Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 4 * 2014<br />
<br />
Nghiên cứu Y học<br />
<br />
ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ VIRUS HỢP BÀO HÔ HẤP<br />
Ở TRẺ MẮC NHIỄM KHUẨN HÔ HẤP DƯỚI NẶNG CỘNG ĐỒNG<br />
VÀ BỆNH VIỆN TẠI TP. HỒ CHÍ MINH, VIỆT NAM, 2010.<br />
Trần Anh Tuấn*, H Rogier Van Doorn*, Đỗ Liên Anh Hà*, Trần Tấn Thanh*<br />
<br />
TÓM TẮT<br />
Mục tiêu: Khảo sát đặc điểm phân tử của virus hợp bào hô hấp (Respiratory syncytial virus: RSV) gây<br />
nhiễm trùng hô hấp dưới nặng (cộng đồng và bệnh viện) ở trẻ nhập viện tại khoa hô hấp, bệnh viện Nhi Đồng 1.<br />
Phương pháp nghiên cứu: Nghiên cứu mô tả có phân tích, tiền cứu thực hiện ở trẻ nhập phòng cấp cứu<br />
Khoa Hô hấp – bệnh viện Nhi Đồng 1. Thực hiện phết mũi hầu (bằng flocked nasopharyngeal swabs) để tầm soát<br />
nhiễm khuẩn RSV (cộng đồng và bệnh viện) bằng real-time RT-PCR sau đó phân tích trình tự gen.<br />
Kết quả: Trong thời gian 1 năm (2010), có 1,439 trẻ nhập phòng cấp cứu khoa hô hấp – bệnh viện Nhi Đồng<br />
1 được tầm soát nhiễm khuẩn RSV. RSV được phát hiện trong vòng 72 giờ đầu sau khi nhập viện ở 26% bệnh nhi<br />
(376/1439; RSV A: n=320; RSV B: n=54; RSV A và B: n=2). Trong số trẻ có RSV âm tính trong vòng 72 giờ sau<br />
nhập viện, 6,6% trẻ (25/377) nhiễm khuẩn bệnh viện do RSV (RSV A: n=22; and RSV B: n=3).<br />
Phân tích trình tự gen từ 78,8% (316/341) mẫu bệnh phẩm dương tính cho thấy có sự lưu hành đồng thời<br />
của nhiều genotypes RSV khác nhau, trong đó NA1 chiếm ưu thế ((NA1: n=275; GA5: n=5; BA3: n=3; BA9:<br />
n=26; BA10: n=7). GA5 và BA3 là 2 genotypes chưa được báo cáo ở Việt Nam trước đây.<br />
Kết luận: RSV là tác nhân quan trọng gây nhiễm khuẩn hô hấp dưới ở trẻ em, cả ở cộng đồng lẫn bệnh viện.<br />
Nghiên cứu này góp phần tăng cường hiểu biết về tính đa dạng về mặt di truyền của RSV lưu hành ở Việt Nam.<br />
Từ khóa: Virus hợp bào hô hấp, đặc điểm phân tử, nhiễm khuẩn hô hấp dưới, nhiễm khuẩn bệnh viện do<br />
RSV.<br />
<br />
ABSTRACT<br />
MOLECULAR CHARACTERISTICS OF HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS<br />
CAUSING SEVERE NOSOCOMIAL AND COMMUNITY ACQUIRED LOWER RESPIRATORY<br />
INFECTIONS IN CHILDREN IN HO CHI MINH CITY, VIETNAM, 2010<br />
Tran Anh Tuan, H Rogier Van Doorn, Do Lien Anh Ha, Tran Tan Thanh<br />
* Y Hoc TP. Ho Chi Minh * Vol. 18 - Supplement of No 4- 2014: 109 - 115<br />
Objective: Study on molecular characteristics of human respiratory syncytial virus in children admitted<br />
with nosocomial and community-acquired lower respiratory infections in emergency unit of respiratory ward,<br />
Children’s Hospital 1.<br />
Methods: This descriptive prospective study was conducted in children admitted in emergency unit of<br />
respiratory ward, Children’s Hospital 1. The screening of community and hospital-acquired RSV infections was<br />
performed by flocked nasopharyngeal swabs. The real-time RT-PCR and phylogenetic analysis of partial G gene<br />
sequences were used in detection and analysis of molecular characteristics of RSV.<br />
Results: During a one year surveillance study (2010) we took serial samples from 1,439 children admitted to<br />
the Emergency Unit of the Respiratory Ward of Children’s Hospital 1 in Ho Chi Minh City, Vietnam. RSV was<br />
detected within 72h of admission to the ward in 26 % (376/1439; RSV A: n=320; RSV B: n=54, and RSV A and<br />
* Bệnh viện Nhi Đồng<br />
Tác giả liên lạc: ThS.BS Trần Anh Tuấn<br />
<br />
Chuyên Đề Nhi khoa<br />
<br />
** Đơn vị nghiên cứu lâm sàng Đại học Oxford<br />
ĐT: 0903996869<br />
Email: drtat@hotmail.com<br />
<br />
109<br />
<br />
Nghiên cứu Y học<br />
<br />
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 4 * 2014<br />
<br />
B: n=2). Among those negative within 72h after admission to the ward, 6.6% (25/377) acquired nosocomial RSV<br />
infection during hospitalization (RSV A: n=22; and RSV B: n=3). Phylogenetic analysis of partial G gene<br />
sequences obtained from 78.8% (316/341) positive specimens revealed the co-circulation of multiple genotypes<br />
with NA1 being predominant (NA1: n=275; GA5: n=5; BA3: n=3; BA9: n=26; and BA10: n=7). GA5 and BA3<br />
are genotypes that have not been reported from Vietnam previously.<br />
Conclusions: Besides confirming the predominance of RSV as a respiratory pathogen among hospitalized<br />
children, data from this study extend our knowledge on the genetic diversity of RSV circulating in Vietnam.<br />
Keywords: respiratory syncytial virus (RSV), Molecular characteristics, lower respiratory infections,<br />
nosocomial RSV infections.<br />
<br />
ĐẶT VẤN ĐỀ<br />
RSV là tác nhân gây bệnh quan trọng của<br />
nhiễm khuẩn hô hấp cấp tính ở trẻ em các nước<br />
đã và đang phát triển(6).<br />
Nhiễm RSV đưa đến nhiều biểu hiện lâm<br />
sàng khác nhau: viêm tiểu phế quản, viêm phổi,<br />
viêm thanh khí phế quản và viêm hô hấp trên.<br />
Trong đó, viêm tiểu phế quản là nguyên nhân<br />
nhập viện hàng đầu ở trẻ em(3).<br />
RSV còn được xem là nguyên nhân gây<br />
nhiễm khuẩn bệnh viện (NKBV) quan trọng ở<br />
các nước đã phát triển. Hall CB và cộng sự (1977)<br />
nhận xét thấy rằng trong thời gian xảy ra dịch<br />
RSV, khoảng một phần ba số trẻ nhập viện vì<br />
bệnh lý không liên quan đến RSV lại bị nhiễm<br />
khuẩn bệnh viện do RSV (NKBV–RSV)(3).Theo<br />
Madhi SA và cộng sự (2004), tại một khoa nhi ở<br />
Nam Phi, tỷ lệ NKBV-RSV trong số trẻ nằm viện<br />
là 11,5%(4).<br />
Ở Việt Nam, đến nay đã có nhiều công trình<br />
nghiên cứu về tình hình nhiễm RSV mắc phải tại<br />
cộng đồng. Tuy nhiên, hiện nay vẫn chưa có<br />
công trình nghiên cứu nào ở Việt Nam về<br />
NKBV-RSV, đặc biệt là ở trẻ em.<br />
Nghiên cứu của chúng tôi nhằm khảo sát<br />
những đặc điểm phân tử của RSV gây nhiễm<br />
khuẩn hô hấp dưới nặng tại cộng đồng và bệnh<br />
viện ở trẻ em Việt Nam.<br />
<br />
ĐỐI TƯỢNG– PHƯƠNGPHÁP NGHIÊNCỨU<br />
Đối tượng và phương pháp nghiên cứu<br />
Nghiên cứu mô tả có phân tích, tiền cứu thực<br />
hiện tại khoa hô hấp – bệnh viện Nhi Đồng 1.<br />
<br />
110<br />
<br />
Chọn tất cả các trẻ nhập viện tại phòng cấp<br />
cứu – khoa hô hấp – bệnh viện Nhi Đồng 1 trong<br />
thời gian từ tháng 01/2010 đến hết tháng 12/2010<br />
bằng phương pháp chọn mẫu liên tiếp không<br />
xác suất.<br />
Trẻ có RT-PCR RSV dương tính ngay lúc<br />
nhập phòng cấp cứu hay trong vòng 72 giờ sau<br />
đó được xem là NKCĐ do RSV. Trẻ có RT-PCR<br />
RSV âm tính ngay lúc nhập phòng cấp cứu và<br />
trong vòng 72 giờ sau đó, nhưng có RT-PCR RSV<br />
dương tính ở những thời điểm sau đó được xem<br />
là NKBV do RSV.<br />
<br />
Phương pháp lấy mẫu<br />
Mọi trẻ nhập phòng cấp cứu khoa hô hấp<br />
được thu nhận vào nghiên cứu.<br />
Để chẩn đoán nhiễm khuẩn cộng đồng do<br />
RSV (NKCĐ RSV), phết mũi hầu chẩn đoán<br />
(bằng flocked nasopharyngeal swabs) được thực<br />
hiện ngay khi nhập phòng cấp cứu (D1) và ở<br />
thời điểm 72 giờ sau đó (D2).<br />
Để tầm soát NKBV do RSV, phết mũi hầu<br />
tầm soát (Sn) được thực hiện 2 lần mỗi tuần (thứ<br />
hai và thứ năm hàng tuần) ở tất cả bệnh nhân<br />
đang nằm phòng cấp cứu.<br />
Phết mũi được cho vào trong 1 ml môi<br />
trường vận chuyển virus (VTM: viral transport<br />
medium) và được bảo quản ở 4°C trong khi chờ<br />
được vận chuyển hàng ngày đến Phòng xét<br />
nghiệm chẩn đoán phân tử của Đơn vị Nghiên<br />
cứu Lâm sàng – Đại học Oxford đặt tại bệnh viện<br />
Bệnh Nhiệt Đới – TPHCM. Tại đây, bệnh phẩm<br />
được bảo quản ở (-80 °C) cho đến khi thực hiện<br />
xét nghiệm.<br />
<br />
Chuyên Đề Nhi khoa<br />
<br />
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 4 * 2014<br />
<br />
Nghiên cứu Y học<br />
<br />
Xét nghiệm chẩn đoán virus<br />
<br />
KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN<br />
<br />
Tách chiết RNA của virus<br />
RNA của virus được tách chiết từ 100 µl<br />
dịch mũi hầu bằng cách sử dụng hệ thống tách<br />
chiết acid nucleic MagNA Pure 96 (Roche<br />
Diagnostics, Basel, Thụy Sĩ). RNA virus được<br />
tách rửa trong 60 µl dung dịch đệm tách rửa<br />
và 5 µl RNA virus đã được dùng cho chẩn<br />
đoán và RT-PCR xác định phân nhóm cho RSV<br />
A hay B. Phần RNA virus còn lại được trữ ở (80oC) cho phân tích sau.<br />
<br />
Bệnh nhân<br />
<br />
Kỹ thuật real-time RT- PCR<br />
Việc khuyếch đại vùng HVR thứ hai của gen<br />
protein G của 2 phân nhóm virus A và B được<br />
thực hiện bằng phương pháp RT-PCR bán tổ<br />
hợp. Bộ kit SuperScript II Onestep RT-PCR Kit<br />
cùng với việc kết hợp thêm mồi xuôi và mồi<br />
ngược ABG490 và F164 và 5µl RNA của virus<br />
được thực hiện với cả 2 phân nhóm virus A và B<br />
theo hướng dẫn của nhà sản xuất. Sản phẩm<br />
PCR sau khi được tinh chế được dùng để phân<br />
tích giải trình tự gen bằng cách dùng bộ kit giải<br />
trình tự chu kỳ ABI BigDye Terminator (ABI<br />
BigDye Terminator cycle sequencing kit) trên<br />
máy phân tích DNA tự động ABI 3730XL (ABI<br />
3730XL automatic DNA analyzer) (Applied<br />
Biosystems Inc, Foster City, CA, USA).<br />
Kỹ thuật phân tích trình tự gen<br />
Phân tích trình tự gen bằng phần mềm<br />
ContigExpress và thực hiện việc bắt cặp với trình<br />
tự chuẩn của phân nhóm RSV A và B có trong<br />
GenBank bằng phần mềm BioEdit v7.0.1.<br />
Cây chủng loại được xây dựng trong phần<br />
mềm MEGA 5.05 dựa trên mô hình thay thế<br />
nucleotides của Tamura-Nei.<br />
Khác biệt khi so sánh cặp giữa các trình tự<br />
nucleotides và các trình tự amino acid được tính<br />
bằng phần mềm MEGA. Chuyển mã đoạn gen<br />
HRV thứ hai của protein G sang trình tự amino<br />
acid được thực hiện bằng phần mềm BioEdit.<br />
<br />
Chuyên Đề Nhi khoa<br />
<br />
Trong thời gian từ tháng 01 đến hết tháng<br />
12/2010, có 1.439 bệnh nhân được thu nhận vào<br />
nghiên cứu.<br />
Tuổi trung vị: 22,3 tuần (khoảng tứ phân: 9,6<br />
– 49,0). Nam: 892 (62%), nữ: 547 (38%).<br />
<br />
Tầm soát nhiễm RSV ban đầu<br />
RT-PCR tầm soát RSV dương tính trong mẫu<br />
quệt mũi họng chẩn đoán (D) ở 376/1.439<br />
(26,1%), trong đó 363 mẫu (D1) dương tính ngay<br />
khi nhập viện, 13 mẫu dương tính trong mẫu<br />
bệnh phẩm chẩn đoán thứ hai (D2) – thực hiện<br />
sau 72 giờ nhập vào phòng cấp cứu.<br />
Trong số 376 trẻ RSV dương tính, có 320 trẻ<br />
dương tính với RSV phân nhóm A, 54 với RSV<br />
phân nhóm B, và 2 với cả 2 phân nhóm RSV.<br />
Không phát hiện thấy RSV trong thời gian từ<br />
tháng 1 đến tháng 3. Trường hợp nhiễm RSV<br />
đầu tiên được phát hiện vào tháng 4, trong khi ở<br />
giai đoạn từ tháng 7 đến tháng 10 mỗi tháng có<br />
trên 50 trường hợp dương tính.<br />
<br />
Tầm soát nhiễm khuẩn bệnh viện do RSV<br />
Kết quả chung<br />
Có 448 trẻ nằm phòng cấp cứu từ 3 ngày trở<br />
lên, trong đó 377 trẻ được thực hiện ít nhất một<br />
phết mũi chẩn đoán (D) để tầm soát nhiễm<br />
khuẩn bệnh viện do RSV. Trong thời gian nghiên<br />
cứu, 377 trẻ này được thực hiện phết mũi chẩn<br />
đoán (D) 2 lần/tuần để tầm soát nhiễm khuẩn<br />
bệnh viện do RSV.<br />
Trong số 377 trẻ này, RNA của RSV được<br />
phát hiện ở các mẫu quệt mũi họng tầm soát<br />
nơi 25 bệnh nhân, bao gồm 22 trẻ với RSV<br />
phân nhóm A (88%) và 3 trẻ với RSV phân<br />
nhóm B (12%).<br />
Như vậy, tỷ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện do<br />
RSV trong số các trẻ được tầm soát là 6,6%<br />
(25/377). Tỷ lệ này cao hơn tỷ lệ NKBV nói chung<br />
tại khoa hô hấp bệnh viện Nhi Đồng 1 cùng thời<br />
<br />
111<br />
<br />
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 4 * 2014<br />
<br />
Nghiên cứu Y học<br />
<br />
điểm (là 2,99% - theo kết quả điều tra căt ngang<br />
năm 2010)(7).<br />
<br />
Biểu đồ 1: Phân bố theo tháng của nhiễm khuẩn RSV<br />
cộng đồng và bệnh viện<br />
<br />
Đặc điểm phân tử của RSV gây NKCĐ và<br />
NKBV<br />
(xem bảng 1, 2, 3)<br />
<br />
Bảng1: Đặc điểm phân tử của RSV nhóm A Việt Nam<br />
NA1<br />
Genotype/ Đột biến<br />
Kiểu TTKP; 227-230 (%)<br />
Kiểu KPT; 233-235 (%)<br />
Asp237 (%)<br />
Lys237(%)<br />
Ile238 (%)<br />
Pro241<br />
Kiểu TTKT; 238-241 (%)<br />
Asn250<br />
Ser251<br />
Asn251<br />
Leu256<br />
Thr269<br />
Leu274<br />
Thr274<br />
Ile279<br />
Ser289<br />
Ser292<br />
Tyr294<br />
Ile295<br />
Ile296<br />
Asp297<br />
298-STOP<br />
299-STOP<br />
<br />
RSV-CĐ<br />
(N=262)<br />
96,2<br />
99,2<br />
94,5<br />
0,4<br />
0<br />
0<br />
100<br />
0<br />
0<br />
88,2<br />
0<br />
100<br />
95,0<br />
0<br />
0<br />
100<br />
100<br />
0<br />
0<br />
80,9<br />
0<br />
99,6<br />
100<br />
<br />
GA5<br />
RSV-BV<br />
(N=13)<br />
92,3<br />
100<br />
100<br />
0<br />
0<br />
0<br />
92,3<br />
0<br />
0<br />
76,9<br />
0<br />
100<br />
92,3<br />
0<br />
0<br />
100<br />
100<br />
0<br />
0<br />
76,9<br />
0<br />
100<br />
100<br />
<br />
RSV-CĐ<br />
(N=5)<br />
100<br />
100<br />
0<br />
0<br />
0<br />
100<br />
0<br />
100<br />
100<br />
0<br />
100<br />
0<br />
0<br />
100<br />
100<br />
0<br />
0<br />
0<br />
100<br />
0<br />
100<br />
0<br />
100<br />
<br />
Vai trò<br />
<br />
Vị trí O-glycosyl hóa<br />
Vị trí O-glycosyl hóa<br />
NA1 đặc hiệu Mất vị trí N-glycosyl hóa<br />
Mất vị trí N-glycosyl hóa<br />
GA5 đặc hiệu<br />
GA5 đặc hiệu<br />
Vị trí O-glycosyl hóa<br />
GA5 đặc hiệu Thêm vị trí N-glycosyl hóa<br />
GA5 đặc hiệu Mất vị trí N-glycosyl hóa<br />
Vị trí N-glycosyl hóa<br />
GA5 đặc hiệu<br />
GA2 đặc hiệu nhưng cũng tìm thấy trong NA1<br />
NA1 đặc hiệu<br />
GA5 đặc hiệu<br />
GA5 đặc hiệu<br />
GA2 đặc hiệu nhưng cũng tìm thấy trong NA1<br />
NA1 đặc hiệu<br />
Mất vị trí N-glycosyl hóa<br />
GA5 đặc hiệu<br />
Mất vị trí N-glycosyl hóa ở vị trí 294<br />
GA5 đặc hiệu<br />
NA1 đặc hiệu<br />
<br />
Bảng 2: Đặc điểm phân tử của RSV nhóm B Việt Nam<br />
Nhóm/Genotype<br />
Chiều dài tiên đoán<br />
(n)<br />
<br />
281<br />
312<br />
315<br />
319<br />
20 aa lặp lại 2 lần (n)<br />
Pro222 (n)<br />
NST; 230-232 (n)<br />
Pro231 (n)<br />
KPT; 234-236 (n)<br />
<br />
112<br />
<br />
BA3 (N=3)<br />
0<br />
1<br />
2<br />
0<br />
3<br />
3<br />
0<br />
0<br />
3<br />
<br />
BA9 (N=26)<br />
BA10 (N=7)<br />
Chi chú<br />
RSV NKCĐ (N=25) RSV NKBV (N=1)<br />
0<br />
0<br />
1<br />
25<br />
1<br />
3<br />
0<br />
0<br />
0<br />
0<br />
0<br />
3<br />
25<br />
1<br />
7<br />
0<br />
0<br />
0<br />
BA3 đặc hiệu tiềm năng<br />
0<br />
0<br />
2<br />
Vị trí N-glycosyl hóa<br />
0<br />
0<br />
2<br />
GA10 đặc hiệu (230-232)<br />
25<br />
1<br />
7<br />
Vị trí O –glycosyl hóa<br />
<br />
Chuyên Đề Nhi khoa<br />
<br />
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 4 * 2014<br />
Nhóm/Genotype<br />
<br />
BA3 (N=3)<br />
<br />
Ile239 (n)<br />
Arg282 (n)<br />
Gly292 (n)<br />
NST; 296-298 (n)<br />
NST; 310-312 (n)<br />
<br />
3<br />
3<br />
0<br />
3<br />
2<br />
<br />
Nghiên cứu Y học<br />
<br />
BA9 (N=26)<br />
BA10 (N=7)<br />
RSV NKCĐ (N=25) RSV NKBV (N=1)<br />
0<br />
0<br />
0<br />
0<br />
0<br />
0<br />
0<br />
0<br />
7<br />
25<br />
1<br />
7<br />
25<br />
1<br />
4<br />
<br />
Chi chú<br />
GA3 đặc hiệu tiềm năng<br />
GA3 đặc hiệu tiềm năng<br />
GA10 đặc hiệu<br />
Vị trí N-glycosyl hóa<br />
Vị trí N-glycosyl hóa<br />
<br />
Bảng 3: Trình tự tương tự giữa RSV gây nhiễm khuẩn bệnh viện và nhiễm khuẩn cộng đồng so sánh với trình tự<br />
của GenBank<br />
Nhóm<br />
1<br />
<br />
Trình tự tương tự<br />
Chủng RSV NKBV<br />
Chủng RSV NKCĐ<br />
VN-202S2, VN-269S2,<br />
114 chủng<br />
VN-432S1, VN-579S1,<br />
VN-5288S3, VN-5392S2<br />
<br />
2<br />
3<br />
<br />
VN-166S2<br />
VN-325S1<br />
<br />
4<br />
<br />
VN-639S2<br />
<br />
5<br />
<br />
VN-5477S2<br />
<br />
6<br />
<br />
VN-5503S3<br />
<br />
7<br />
8<br />
<br />
VN-5517S1<br />
VN-5581S1<br />
<br />
VN-192<br />
VN-453, VN-457, VN-482, VN-517,<br />
VN-618, VN-5493, VN-5576, VN-5649<br />
VN-200, VN-297, VN-357, VN-370,<br />
VN-534, VN-606, VN-5217, VN-5361,<br />
VN-5446, VN-5496, VN-5534, VN-5544, VN5550, VN-5561, VN-5646<br />
VN-313, VN-334, VN-584, VN-698,<br />
VN-5379, VN-5409, VN-5469, VN-5475, VN5484<br />
VN-223, VN-380, VN-385, VN-386,<br />
VN-5279, VN-5370, VN-5425, VN-5512<br />
0<br />
0<br />
<br />
Mẫu bệnh phẩm dương tính của các bệnh<br />
nhân được tiến hành giải mã trình tự gen ở HVR<br />
thứ hai của đầu tận cùng C của gen G. Tổng<br />
cộng có 316/401 (78,8%) đoạn trình tự được giải<br />
mã, bao gồm 280 phân nhóm virus A (gồm 267<br />
nhiễm khuẩn RSV cộng đồng (RSV-CĐ) và 13<br />
nhiễm khuẩn bệnh viện do RSV (RSV-BV)), và 36<br />
phân nhóm virus B (gồm 35 RSV-CĐ và 1 RSVBV). Khi so sánh trực tiếp giữa các đoạn trình tự<br />
giải mã thuộc phân nhóm A, sự khác biệt tối đa<br />
là 13,7% (khi so sánh các đoạn mã nucleotide) và<br />
27,5% (khi so sánh các đoạn mã amino acid). Tỷ<br />
lệ khác biệt khi so với chủng prototype A2 lớn<br />
nhất ở cả mức độ nucleotide (18,6%) và amino<br />
<br />
Chuyên Đề Nhi khoa<br />
<br />
Trình tự tương tự từ GenBank<br />
(Chủng và số đăng ký)<br />
Chủng 797-HCM/11.10-A (JX079971)<br />
Chủng 894-HCM/10.10-A (JX079969)<br />
Chủng 846-HCM/10.10-A (JX079967)<br />
Chủng 753-HCM/09.10-A (JX079962)<br />
Chủng 657-HCM/08.10-A(JX079958)<br />
Chủng 597-HCM/07.10-A(JX079956)<br />
Chủng 512-HCM/06.10-A(JX079953)<br />
Chủng 415-HCM/05.10-A (JX079950)<br />
Chủng 378-HCM/05.10-A (JX079949)<br />
Không tìm thấy<br />
Không tìm thấy<br />
Chủng 08-046972 (JX015498)<br />
Chủng BE/4998/08 (JX645856)<br />
Chủng 929-HCM/11.10-A (JX079970)<br />
Chủng 788-HCM/09.10-A (JX079964)<br />
Giống với nhiều trình tự<br />
<br />
Không tìm thấy<br />
Không tìm thấy<br />
<br />
acid (30,9%). Tỷ lệ khác biệt tối đa của 36 đoạn<br />
trình tự thuộc phân nhóm B là 10,1% (khi so<br />
sánh các đoạn mã nucleotide) và 19,5% (khi so<br />
sánh các đoạn mã amino acid). So sánh với<br />
chủng prototype CH18537, tỷ lệ khác biệt tối đa<br />
của phân nhóm B lần lượt là 18,9% (khi so sánh<br />
các đoạn mã nucleotide) và 30,2% (khi so sánh<br />
các đoạn mã amino acid).<br />
Phân tích cây chủng loại cho thấy 280 phân<br />
nhóm virus A thuộc về 2 genotypes. Đa số các<br />
trình tự phân tích của phân nhóm virus A (n =<br />
275) thuộc về genotype NA1 và chỉ có 5 virus<br />
thuộc genotype GA5.<br />
<br />
113<br />
<br />