BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HỒ CHÍ MINH
BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC
***000***
LÊ VĂN TÁM
XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S
RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN – ỨNG DỤNG CƠ SỞ DỮ LIỆU
HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN ĐỂ
PHÁT HIỆN CÁC TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM
MÀNG NÃO MỦ (Bacterial Meningitis)
Luận văn kỹ sƣ
Chuyên ngành: Công nghệ sinh học
Thành phố Hồ Chí Minh
-2006-
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HỒ CHÍ MINH
BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC
***000***
XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S
RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN – ỨNG DỤNG CƠ SỞ DỮ LIỆU
HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN ĐỂ
PHÁT HIỆN CÁC TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM
MÀNG NÃO MỦ (Bacterial Meningitis)
Luận văn Kỹ sƣ
Chuyên ngành: Công nghệ sinh học
Giáo viên hƣớng dẫn Sinh viên thực hiện
TS. TRẦN THỊ DUNG LÊ VĂN TÁM
LƢU PHÚC LỢI
Thành phố Hồ Chí Minh
-2006-
MINISTRY OF EDUCATION AND TRAINING
NONG LAM UNIVERSITY, HCMC
DEPARTMENT OF BIOTECHNOLOGY
************
CONSTRUCT DATABASE OF 16S AND 23S RIBOSAMAL RNA
GENE IN BACTERIA – APPLICATION THE DATABASE
FOR DETECTION BACTERIAL MENINGITIS
Graduation thesis
Major: Biotechnology
Professor Student
Ph.D. TRAN THI DUNG LE VAN TAM
LUU PHUC LOI
Ho Chi Minh City
-2006-
iii
LỜI CẢM ƠN
Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến:
Ban Giám hiệu trƣờng Đại học Nông Lâm thành phố Hồ Chí Minh, Ban chủ
nhiệm Bộ môn Công nghệ Sinh học, cùng tất cả quý thầy cô đã truyền đạt kiến
thức cho tôi trong suốt quá trình học tại trƣờng.
TS. Trần Thị Dung và Cử Nhân Lƣu Phúc Lợi đã tận tình hƣớng dẫn, giúp đỡ
tôi trong thời gian làm khóa luận tốt nghiệp.
Xin gởi lời cảm ơn đến tập thể lớp Công Nghệ Sinh Học K28 đã động viên,
giúp đỡ và luôn ở bên cạnh tôi trong những lúc vui buồn.
Cha mẹ kính yêu đã nuôi nấng, dạy dỗ và động viên để con có thể đạt đƣợc
thành quả nhƣ ngày hôm nay.
Thành phố Hồ Chí Minh, ngày…tháng…năm 2006
Sinh viên
LÊ VĂN TÁM
iv
TÓM TẮT KHÓA LUẬN
LÊ VĂN TÁM, Đại học Nông Lâm TP. Hồ Chí Minh. Tháng 8/2006. “XÂY
DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN
– ỨNG DỤNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI
KHUẨN ĐỂ PHÁT HIỆN CÁC TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO
MỦ (Bacterial Meningitidis)”
Hội đồng hƣớng dẫn:
– TS. Trần Thị Dung
– Cử nhân Lƣu Phúc Lợi
Khóa luận đƣợc thực hiện tại bộ môn Công Nghệ Sinh Học - Trƣờng Đại Học
Nông Lâm TP. Hồ Chí Minh, từ tháng 1/2006 đến 8/2006.
Với sự phát triển của kỹ thuật sinh học phân tử, một số lƣợng lớn các gene 16S
và 23S rRNA đã đƣợc giải trình tự. Những trình tự gene này đƣợc lƣu trữ trong CSDL
sinh học lớn nhƣ NCBI, EMBL, DDBj…Vì các CSDL này quá lớn và chứa rất nhiều
thông tin khác nhau, không tập trung cho một đối tƣợng cụ thể nên khó có thể thực
hiện việc truy xuất các thông tin phục vụ trực tiếp cho một nghiên cứu chuyên biệt. Do
vậy, mục tiêu của đề tài là tiến hành xây dựng cơ sở dữ liệu hai gene 16S và 23S rRNA
ở vi khuẩn và ứng dụng CSDL này để phát hiện các loài vi khuẩn gây bệnh viêm màng
não mủ.
Để đạt đƣợc mục tiêu trên, khóa luận cần đảm bảo thực hiện những nội dung nhƣ
sau:
Dùng Perl script để thu nhận các mẫu tin của hai gene từ trang CSDL GenBank
(CSDL nucleotide của NCBI). Tiếp tục sử dụng Perl script tách các mẫu tin thu
nhận đƣợc thành từng phần riêng biệt nhƣ accession number (mã số truy cập),
gi, definition, sequence (trình tự của gene)…
Thiết kế CSDL dựa vào mô hình dữ liệu quan hệ. Dùng Perl script để chuyển tự
động các thông tin tách đƣợc ở bƣớc trên vào CSDL.
Sử dụng giao thức CGI kết hợp với ngôn ngữ lập trình Perl để thiết kế trang
web CSDL về hai gene 16S và 23S rRNA ở các loài vi khuẩn.