intTypePromotion=1
zunia.vn Tuyển sinh 2024 dành cho Gen-Z zunia.vn zunia.vn
ADSENSE

Đặc điểm phân tử virus hợp bào hô hấp ở trẻ mắc nhiễm khuẩn hô hấp dưới nặng cộng đồng và bệnh viện tại Thành phố Hồ Chí Minh Việt Nam, 2010

Chia sẻ: Trần Thị Hạnh | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:7

58
lượt xem
4
download
 
  Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Đề tài này được tiến hành để khảo sát đặc điểm phân tử của virus hợp bào hô hấp (Respiratory syncytial virus: RSV) gây nhiễm trùng hô hấp dưới nặng (cộng đồng và bệnh viện) ở trẻ nhập viện tại khoa hô hấp, bệnh viện Nhi Đồng 1. Nghiên cứu mô tả có phân tích, tiền cứu thực hiện ở trẻ nhập phòng cấp cứu khoa hô hấp - bệnh viện Nhi Đồng 1.

Chủ đề:
Lưu

Nội dung Text: Đặc điểm phân tử virus hợp bào hô hấp ở trẻ mắc nhiễm khuẩn hô hấp dưới nặng cộng đồng và bệnh viện tại Thành phố Hồ Chí Minh Việt Nam, 2010

Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 4 * 2014<br /> <br /> Nghiên cứu Y học<br /> <br /> ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ VIRUS HỢP BÀO HÔ HẤP<br /> Ở TRẺ MẮC NHIỄM KHUẨN HÔ HẤP DƯỚI NẶNG CỘNG ĐỒNG<br /> VÀ BỆNH VIỆN TẠI TP. HỒ CHÍ MINH, VIỆT NAM, 2010.<br /> Trần Anh Tuấn*, H Rogier Van Doorn*, Đỗ Liên Anh Hà*, Trần Tấn Thanh*<br /> <br /> TÓM TẮT<br /> Mục tiêu: Khảo sát đặc điểm phân tử của virus hợp bào hô hấp (Respiratory syncytial virus: RSV) gây<br /> nhiễm trùng hô hấp dưới nặng (cộng đồng và bệnh viện) ở trẻ nhập viện tại khoa hô hấp, bệnh viện Nhi Đồng 1.<br /> Phương pháp nghiên cứu: Nghiên cứu mô tả có phân tích, tiền cứu thực hiện ở trẻ nhập phòng cấp cứu<br /> Khoa Hô hấp – bệnh viện Nhi Đồng 1. Thực hiện phết mũi hầu (bằng flocked nasopharyngeal swabs) để tầm soát<br /> nhiễm khuẩn RSV (cộng đồng và bệnh viện) bằng real-time RT-PCR sau đó phân tích trình tự gen.<br /> Kết quả: Trong thời gian 1 năm (2010), có 1,439 trẻ nhập phòng cấp cứu khoa hô hấp – bệnh viện Nhi Đồng<br /> 1 được tầm soát nhiễm khuẩn RSV. RSV được phát hiện trong vòng 72 giờ đầu sau khi nhập viện ở 26% bệnh nhi<br /> (376/1439; RSV A: n=320; RSV B: n=54; RSV A và B: n=2). Trong số trẻ có RSV âm tính trong vòng 72 giờ sau<br /> nhập viện, 6,6% trẻ (25/377) nhiễm khuẩn bệnh viện do RSV (RSV A: n=22; and RSV B: n=3).<br /> Phân tích trình tự gen từ 78,8% (316/341) mẫu bệnh phẩm dương tính cho thấy có sự lưu hành đồng thời<br /> của nhiều genotypes RSV khác nhau, trong đó NA1 chiếm ưu thế ((NA1: n=275; GA5: n=5; BA3: n=3; BA9:<br /> n=26; BA10: n=7). GA5 và BA3 là 2 genotypes chưa được báo cáo ở Việt Nam trước đây.<br /> Kết luận: RSV là tác nhân quan trọng gây nhiễm khuẩn hô hấp dưới ở trẻ em, cả ở cộng đồng lẫn bệnh viện.<br /> Nghiên cứu này góp phần tăng cường hiểu biết về tính đa dạng về mặt di truyền của RSV lưu hành ở Việt Nam.<br /> Từ khóa: Virus hợp bào hô hấp, đặc điểm phân tử, nhiễm khuẩn hô hấp dưới, nhiễm khuẩn bệnh viện do<br /> RSV.<br /> <br /> ABSTRACT<br /> MOLECULAR CHARACTERISTICS OF HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS<br /> CAUSING SEVERE NOSOCOMIAL AND COMMUNITY ACQUIRED LOWER RESPIRATORY<br /> INFECTIONS IN CHILDREN IN HO CHI MINH CITY, VIETNAM, 2010<br /> Tran Anh Tuan, H Rogier Van Doorn, Do Lien Anh Ha, Tran Tan Thanh<br /> * Y Hoc TP. Ho Chi Minh * Vol. 18 - Supplement of No 4- 2014: 109 - 115<br /> Objective: Study on molecular characteristics of human respiratory syncytial virus in children admitted<br /> with nosocomial and community-acquired lower respiratory infections in emergency unit of respiratory ward,<br /> Children’s Hospital 1.<br /> Methods: This descriptive prospective study was conducted in children admitted in emergency unit of<br /> respiratory ward, Children’s Hospital 1. The screening of community and hospital-acquired RSV infections was<br /> performed by flocked nasopharyngeal swabs. The real-time RT-PCR and phylogenetic analysis of partial G gene<br /> sequences were used in detection and analysis of molecular characteristics of RSV.<br /> Results: During a one year surveillance study (2010) we took serial samples from 1,439 children admitted to<br /> the Emergency Unit of the Respiratory Ward of Children’s Hospital 1 in Ho Chi Minh City, Vietnam. RSV was<br /> detected within 72h of admission to the ward in 26 % (376/1439; RSV A: n=320; RSV B: n=54, and RSV A and<br /> * Bệnh viện Nhi Đồng<br /> Tác giả liên lạc: ThS.BS Trần Anh Tuấn<br /> <br /> Chuyên Đề Nhi khoa<br /> <br /> ** Đơn vị nghiên cứu lâm sàng Đại học Oxford<br /> ĐT: 0903996869<br /> Email: drtat@hotmail.com<br /> <br /> 109<br /> <br /> Nghiên cứu Y học<br /> <br /> Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 4 * 2014<br /> <br /> B: n=2). Among those negative within 72h after admission to the ward, 6.6% (25/377) acquired nosocomial RSV<br /> infection during hospitalization (RSV A: n=22; and RSV B: n=3). Phylogenetic analysis of partial G gene<br /> sequences obtained from 78.8% (316/341) positive specimens revealed the co-circulation of multiple genotypes<br /> with NA1 being predominant (NA1: n=275; GA5: n=5; BA3: n=3; BA9: n=26; and BA10: n=7). GA5 and BA3<br /> are genotypes that have not been reported from Vietnam previously.<br /> Conclusions: Besides confirming the predominance of RSV as a respiratory pathogen among hospitalized<br /> children, data from this study extend our knowledge on the genetic diversity of RSV circulating in Vietnam.<br /> Keywords: respiratory syncytial virus (RSV), Molecular characteristics, lower respiratory infections,<br /> nosocomial RSV infections.<br /> <br /> ĐẶT VẤN ĐỀ<br /> RSV là tác nhân gây bệnh quan trọng của<br /> nhiễm khuẩn hô hấp cấp tính ở trẻ em các nước<br /> đã và đang phát triển(6).<br /> Nhiễm RSV đưa đến nhiều biểu hiện lâm<br /> sàng khác nhau: viêm tiểu phế quản, viêm phổi,<br /> viêm thanh khí phế quản và viêm hô hấp trên.<br /> Trong đó, viêm tiểu phế quản là nguyên nhân<br /> nhập viện hàng đầu ở trẻ em(3).<br /> RSV còn được xem là nguyên nhân gây<br /> nhiễm khuẩn bệnh viện (NKBV) quan trọng ở<br /> các nước đã phát triển. Hall CB và cộng sự (1977)<br /> nhận xét thấy rằng trong thời gian xảy ra dịch<br /> RSV, khoảng một phần ba số trẻ nhập viện vì<br /> bệnh lý không liên quan đến RSV lại bị nhiễm<br /> khuẩn bệnh viện do RSV (NKBV–RSV)(3).Theo<br /> Madhi SA và cộng sự (2004), tại một khoa nhi ở<br /> Nam Phi, tỷ lệ NKBV-RSV trong số trẻ nằm viện<br /> là 11,5%(4).<br /> Ở Việt Nam, đến nay đã có nhiều công trình<br /> nghiên cứu về tình hình nhiễm RSV mắc phải tại<br /> cộng đồng. Tuy nhiên, hiện nay vẫn chưa có<br /> công trình nghiên cứu nào ở Việt Nam về<br /> NKBV-RSV, đặc biệt là ở trẻ em.<br /> Nghiên cứu của chúng tôi nhằm khảo sát<br /> những đặc điểm phân tử của RSV gây nhiễm<br /> khuẩn hô hấp dưới nặng tại cộng đồng và bệnh<br /> viện ở trẻ em Việt Nam.<br /> <br /> ĐỐI TƯỢNG– PHƯƠNGPHÁP NGHIÊNCỨU<br /> Đối tượng và phương pháp nghiên cứu<br /> Nghiên cứu mô tả có phân tích, tiền cứu thực<br /> hiện tại khoa hô hấp – bệnh viện Nhi Đồng 1.<br /> <br /> 110<br /> <br /> Chọn tất cả các trẻ nhập viện tại phòng cấp<br /> cứu – khoa hô hấp – bệnh viện Nhi Đồng 1 trong<br /> thời gian từ tháng 01/2010 đến hết tháng 12/2010<br /> bằng phương pháp chọn mẫu liên tiếp không<br /> xác suất.<br /> Trẻ có RT-PCR RSV dương tính ngay lúc<br /> nhập phòng cấp cứu hay trong vòng 72 giờ sau<br /> đó được xem là NKCĐ do RSV. Trẻ có RT-PCR<br /> RSV âm tính ngay lúc nhập phòng cấp cứu và<br /> trong vòng 72 giờ sau đó, nhưng có RT-PCR RSV<br /> dương tính ở những thời điểm sau đó được xem<br /> là NKBV do RSV.<br /> <br /> Phương pháp lấy mẫu<br /> Mọi trẻ nhập phòng cấp cứu khoa hô hấp<br /> được thu nhận vào nghiên cứu.<br /> Để chẩn đoán nhiễm khuẩn cộng đồng do<br /> RSV (NKCĐ RSV), phết mũi hầu chẩn đoán<br /> (bằng flocked nasopharyngeal swabs) được thực<br /> hiện ngay khi nhập phòng cấp cứu (D1) và ở<br /> thời điểm 72 giờ sau đó (D2).<br /> Để tầm soát NKBV do RSV, phết mũi hầu<br /> tầm soát (Sn) được thực hiện 2 lần mỗi tuần (thứ<br /> hai và thứ năm hàng tuần) ở tất cả bệnh nhân<br /> đang nằm phòng cấp cứu.<br /> Phết mũi được cho vào trong 1 ml môi<br /> trường vận chuyển virus (VTM: viral transport<br /> medium) và được bảo quản ở 4°C trong khi chờ<br /> được vận chuyển hàng ngày đến Phòng xét<br /> nghiệm chẩn đoán phân tử của Đơn vị Nghiên<br /> cứu Lâm sàng – Đại học Oxford đặt tại bệnh viện<br /> Bệnh Nhiệt Đới – TPHCM. Tại đây, bệnh phẩm<br /> được bảo quản ở (-80 °C) cho đến khi thực hiện<br /> xét nghiệm.<br /> <br /> Chuyên Đề Nhi khoa<br /> <br /> Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 4 * 2014<br /> <br /> Nghiên cứu Y học<br /> <br /> Xét nghiệm chẩn đoán virus<br /> <br /> KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN<br /> <br /> Tách chiết RNA của virus<br /> RNA của virus được tách chiết từ 100 µl<br /> dịch mũi hầu bằng cách sử dụng hệ thống tách<br /> chiết acid nucleic MagNA Pure 96 (Roche<br /> Diagnostics, Basel, Thụy Sĩ). RNA virus được<br /> tách rửa trong 60 µl dung dịch đệm tách rửa<br /> và 5 µl RNA virus đã được dùng cho chẩn<br /> đoán và RT-PCR xác định phân nhóm cho RSV<br /> A hay B. Phần RNA virus còn lại được trữ ở (80oC) cho phân tích sau.<br /> <br /> Bệnh nhân<br /> <br /> Kỹ thuật real-time RT- PCR<br /> Việc khuyếch đại vùng HVR thứ hai của gen<br /> protein G của 2 phân nhóm virus A và B được<br /> thực hiện bằng phương pháp RT-PCR bán tổ<br /> hợp. Bộ kit SuperScript II Onestep RT-PCR Kit<br /> cùng với việc kết hợp thêm mồi xuôi và mồi<br /> ngược ABG490 và F164 và 5µl RNA của virus<br /> được thực hiện với cả 2 phân nhóm virus A và B<br /> theo hướng dẫn của nhà sản xuất. Sản phẩm<br /> PCR sau khi được tinh chế được dùng để phân<br /> tích giải trình tự gen bằng cách dùng bộ kit giải<br /> trình tự chu kỳ ABI BigDye Terminator (ABI<br /> BigDye Terminator cycle sequencing kit) trên<br /> máy phân tích DNA tự động ABI 3730XL (ABI<br /> 3730XL automatic DNA analyzer) (Applied<br /> Biosystems Inc, Foster City, CA, USA).<br /> Kỹ thuật phân tích trình tự gen<br /> Phân tích trình tự gen bằng phần mềm<br /> ContigExpress và thực hiện việc bắt cặp với trình<br /> tự chuẩn của phân nhóm RSV A và B có trong<br /> GenBank bằng phần mềm BioEdit v7.0.1.<br /> Cây chủng loại được xây dựng trong phần<br /> mềm MEGA 5.05 dựa trên mô hình thay thế<br /> nucleotides của Tamura-Nei.<br /> Khác biệt khi so sánh cặp giữa các trình tự<br /> nucleotides và các trình tự amino acid được tính<br /> bằng phần mềm MEGA. Chuyển mã đoạn gen<br /> HRV thứ hai của protein G sang trình tự amino<br /> acid được thực hiện bằng phần mềm BioEdit.<br /> <br /> Chuyên Đề Nhi khoa<br /> <br /> Trong thời gian từ tháng 01 đến hết tháng<br /> 12/2010, có 1.439 bệnh nhân được thu nhận vào<br /> nghiên cứu.<br /> Tuổi trung vị: 22,3 tuần (khoảng tứ phân: 9,6<br /> – 49,0). Nam: 892 (62%), nữ: 547 (38%).<br /> <br /> Tầm soát nhiễm RSV ban đầu<br /> RT-PCR tầm soát RSV dương tính trong mẫu<br /> quệt mũi họng chẩn đoán (D) ở 376/1.439<br /> (26,1%), trong đó 363 mẫu (D1) dương tính ngay<br /> khi nhập viện, 13 mẫu dương tính trong mẫu<br /> bệnh phẩm chẩn đoán thứ hai (D2) – thực hiện<br /> sau 72 giờ nhập vào phòng cấp cứu.<br /> Trong số 376 trẻ RSV dương tính, có 320 trẻ<br /> dương tính với RSV phân nhóm A, 54 với RSV<br /> phân nhóm B, và 2 với cả 2 phân nhóm RSV.<br /> Không phát hiện thấy RSV trong thời gian từ<br /> tháng 1 đến tháng 3. Trường hợp nhiễm RSV<br /> đầu tiên được phát hiện vào tháng 4, trong khi ở<br /> giai đoạn từ tháng 7 đến tháng 10 mỗi tháng có<br /> trên 50 trường hợp dương tính.<br /> <br /> Tầm soát nhiễm khuẩn bệnh viện do RSV<br /> Kết quả chung<br /> Có 448 trẻ nằm phòng cấp cứu từ 3 ngày trở<br /> lên, trong đó 377 trẻ được thực hiện ít nhất một<br /> phết mũi chẩn đoán (D) để tầm soát nhiễm<br /> khuẩn bệnh viện do RSV. Trong thời gian nghiên<br /> cứu, 377 trẻ này được thực hiện phết mũi chẩn<br /> đoán (D) 2 lần/tuần để tầm soát nhiễm khuẩn<br /> bệnh viện do RSV.<br /> Trong số 377 trẻ này, RNA của RSV được<br /> phát hiện ở các mẫu quệt mũi họng tầm soát<br /> nơi 25 bệnh nhân, bao gồm 22 trẻ với RSV<br /> phân nhóm A (88%) và 3 trẻ với RSV phân<br /> nhóm B (12%).<br /> Như vậy, tỷ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện do<br /> RSV trong số các trẻ được tầm soát là 6,6%<br /> (25/377). Tỷ lệ này cao hơn tỷ lệ NKBV nói chung<br /> tại khoa hô hấp bệnh viện Nhi Đồng 1 cùng thời<br /> <br /> 111<br /> <br /> Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 4 * 2014<br /> <br /> Nghiên cứu Y học<br /> <br /> điểm (là 2,99% - theo kết quả điều tra căt ngang<br /> năm 2010)(7).<br /> <br /> Biểu đồ 1: Phân bố theo tháng của nhiễm khuẩn RSV<br /> cộng đồng và bệnh viện<br /> <br /> Đặc điểm phân tử của RSV gây NKCĐ và<br /> NKBV<br /> (xem bảng 1, 2, 3)<br /> <br /> Bảng1: Đặc điểm phân tử của RSV nhóm A Việt Nam<br /> NA1<br /> Genotype/ Đột biến<br /> Kiểu TTKP; 227-230 (%)<br /> Kiểu KPT; 233-235 (%)<br /> Asp237 (%)<br /> Lys237(%)<br /> Ile238 (%)<br /> Pro241<br /> Kiểu TTKT; 238-241 (%)<br /> Asn250<br /> Ser251<br /> Asn251<br /> Leu256<br /> Thr269<br /> Leu274<br /> Thr274<br /> Ile279<br /> Ser289<br /> Ser292<br /> Tyr294<br /> Ile295<br /> Ile296<br /> Asp297<br /> 298-STOP<br /> 299-STOP<br /> <br /> RSV-CĐ<br /> (N=262)<br /> 96,2<br /> 99,2<br /> 94,5<br /> 0,4<br /> 0<br /> 0<br /> 100<br /> 0<br /> 0<br /> 88,2<br /> 0<br /> 100<br /> 95,0<br /> 0<br /> 0<br /> 100<br /> 100<br /> 0<br /> 0<br /> 80,9<br /> 0<br /> 99,6<br /> 100<br /> <br /> GA5<br /> RSV-BV<br /> (N=13)<br /> 92,3<br /> 100<br /> 100<br /> 0<br /> 0<br /> 0<br /> 92,3<br /> 0<br /> 0<br /> 76,9<br /> 0<br /> 100<br /> 92,3<br /> 0<br /> 0<br /> 100<br /> 100<br /> 0<br /> 0<br /> 76,9<br /> 0<br /> 100<br /> 100<br /> <br /> RSV-CĐ<br /> (N=5)<br /> 100<br /> 100<br /> 0<br /> 0<br /> 0<br /> 100<br /> 0<br /> 100<br /> 100<br /> 0<br /> 100<br /> 0<br /> 0<br /> 100<br /> 100<br /> 0<br /> 0<br /> 0<br /> 100<br /> 0<br /> 100<br /> 0<br /> 100<br /> <br /> Vai trò<br /> <br /> Vị trí O-glycosyl hóa<br /> Vị trí O-glycosyl hóa<br /> NA1 đặc hiệu Mất vị trí N-glycosyl hóa<br /> Mất vị trí N-glycosyl hóa<br /> GA5 đặc hiệu<br /> GA5 đặc hiệu<br /> Vị trí O-glycosyl hóa<br /> GA5 đặc hiệu Thêm vị trí N-glycosyl hóa<br /> GA5 đặc hiệu Mất vị trí N-glycosyl hóa<br /> Vị trí N-glycosyl hóa<br /> GA5 đặc hiệu<br /> GA2 đặc hiệu nhưng cũng tìm thấy trong NA1<br /> NA1 đặc hiệu<br /> GA5 đặc hiệu<br /> GA5 đặc hiệu<br /> GA2 đặc hiệu nhưng cũng tìm thấy trong NA1<br /> NA1 đặc hiệu<br /> Mất vị trí N-glycosyl hóa<br /> GA5 đặc hiệu<br /> Mất vị trí N-glycosyl hóa ở vị trí 294<br /> GA5 đặc hiệu<br /> NA1 đặc hiệu<br /> <br /> Bảng 2: Đặc điểm phân tử của RSV nhóm B Việt Nam<br /> Nhóm/Genotype<br /> Chiều dài tiên đoán<br /> (n)<br /> <br /> 281<br /> 312<br /> 315<br /> 319<br /> 20 aa lặp lại 2 lần (n)<br /> Pro222 (n)<br /> NST; 230-232 (n)<br /> Pro231 (n)<br /> KPT; 234-236 (n)<br /> <br /> 112<br /> <br /> BA3 (N=3)<br /> 0<br /> 1<br /> 2<br /> 0<br /> 3<br /> 3<br /> 0<br /> 0<br /> 3<br /> <br /> BA9 (N=26)<br /> BA10 (N=7)<br /> Chi chú<br /> RSV NKCĐ (N=25) RSV NKBV (N=1)<br /> 0<br /> 0<br /> 1<br /> 25<br /> 1<br /> 3<br /> 0<br /> 0<br /> 0<br /> 0<br /> 0<br /> 3<br /> 25<br /> 1<br /> 7<br /> 0<br /> 0<br /> 0<br /> BA3 đặc hiệu tiềm năng<br /> 0<br /> 0<br /> 2<br /> Vị trí N-glycosyl hóa<br /> 0<br /> 0<br /> 2<br /> GA10 đặc hiệu (230-232)<br /> 25<br /> 1<br /> 7<br /> Vị trí O –glycosyl hóa<br /> <br /> Chuyên Đề Nhi khoa<br /> <br /> Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 4 * 2014<br /> Nhóm/Genotype<br /> <br /> BA3 (N=3)<br /> <br /> Ile239 (n)<br /> Arg282 (n)<br /> Gly292 (n)<br /> NST; 296-298 (n)<br /> NST; 310-312 (n)<br /> <br /> 3<br /> 3<br /> 0<br /> 3<br /> 2<br /> <br /> Nghiên cứu Y học<br /> <br /> BA9 (N=26)<br /> BA10 (N=7)<br /> RSV NKCĐ (N=25) RSV NKBV (N=1)<br /> 0<br /> 0<br /> 0<br /> 0<br /> 0<br /> 0<br /> 0<br /> 0<br /> 7<br /> 25<br /> 1<br /> 7<br /> 25<br /> 1<br /> 4<br /> <br /> Chi chú<br /> GA3 đặc hiệu tiềm năng<br /> GA3 đặc hiệu tiềm năng<br /> GA10 đặc hiệu<br /> Vị trí N-glycosyl hóa<br /> Vị trí N-glycosyl hóa<br /> <br /> Bảng 3: Trình tự tương tự giữa RSV gây nhiễm khuẩn bệnh viện và nhiễm khuẩn cộng đồng so sánh với trình tự<br /> của GenBank<br /> Nhóm<br /> 1<br /> <br /> Trình tự tương tự<br /> Chủng RSV NKBV<br /> Chủng RSV NKCĐ<br /> VN-202S2, VN-269S2,<br /> 114 chủng<br /> VN-432S1, VN-579S1,<br /> VN-5288S3, VN-5392S2<br /> <br /> 2<br /> 3<br /> <br /> VN-166S2<br /> VN-325S1<br /> <br /> 4<br /> <br /> VN-639S2<br /> <br /> 5<br /> <br /> VN-5477S2<br /> <br /> 6<br /> <br /> VN-5503S3<br /> <br /> 7<br /> 8<br /> <br /> VN-5517S1<br /> VN-5581S1<br /> <br /> VN-192<br /> VN-453, VN-457, VN-482, VN-517,<br /> VN-618, VN-5493, VN-5576, VN-5649<br /> VN-200, VN-297, VN-357, VN-370,<br /> VN-534, VN-606, VN-5217, VN-5361,<br /> VN-5446, VN-5496, VN-5534, VN-5544, VN5550, VN-5561, VN-5646<br /> VN-313, VN-334, VN-584, VN-698,<br /> VN-5379, VN-5409, VN-5469, VN-5475, VN5484<br /> VN-223, VN-380, VN-385, VN-386,<br /> VN-5279, VN-5370, VN-5425, VN-5512<br /> 0<br /> 0<br /> <br /> Mẫu bệnh phẩm dương tính của các bệnh<br /> nhân được tiến hành giải mã trình tự gen ở HVR<br /> thứ hai của đầu tận cùng C của gen G. Tổng<br /> cộng có 316/401 (78,8%) đoạn trình tự được giải<br /> mã, bao gồm 280 phân nhóm virus A (gồm 267<br /> nhiễm khuẩn RSV cộng đồng (RSV-CĐ) và 13<br /> nhiễm khuẩn bệnh viện do RSV (RSV-BV)), và 36<br /> phân nhóm virus B (gồm 35 RSV-CĐ và 1 RSVBV). Khi so sánh trực tiếp giữa các đoạn trình tự<br /> giải mã thuộc phân nhóm A, sự khác biệt tối đa<br /> là 13,7% (khi so sánh các đoạn mã nucleotide) và<br /> 27,5% (khi so sánh các đoạn mã amino acid). Tỷ<br /> lệ khác biệt khi so với chủng prototype A2 lớn<br /> nhất ở cả mức độ nucleotide (18,6%) và amino<br /> <br /> Chuyên Đề Nhi khoa<br /> <br /> Trình tự tương tự từ GenBank<br /> (Chủng và số đăng ký)<br /> Chủng 797-HCM/11.10-A (JX079971)<br /> Chủng 894-HCM/10.10-A (JX079969)<br /> Chủng 846-HCM/10.10-A (JX079967)<br /> Chủng 753-HCM/09.10-A (JX079962)<br /> Chủng 657-HCM/08.10-A(JX079958)<br /> Chủng 597-HCM/07.10-A(JX079956)<br /> Chủng 512-HCM/06.10-A(JX079953)<br /> Chủng 415-HCM/05.10-A (JX079950)<br /> Chủng 378-HCM/05.10-A (JX079949)<br /> Không tìm thấy<br /> Không tìm thấy<br /> Chủng 08-046972 (JX015498)<br /> Chủng BE/4998/08 (JX645856)<br /> Chủng 929-HCM/11.10-A (JX079970)<br /> Chủng 788-HCM/09.10-A (JX079964)<br /> Giống với nhiều trình tự<br /> <br /> Không tìm thấy<br /> Không tìm thấy<br /> <br /> acid (30,9%). Tỷ lệ khác biệt tối đa của 36 đoạn<br /> trình tự thuộc phân nhóm B là 10,1% (khi so<br /> sánh các đoạn mã nucleotide) và 19,5% (khi so<br /> sánh các đoạn mã amino acid). So sánh với<br /> chủng prototype CH18537, tỷ lệ khác biệt tối đa<br /> của phân nhóm B lần lượt là 18,9% (khi so sánh<br /> các đoạn mã nucleotide) và 30,2% (khi so sánh<br /> các đoạn mã amino acid).<br /> Phân tích cây chủng loại cho thấy 280 phân<br /> nhóm virus A thuộc về 2 genotypes. Đa số các<br /> trình tự phân tích của phân nhóm virus A (n =<br /> 275) thuộc về genotype NA1 và chỉ có 5 virus<br /> thuộc genotype GA5.<br /> <br /> 113<br /> <br />
ADSENSE

CÓ THỂ BẠN MUỐN DOWNLOAD

 

Đồng bộ tài khoản
6=>0