Link xem tivi trực tuyến nhanh nhất xem tivi trực tuyến nhanh nhất xem phim mới 2023 hay nhất xem phim chiếu rạp mới nhất phim chiếu rạp mới xem phim chiếu rạp xem phim lẻ hay 2022, 2023 xem phim lẻ hay xem phim hay nhất trang xem phim hay xem phim hay nhất phim mới hay xem phim mới link phim mới

Link xem tivi trực tuyến nhanh nhất xem tivi trực tuyến nhanh nhất xem phim mới 2023 hay nhất xem phim chiếu rạp mới nhất phim chiếu rạp mới xem phim chiếu rạp xem phim lẻ hay 2022, 2023 xem phim lẻ hay xem phim hay nhất trang xem phim hay xem phim hay nhất phim mới hay xem phim mới link phim mới

intTypePromotion=1
ADSENSE

Kết quả ngoại kiểm chuẩn xét nghiệm đột biến gen EGFR năm 2014 và 2015 tại Bệnh viện Bạch Mai

Chia sẻ: Ni Ni | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:11

81
lượt xem
1
download
 
  Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Mục tiêu nghiên cứu của bài viết nhằm chuẩn hóa kỹ thuật và xác định tính chính xác của xét nghiệm đột biến gen EGFR bằng kỹ thuật Strip Assay đang thực hiện tại Đơn vị Gen Trị liệu, Bệnh viện Bạch Mai. Phương pháp: 29 mẫu bệnh phẩm do Mạng lưới Kiểm soát Chất lượng Di truyền học Phân tử châu Âu.

Chủ đề:
Lưu

Nội dung Text: Kết quả ngoại kiểm chuẩn xét nghiệm đột biến gen EGFR năm 2014 và 2015 tại Bệnh viện Bạch Mai

T¹p chÝ y - d−îc häc qu©n sù sè 1-2017<br /> <br /> KẾT QUẢ NGOẠI KIỂM CHUẨN XÉT NGHIỆM ĐỘT BIẾN GEN EGFR<br /> NĂM 2014 VÀ 2015 TẠI BỆNH VIỆN BẠCH MAI<br /> Ph m C m Ph ơng*; Mai Tr ng Khoa*; Nguy n Ti n Lung*<br /> TÓM TẮT<br /> Mục tiêu: chuẩn hóa kỹ thuật và xác định tính chính xác của xét nghiệm đột biến gen EGFR<br /> bằng kỹ thuật Strip Assay đang thực hiện tại Đơn vị Gen Trị liệu, Bệnh viện Bạch Mai. Phương<br /> pháp: 29 mẫu bệnh phẩm do Mạng lưới Kiểm soát Chất lượng Di truyền học Phân tử châu Âu<br /> (The European Molecular Genetics Quality Network - EMQN) và Hệ thống Ngoại kiểm Chất<br /> lượng Vương quốc Anh (UK National External Quality Assessment Schemes - UK NEQAS)<br /> cung cấp năm 2014, 2015 để xác định đột biến gen EGFR bằng kít EGFR StripAssay®<br /> (ViennaLab). Các kết quả này sẽ được gửi trả trực tuyến và các tổ chức này đánh giá, công bố<br /> kết quả. Kết quả: cả 29 mẫu kiểm chuẩn thực hiện đều cho kết quả chính xác với công bố của<br /> EMQN và UK NEQAS (đạt 100%). Kết luận: kỹ thuật xét nghiệm sử dụng kít EGFR StripAssay®<br /> và thiết bị hiện có tại Đơn vị Gen Trị liệu, Bệnh viện Bạch Mai đảm bảo tiêu chuẩn để phát hiện<br /> đột biến gen EGFR. Các xét nghiệm này có độ chính xác cao, ổn định, từ đó cung cấp thông tin<br /> chính xác cho bác sỹ lâm sàng chẩn đoán và lập điều trị cho bệnh nhân (BN) ung thư phổi<br /> (UTP) không tế bào nhỏ.<br /> * Từ khóa: Ung thư phổi không tế bào nhỏ; Đột biến gen EGFR; Ngoại kiểm kiểm tra chất<br /> lượng xét nghiệm.<br /> <br /> The Results of External Quality Assessment of EGFR Mutations<br /> Testing at Bachmai Hospital<br /> Summary<br /> Objectives: To standardize the technique and assess the realibility of EGFR mutations tests<br /> by Strip Assay technique at the Gene Therapy Unit, Bachmai Hospital. Methods: 29 samples for<br /> external quality assessment which obtained from the European Molecular Genetics Quality<br /> Network (EMQN) and UK National External Quality Assessment Schemes (UK NEQAS) from<br /> 2014 to 2015 were detected EGFR mutations by EGFR StripAssay® (ViennaLab), these results<br /> were submited online and compared with validated results. Results: All of samples had same<br /> results with publication of EMQN and UK NEQAS (100% efficiency). Conclusion: EGFR mutations<br /> tests with EGFR StripAssay® kit and equipment available at the Gene Therapy Unit, Bachmai<br /> Hospital ensure the quality to detect EGFR mutations. These tests have high accuracy, providing<br /> more details for clinicians in diagnosis and treatment of non-small lung cancer management.<br /> * Key words: Non-small cell lung cancer; EGFR mutation; External quality assessment.<br /> * Bệnh viện Bạch Mai<br /> Ng i ph n h i (Corresponding): Ph m C m Ph ơng (camphuongmd@yahoo.com)<br /> Ngày nh n bài: 04/07/2016; Ngày ph n bi n đánh giá bài báo: 13/12/2016<br /> Ngày bài báo đ c đăng: 23/12/2016<br /> <br /> 47<br /> <br /> T¹p chÝ y - d−îc häc qu©n sù sè 1-2017<br /> ĐẶT VẤN ĐỀ<br /> Ung thư phổi là bệnh ung thư phổ biến<br /> trên thế giới và ở Việt Nam. Hiện nay, có<br /> nhiều tiến bộ trong chẩn đoán (sinh học<br /> phân tử, tế bào…) và điều trị bệnh UTP<br /> (phẫu thuật, xạ trị, hóa trị, điều trị đích…),<br /> do đó đã nâng cao hiệu quả điều trị và cải<br /> thiện chất lượng sống cho người bệnh.<br /> Một trong những tiến bộ trong chẩn<br /> đoán là xét nghiệm đột biến gen EGFR<br /> (Epidermal Growth Factor Receptor: thụ<br /> thể yếu tố phát triển biểu mô). Gen EGFR<br /> này đóng vai trò quan trọng trong hoạt<br /> động chức năng phát triển và biệt hóa<br /> của tế bào. Đột biến EGFR dẫn đến tăng<br /> biểu hiện hoặc tăng cường hoạt động của<br /> EGFR được phát hiện trong nhiều loại<br /> bệnh ung thư trong đó có UTP.<br /> Hiện nay, đã có nhiều bước tiến quan<br /> trọng trong điều trị, như sự ra đời của các<br /> thuốc điều trị đích (kháng thể đơn dòng,<br /> thuốc phân tử nhỏ, ức chế vùng tyrosine<br /> kinase [tyrosine kinase inhibitor - TKI] của<br /> thụ thể yếu tố tăng trưởng biểu mô) đã<br /> được sử dụng để điều trị cho BN UTP<br /> không tế bào nhỏ. Các nghiên cứu trên<br /> thế giới và tại Việt Nam đã cho thấy BN<br /> có đột biến EGFR có thời gian sống thêm<br /> không bệnh tiến triển (progression-free<br /> survival - PFS) và thời gian sống thêm<br /> toàn bộ (overall survival - OS) cao hơn<br /> BN không có đột biến EGFR khi được<br /> điều trị bằng các thuốc TKI [1, 2]. Vì vậy,<br /> xét nghiệm đột biến gen EGFR cho BN<br /> UTP không tế bào nhỏ thực sự cần thiết<br /> để các bác sỹ lâm sàng lựa chọn phương<br /> án điều trị tối ưu nhất cho người bệnh.<br /> 48<br /> <br /> Hiện nay, có nhiều phương pháp khác<br /> nhau để xét nghiệm đột biến gen EGFR<br /> như giải trình tự gen (giải trình tự Sanger<br /> hoặc pyrosequencing), real time PCR<br /> (ví dụ kít therascreen - Qiagen), lai đầu dò<br /> (Strip Assay - ViennaLab)… Mỗi phương<br /> pháp đều có những ưu nhược điểm riêng:<br /> các kít therascreen, Strip Assay có độ<br /> nhạy cao, nhưng chỉ phát hiện được số<br /> lượng đột biến giới hạn theo thiết kế kít;<br /> trong khi các phương pháp giải trình tự có<br /> khả năng phát hiện đột biến mới, hiếm<br /> gặp, nhưng đòi hỏi số lượng tế bào mang<br /> đột biến trong mẫu phân tích lớn [3]. Do<br /> vậy, các phương pháp xét nghiệm này có<br /> thể cho kết quả khác nhau trên cùng một<br /> mẫu phân tích. Vì vậy, việc ngoại kiểm tra<br /> chất lượng xét nghiệm có vai trò đặc biệt<br /> quan trọng trong đánh giá khả năng phát<br /> hiện đột biến gen EGFR.<br /> Nhằm chuẩn hóa kỹ thuật, đồng thời<br /> xác định tính chính xác và tính ổn định<br /> của xét nghiệm đột biến gen EGFR, Đơn<br /> vị Gen Trị liệu, Bệnh viện Bạch Mai đã<br /> tham gia các đợt ngoại kiểm chuẩn chất<br /> lượng xét nghiệm của Mạng lưới EMQN<br /> và Hệ thống UK NEQAS, đều có trụ sở tại<br /> Thành phố Manchester, Anh.<br /> ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP<br /> NGHIÊN CỨU<br /> 1. Đối tượng nghiên cứu.<br /> 29 mẫu bệnh phẩm UTP không tế bào<br /> nhỏ nhận được từ EMQN (10 mẫu năm<br /> 2014, 10 mẫu năm 2015) và UK NEQAS<br /> (9 mẫu năm 2015). Các mẫu này đều<br /> được cố định bằng formalin và đúc paraffin<br /> (formalin-fixed, paraffin-embedded - FFPE)<br /> <br /> T¹p chÝ y - d−îc häc qu©n sù sè 1-2017<br /> để làm tiêu bản HE và phân tích đột biến<br /> gen EGFR. Đây là các mẫu mù, gửi cho<br /> tất cả các phòng thí nghiệm đăng ký tham<br /> gia ngoại kiểm, trong đó tình trạng đột<br /> biến gen EGFR xác định trước đó từ một<br /> phòng thí nghiệm chuẩn.<br /> 2. Phương pháp nghiên cứu.<br /> * Địa điểm nghiên cứu: Đơn vị Gen Trị<br /> liệu, Trung tâm Y học Hạt nhân và Ung<br /> bướu - Bệnh viện Bạch Mai.<br /> * Thời gian nghiên cứu: năm 2014 2015.<br /> * Phương pháp nghiên cứu: đối chiếu<br /> kết quả phân tích đột biến EGFR tại Bệnh<br /> viện Bạch Mai với kết quả của các tổ<br /> chức ngoại kiểm.<br /> * Thiết bị, vật tư, hóa chất:<br /> - Thiết bị: thiết bị cơ bản của phòng thí<br /> nghiệm sinh học phân tử như bộ pipet<br /> kèm giá đỡ (Eppendorf Research Plus),<br /> máy ly tâm lạnh (Eppendorf 5424R),<br /> máy ủ nhiệt kèm lắc rung (Eppendorf<br /> Thermomixer comfort), máy định lượng<br /> ADN theo nguyên tắc huỳnh quang<br /> (Qubit® 2.0 Fluorometer), máy PCR<br /> (Eppendorf Mastercycler pro S)…<br /> - Hóa chất: kít tách ADN từ mô FFPE<br /> (PureLink® Genomic DNA Mini Kit,<br /> Invitrogen), kít định lượng ADN theo<br /> nguyên tắc huỳnh quang (Qubit™ dsDNA<br /> HS, Molecular Probes), kít xác định đột<br /> biến gen EGFR (EGFR StripAssay®,<br /> ViennaLab)…<br /> - Vật tư tiêu hao: vật tư cần thiết được<br /> các hãng uy tín cung cấp: ống PCR; ống<br /> ly tâm 1,7 ml; đầu tip 10, 20, 200, 1.000 µl<br /> (Corning); ống Qubit assay (Invitrogen)…<br /> <br /> * Các bước tiến hành: 29 mẫu bệnh<br /> phẩm được thực hiện xét nghiệm đột biến<br /> EGFR theo quy trình như sau: tách ADN<br /> từ mô FFPE (sử dụng kít PureLink®<br /> Genomic DNA Mini Kit, Hãng Invitrogen),<br /> định lượng ADN (Qubit™ dsDNA HS,<br /> Molecular Probes), khuếch đại đoạn gen<br /> quan tâm bằng phản ứng PCR và lai sản<br /> phẩm khuếch đại với đầu dò đặc hiệu<br /> (EGFR StripAssay®, ViennaLab), phân tích<br /> kết quả (sử dụng phần mềm StripAssay®<br /> Evaluator, ViennaLab).<br /> * Đối chiếu kết quả: kết quả phân tích<br /> được gửi trực tuyến cho EMQN và UK<br /> NEQAS. Sau đó, các tổ chức này sẽ so<br /> sánh kết quả của Bệnh viện Bạch Mai với<br /> kết quả xét nghiệm đã biết trước, từ đó sẽ<br /> phân tích, đánh giá về chất lượng xét<br /> nghiệm EGFR tại Đơn vị Gen Trị liệu,<br /> Bệnh viện Bạch Mai.<br /> KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ<br /> BÀN LUẬN<br /> 1. Kết quả ngoại kiểm của EMQN<br /> năm 2014.<br /> Việc ngoại kiểm tra chất lượng xét<br /> nghiệm có vai trò đặc biệt quan trọng<br /> trong đánh giá khả năng phát hiện đột<br /> biến gen EGFR. Nhằm chuẩn hóa kỹ<br /> thuật, đồng thời xác định tính chính xác<br /> và tính ổn định của xét nghiệm đột biến<br /> gen EGFR, Đơn vị Gen Trị liệu, Bệnh viện<br /> Bạch Mai đã tham gia các đợt ngoại kiểm<br /> của hai tổ chức kiểm chuẩn chất lượng<br /> xét nghiệm uy tin trên thế giới: EMQN (từ<br /> năm 2014) và UK NEQAS (từ năm 2015).<br /> 49<br /> <br /> T¹p chÝ y - d−îc häc qu©n sù sè 1-2017<br /> Bảng 1: Kết quả phân tích đột biến gen EGFR trên các mẫu kiểm chuẩn EMQN 2014.<br /> Mã bệnh<br /> phẩm<br /> <br /> Chẩn đoán<br /> <br /> Vị trí/phương pháp<br /> lấy mẫu<br /> <br /> Kết quả của<br /> EMQN<br /> <br /> Kết quả phân tích<br /> tại Đơn vị Gen Trị<br /> liệu<br /> <br /> 01.6127774<br /> <br /> UTP (biểu mô<br /> tuyến)<br /> <br /> U thùy trên phổi phải<br /> (phẫu thuật)<br /> <br /> Không phát hiện<br /> đột biến<br /> <br /> Không phát hiện<br /> đột biến<br /> <br /> 02.6130768<br /> <br /> UTP (biểu mô<br /> tuyến)<br /> <br /> Phế quản (sinh thiết)<br /> <br /> Đột biến L858R<br /> (exon 21)<br /> <br /> Đột biến L858R<br /> (exon 21)<br /> <br /> 03.6153218<br /> <br /> UTP (biểu mô<br /> tuyến)<br /> <br /> U thùy trên phổi phải<br /> (phẫu thuật)<br /> <br /> Đột biến G719S<br /> (exon 18)<br /> <br /> Đột biến G719S<br /> (exon 18)<br /> <br /> 04.6126965<br /> <br /> EMQN không<br /> cung cấp<br /> <br /> EMQN không cung<br /> cấp<br /> <br /> Không phát hiện<br /> đột biến<br /> <br /> Không phát hiện<br /> đột biến<br /> <br /> 05.6127265<br /> <br /> EMQN không<br /> cung cấp<br /> <br /> EMQN không cung<br /> cấp<br /> <br /> Không phát hiện<br /> đột biến<br /> <br /> Không phát hiện<br /> đột biến<br /> <br /> 06.6130038<br /> <br /> EMQN không<br /> cung cấp<br /> <br /> EMQN khôngcung cấp<br /> <br /> Không phát hiện<br /> đột biến<br /> <br /> Không phát hiện<br /> đột biến<br /> <br /> 07.6130241<br /> <br /> EMQN không<br /> cung cấp<br /> <br /> EMQN không cung<br /> cấp<br /> <br /> Đột biến<br /> E746_A750del<br /> (exon 19)<br /> <br /> Đột biến<br /> E746_A750del<br /> (exon 19)<br /> <br /> 08.6126384<br /> <br /> EMQN không<br /> cung cấp<br /> <br /> EMQN không cung<br /> cấp<br /> <br /> Đột biến L861Q<br /> (exon 21)<br /> <br /> Đột biến L861Q<br /> (exon 21)<br /> <br /> 09.6161625<br /> <br /> EMQN không<br /> cung cấp<br /> <br /> EMQN không cung<br /> cấp<br /> <br /> Đột biến L858R<br /> (exon 21)<br /> <br /> Đột biến L858R<br /> (exon 21)<br /> <br /> 10.6161844<br /> <br /> EMQN không<br /> cung cấp<br /> <br /> EMQN không cung<br /> cấp<br /> <br /> Đột biến<br /> E746_A750del<br /> (exon 19)<br /> <br /> Đột biến<br /> E746_A750del<br /> (exon 19)<br /> <br /> Gen EGFR nằm ở nhiễm sắc thể 7p11.2,<br /> dài khoảng 200 kb, chứa 28 exon. Các đột<br /> biến liên quan đến đáp ứng với TKI nằm<br /> trên các exon từ 18 - 21, trong đó các đột<br /> biến thay thế ở exon 18 và 21, mất đoạn<br /> ở exon 19 (chiếm chủ yếu) làm tăng độ<br /> nhạy với thuốc, đột biến thay thế T790M<br /> và một số đột biến thêm đoạn trên exon<br /> 20 (chiếm tỷ lệ nhỏ) liên quan đến kháng<br /> thuốc. Tỷ lệ đột biến EGFR phụ thuộc vào<br /> chủng tộc, tình trạng hút thuốc lá, giới…,<br /> tỷ lệ đột biến EGFR ở người chủng tộc<br /> châu Á cao hơn chủng tộc châu Âu, châu<br /> Mỹ [2, 4].<br /> 50<br /> <br /> Chúng tôi sử dụng kít EGFR StripAssay®<br /> (ViennaLab) để phân tích đột biến gen<br /> EGFR. Đây là kít được thiết kế theo<br /> nguyên tắc PCR kết hợp lai đầu dò đặc<br /> hiệu: giai đoạn PCR sử dụng mồi (primer)<br /> đặc hiệu giúp khuếch đại chính xác với<br /> các trình tự gen quan tâm. Phân tử biotin<br /> được gắn trên mồi nhờ đó cũng đưa vào<br /> sản phẩm khuếch đại. Ở giai đoạn lai,<br /> những đoạn ADN được khuếch đại kết<br /> hợp chính xác với đầu dò (probe) tương<br /> ứng trên teststrip, phân tử biotin gắn<br /> trên những đoạn này được hoạt hoá<br /> bởi streptavidin thành dạng phát màu.<br /> <br /> T¹p chÝ y - d−îc häc qu©n sù sè 1-2017<br /> Nhờ đó, dễ dàng phát hiện kết quả bằng<br /> cách so màu trên teststrip, đối chiếu với<br /> thang chuẩn bằng mắt thường hoặc<br /> phần mềm StripAssay® Evaluator. Bộ kít<br /> có độ nhạy cao, có khả năng phát hiện<br /> khi số lượng tế bào mang đột biến < 1%,<br /> đồng thời được cấp chứng chỉ tiêu<br /> chuẩn xét nghiệm châu Âu áp dụng cho<br /> chẩn đoán bệnh (European Conformity In Vitro Diagnostics, CE-IVD). Kít EGFR<br /> <br /> StripAssay® có khả năng phát hiện<br /> 16 đột biến, chiếm tỷ lệ cao nhất trên<br /> exon 18 - 21 và có vai trò trong đáp ứng<br /> điều trị với TKI. Hiện nay, chúng tôi<br /> đã chuyển sang sử dụng kít EGFR XL<br /> StripAssay® được cải tiến từ kít EGFR<br /> StripAssay®, trong đó số lượng đột biến<br /> phát hiện cao hơn (30 đột biến trên các<br /> exon 18 - 21) để nâng cao hơn chất lượng<br /> xét nghiệm.<br /> <br /> Kết quả phân tích đột biến gen EGFR trên 10 mẫu kiểm chuẩn tại Đơn vị Gen Trị<br /> liệu đều cho kết quả chính xác theo công bố của EMQN 2014, đạt tỷ lệ 100%.<br /> <br /> Hình 1: Phân tích kết quả trên thanh teststrip.<br /> (Trên mỗi thanh teststrip có sẵn vạch control cho phản ứng lai, PCR negative control<br /> cho từng exon [vạch 17 - 20] và PCR positive control (vạch 21) làm đối chứng. Các vạch<br /> 1 - 16 tương ứng với 16 đột biến trên 4 exon 18 - 21. Mẫu 01.6127774 [trái] không<br /> phát hiện đột biến, mẫu 02.6130768 [giữa] phát hiện đột biến L858R trên exon 21,<br /> mẫu 03.6153218 [phải] phát hiện đột biến G719S trên exon 18)<br /> 51<br /> <br />
ADSENSE

CÓ THỂ BẠN MUỐN DOWNLOAD

 

Đồng bộ tài khoản
2=>2