARBALL REPORTLAB_TARBALL_DIR=http://www.reportlab.com/ftp/ REPORTLAB_TARBALL=ReportLab_2_4.tar.gz REPORTLAB_VERSION=ReportLab_2_4 REPORTLAB_WGET_ADDRESS=$REPORTLAB_TARBALL_DIR/$REPORTLAB_TARBALL BIKAFONTS_ZIPFILE_DIR=http://bioinf.scri.ac.uk/lp/downloads/programs/genomediagram/ BIKAFONTS_ZIPFILE=linfonts.zip BIKAFONTS_DIR=linfonts BIKAFONTS_WGET_ADDRESS=$BIKAFONTS_ZIPFILE_DIR/$BIKAFONTS_ZIPFILE Cài ñ t nh ng trình biên d ch c n thi t: sudo apt-get install gcc sudo apt-get install g++
  3. T o thư m c ñ download: mkdir $BUILDS_DIR $DOWNLOAD_DIR $MY_PRODUCTS_DIR Cài ñ t python: sudo apt-get install python2.4 sudo apt-get install python2.4-dev sudo apt-get install python2.4-elementtree “Cách ly” Zope kh i Internet và cài ñ t: sudo wget $ZOPE_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR sudo tar -xzf $DOWNLOAD_DIR/$ZOPE_TARBALL -C $BUILDS_DIR cd $ZOPE_BUILDDIR ./configure --prefix=$SOFTWARE_HOME Các b n có th xem cách s d ng cú pháp ./ như trên t i ñây. Biên d ch Zope: sudo apt-get install make make make install Chu n b cho zope: $SOFTWARE_HOME/bin/mkzopeinstance.py -d $INSTANCE_HOME -u $ROOT_LOGIN:$ROOT_PASSWORD T i và cài ñ t Plone: sudo wget $PLONE_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR sudo tar -xzf $DOWNLOAD_DIR/$PLONE_TARBALL -C $MY_PRODUCTS_DIR Ti p theo, t o bi n plone ñ c l p:
  4. for i in $MY_PRODUCTS_DIR/$PLONE_VERSION/*; do echo $i; ln -s $i $INSTANCE_HOME/Products/; done ð i v i 1 s phiên b n plone không ñ y ñ , chúng ta c n cài ñ t thêm gói h tr plone: sudo apt-get install plone-site T i th i ñi m này, các trang Plone ñã ñư c cài ñ t và ho t ñ ng mà không c n t i zope. Bư c ti p theo, t i, cài ñ t BIKA LIMS và reportlab: sudo wget $BIKA_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR sudo tar -xzf $DOWNLOAD_DIR/$BIKA_TARBALL -C $MY_PRODUCTS_DIR sudo wget $REPORTLAB_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR sudo tar -xzvf $DOWNLOAD_DIR/$REPORTLAB_TARBALL -C $MY_PRODUCTS_DIR B n nh chú ý phiên b n reportlab thích h p v i Hardy Heron và tương thích t t v i Ubuntu: sudo apt-get install python-reportlab Chu n b thư m c ñ t i font BIKA và gi i nén chúng vào nơi phù h p: sudo mkdir $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKAFONTS_DIR sudo wget $BIKAFONTS_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR sudo cp $DOWNLOAD_DIR/$BIKAFONTS_ZIPFILE $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKAFONTS_DIR/$BIKAFONTS_ZIPFILE sudo apt-get install unzip cd $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKAFONTS_DIR sudo unzip -j $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKAFONTS_DIR/$BIKAFONTS_ZIPFILE Xác ñ nh thư m c cài ñ t report lab: REPORTLAB_INSTALL_LOCATION=`sudo find / -name reportlab -print | grep python2.4` T o thư m c ñ ch a font c a bika:
  5. INSTALLED_FONTS_DIR=$REPORTLAB_INSTALL_LOCATION/fonts sudo mkdir $INSTALLED_FONTS_DIR sudo cp $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKAFONTS_DIR/* $INSTALLED_FONTS_DIR Tr t i ñư ng d n thư m c cài ñ t font bika và copy chúng vào ñây: $INSTALLED_FONTS_DIR Như trong ví d này: usr/lib/python2.4/site-packages/reportlab/fonts Bư c ti p theo là ñi u ch nh file c u hình c a reportlab ñ ch ñư ng d n t i b font bika: sudo nano $REPORTLAB_INSTALL_LOCATION/rl_config.py Cài ñ t bika: sudo cp $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKA_VERSION/PloneProducts/* $INSTANCE_HOME/Products -r sudo cp $INSTANCE_HOME/Products/bika/scripts/start-id-server $INSTANCE_HOME Bây gi , chúng ta c n ch nh s a file zope.conf ñ s d ng id-server mà chúng ta kh i t o trên c ng 8081. Nhưng trư c tiên, chúng ta ph i tìm: ZOPECONF_FILE=`sudo find / -name zope.conf -print` Ch nh s a file này b ng ng d ng nano ho c các file ch nh text bình thư ng: sudo nano $ZOPECONF_FILE Ti p theo, b n c n tìm 1 s bi n “môi trư ng” chuy n ñ i và ch nh l i sao cho gi ng như sau: IDServerURL http://localhost:8081 Lưu thay ñ i này l i và thoát kh i ng d ng ch nh s a. Cu i cùng, kh i ñ ng id-server và zope:
  6. su USERNAME $INSTANCE_HOME/start-id-server $INSTANCE_HOME/bin/zopectl start M trình duy t và gõ ñ a ch sau: http://LIMSERVERlocalip:8080 Lưu ý r ng thông s LIMSERVERlocalip là ñ a ch khi b n gõ l nh ifconfig phía trên. ð a ch này s ñưa b n ñ n giao di n qu n lý c a Zope. ð b t ñ u, b n c n ñăng nh p v i tài kho n admin và m t kh u kh i t o bên trên. B n ph i tìm giá tr này trong file ñi u ch nh m c ñ nh c a zope. N u không ñư c, hãy quay l i trang ssh và tìm ki m: sudo find / -name *password* Sau khi thành công, truy c p ñ a ch sau ñ b t ñ u s d ng h th ng BIKA: http://LIMSERVERlocalip:8080/bika-site-nam
Đồng bộ tài khoản