Đa hình gen ty thể HV1 và HV2 trên một nhóm người dân tộc Kinh ở Việt Nam

TẠP CHÍ NGHIÊN CỨU Y HỌC<br /> <br /> <br /> ðA HÌNH GEN TY THỂ HV1 VÀ HV2<br /> TRÊN MỘT NHÓM NGƯỜI DÂN TỘC KINH Ở VIỆT NAM<br /> Trần Thị Thúy Hằng, Trần Huy Thịnh,<br /> Bùi Thị Minh Phượng, Trần Vân Khánh<br /> Trường ðại học Y Hà Nội<br /> <br /> DNA ty thể với các ñặc tính như di truyền theo dòng mẹ, số lượng bản sao lớn, tốc ñộ ñột b iến cao và<br /> không tái tổ hợp là một công cụ hữu hiệu trong nghiên cứu mối quan hệ di truyền, tiến hóa của quần thể<br /> người, trong chẩn ñoán b ệnh ty thể, giám ñịnh gen và xác ñịnh huyết thống…DNA ty thể có tỷ lệ ñột b iến rất<br /> cao, chủ yếu là các ñột biến thay thế trong vùng mã hóa, vùng ñiều khiển D-loop và ñặc b iệt hay xảy ra trên<br /> hai vùng siêu b iến HV1, HV2. Trong nghiên cứu này, chúng tôi xác ñịnh tính ña hình vùng gen HV1 và HV2<br /> trên 50 mẫu máu người dân tộc Kinh b ằng phương pháp giải trình tự gen, so sánh với trình tự chuẩn rCRS<br /> ñã ñược công bố, từ ñó phân loại sơ b ộ theo các nhóm ñơn bội và dưới ñơn b ội. Kết quả nghiên cứu cho<br /> thấy, ñã xác ñịnh ñược trình tự hai vùng gen HV1 và HV2 của 50 cá thể người dân tộc Kinh, với tổng số 98<br /> vị trí ña hình trên gen HV1 và 36 vị trí ña hình trên gen HV2. Phân loại ñược theo 16 nhóm ñơn bội hoặc<br /> dưới ñơn b ội với tần số xuất hiện tương ứng là: B4 10%, B4a 2%, B4b 4%, B5 10%, B5a 2%, D4a 2%, F 2%,<br /> F1a 22%, M10%, M10 6%, M7 2%, M7b 2%, M7b 1 14%, M7c 6%, M9 4%, Z 2%. Xác ñịnh ñược tỷ lệ một số<br /> SNP hay gặp ở các mẫu nghiên cứu: SNP A73G và A263G gặp ở 100% mẫu nghiên cứu, 315insC là 97%,<br /> 309insC là 50%, C16223T là 44%, G16129A là 39%, T16189C là 32%. ðây là số liệu ñầu tiên hoàn chỉnh về<br /> ñặc ñiểm ña hình gen ty thể HV1 và HV2 của dân tộc Kinh người Việt Nam với số lượng mẫu tương ñối lớn,<br /> góp phần cùng các nghiên cứu tiếp theo nhằm ñánh giá sự ña dạng di truyền DNA ty thể của các dân tộc<br /> người Việt Nam.<br /> <br /> Từ khóa: DNA ty thể, gen HV1, gen HV2, dân tộc Kinh<br /> <br /> <br /> I. ðẶT VẤN ðỀ<br /> ñược chỉnh sửa lại vào năm 1999 [2], ñây<br /> Sự phát triển mạnh mẽ của sinh học phân ñược coi là trình tự chuẩn (trình tự ñối chứng).<br /> tử trong những năm qua ñã ñem lại những Về cấu trúc, DNA ty thể người là phân tử DNA<br /> thành tựu khoa học, công nghệ lớn, một trong mạch vòng có kích thước 16569 bp, bao gồm<br /> những thành tựu vĩ ñại nhất ñó là việc giải 37gen, mã hóa cho 13 polypeptid tham gia<br /> trình tự hoàn chỉnh bộ gen người ñược công vào chuỗi hô hấp tế bào, 22 tRNA, 2 rRNA.<br /> bố trên hai tạp chí khoa học danh tiếng Nature Khoảng 7% DNA ty thể ñược gọi là vùng ñiều<br /> và Science vào tháng 2 năm 2001. Hệ gen khiển D-loop chứa các trình tự khởi ñầu cho<br /> người gồm có hai phần: Hệ gen nhân (hệ gen quá trình tái bản DNA ty thể và các ñoạn ñiều<br /> nhiễm sắc thể) và hệ gen tế bào chất (hệ gen khiển cho quá t rình phiên mã của các gen<br /> ty thể). Hệ gen ty thể với kích t hước 16569 bp chức năng trong vùng ñược mã hóa [1]. ðây<br /> ñã ñược biết ñến từ năm 1981 [1], sau ñó ñược xem là vùng xuất hiện nhiều ñột biến<br /> nhất với tần số cao hơn so với các vùng khác<br /> ðịa chỉ liên hệ: Trần Vân Khánh, Trung tâm Nghiên cứu của DNA ty thể, ñặc biệt là ở hai vùng gen<br /> Gen - Protein, Trường ðại học Y Hà Nội<br /> HV1 và HV2 [3].Sự ña hình về trình tự c ủa<br /> Email: vankhanh73md@yahoo.com<br /> Ngày nhận: 14/7/2015 DNA ty thể người có ý nghĩa quan trọng<br /> Ngày ñược chấp thuận: 9/9/2015 không chỉ trong nghiên cứu lịch sử mẫu hệ<br /> <br /> <br /> 2015 TCNCYH 96 (4) - 2015 23<br /> TẠP CHÍ NGHIÊN CỨU Y HỌC<br /> <br /> của người hiện ñại [4] mà còn có ý nghĩa quan Kỹ thuật PCR ñược ứng dụng ñể khuếch<br /> trọng trong việc xác ñịnh mối quan hệ về ñại hai gen HV 1 và HV2 sử dụng các cặp mồi<br /> chủng tộc giữa các vùng ñịa lý khác nhau [5]. ñặc hiệu:<br /> Ngoài ra, thông tin về trình tự nucleotid trên HV1-F: 5’- CTC CAC CA T TAG CAC CCA<br /> DNA ty thể còn có ý nghĩa quan trọng trong AAG C -3’.<br /> chẩn ñoán và ñiều trị các bệnh di truyền ty HV1-R: 5’- CCT GAA GTA GGA ACC AGA<br /> thể, trong giám ñịnh cá thể và quan hệ huyết TG -3’.<br /> thống, ñiều tra tội phạm và quản lý nhân sự. HV2-F: 5’- GGT CTA TCA CCC TA T TAA<br /> Cho ñến nay, ñã có trên 300 trình tự hoàn CCA C -3’.<br /> chỉnh của bộ gen ty thể người thuộc các HV2-R: 5’- CTG TTA AAA GTG CA T ACC<br /> chủng tộc người và dân tộc khác nhau ñược GCC A -3’.<br /> nghiên cứu và ñăng ký tại Ngân hàng trình tự - Thành phần của phản ứng PCR: 1X ñệm<br /> gen quốc tế (GeneB ank). Các công bố này PCR; 2,5mM dNTP; 0,2µl mồi xuôi và ngược;<br /> cho thấy trình tự DNA ty thể của các chủng 0,5unit Taq polymerase; 50ng DNA và H2O,<br /> tộc và dân tộc khác nhau có những khác biệt tổng thể tích 20µl.<br /> [6]. Với tần số ñột biến cao, nhiều ñiểm ña - Chu trình nhiệt của phản ứng PCR: 94oC<br /> hình nên vùng ñiều khiển D-loop, ñặc biệt là - 5 phút; 30 chu kỳ [94o C- 30 giây, 54o C - 30<br /> vùng gen HV1, HV 2 ñược tập trung nghiên giây, 72o C - 30 giây]; 72oC - 5 phút; bảo quản<br /> cứu nhiều hơn cả, trong ñó có các nghiên cứu mẫu ở 15oC.<br /> <br /> về c ác dân tộc người Trung Quốc, Thái Lan, - Sản phẩm PCR ñược ñiện di trên gel<br /> agarose 1%.<br /> Nhật Bản, Hàn Quốc là những chủng tộc<br /> - Giải trình tự gen theo qui trình và sử dụng<br /> người có mối quan hệ ñịa lý, chủng tộc rất gần<br /> phương pháp BigDye terminator sequencing<br /> gũi với các dân tộc người Việt Nam [7; 8; 9].<br /> (Applied Biosystems, Foster city, USA). Tiến<br /> ðề tài ñược tiến hành với mục tiêu: xác<br /> hành trên máy 3100 - A vant Genetic Analyzer<br /> ñịnh ña hình trên hai gen HV1 và HV 2, từ ñó<br /> của hãng ABI - PRISM. So sánh với trình tự<br /> phân loại sơ bộ DNA ty thể theo các nhóm<br /> GeneBank (trình tự chuẩn gen ty thể -<br /> ñơn bội và dưới ñơn bội của 50 mẫu nghiên J01415) ñể xác ñịnh ña hình hai vùng siêu<br /> cứu người Kinh Việt Nam. biến HV1 và HV2.<br /> <br /> II. ðỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP 3. ðạo ñức trong nghiên cứu<br /> Các ñối tượng tham gia nghiên cứu là<br /> 1. ðối tượng<br /> hoàn toàn tự nguyện và có quyền rút k hỏi<br /> ðối tượng nghiên cứu là 50 mẫu máu nghiên cứu khi không muốn tham gia nghiên<br /> ngoại vi của người bình thường, khỏe mạnh là cứu. Các t hông t in liên quan ñến người tham<br /> người dân tộc Kinh ở Việt Nam. gia nghiên cứu ñược ñảm bảo bí mật.<br /> 2. Phương pháp III. KẾT QUẢ<br /> - DNA t ổng số ñược tách chiết từ các mẫu<br /> máu toàn phần theo phương pháp sử dụng 1. Khuyếch ñại vùng gen HV1 và HV2<br /> enzym protease K và phenol: chloroform: Sau khi tách chiết, tinh sạch, các mẫu DNA<br /> isoamyl alcohol. ñược kiểm tra chất lượng, nồng ñộ và ñộ tinh<br /> <br /> <br /> 24 TCNCYH 96 (4) - 2015<br />  TẠP CHÍ NGHIÊN CỨU Y HỌC<br /> <br /> sạch bằng cách ño phổ hấp t hụ tử ngoại ở hai kích thước 543 bp (từ vị trí nucleotid 15975<br /> bước sóng 260 nm, 280 nm. Các mẫu DNA ñến nucleotid 16517) và ñoạn gen HV2 có<br /> ñược tách chiết ñạt nồng ñộ ≥ 40ng/ µl, ñộ tinh kích thước 422 bp (từ vị trí nucleotide 8 ñến<br /> sạch trong khoảng 1,8 - 2 ñạt yêu cầu, không nucleotide 429). Với ñiều kiện thành phần<br /> ñứt gẫy ñược sử dụng làm khuôn ñể khuyếch phản ứng và chu trình nhiệt ñược mô tả ở<br /> ñại hai gen HV 1 và HV2. phần phương pháp, sản phẩm PCR thu ñược<br /> Sử dụng các c ặp mồi ñặc hiệu với quy có chất lượng tốt, chỉ gồm 1 băng ñặc hiệu và<br /> trình tối ưu ñể khuyếch ñại ñoạn gen HV1 có có kích thước ñúng như ñã tính toán (hình 1).<br /> <br /> M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> 543 bp<br /> <br /> <br /> <br /> M 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> 422 bp<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> Hình 1. Sản phẩm khuyếch ñại ñoạn gen HV1 (1 - 11) và HV2 (12 - 21)<br /> M: Thang chuẩn 100bp<br /> Kết quả giải trình tự ñoạn gen HV1 và HV2<br /> Sản phẩm PCR của gen HV1 và HV2 ñược tiến hành giải trình tự gen và ñược so sánh với<br /> trình tự GeneBank ñể xác ñịnh ña hình. Một số kết quả giải trình tự gen hai vùng siêu biến HV1<br /> và HV 2 ñược thể hiện ở các hình 2 và 3.<br /> <br /> C16278T C16291A T16298C C16257A C16261T<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> ATATCAACAAACCTACACACCCTCAACAGAC CAAAGCAACCTCTCACCCACTAGGATACCAA<br /> ||| |||||||||||| |||||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||<br /> ATACCAACAAACCTACCCACCCTTAACAGAC CAAAGCCACCCCTCACCCACTAGGATACCAA<br /> <br /> Hình 2. Hình ảnh giải trình tự một số vùng SNP trên gen ty thể HV1<br /> <br /> <br /> 2015 TCNCYH 96 (4) - 2015 25<br /> TẠP CHÍ NGHIÊN CỨU Y HỌC<br /> <br /> T199C 309insC 315insC<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> AACATACTTACCAAAGTGTGTTAATTAAT CCACCAAACCCCCCCCTCCCCCCGCTTCTGG<br /> ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||<br /> AACATACTTACTAAAGTGTGTTAATTAAT CCACCAAACCCCCCC-TCCCCC-GCTTCTGG<br /> Hình 3. Hình ảnh giải trình tự một số vùng SNP của gen ty thể HV2<br /> <br /> Kết quả giải trình tự gen HV1 và HV2 của 50 mẫu nghiên cứu ñược tiến hành so sánh với<br /> trình tự chuẩn, cho thấy có khá nhiều vị t rí ña hình. Mẫu có ít vị trí ña hình nhất là 6, trong khi<br /> mẫu có nhiều vị trí ña hình nhất là 16, chi tiết về các vị trí ña hình ñược trình bày ở bảng 1.<br /> Chúng tôi cũng nhận thấy rằng, các vị trí ña hình tập trung nhiều hơn ở gen HV1, có 98 vị trí ña<br /> hình trên gen HV1, 36 vị trí ña hình trên gen HV2. Các vị trí ña hình hay gặp ở các mẫu nghiên<br /> cứu là 315insC là 97%, 309insC là 50%, C16223T là 44%, G16129A là 39%, T16189C là 32%,<br /> ñặc biệt là hai vị trí ña hình A 73G và A263G gặp ở 100% mẫu nghiên cứu. Các ñột biến thay thế<br /> là phổ biến nhất, các nucleotid thêm vào t hường là C t rong khi các nucleotid mất thường là A.<br /> Nhìn chung, các kết quả thu ñược về các vị trí ña hình t rên hai vùng gen HV1 và HV 2 phản ánh<br /> tốc ñộ ñột biến rất cao của vùng gen này.<br /> <br /> Bảng 1. Phân loại theo các nhóm ñơn bội dựa trên các vị trí ña hình ñặc trưng<br /> (theo cách phân loại của Yao và cộng sự năm 2002) [7]<br /> <br /> <br /> Vị trí ña hình ñặc Vị trí ña hình ñặc<br /> Nhóm Số lượng %<br /> trưng trên HV1 trưng trên HV2<br /> ñơn bội mẫu (n = 50)<br /> (16000+) (+A73G, A263G)<br /> <br /> B4 5 T189C, T217C 10%<br /> <br /> B4a 1 T189C, T217C, C261T 2%<br /> <br /> B4b 2 T136C, T189C, T217C 4%<br /> <br /> B5 5 T189C 10%<br /> <br /> B5a 1 T140C, T189C, C266A 2%<br /> <br /> D4a 1 G129A, T362C T152C 2%<br /> <br /> F 1 249DelA 2%<br /> <br /> F1a 11 G129A, T172C, T304C 249DelA 22%<br /> <br /> M5 5 C223T 10%<br /> <br /> M10 3 T311C 6%<br /> <br /> M7 1 T146C, T199C 2%<br /> <br /> <br /> 26 TCNCYH 96 (4) - 2015<br />  TẠP CHÍ NGHIÊN CỨU Y HỌC<br /> <br /> <br /> Vị trí ña hình ñặc Vị trí ña hình ñặc<br /> Nhóm Số lượng %<br /> trưng trên HV1 trưng trên HV2<br /> ñơn bội mẫu (n = 50)<br /> (16000+) (+A73G, A263G)<br /> <br /> M7b 1 T297C C150T, T199C 2%<br /> <br /> M7b1 7 G129A, C192T, T297C C150T, T199C 14%<br /> M7c 3 C295T T146C, T199C 6%<br /> <br /> M9 2 C234T A153G 4%<br /> <br /> Z 1 C185T, C260T, T298C T152C, 249DelA 2%<br /> <br /> <br /> Kết quả cho t hấy ñã phân loại ñược 16 nhóm ñơn bội hoặc dưới ñơn bội với tần số xuất hiện<br /> tương ứng là: B4 10%, B 4a 2%, B4b 4%, B5 10%, B 5a 2%, D4a 2%, F 2%, F1a 22%, M5 10%,<br /> M10 6%, M7 2%, M7b 2%, M7b1 14%, M7c 6%, M9 4%, Z 2%, trong ñó nhóm có tần số xuất hiện<br /> cao nhất là nhóm F1a chiếm 22%, nhóm có tần số xuất hiện thấp nhất là nhóm B4a, B5a, D4a, F,<br /> M7, M7b và nhóm Z ñều chiếm 2%.<br /> <br /> <br /> IV. BÀN LUẬN<br /> Những nghiên cứu gần ñây trên thế giới ñã 6/47, B4 và N9a là 3/47 [10]. Trong nghiên<br /> phân loại các nhóm ñơn bội của DNA ty thể cứu này chúng tôi ñã phân loại ñược 16<br /> dựa vào các vị trí ña hình ñặc trư ng t rên DNA haplogruop. Tỷ lệ haplogroup F1a t rên 50<br /> ty thể mà ñặc biệt là các vị trí ña hình trên gen mẫu nghiên c ứu c ủa chúng t ôi c ũng c hiếm<br /> HV1 và HV2. Nghiên cứu của Y ao và cộng sự tỷ lệ cao nhất 22% (11/ 50). Còn lại các<br /> năm 2002 t rên 263 người thuộc 6 dân tộc haplogroup k hác tương ứng là: B4 10%, B4b<br /> người Trung Quốc ñã phân loại ñược các 4%, B5 10%, F1a 22%, M10%, M10 6%,<br /> nhóm ñơn bội theo các vị t rí ña hình ñặc trư ng M7b1 14%, M7c 6%, M9 4% và c ác<br /> trên HV1 và HV2. Cụ thể ñã Yao ñã phân loại haplogroup có tần s ố x uất hiện thấp nhất<br /> ñược 42 nhóm ñơn bội và dưới ñơn bội trong (chỉ c ó 1 cá thể t rong tổng s ố 50 mẫu cá thể<br /> ñó nhóm D4 chiếm tỷ lệ cao nhất (27/263), nghiên cứu) là nhóm B4a, B 5a, D4a, F, M7,<br /> nhóm A chiếm (18/263), nhóm F1a chiếm M7b, và nhóm Z. Chúng tôi cũng ñã thống kê<br /> (15/263), các nhóm có tỷ lệ thấp nhất là G2, ra một số vị trí ña hình hay gặp trên gen HV1<br /> T1, D, N, B 5 (chỉ có 1/263 c á thể nghiên cứu) và HV2 của DNA ty thể là C16223T (44/100),<br /> [7]. Có ñược kết quả như vậy có lẽ do số G16129A (39/100), T16189C (32/100), A73G<br /> lượng mẫu, số lượng dân tộc trong nghiên (100/100), A263G (100/100), 315insC<br /> cứu của Yao lớn hơn so với nghiên cứu c ủa (97/100), 309insC (50/100), với tỷ lệ gặp ñều<br /> chúng tôi (nghiên cứu trên 6 dân tộc người trên 30%, ñặc biệt vị trí A73G và A263G gặp ở<br /> Trung Quốc với số lượng mẫu 263 người). 100% các mẫu. Kết quả này cũng tương ñồng<br /> Kết quả nghiên cứu c ủa Han Jun Jin và với k ết quả trong nghiên cứu của Nguy ễn<br /> cộng sự (năm 2009) t rên 47 ngườ i Việt Nam ðăng Tôn và cộng sự (năm 2008) ñã thống kê<br /> cho t hấy, haplogroup F1a c ó tỷ lệ cao nhất ñược 10 vị trí ña hình hay gặp như T16172C<br /> 10/ 47 và haplogroup D4 là 7/ 47, G2a là (22/78), A16183C (23/78), T16189C (31/78),<br /> <br /> 2015 TCNCYH 96 (4) - 2015 27<br /> TẠP CHÍ NGHIÊN CỨU Y HỌC<br /> <br /> C16223T (26/78), T16304 (26/78), C150T là C trong khi các nucleotid bị mất thường là<br /> (20/78), 249DelA (25/78), A263G (75/78), A. Kết quả này cũng tương tự như trong<br /> 315C (24/78), A73G (78/78) trong ñó vị trí nghiên cứu của Nguyễn ðăng Tôn và c ộng sự<br /> A73G cũng gặp ở 100% mẫu nghiên cứu. (năm 2008), [11].<br /> ða hình tại vị trí T16189C ñã tạo nên vùng Như vậy, chúng tôi ñã giải trình tự hoàn<br /> lặp nucleotid Cystein (poly C) từ vị trí 16183- chỉnh hai gen HV 1 và HV 2 của 50 mẫu nghiên<br /> 16193 trên vùng siêu biến HV1. Nghiên cứu cứu dân tộc Kinh. ðã xác ñịnh ñược tần suất<br /> năm 2009 của Chen và cộng sự cho thấy tỷ lệ một số ña hình hay gặp trên hai vùng siêu<br /> ña hình T16189C thuộc vùng lặp nucleotid biến HV 1 và HV2 của DNA ty thể, phân loại<br /> Cystein của gen HV1 là 25,14% và sự ña ñược 16 haplogroup dựa theo các vị trí ña<br /> dạng di truyền trong vùng lặp nucleotid hình ñặc trưng trên hai vùng siêu biến HV 1 và<br /> Cystein của gen HV1 có ý nghĩa quan trọng HV2 của DNA ty thể. Các kết quả này rất có ý<br /> trong việc giám ñịnh hình sự gen và di truy ền nghĩa trong việc nghiên cứu di truyền quần thể<br /> quần thể [5]. Nghiên cứu của chúng tôi cũng và tiến hóa của các dân tộc Việt Nam. Trên cơ<br /> cho kết quả tương tự tỷ lệ ña hình T16189C là sở kết quả nghiên cứu này, chúng tôi sẽ tiếp<br /> 32%. tục nghiên cứu, ñánh giá sự ña dạng di truy ền<br /> ða hình tại vị t rí A73G và A263G gặp ở DNA ty thể của các dân tộc khác ở Việt Nam<br /> 100% mẫu nghiên cứu kết quả này phù hợp nhằm khảo sát ñặc ñiểm về gen học của các<br /> với kết quả nghiên cứu của Yao và cộng sự dân tộc người Việt Nam.<br /> năm 2002 t rên 263 người thuộc 6 dân tộc<br /> người Trung Quốc cũng cho thấy ña hình tại<br /> V. KẾT LUẬN<br /> hai vị t rí này là 100% [7]. Trong nghiên cứu ðã giải trình tự hoàn thiện và xác ñịnh<br /> của Nguyễn ðăng Tôn và cộng sự (năm 2008) ñược tỷ lệ một số ña hình hay gặp của hai<br /> cũng cho kết quả tương tự tỷ lệ ña hình A73G vùng gen HV 1, HV2 trên 50 mẫu dân tộc Kinh.<br /> gặp ở 100% mẫu nghiên cứu (78/78) và tỷ lệ - Tỷ lệ các ña hình ñơn nucleotid hay gặp<br /> ña hình A263G gặp ở 96% (75/78) mẫu trên gen HV1: C16223T là 44%; G16129A là<br /> nghiên cứu. 39%; T16189C là 32%. Tỷ lệ các ña hình ñơn<br /> Trong nghiên cứu này, chúng tôi cũng ñã nucleotid hay gặp t rên gen HV2 : A 73G và<br /> xác ñịnh ñược 98 vị trí ña hình trên gen HV1 A263G là 100%; 315insC là 97%; 309insC là<br /> và 36 vị trí ña hình trên gen HV2, có thể thấy 50%.<br /> sự ña hình của các mẫu tập trung nhiều nhất - Bước ñầu phân loại theo các nhóm ñơn<br /> vào gen HV 1. Sự ña hình trên hai vùng siêu bội DNA ty thể của 50 mẫu nghiên cứu dân<br /> biến HV1 và HV 2 hầu hết là các ña hình ñơn tộc Kinh: Xác ñịnh ñược 16 haplogroup trong<br /> nucleotid. Các vị trí ña hình c ó thể là các ñột ñó haplogroup F1a có tỷ lệ cao nhất là 22%,<br /> biến ñồng hoán (transition) - ñột biến thay thế và c ác haplogroup có t ần số x uất hiện thấp<br /> nucleotid có cùng gốc purin (A - G) hoặc nhất là nhóm B4a, B5a, D4a, F, M7, M7b và<br /> pyrimidin (C - T); hoặc là các ñột biến dị hoán nhóm Z chiếm 2%.<br /> (trans version) - ñột biến thay thế nucleotid có<br /> Lời cảm ơn<br /> gốc purin thành pyrimidin hoặc ngược lại (A -<br /> T, C - G). Các ña hình hay gặp nhất là sự thay ðề tài ñược thực hiện với sự hỗ trợ kinh<br /> thế nucleotid, các nucleotid chèn vào thườ ng phí của ñề tài nhánh cấp nhà nước “Nghiên<br /> <br /> <br /> 28 TCNCYH 96 (4) - 2015<br />  TẠP CHÍ NGHIÊN CỨU Y HỌC<br /> <br /> cứu một số chỉ số sinh học, trình tự gen ty thể C-stretch in Chinese ethenic groups. J<br /> người Việt Nam trưởng thành và ñột biến gen Zhejiang Univ Sci B, 10(10), 711 - 720.<br /> gây bệnh Thalassemia” thuộc ñề tài nhiệm vụ 6. Ingman M, Paabo S, Gyllensten U,<br /> Quỹ gen “ðánh giá ñặc ñiểm di truyền người (2000). Mitoc hondrial genome variat ion and<br /> Việt Nam”. the origin of modern humans. Nature, 408<br /> <br /> TÀI LIỆU THAM KHẢO (6831), 708 - 713.<br /> <br /> 7. Yao YG, Kong QP, Bandelt HJet al<br /> 1. Anderson A, Bankier AT, Barrel BGet<br /> (2002). Phylogeographic Differentiation of<br /> al(1981). Sequence and organisation of the<br /> Mitochondrial DNA in Han Chinese. Am.J.<br /> human mitochondrial genome. Nature, 290,<br /> 457 - 465. Hum. Genet, 70, 635 - 651.<br /> <br /> 2. Andrews RM, Kubacka I, Chinnery 8. Kong QP, Yao YG, Sun C et al (2003).<br /> PEet al (1999). Reanalysis and revision of t he Phylogeny of East Asian mitochrondrial DNA<br /> Cambridge reference sequenc e for human lineages inferred from complete sequenc es.<br /> mitochondrial DNA. Nature Genetics, 23, 147. Am J Hum Genet, 73(3), 671 - 676.<br /> 3. Horai S, Haya saka K, Kondo R et al 9. Fucharoen G, Horai S (2001).<br /> (1995). Rec ent African origin of modern Mitochondrial DNA polymorphisms in<br /> humans revealed by complete sequences of Thailand. J. Hum. Genet, 46(3), 115 - 125.<br /> hominoid mitochondrial DNAs. Proc Natl Acad<br /> 10. Jin HJ, Chri s TS, Kim W (2009). The<br /> Sci USA, 92 (2), 532 - 536.<br /> peopling of Korea revealed by analyses of<br /> 4. Denaro M, Blanc H, Johnson MJ et al<br /> mitochrondrial DNA and Y-chromosomal<br /> (1981). Ethnic variation in Hpa 1<br /> markers. PloS ONE, 4(1), 4210.<br /> endonuclease cleavage patterns of human<br /> mitochondrial DNA. Proc Natl Acad Sci USA, 11. Nguyễn ðăng Tôn, Nguyễn Thị Tú<br /> 78, 5768 - 5772. Linh, Vũ Hải Chi, (2008). ða hình ñơn bội<br /> 5. Chen F., Dang Y., Yan C et al (2009). DNA ty thể của c ác cá thể người Việt Nam.<br /> Sequence-length variation of mtDNA HVS - I Tạp chí Công nghệ sinh học, 6(4), 579 - 590.<br /> <br /> <br /> Summary<br /> VARIATION OF MITOCHONDRIAL DNA HV1 AND HV2 GENE<br /> OF KINH ETHNIC IN VIETNAM<br /> Several unique properties of human mitochondrial DNA, including its high copy number, mater-<br /> nal inheritance, lack of recombination, and high mutation rate, have made it the molecule of<br /> choice for studies of the evolution of the human population, the forensic genetics, the consanguin-<br /> ity, and the diagnosis of mit ochondrial diseases. We defined the variation of HV1 and HV2 genes<br /> of 50 Kinh ethnic samples by direct sequencing method. The results were compared with the<br /> rCRS sequence that was reported in the Human mitochondrial database and then classified those<br /> sequences into the mitochondrial DNA haplogroups. The resuls showed that there were 98 variant<br /> sites on HV 1 gene and 36 variant sites on HV 2 gene. We found 16 haplogroups or subhap-<br /> logroups: the haplogroup B 4 with frequency of 10%, B4a 2%, B4b 4%, B5 10%, B5a 2%, D4a 2%,<br /> <br /> <br /> 2015 TCNCYH 96 (4) - 2015 29<br /> TẠP CHÍ NGHIÊN CỨU Y HỌC<br /> <br /> F 2%, F1a 22%, M10%, M10 6%, M7 2%, M7b 2%, M7b1 14%, M7c 6%, M9 4%, Z 2%. The<br /> frequencies of SNP A73G and A263G are 100%, 315insC is 97%, 309insC is 50%, C16223T is<br /> 44%, G16129A is 39%, T16189C is 32%. In conclusion, we have assessed the genetic polymor-<br /> phism of mitochondrial DNA HV1 and HV2 of 50 Kinh ethnic samples. This is the first and complete<br /> data of HV1 and HV2 gene of Kinh individuals obtained from a fairly large population that make a<br /> contribution to subsequent studies for the evaluation of mitochondrial DNA polymorphism of the<br /> Vietnamese people.<br /> <br /> Key words: mitochondrial DNA, HV 1 gene, HV2 gene, Kinh ethnic<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> 30 TCNCYH 96 (4) - 2015<br />