intTypePromotion=1
ADSENSE

Khảo sát giá trị của xét nghiệm định danh vi khuẩn ở bệnh nhân nhiễm khuẩn mắt dựa trên đoạn GEN 16s rDNA

Chia sẻ: Roong KLoi | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:4

78
lượt xem
4
download
 
  Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Nội dung của bài viết trình bày về phương pháp nuôi cấy thông thường trong nhiễm khuẩn mắt và phương pháp định danh vi khuẩn bằng kỹ thuật sinh học phân tử ở bệnh phẩm mắt. Kết quả nghiên cứu cho thấy, giải trình tự đoạn gen 16s rDNA là phương pháp phù hợp để phát hiện và định danh vi khuẩn ở mắt nhiễm trùng.

Chủ đề:
Lưu

Nội dung Text: Khảo sát giá trị của xét nghiệm định danh vi khuẩn ở bệnh nhân nhiễm khuẩn mắt dựa trên đoạn GEN 16s rDNA

Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 1 * 2014<br /> <br /> Nghiên cứu Y học<br /> <br /> KHẢO SÁT GIÁ TRỊ CỦA XÉT NGHIỆM ĐỊNH DANH VI KHUẨN<br /> Ở BỆNH NHÂN NHIỄM KHUẨN MẮT DỰA TRÊN ĐOẠN GEN 16s rDNA<br /> Lê Xuân Trường*, Nguyễn Vũ Uyên**<br /> <br /> TÓMTẮT<br /> Đặt vấn đề: Phương pháp nuôi cấy thông thường trong nhiễm khuẩn mắt thường cho kết quả dương tính<br /> thấp và thời gian trả kết quả lâu. Để rút ngắn thời gian trả kết quả cũng như có kết quả dương tính cao, gần đây<br /> người ta nói đến kỹ thuật định danh vi khuẩn dựa trên đoạn gen 16s rDNA trong sinh học phân tử. Để đánh giá<br /> kỹ thuật mới ở trên, chúng tôi tiến hành nghiên cứu đề tài này nhằm phát triển phương pháp định danh vi khuẩn<br /> bằng kỹ thuật sinh học phân tử ở bệnh phẩm mắt.<br /> Đối tượng nghiên cứu: Những bệnh nhân có chỉ định nuôi cấy vi khuẩn và làm kháng sinh đồ tại Bệnh viện<br /> Mắt thành phố Hồ Chí Minh từ 02/9/2013 – 30/9/2013.<br /> Thiết kế nghiên cứu: Mô tả cắt ngang. Trong 72 bệnh nhân nghiên cứu, tăm bông vô trùng được dùng để<br /> lấy mẫu và sau đó cấy vào dung dịch BHI từ 24 – 48 giờ. Dung dịch BHI sau đó được song song định danh bằng<br /> cả 2 xét nghiệm nuôi cấy thông thường và giải trình tự đoạn gen 16s rDNA. Kết quả giải trình tự được so sánh<br /> trên ngân hàng gen NCBI để định danh vi khuẩn. Cuối cùng so sánh 2 kết quả nuôi cấy và giải trình tự đoạn gen<br /> 16s rDNA.<br /> Kết quả: Trong tổng số 72 mẫu làm xét nghiệm, có 39 mẫu dương tính với kỹ thuật PCR, 32 mẫu dương<br /> tính với phương pháp nuôi cấy thông thường. Nuôi cấy chỉ dương tính với các vi khuẩn: Acineto bacter<br /> baumannii (n=2), Pseudomonas (n=4), Pseudomonas aeruginosa (n=2), Staphylococci coagulase âm (n=2),<br /> Staphylococci coagulase âm kháng methicillin (n=20), Staphylococcus aureus (n=2). Nói chung, có 39/72 mẫu<br /> (chiếm 45,2 %) cho kết quả 16s rDNA dương tính, trong khi đó chỉ có 32/72 mẫu (tức 44,4%) nuôi cấy dương<br /> tính. Không có mẫu nào nuôi cấy dương tính cho kết quả định danh 16s rDNA âm tính.<br /> Kết luận: Giải trình tự đoạn gen 16s rDNA là phương pháp phù hợp để phát hiện và định danh vi khuẩn ở<br /> mắt nhiễm trùng. Xét nghiệm này cho kết quả nhanh và có thể phát hiện những vi khuẩn không phát hiện được<br /> bằng phương pháp nuôi cấy thông thường.<br /> Từ khóa: kỹ thuật PCR, DNA, định danh vi khuẩn<br /> <br /> ABSTRACT<br /> SURVEY VALUE TEST FOR IDENTIFICATION OF BACTERIA BASED ON GENE OF 16S rDNA<br /> IN INFECTION EYES<br /> Le Xuan Truong, Nguyen Vu Uyen<br /> * Y Hoc TP. Ho Chi Minh * Vol. 18 - Supplement of No 1 - 2014: 77 - 80<br /> Background: Conventional culture method for eye infection specimens often results in low positive and<br /> lasting results time pay. To shorten the duration of high culture as well as positive results are high, we mention<br /> about modern techniques in molecular biology. To evaluate the new technique, we conducted this research topic to<br /> develop methods of bacterial identification by molecular biology techniques in eye swabs, this new method will<br /> result in faster than culture.<br /> * Bộ môn Hoá Sinh, Khoa Y, Đại học Y Dược TPHCM ** Khoa xét nghiệm, Bệnh viện Mắt TPHCM<br /> Tác giả liên lạc: TS. BS. Lê Xuân Trường<br /> ĐT: 01269872057<br /> Email: lxtruong57@yahoo.com<br /> <br /> Mắt<br /> <br /> 77<br /> <br /> Nghiên cứu Y học<br /> <br /> Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 1 * 2014<br /> <br /> Material and method: Patients indicated bacterial culture and antimicrobial susceptibility at Eye Hospital<br /> of Ho Chi Minh City from 02/09/2013 - 30/09/2013. Cross-sectional descriptive study. From 72 patients in<br /> survey, swabs were taken and cultured in BHI for 24 – 48 hours. After that, we parallel identify bacteria by both<br /> culture and sequencing 16s rDNA. Sequences were compared with sequences of known bacteria listed in the<br /> NCBI data bank. Finally, the results were compared with results obtained from conventional cultivation.<br /> Results: In 72 specimens, there are 39 specimens gave positive for PCR technique, 32 specimens gave<br /> positive conventional culture. Culture was only positive for: Acineto bacter baumannii (n=2), Pseudomonas<br /> (n=4), Pseudomonas aeruginosa (n=2), Staphylococci coagulase negative (n=2), Staphylococci coagulase negative<br /> resist methicillin (n=20), Staphylococcus aureus (n=2). In total, 45.2 % (39/72) analyzed specimens have 16s<br /> rDNA positive, whereas only 44.4% (32/72) were culture positive. No specimen positive by culture gave negative<br /> results by 16s rDNA.<br /> Conclusions: 16S rDNA sequence analyses are appropriated methods for the detection and identification<br /> ocular infections of bacteria that might not be detected by conventional cultivation and this PCR test gave quicker<br /> result.<br /> Keyword: PCR technique, DNA, identify bacteria<br /> <br /> ĐẶT VẤNĐỀ<br /> Các bệnh lý nhiễm trùng ở mắt là bệnh lý<br /> thường gặp trong Nhãn khoa, định danh vi<br /> khuẩn là vô cùng cần thiết giúp chẩn đoán và<br /> điều trị, nhưng việc định danh vi khuẩn<br /> không phải là dễ dàng vì một số vi khuẩn chỉ<br /> tăng trưởng trong môi trường nuôi cấy đặc<br /> biệt. Hơn nữa, lượng bệnh phẩm từ mắt<br /> thường rất ít nên nuôi cấy cho kết quả dương<br /> tính thấp và thời gian nuôi cấy lâu từ 3-4 ngày.<br /> Để giải quyết những khó khăn trên, chúng ta<br /> có thể ứng dụng các kỹ thuật mới vào việc<br /> định danh vi khuẩn trong Nhãn khoa bằng<br /> cách giải mã trình tự đoạn gen 16s rDNA với<br /> kỹ thuật PCR.<br /> Tại Việt Nam đã có các nghiên cứu về<br /> VMNN (viêm mủ nội nhãn) của Bệnh viện<br /> Mắt Trung Ương “Ứng dụng PCR và giải trình<br /> tự trong chẩn đoán định danh nguyên nhân<br /> viêm mủ nội nhãn nội sinh do vi khuẩn”(1),<br /> nhiễm trùng ở Mắt có tác giả Nguyễn Thị Bình<br /> Minh, Phùng Thị Tục thuộc bệnh viện tỉnh Hà<br /> Tây thực hiện nghiên cứu “Nhận xét 84<br /> trường hợp viêm loét giác mạc điều trị tại<br /> Khoa Mắt bệnh viện tỉnh Hà Tây ”(3) và tác giả<br /> Vũ Hoàng Việt Chi, Phạm Thị Khánh Vân<br /> thực hiện nghiên cứu “Viêm loét giác mạc<br /> <br /> 78<br /> <br /> nhiễm trùng tại bệnh viện Mắt Trung Ương<br /> đặc điểm lâm sàng và vi sinh”(5).<br /> Các nghiên cứu trên chỉ ứng dụng sinh học<br /> phân tử vào các trường hợp VMNN mà chưa có<br /> nghiên cứu khả năng ứng dụng của xét nghiệm<br /> 16s rDNA vào các bệnh nhiễm trùng Mắt vì vậy<br /> chúng tôi thực hiện nghiên cứu này.<br /> <br /> ĐỐI TƯỢNG-PHƯƠNGPHÁPNGHIÊNCỨU<br /> Đối tượng<br /> Tất cả bệnh nhân có chỉ định nuôi cấy vi<br /> khuẩn và làm kháng sinh đồ tại bệnh viện Mắt<br /> TP.Hồ Chí Minh từ 02/9/2013 – 30/9/2013.<br /> <br /> Phương pháp nghiên cứu<br /> Lấy mẫu thuận tiện trên những mẫu xét<br /> nghiệm được chỉ định nuôi cấy và làm kháng<br /> sinh đồ, bao gồm những mẫu nuôi cấy dương<br /> tính và âm tính.<br /> Mẫu xét nghiệm được lấy trên tăm bông<br /> vô trùng hay dịch mủ nội nhãn được đem<br /> nuôi cấy trong dung dịch BHI qua đêm.<br /> Sau 24 – 48 giờ dung dịch BHI được cấy<br /> chuyển lên thạch, các mẫu dung dịch BHI còn<br /> lại được làm xét nghiệm 16s rDNA dù vi<br /> khuẩn có mọc hay không.<br /> <br /> Chuyên Đề Mắt – Tai Mũi Họng – Răng Hàm Mặt<br /> <br /> Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 1 * 2014<br /> <br /> Bảng 6. So sánh tỷ lệ dương tính ở các nghiên cứu<br /> <br /> KẾT QUẢ VÀ BÀNLUẬN<br /> Bảng 1. So sánh kết quả dương tính của 2 xét nghiệm<br /> Dương tính<br /> 32 (44,4%)<br /> 39 (54,2%)<br /> <br /> Nuôi cấy<br /> 16s rDNA<br /> <br /> (2)<br /> <br /> Ấn Độ<br /> (4)<br /> Đại Học Y Vienna, Áo<br /> Chúng tôi<br /> <br /> Bảng 2. So sánh 2 xét nghiệm<br /> <br /> 16s rDNA dương<br /> 16s rDNA âm<br /> Tổng cộng<br /> <br /> Nuôi cấy<br /> dương<br /> 32<br /> 0<br /> 32<br /> <br /> Nuôi cấy<br /> âm<br /> 7<br /> 33<br /> 40<br /> <br /> Tổng cộng<br /> 39<br /> 33<br /> 72<br /> <br /> Độ nhạy của xét nghiệm 16s rDNA<br /> Ss = 32/32 = 100 %.<br /> Bảng 3. Kiểm định McNemar<br /> Nuôi cấy<br /> P<br /> Dương tính n Âm tính n<br /> Dương tính n<br /> 32<br /> 7<br /> 16 s rDNA<br /> 0,015<br /> Âm tính n<br /> 0<br /> 33<br /> <br /> Kiểm định McNemar với p = 0,015 cho<br /> thấy có sự khác biệt giữa 2 xét nghiệm.<br /> Bảng 4. Thống kê các mẫu dương tính được định<br /> danh bằng nuôi cấy<br /> Tên<br /> Acineto bacter baumannii<br /> Pseudomonas<br /> Pseudomonas aeruginosa<br /> Staphylococci coagulase âm<br /> Staphylococci coagulase âm<br /> kháng methicillin<br /> Staphylococcus aureus<br /> Tổng cộng<br /> <br /> Số lượng<br /> 2<br /> 4<br /> 2<br /> 2<br /> <br /> Tỷ lệ (%)<br /> 6,25<br /> 12,5<br /> 6,25<br /> 6,25<br /> <br /> 20<br /> <br /> 62,5<br /> <br /> 2<br /> 32<br /> <br /> 6,25<br /> 100<br /> <br /> Bảng 5: Thống kê các mẫu dương tính được định<br /> danh bằng 16s rDNA<br /> Tên<br /> Acineto bacter calcoacetius<br /> Bacillus cereus<br /> Bulkhoderia cenocepacia<br /> Corynebacterium sp<br /> Kocuria sp.<br /> Pseudomonas aeruginosa<br /> Pseudomonas otitidis<br /> Staphylococcus aureus<br /> Staphylococcus epidermidis<br /> Staphylococcus heamolyticus<br /> Staphylococcus hominis<br /> Streptococcus intermedius<br /> Streptococus mitis<br /> Streptococus oralis<br /> Tổng cộng<br /> <br /> Mắt<br /> <br /> Nghiên cứu Y học<br /> <br /> Số lượng Tỷ lệ (%)<br /> 1<br /> 2,56<br /> 1<br /> 2,56<br /> 1<br /> 2,56<br /> 1<br /> 2,56<br /> 1<br /> 2,56<br /> 5<br /> 12,83<br /> 2<br /> 5,14<br /> 2<br /> 5,14<br /> 18<br /> 46,16<br /> 3<br /> 7,69<br /> 1<br /> 2,56<br /> 1<br /> 2,56<br /> 1<br /> 2,56<br /> 1<br /> 2,56<br /> 39<br /> 100<br /> <br /> % Sinh học phân % Nuôi cấy<br /> tử dương tính dương tính<br /> 31,6%<br /> 22%<br /> 45%<br /> 22%<br /> 54,2%<br /> 44.4%<br /> <br /> Theo nghiên cứu của trường Đại Học Y<br /> Vienna, Áo(4), tỷ lệ dương tính của PCR là 45%<br /> trong khi đó nuôi cấy dương tính chỉ có 22%.<br /> Kết quả của xét nghiệm 16s rDNA của<br /> nghiên cứu chúng tôi là 54,2% và nuôi cấy là<br /> 44,4% phù hợp với thống kê bệnh viện Mắt hàng<br /> tháng về tỷ lệ nuôi cấy dương tính, kết quả này<br /> của nghiên cứu chúng tôi có thể khác biệt vì sự<br /> phân bố mẫu của nghiên cứu trên đối với vi<br /> khuẩn và nấm có sự khác biệt, nghiên cứu ở Ấn<br /> Độ(2) có 48 mẫu là vi khuẩn và 66 mẫu là nấm.<br /> Nói chung cả 3 nghiên cứu đều cho thấy<br /> khả năng định danh vi khuẩn tốt hơn của kỹ<br /> thuật sinh học phân tử so với phương pháp<br /> nuôi cấy cổ điển và có khả năng phát hiện<br /> những trường hợp âm tính giả của nuôi cấy do<br /> hạn chế của kỹ thuật.<br /> Các mẫu nuôi cấy âm tính và cho 16s rDNA<br /> dương tính, trong đó có một số loại vi khuẩn<br /> không phát hiện trên nuôi cấy như: Bacillus<br /> cereus, Corynebacterium sp., Kocuria sp., tuy số<br /> lượng không nhiều nhưng góp phần giúp chúng<br /> ta không bỏ sót chẩn đoán và hỗ trợ điều trị.<br /> <br /> KẾT LUẬN<br /> Xét nghiệm 16s r DNA cho tỷ lệ dương tính<br /> 54,2% cao hơn kết quả nuôi cấy chỉ có 44,4%.<br /> Kỹ thuật sinh học phân tử mới 16s rDNA là<br /> công cụ hữu ích giúp hỗ trợ chẩn đoán và điều<br /> trị trong bệnh lý nhiễm trùng ở mắt. Đây là một<br /> xét nghiệm với độ nhạy cao là 100%.<br /> Các mẫu nuôi cấy âm tính nhưng 16s rDNA<br /> dương tính góp phần giúp chúng ta không bỏ<br /> sót chẩn đoán và hỗ trợ điều trị.<br /> <br /> TÀI LIỆU THAMKHẢO<br /> 1.<br /> <br /> Bệnh viện Mắt Trung Ương (2009). “Ứng dụng PCR và giải<br /> trình tự trong chẩn đoán định danh nguyên nhân viêm mủ<br /> nội<br /> nhãn<br /> nội<br /> sinh<br /> do<br /> vi<br /> khuẩn”,<br /> http://www.thuvienykhoa.vn/chi-tiet-tai-lieu/ung-dung-pcr-<br /> <br /> 79<br /> <br /> Nghiên cứu Y học<br /> <br /> 2.<br /> <br /> 3.<br /> <br /> 4.<br /> <br /> 80<br /> <br /> Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 1 * 2014<br /> <br /> va-giai-trinh-tu-trong-chan-doan-dinh-danh-nguyen-nhanviem-mu-noi-nhan-noi-sinh-do-vi khuan/5177.yhoc<br /> Kim E, Chidambaram JD, Srinivasan M, Lalitha P, Wee<br /> D, Lietman TM, Whitcher JP, Van Gelder RN (2008)<br /> “Prospective comparison of microbial culture and polymerase<br /> chain reaction in the diagnosis of corneal ulcer”. Am J<br /> Ophthalmol, 146 (5): 714-23;723 e1.<br /> Nguyễn Thị Bình Minh, Phùng Thị Tục (2000) “Nhận xét 84<br /> trường hợp viêm loét giác mạc điều trị tại Khoa Mắt bệnh<br /> viện tỉnh Hà Tây (1999-2000)”, bệnh viện Mắt Trung Ương,<br /> http://www.vnio.vn/Cac-so-TCNK-Cong-trinh-nghien-cuuTCNK-so-2/nhn-xet-84-trng-hp-viem-loet-giac-mc-iu-tr-tikhoa-mt-bnh-vin-tnh-ha-tay-1999-2000.html,<br /> Schabereiter-Gurtnerm C, et al (2001). “16S-rDNA-based<br /> identification of bacteria from conjunctival swabs by PCR and<br /> <br /> 5.<br /> <br /> DGGE fingerprinting”. Invest Ophthalmol Vis Sci, 42 (6),<br /> 1164-71.<br /> Vũ Hoàng Việt Chi, Phạm Thị Khánh Vân (2011). “Viêm loét<br /> giác mạc nhiễm trùng tại bệnh viện Mắt Trung Ương đặc<br /> điểm<br /> lâm<br /> sàng<br /> và<br /> vi<br /> sinh”,<br /> http://thaythuocvietnam.com.vn/Viem-loat-giac-mac-nhiemtrung-tai-Benh-vien-Mat-Trung-Uong-dac-diem-lam-sang-vavi-sinh-di1239--n7597.<br /> <br /> Ngày nhận bài báo:01/11/2013<br /> Ngày phản biện nhận xét bài báo:26/11/2013<br /> Ngày bài báo được đăng: 05/01/2014<br /> <br /> Chuyên Đề Mắt – Tai Mũi Họng – Răng Hàm Mặt<br /> <br />
ADSENSE

CÓ THỂ BẠN MUỐN DOWNLOAD

 

Đồng bộ tài khoản
2=>2