intTypePromotion=1
ADSENSE

Đánh giá đa dạng di truyền loài Vên vên (Anisoptera costata Korth.) ở rừng nhiệt đới Đông Nam Bộ bằng chỉ thị phân tử SSR

Chia sẻ: _ _ | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:9

13
lượt xem
1
download
 
  Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Vên vên, Anisoptera costata, loài thực vật phân bố hẹp trong rừng nhiệt đới núi thấp Đông Nam Bộ, được đánh giá mức độ đa dạng di truyền trên cơ sở phân tích 9 locus microsatellite (SSR), từ 48 cá thể trưởng thành. Chín locus đều có kết quả đa hình, có 23 alen đã được ghi nhận cho tất cả locus nghiên cứu. Hàm lượng thông tin đa hình (PIC) cho mỗi cặp mồi đa hình trung bình 0,41 (0,24–0,51) và chỉ ra mức độ đa hình thấp.

Chủ đề:
Lưu

Nội dung Text: Đánh giá đa dạng di truyền loài Vên vên (Anisoptera costata Korth.) ở rừng nhiệt đới Đông Nam Bộ bằng chỉ thị phân tử SSR

  1. TAP CHI SINH HOC 2019, 41(2se1&2se2): 23–31 DOI: 10.15625/0866-7160/v41n2se&2se2.14159 DIVERSITY ASSESSMENT OF Anisoptera costata Korth. IN SOUTHEASTERN RAINFOREST USING SSR MARKERS Pham Mai Phuong1, Nguyen Vu Anh1, Nguyen Minh Tam2, Nguyen Thanh Tuan3, Bui Thi Tuyet Xuan4, Vu Dinh Duy1,* 1 Institute of Tropical Ecology, Vietnam-Russia Tropical Centre, Ha Noi, Vietnam 2 Vietnam National Museum of Nature, VAST, Vietnam 3 Vietnam Forestry University - Dongnai Campus, Dong Nai, Vietnam 4 Institute of Ecology and Biological Resources, VAST, Vietnam Received 10 August 2019, accepted 28 September 2019 ABSTRACT The distribution of Anisoptera costata Korth. (Dipterocarpaceae) is restricted to lowland rainforests in southeastern Vietnam. For conservation of this species, its genetic diversity was investigated based on nine microsatellites (single sequence repeat, SSR). In total, forty-eight A. costata individuals in southeastern rainforest were analyzed. Polymorphism was found in all nine loci, with a total of 23 alelles observed. The polymorphic information content (PIC) was 0.41 in average (0.21–0.51) indicating a low polymorphic value. Other measured values include discrimination power (PD = 0,43), resolving power (Rp = 3.29) and Marker index (MI = 2.1) were revealed. The SSR data of A. costata Korth. in southeast rainforest of Vietnam indicated a low genetic diversity (NA = 2.56; Ho = 0.232 and He = 0.252) with positive inbreeding value (FIS= 0.148). This study also showed the importance of conserving the genetic resources of A. costata in southeastern rainforests. The threatened status of A. costata was related to a lack of genetic diversity. All existing populations remained in isolated small forest patches. An ex-situ conservation site shoukd be established with new big populations for this species from all genetic groups to improve the fitness of the species under different environmental stresses. Keywords: Anisoptera costata, genetic diversity, microsatellites (SSR), species conservation. Citation: Pham Mai Phuong, Nguyen Vu Anh, Nguyen Minh Tam, Nguyen Thanh Tuan, Bui Thi Tuyet Xuan, Vu Dinh Duy, 2019. Diversity assessment of Anisoptera costata Korth. In southeastern rainforest using SSR markers. Tap chi Sinh hoc, 41(2se1&2se2): 23–31. https://doi.org/10.15625/0866-7160/v41n2se1&2se2.14159. * Corresponding author email: duyvu@vnmn.vast.vn/duydinhvu87@gmail.com ©2019 Vietnam Academy of Science and Technology (VAST) 23
  2. TAP CHI SINH HOC 2019, 41(2se1&2se2): 23–31 DOI: 10.15625/0866-7160/v41n2se1&2se2.14159 ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN LOÀI VÊN VÊN (Anisoptera costata Korth.) Ở RỪNG NHIỆT ĐỚI ĐÔNG NAM BỘ BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ SSR Phạm Mai Phƣơng1, Nguyễn Vũ Anh1, Nguyễn Minh Tâm2, Nguyễn Thanh Tuấn3, Bùi Thị Tuyết Xuân4, Vũ Đình Duy1,* Viện Sinh thái Nhiệt đới, Trung tâm Nhiệt đới Việt-Nga 1 2 Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam 3 Trường Đại học Lâm nghiệp phân hiệu Đồng Nai 4 Viện Sinh thái và Tài nguyên Sinh vật, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam Ngày nhận bài 10-8-2019, ngày chấp nhận 28-9-2019 TÓM TẮT Vên vên, Anisoptera costata, loài thực vật phân bố hẹp trong rừng nhiệt đới núi thấp Đông Nam Bộ, được đánh giá mức độ đa dạng di truyền trên cơ sở phân tích 9 locus microsatellite (SSR), từ 48 cá thể trưởng thành. Chín locus đều có kết quả đa hình, có 23 alen đã được ghi nhận cho tất cả locus nghiên cứu. Hàm lượng thông tin đa hình (PIC) cho mỗi cặp mồi đa hình trung bình 0,41 (0,24–0,51) và chỉ ra mức độ đa hình thấp. Các giá trị đặc điểm của mỗi cặp mồi SSR cũng được xác định: chỉ số khác nhau giữa các cặp mồi (RP = 3,29), chỉ số khác nhau giữa các cặp cá thể (PD = 0,43) và chỉ số đa dạng trung bình các băng đa hình (MI = 2,1). Dẫn liệu chỉ ra mức độ đa dạng di truyền A. costata ở rừng nhiệt đới Đông Nam bộ thấp: số alen trung bình cho một locus (NA = 2,56), hệ số gen dị hợp tử quan sát (HO = 0,232) thấp hơn hệ số gen dị hợp tử kỳ vọng (HE = 0,252) và hệ số sinh sản cận noãn là dương tính (FIS = 0,148). Kết quả nghiên cứu này khẳng định đây là nguồn gen cần được bảo tồn ở rừng nhiệt đới Đông Nam bộ. Từ khóa: Anisoptera costata, bảo tồn, đa dạng di truyền, microsatellite (SSR), Vên vên. *Địa chỉ email liên hệ: duyvu@vnmn.vast.vn/duydinhvu87@gmail.com MỞ ĐẦU của loài này càng bị suy giảm nghiêm trọng Vên vên, Anisoptera costata Korth., loài do tỷ lệ tái sinh của loài này không cao khi bị cây thường xanh thuộc họ Dầu phân cắt mạnh (Phạm Văn Hưởng, 2010). (Dipterocarpaceae), phân bố ở Indonesia, Theo các tiêu chí của Quỹ Bảo tồn Thiên Brunei, Malaysia, Philippines, Myanmar, Thái nhiên quốc tế IUCN (2019) loài A. costata Lan, Lào, Cambodia và Việt Nam (Titi & hiện được xếp ở tình trạng nguy cấp (EN). Titiek, 2007; Phạm Văn Hưởng, 2010). Ở Việt Loài này đã được đưa vào Sách Đỏ Việt Nam Nam. Loài này phân bố ở một số tỉnh Nam Bộ (2007) ở mức độ nguy cấp EN A1c,d, B1 + 2a và Tây Nguyên (Nguyễn Hoàng Nghĩa, 2005). và được pháp luật bảo vệ (nhóm IIA của nghị Loài này không chỉ quan trọng đối với hệ sinh định 32/2006/NĐ-CP). thái rừng mà còn có giá trị thương mại với các Chỉ thị phân tử (AFLP, ISSR, SSR, sản phẩm như gỗ, tinh dầu và dược phẩm RAPD,...) là một trong những kỹ thuật nghiên (Phạm Văn Hưởng, 2010). Xuất phát từ giá trị cứu đa dạng di truyền được áp dụng hiệu quả này, quần thể tự nhiên của Vên vên đang bị đe hiện nay (Lim et al., 2001; Ng et al., 2004; doạ do bị khai thác làm nguyên liệu và lấy gỗ Pandey & Geburek, 2009; Abasolo et al., (Phạm Văn Hưởng, 2010). Quần thể tự nhiên 2009; Trang & Triest 2016; Muhammad et al., 24
  3. Đánh giá đa dạng di truyền 2016; Dinh Duy Vu et al., 2017, 2018; Tam Duc et al., 2016; Trang & Triest, 2016; Dinh et al., 2019). Trong đó, chỉ thị phân tử vi vệ Duy Vu et al., 2018; Tam et al., 2019). tinh (microsatellite - SSR) được sử dụng rộng Trong khi đó, trên thế giới, đã có những rãi trong việc đánh giá đa dạng di truyền ở nghiên cứu đa dạng di truyền quần thể một cả mức độ quần thể và loài thực vật (Gupta số loài khác thuộc họ Dầu (Ujino et al., & Varshney, 2000) nhờ có các đặc tính ưu 1998; Terauchi, 1994; Ng et al., 2004); việt như sự phân bố rộng trong hệ gen, tính di Abasolo et al., 2009). Phân tích cấu trúc di truyền đồng trội, tính lặp lại, bản chất đa allen truyền sử dụng chỉ thị phân tử cho thấy mức và vị trí đặc hiệu ở nhiễm sắc thể (Li et al., độ đa dạng di truyền bị suy giảm rất cao có 2004; Varshney et al., 2005; Kalia et al., 2011; liên quan đến khả năng tăng hệ số gen đồng Rajwant et al., 2011; Vieira et al., 2016; Xu et hợp tử trong các quần thể nhỏ và hẹp, đồng al., 2017). Tuy nhiên, cho đến nay, ở Việt thời cũng chỉ ra mức độ đa dạng rất lớn Nam, những nghiên cứu về phân loại thực vật giữa các quần thể, từ đó có thể đưa ra một thường chỉ dựa vào đặc điểm hình thái, điều số biện pháp hiệu quả để phục hồi nguồn tra lâm học và nơi phân bố (Nguyễn Hoàng gen một số loài bị đe doạ tuyệt chủng. Nghĩa, 2005; Phạm Văn Hưởng, 2010). Gần VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN đây mới có những nghiên cứu về đa dạng di CỨU truyền nguồn gen cho taxon này ở Việt Nam (Tam et al., 2014; Trang et al., 2014; Bảng 1. Nguồn gốc của 48 mẫu A. costata được sử dụng trong nghiên cứu Tọa độ địa lý Số Quần thể Địa điểm thu mẫu Độ cao (so mặt mẫu Vĩ độ Kinh độ nước biển) Rừng phòng hộ Tân Phú, Tân Phú 18 11o06’ Bắc 107o25’ Đông 116–127 m Định Quán, Đồng Nai Vườn Quốc gia Lò Gò - Xa Mát 20 11o21’ Bắc 106o02’ Đông 10–20 m Xa Mát, Tây Ninh Bù Gia Vườn Quốc gia Bù Gia 10 12o12’ Bắc 107o08’ Đông 350 m Mập Mập, Bình Phước Bảng 2. Trình tự các nucleotide của 9 cặp mồi SSR Kích Nhiệt độ bắt Nguồn tài Locus Trình tự nucleotide của cặp mồi (5’-3’) Trình tự lặp thước (bp) cặp (oC) liệu F-5’-CTTCCCTAAATTCCCCAATGTT-3’ Isagi et al. Dipt01 (AG)15 193 55 R-5’-TAATGGTGTGTGTACCAGGCAT-3’ (2002) F-5’-ACAATGAAACTTGACCACCCAT-3’ Isagi et al. Dipt03 (GA)24 226 56 R-5’-CAAAAGGACATACCAGCCTAGC-3’ (2002) F-5’-TAGGGCATATTGCTTTCTCATC-3’ Isagi et al. Dipt04 (AG)15 214 55 R-5’-CTTATTGCAGTCATCAAGGGAA-3’ (2002) F-5’-TCTCAAAATCTGCAAAGACAGC-3’ Isagi et al. Dipt05 (GA)25 293 55 R-5’-CCATAGTCATCACCTCTAATGGTC-3’ (2002) F-5’-TGGCAAACAAGCTACTGTTCAT-3’ Isagi et al. Dipt06 (TA)8 258 55 R-5’-CATGGGTTTAGCAACCTACACA-3’ (2002) F-5’-CAGGAGGGGAATATGGAAAA-3’ Isagi et al. Dipt07 (AC)9 120 54 R-5’-AAGTCGTCATCTTTGGATTGC-3’ (2002) F-5’-ATGCTTACCACCAATGTGAATG-3’ Terauchi Dipt08 (GA)6 170 55 R-5’-CTCGCAGCAGAACAACTTTCTA-3 (1994) (CT)8CA(CT) F-5’-ATGTC CATGT TTGAG TG-3’ Ujino et al. Shc07 5CACCC(CTC 169 54 R-5’-CATGG ACATA AGTGG AG-3’ (1998) A)3CT(CA)10 F-5’-ATCTGTTCTTCTACAAGCC-3’ Ujino et al. Shc11 (CT)4TT(CT)5 166 54 R-5’-TTAGAACTTGAGTCAGATC-3’ (1998) 25
  4. Pham Mai Phuong et al. Mẫu lá (hoặc vỏ cây) từ 48 cá thể A. Phân tích số liệu costata từ ba tỉnh Đồng Nai, Tây Ninh và Hiệu quả của mỗi cặp mồi SSR được phân Bình Phước (bảng 1) đã được thu thập. Các tích thông qua các chỉ số PIC (Polymorphism mẫu được đánh số, bảo quản trong túi nhựa Information Content - hàm lượng thông tin đa dẻo có chứa silicagel ngay tại thực địa và hình), Rp (resolving power - chỉ số khác nhau chuyển đến phòng thí nghiệm giữ ở nhiệt độ của cặp mồi) và PD (Discrimination power - phòng cho đến khi sử dụng. Trình tự chỉ số khác biệt giữa các cặp cá thể) và MI nucleotide của 9 chỉ thị phân tử SSR sử dụng (Marker index - chỉ số đa dạng trung bình của trong nghiên cứu được tham khảo từ các các băng đa hình) được mô tả bởi Prevost và nghiên cứu của Isagi et al. (2002), Terauchi Wilkinson (1999). Sử dụng các phần mềm (1994), Ujino et al. (1998) được tổng hợp bởi GenAlex (Peakall & Smouse, 2006) và công ty IDT, Hoa Kỳ (Intergarated DNA Arlequin (Excoffer et al., 2005) đánh giá dạng Technology, USA) (bảng 2). di truyền quần thể bao gồm NA (Số alen cho Tách chiết ADN tổng số một locus), HO (Hệ số gen dị hợp tử quan sát - observed heterozygosity), HE (Hệ số gen dị Mẫu được tách chiết theo phương pháp hợp tử kỳ vọng - expected heterozygosity, FIS CTAB của Doyle & Doyle (1990) có cải tiến (Hệ số cận noãn - inbreeding coefficient) và cho phù hợp với điều kiện phòng thí nghiệm FST (Hệ số sai khác giữa các quần thể - genetic của Việt Nam. Kiểm tra độ sạch và hàm lượng differentiation). ADN tổng số bằng cách đo quang phổ hấp thụ (Nanodrop 2000) kết hợp với điện di trên gel KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN agarose 1%. ADN tổng số được pha loãng Đánh giá tính đa hình của các cặp mồi SSR dùng cho phản ứng PCR ở nồng độ 10 ng/µl. Với 9 cặp mồi microsatellite (SSR), đã Chu trình phản ứng chuỗi trùng hợp (PCR ) xác định 23 alen khác nhau, với kích thước Thể tích mỗi phản ứng PCR là 25 µl, dao động từ 100 bp đến 300 bp từ 48 cá thể trong đó chứa các thành phần và nồng độ trưởng thành. Không tìm thấy alen lặn ở tất các chất tham gia phản ứng gồm: 2 µl ADN cả các locus SSR. 9 locus nghiên cứu đều tổng số, 12,5 µl Master Mix 2X, 1 µl mồi cho kết quả đa hình với loài Vên vên ở 3 khu vực nghiên cứu. Số alen trung bình cho một xuôi 10 µM; 1 µl mồi ngược 10 µM và 9,5 locus là 2,56. Các giá trị hàm lượng thông tin µl H2O deion. Quá trình nhân bản được tiến đa hình (PIC), chỉ số sai khác giữa các cặp cá hành trên máy Gene amp PCR system 9700 thể (PD), chỉ số sai khác giữa các cặp mồi theo chu trình nhiệt như sau: (1) Biến tính (Rp) và chỉ số trung bình của các băng đa ban đầu: 94oC trong 3 phút; (2) Biến tính: hình (MI) lần lượt là 0,41; 0,43; 3,29 và 2,1, 94oC trong 1 phút; (3) Bắt cặp: 55oC trong 1 tương ứng (bảng 3). Hàm lượng thông tin đa phút; (4) Kéo dài: 72 oC trong 1 phút; (5) hình (PIC = 0,41) của loài Vên vên là cao so Lặp lại (2) đến (4) 40 chu kì; (6) Phản ứng với hàm lượng thông tin đa hình của loài Dầu kết thúc hoàn toàn: 72 oC trong 10 phút; (7) mít (PIC = 0,207) (Nguyễn Minh Đức và Giữ sản phẩm PCR ở 4oC. Điện di sản phẩm nnk., 2017) và loài Dầu nước (PIC = 0,218) PCR trên gel polyacrylamide 8% trong 40 (Vũ Đình Duy và Bùi Thị Tuyết Xuân, 2014). ml dung dịch đệm 1xTAE trên bộ điện di Tuy nhiên giá trị này của loài Vên vên lại Sequi-Gen (BIO-RAD, Hoa Kỳ), nhuộm thấp hơn loài Dầu song nàng (PIC = 0,459) GelRedTM Nucleotic Acid Gel Stain và chụp (Nguyễn Thị Hải Hà và nnk., 2016). Các cặp ảnh trên máy soi gel BioDocAnalyze mồi SSR được phân tích ở loài Vên vên sản (BIOMETRA, Đức). Kích thước alen được sinh ra số băng đa hình (MI = 2,1) cao hơn xác định bởi phần mềm Gel-Analyzer loài Dầu song nàng (MI = 1,19) (Nguyễn Thị GenoSens1850 (Clinx Sci. Instruments Co. Hải Hà và nnk., 2016) và loài Dầu mít (MI = Ltd, Trung Quốc) với thang marker DNA 20 3,89) (Nguyễn Minh Đức và nnk., 2017). Các bp (Invitrogen, CHLB Đức). giá trị này đã phản ánh các cặp mồi SSR 26
  5. Đánh giá đa dạng di truyền trong nghiên cứu đã cung cấp những thông dạng di truyền A. costata. tin có giá trị hữu ích để đánh giá mức độ đa Bảng 3. Số alen và các giá trị PIC, PD, Rp và MI cho các locus đa hình Locus Số alen PIC PD Rp MI Dipt01 3 0,43 0,42 4,60 2,1 Dipt03 3 0,51 0,63 2,86 2.8 Dipt04 3 0,48 0,57 3,25 2,6 Dipt05 2 0,33 0,41 3,66 1,2 Dipt06 2 0,29 0,39 2,68 1,6 Dipt07 2 0,24 0,47 3,32 1,9 Dipt08 3 0,39 0,32 2,80 2,5 Shc07 3 0,50 0,36 3,32 2,6 Shc11 2 0,48 0,32 3,11 1,4 TB 2,56 0,41 0,43 3,29 2,1 Ghi chú: PIC: Hàm lượng thông tin đa hình, PD: Chỉ số sai khác giữa các cặp cá thể, Rp: Chỉ số sai khác của mỗi cặp mồi và MI: Chỉ số đa dạng trung bình của các băng đa hình. Đa dạng di truyền quần thể phòng hộ Tân Phú (HO = 0,252), cao hơn so Giá trị đa dạng di truyền quần thể của A. với hệ số này ở loài từ Vườn quốc gia Bù Gia costatathu từ rừng nhiệt đới núi thấp Đông Mập (HO = 0,196), và Vườn quốc gia Lò Gò - Nam Bộ được trình bày ở bảng 4. Kết quả cho Xa Mát (HO = 0,248). Tương tự, hệ số gen dị thấy, giá trị đa dạng di truyền của A. costata ở hợp tử lý thuyết ở rừng phòng hộ Tân Phú là rừng phòng hộ Tân Phú (HO và HE) cao hơn 0,275, trong khi đó hệ số này cao hơn ở VQG so sánh với loài này ở Vườn quốc gia (VQG) Bù Gia Mập (HE = 0,216) và VQG Lò Gò - Xa Bù Gia Mập và Vườn quốc gia Lò Gò - Xa Mát (HE = 0,266). Mát. Hệ số gen dị hợp tử quan sát ở rừng Bảng 4. Các giá trị HO, HE và FIS của các quần thể A. costata ở Đông Nam Bộ Quần thể Kích thước quần thể HO HE FIS Giá trị P Tân Phú 18 0,252 0,275 0,113 ns Bù Gia Mập 20 0,196 0,216 0,095 ns Lò Gò - Xa Mát 10 0,248 0,266 0,235 0,05 Trung bình 0,232 0,252 0,148 Ghi chú: HO: Hệ số gen dị hợp tử quan sát, HE: Hệ số gen dị hợp tử kỳ vọng, FIS: Hệ số sinh sản cận noãn, P: Mức ý nghĩa, ns: Không có ý nghĩa. Hệ số sinh sản cận noãn (FIS) là sự gia chịu của quần thể. Kết quả nghiên cứu được tăng tỉ lệ các cá thể mang gen đồng hợp tử chỉ ra ở bảng 3 cho thấy hệ số cận noãn thấp trong quần thể không thuần chủng. Đây cũng được tìm thấy ở cả 3 quần thể Vên vên, trung là mức giảm dự kiến trong suốt quá trình giao bình FIS = 0,148. Hệ số cận noãn được tìm phối giữa các kiểu gen dị hợp. Hệ số cận noãn thấy ở Tân Phú là 0,113, thấp hơn so với hệ số trong khoảng từ 0 (đối với các cá thể dị hợp) này ở VQG Lò Gò - Xa Mát (FIS = 0,235, p = đến 1 (đối với các cá thể đồng hợp hoàn toàn). 0,05) và cao hơn so với VQG Bù Gia Mập Giao phối gần tạo ra sự gia tăng tỉ lệ đồng hợp (FIS = 0,095). Kết quả này có thể cho thấy hiện tử lặn, dẫn đến biểu hiện của một số alen lặn tượng giao phối cận noãn diễn ra trong quần có hại bẩm sinh, do đó làm giảm sức chống thể A. costata ở Đông Nam Bộ. 27
  6. Pham Mai Phuong et al. Tỷ lệ dị hợp tử là chỉ số đánh giá mức độ (NA=11,0–11,4; Ng et al., 2004), đa dạng di truyền của quần thể, phản ánh tiềm Dryobalanops aromatic (NA = 5,1; Lim et al., năng di truyền và khả năng thích ứng của 2001). Tuy nhiên, cũng có kết quả di truyền nguồn gen (Lê Sơn et al., 2012). Kết quả đa của loài Dầu rái (Dipterocarpus alatus) ở Thái dạng di truyền của A. costata ở Đông Nam Bộ Lan thấp hơn (HO = 0,088, HE = 0,092; (HO = 0,232 và HE = 0,252) đều tương tự so Changtragoon, 2001) loài A. costata trong với một số loài Dầu khác ở Việt Nam, như nghiên cứu này. Dầu rái (Dipterocarpus alatus) với HO = 0,209 Ngoài ra, mức độ khác nhau giữa các cặp và HE = 0,239 (Tam et al., 2014); Sao đen quần thể nghiên cứu (FST) cũng được xác định (Hopea odorata) với HO = 0,366 và HE = và chỉ ra rằng hầu hết sự khác nhau này đều 0,356 (Trang et al., 2014). Khi so sánh đa có ý nghĩa với p < 0,05 (bảng 5). Giá trị khác dạng di truyền của loài A. costata với một số loài khác thuộc họ Dầu trên thế giới cũng chỉ nhau giữa các cặp quần thể dao động từ 0,418 ra mức độ di truyền thấp hơn nhiều so với loài giữa quần thể từ hai VQG Bù Gia Mập và Lò Shorea leprosula (HO = 0,63–0,66, HE = 0,69– Gò - Xa Mát đến 0,586 giữa Tân Phú và Bù 0,71; Ng et al., 2004), Parashorea Gia Mập, trung bình 0,476, (p < 0,05) và dòng malaanonan (HO = 0,26, HE = 0,46; Abasolo et gen trao đổi (gene flow) giữa các quần thể, al., 2009). Bên cạnh đó, số alelle cho một trung bình 0,46. Kết quả này chỉ ra giữa các locus (NA) ở loài A. costata nghiên cứu cũng nơi thu thập loài A. costata ở trạng thái cô lập, thấp hơn nhiều so với loài S. leprosula sự trao đổi di truyền rất thấp. Bảng 5. Mức độ khác nhau di truyền giữa các quần thể (FST) ở Đông Nam Bộ Quần thể Tân Phú Bù Gia Mập Lò Gò - Xa Mát Tân Phú - + + Bù Gia Mập 0,586 - ns Lò Gò - Xa Mát 0,423 0,418 - Ghi chú: +: Mức ý nghĩa P < 0,05; ns: Không có ý nghĩa. Như vậy, suy giảm rừng liên quan đến độ đa dạng di truyền thấp (NA = 2,56; HO = phân cắt sinh cảnh, suy giảm nơi sống của loài 0,232 và HE = 0,252). Kết quả này phản ánh A. costata là những nguyên nhân chủ yếu và số lượng cá thể của A. costata ở Đông Nam có thể giải thích mức độ đa dạng di truyền Bộ rất thấp, chủ yếu tập trung ở 3 khu bảo thấp của loài này ở cả 3 khu vực nghiên cứu. tồn, rừng phòng hộ Tân Phú (Đồng Nai), hai Số lượng cá thể của A. costata ở mỗi khu vực VQG Bù Gia Mập (Bình Phước) và Lò Gò - chỉ còn khoảng 30 cá thể trưởng thành và chỉ Xa Mát (Tây Ninh). tìm thấy ở mảnh rừng thứ sinh đã được phục Trong thời gian khảo sát, cây con tái hồi sau khai thác. Không tìm thấy cây tái sinh sinh không được tìm thấy ở cả 3 khu vực của loài này ở cả 3 khu vực nghiên cứu. Rõ nghiên cứu. Để góp phần bảo tồn A. costata ràng, số lượng cá thể thấp có thể ảnh hưởng ở rừng nhiệt đới núi thấp Đông Nam Bộ, đến số lượng alen của A. costata. Như vậy, bảo tồn chuyển vị là giải pháp cấp bách hiện quần thể nhỏ cũng dẫn đến quan hệ cận noãn nay. Phương pháp này sẽ làm tăng số lượng giữa các cá thể ở cùng một nơi sống và chỉ ra cá thể hiện có trong tự nhiên hoặc có thể tạo mức độ thiếu hụt hệ số gen di hợp tử của loài ra quần thể mới có kích thước lớn hơn có này ở cả 3 khu vực nghiên cứu. thể duy trì tính đa dạng di truyền cao và có KẾT LUẬN khả năng chịu đựng tốt trong môi trường bất lợi. Kết quả nghiên cứu đa dạng di truyền loài Anisoptera costata ở rừng nhiệt đới Lời cảm ơn: Nghiên cứu được hỗ trợ kinh phí Đông Nam Bộ đã chỉ ra loài này duy trì mức từ quỹ Bảo tồn loài Mohamed bin Zayed cho 28
  7. Đánh giá đa dạng di truyền Vu Dinh Duy (2019–2020), mã số dự án Duc N. M., Duy V. D., Xuan B. T., Thang B. (180518329). V., Ha N. T., Tam N. M., 2016. Genetic structure of the threatened Dipterocarpus TÀI LIỆU THAM KHẢO costatus populations in lowland tropical Abasolo M. A., Fernando E. S., Borromeo T. rainforests of southern Vietnam. Genet. H., Hautea D. M., 2009. Cross-species Mol. Res., 15(4):15048821 amplification of Shorea microsatellite DNA markers in Parashorea malaanonan Excoffer L., Laval G., Schneider S., 2005. (Dipterocarpaceae). Philippine J. of Sci., Arlequin ver. 3.0: an intergrated 138(1): 23–28. software package for population genetics data analysis. Evol. Bioinform. Bộ Khoa học Công nghệ, Viện Hàn lâm Khoa Online, 1: 47–50. học và Công nghệ Việt Nam. 2007. Sách đỏ Việt Nam. Phần 2: Thực vật. Nxb Gupta P. K., Varshney R. K., 2000. The Khoa học tự nhiên và Công nghệ Việt development and use of microsatellite Nam. Tr. 289–290 markers for genetic analysis and plant breeding with emphasis in bread wheat. Changtragoon S., 2001. Evaluating genetic Euphytica, 113: 63–185 diversity of Dipterocarpus alatus genetic resources in Thailand using isozyme gene Isagi V., Kenta T., Nakashizuka T., 2002. markers. In In-situ and Ex-situ Microsatellite loci for a tropical emergent conservation of commercial tropical trees tree, Dipterocarpus tempehes V. S1 (Thielges BA, Sastrapradja SD and (Dipterocarpaceae). Mol. Ecol. Notes, 2(1): Rimbawanto A, eds). Gadjah Mada Univ. 12–13. Yogyekarta, 349–354. IUCN, 2019. IUCN red list of threatened Chính Phủ nước CHXHCN Việt Nam, Nghị species: version 1. định 32/2006/NĐ-CP, 2006. Nghị định Kalia R. K., Rai M. K., Kalia S., Singh R., của Chính phủ ngày 30 tháng 3 năm 2006 Dhawan A. K., 2011. Microsatellite markers: về quản lý thực vật rừng, động vật rừng an overview of the recent progress in plants. nguy cấp, quý, hiếm. Euphytica, 177: 309–334. Dinh Duy Vu, Thi Tuyet Xuan Bui., Minh Li Y.C., Korol A.B., Fahima T., Nevo E., Duc Nguyen, Syed Noor Muhammad 2004. Microsatellites within genes: Shah, Dinh Giap Vu, Yi Zhang, Minh structure, function, and evolution. Tam Nguyen, Xiao Hua Huang, 2018. Genetic diversity and conservation of two Molecular Biology and Evolution, 21: threatened dipterocarps (Dipterocarpaceae) 991–1007. in southeast Vietnam. Journal of Forestry Lim L. S., Wickneswari R., Lee S. L., Latiff Research. Published Online: 2 July 2018. A., 2001. Genetic structure of natural https://doi.org/10.1007/s11676-018-0735-1. populations of Dryobalanops aromatic Dinh Duy Vu., Thi Tuyet Xuan Bui., Minh Gaertn. F. (Dipterocarpaceae) in Tam Nguyen., Dinh Giap Vu., Minh Duc Peninsular Malaysia. In In-situ and Ex- Nguyen., Van Thang Bui., Xiaohua situ conservation of commercial tropical Huang., Yi Zhang., 2017. Genetic trees (Thielges BA, Sastrapradja SD and diversity in two threatened species in Rimbawanto A, eds). Gadjah Mada Univ. Vietnam: Taxus chinensis and Taxus Yogyekarta, 309–324. wallichiana. Journal of Forestry Lê Sơn, Dương Thị Hoa, Hà Huy Thịnh, 2012. Research, 28(2):265–272. Đánh giá tính đa dạng di truyền các vườn Doyle J. J., Doyle J. L., 1990. Isolation of giống vô tính Keo tai tượng bằng chỉ thị vi plant DNA from fresh tissue. Focus, 12: vệ tinh. Tạp chí Khoa học Lâm nghiệp 1: 13–15. 2077–2084 29
  8. Pham Mai Phuong et al. Muhammad A. J., Cannon C. H., Peakall R., Smouse P. E., 2006. Genalex 6: Wickneswari R., 2016. Cross specific genetic analysis in excel. Population amplification of microsatellite DNA genetic software for teaching and research. markers in Shorea platyclados. J. For. Mol. Ecol. Notes, 6: 208–295. Res., 27(1): 27–32 Phạm Văn Hưởng, 2010. Nghiên cứu đặc tính Ng K. K. S., Lee S. L., Koh C. L., 2004. sinh thái của cây tái sinh Vên Vên Spatial structure and genetic diversity of (Anisoptera cochinchinensis Pierre) trong two tropical tree species with contrasting kiểu rừng kiểu thường xanh và nửa rụng lá breeding systems and different ploidy ẩm nhiệt đới ở Đồng Nai. Khoa học Lâm levels. Mol. Ecol., 13(3): 657–69. nghiệp, 3: 1–12 Nguyễn Hoàng Nghĩa, 2005. Cây họ Dầu Prevost A., Wilkinson M. J., 1999. A new (Dipterocarpaceae) ở Việt Nam. Nxb system of comparing PCR primers applied Nông nghiệp, Hà Nội. to ISSR finger of potato cultivars. Heor. Nguyễn Minh Đức, Vũ Đình Duy, Trần Thị Appl. Genet., 98: 107–112. Việt Thanh, Nguyễn Thị Ngân, Nguyễn Tam N. M., Duy V. D., Duc N. M., Thanh T. Thị Hải Hà, Nguyễn Thị Phương Trang, T. V., Hien D. P., Trang N. T. P., Hong N. Bùi Thị Tuyết Xuân, Nguyễn Minh Tâm. P. L., Thanh N. T., 2019. Genetic 2017. Đánh giá chỉ thị SSR và hiện tượng variation and outcrossing rates of the thắt cổ chai ở quần thể Dầu mít trong rừng endangered tropical species Dipterocarpus nhiệt đới Đông Nam bộ. Tạp chí Công dyeri. Journal of Tropical Forest Science, nghệ Sinh học, 15(3): 497–504. 31(2): 259–267 Nguyen Minh Tam, Vu Dinh Duy, Nguyen Terauchi R., 1994. A polymorphic Minh Duc, Vu Dinh Giap, Bui T. Tuyet microsatellite marker from the tropical Xuan, 2014. Genetic variation in and tree Dryobalanops lanceolata spatial structure of natural populations of (Dipterocarpaceae). The Japanese Journal Dipterocarpus alatus (Dipterocarpaceae) of Genetics, 69(5): 567–576. determined using single sequence repeat markers. Genet. Mol. Research.,13(3): Titi K., Titiek S., 2007. An oveview on the 5378–5386. conservation status of Mersawa (Anisoptera costata Korth.) in Java. Journal of Forestry Nguyễn Thị Hải Hà, Nguyễn Minh Đức, Đặng Research, 4(2): 105–108. Phan Hiền, Vũ Đình Duy, Nguyễn Lê Anh Tuấn, Trương Hữu Thế, Phạm Quý Đôn, Trang N. T. P. and Triest L., 2016. Genetic Nguyễn Minh Tâm, 2016. Đa dạng di structure of the threatened Hopea truyền loài Dầu song (Dipterocarpus dyeri) chinensis in the Quang Ninh Province, ở rừng phòng hộ Tân Phú, Đồng Nai. Tạp Vietnam. Genetics and Molecular chí Sinh học, 38(1): 81–88. Research: GMR, 15(2): 1–13. Nguyen Thi Phuong Trang, Tran Thu Huong, Ujino T., Kawahara T., Tsumara Y., Nguyen Minh Duc, Sierens Tim, Ludwig Nagamitsu T., Yoshimaru H., Ratnam W., Triest. 2014. Genetic population of 1998. Development and polymorphism of threatened Hopea odorata Roxb. In the simple sequence repeat DNA markers for protected areas of Vietnam. J. Viet. Env., Shorea curtisii and other 6(1): 69–76. Dipterocarpaceae species. Heredity, 81: Pandey M., Geburek T., 2009. Successful 422–428. cross-amplification of Shorea Varshney R. K., Graner A., Sorells M. E., microsatellites reveals genetic variation in 2005. Genetic microsatellite markers in the tropical tree, Shorea robusta Gaertn. plants: features and application. Trends in Hereditas, 146: 29–32 Biotechnology, 23: 48–55 30
  9. Đánh giá đa dạng di truyền Vieira M. L. C., Santini L., Diniz A. L., G. Don) ở tỉnh Đồng Nai. Tạp chí Khoa Munhoz C. F., 2016. Microsatellite học và Công nghệ, 52(2D): 276–284. markers: what they mean and why they Xu M., Liu X., Wang J. W., Teng S. Y., Shi J. are so useful. Genetics and Molecular Q., Li Y. Y., Huang M. R., 2017. Biology, 39: 312–328. Transcriptome sequencing and Vũ Đình Duy, Bùi Thị Tuyết Xuân. 2014. development of novel genic SSR markers Đánh giá đa dạng di truyền nguồn gen loài for Dendrobium officinale. Molecular Dầu nước (Dipterocarpus alatus Roxb. ex Breeding, 37: 18 31
ADSENSE

CÓ THỂ BẠN MUỐN DOWNLOAD

 

Đồng bộ tài khoản
2=>2