B GIÁO DC VÀ
ĐÀO TẠO
VIN HÀN LÂM KHOA HC
VÀ CÔNG NGH VIT NAM
HC VIN KHOA HC VÀ CÔNG NGH
-----------------------------
Nguyn Th Bình
NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG KHU H VI
KHUN QUANH NM MC TRNG THY
PHÂN LIGNOCELLULOSE VÀ KHAI THÁC
GEN MÃ HÓA CELLULASE BNG K THUT
METAGENOMICS
TÓM TT LUN ÁN TIẾN
CÔNG NGH SINH HC
Mã s: 9.42.02.01
Hà Ni 2023
Công trình được hoàn thành ti: Hc vin Khoa hc và Công
ngh, Vin Hàn lâm Khoa hc và Công ngh Vit Nam
Người hướng dn khoa hc:
1. Người hướng dn khoa hc 1: GS.TS. Trương Nam Hải -
Vin Công ngh Sinh hc
2. Người hướng dn khoa hc 2: TS. Lê Th Thu Hng
Vin Công ngh Sinh hc
Phn bin 1: GS. TS. Phm Xuân Hi Vin Di truyn Nông
nghip
Phn biện 2: PGS. TS. Đỗ Hu Ngh - Vin Hóa hc các hp
cht thiên nhiên
Phn bin 3: PGS. TS. Nguyn Quang Huy Đại hc Khoa
hc T nhiên - ĐHQGHN
Luận án được bo v trước Hội đồng đánh giá lun án tiến sĩ
cp Hc vin hp ti Hc vin Khoa hc và Công ngh, Vin
Hàn lâm Khoa hc Công ngh Vit Nam vào hồi ……….
gi ………, ngày…. tháng…….. năm……...
Có th tìm hiu lun án ti:
1. Thư viện Hc vin Khoa hc và Công ngh
2. Thư viện Quc gia Vit Nam
1
M ĐẦU
1. Tính cp thiết ca lun án
Lignocellulose ngun sinh khi t nhiên, r tin tr
ng lớn và được tái to liên tục được xác định là ngun sinh khi t
nhiên để thúc đẩy nn công nghip sinh hc. Tuy nhiên, vic chuyn
hóa sinh khi này bng enzyme sinh hc gp nhiều khó khăn, đặc bit
là quá trình đường phân. Vì vy, giá thành các sn phm sinh hc còn
khá cao so vi các sn phm sn xut bng nhiên liu hóa thch. Để
h giá thành cũng như thúc đẩy phát trin kinh tế sinh hc thì vic tìm
ra enzyme có th tham gia hiu qu vào quá trình thy phân cellulose
vai trò quan trng vì cellulose chứa hàm lưng cao trong các sinh
khi lignocellulose. Các h sinh thái mà s phân gii lignocellulose
din ra mnh m sngun tiềm năng để tìm kiếm khai thác các
enzyme giá tr trong công nghip. Nm mc trắng đất xung
quanh nm mc trắng cũng hệ sinh thái s phân hy
lignocellulose din ra mnh mẽ. Trong đó, nấm mc trng là sinh vt
nhân chun có kh năng phân giải tt các loại cơ chất khác nhau. Tuy
nhiên, s thủy phân này thường được kết hp cùng vi các enzyme
ca vi khun sng trong cùng h sinh thái. Vi khun tn ti trong
những điều kin này phi những đặc điểm đặc bit v thành phn
loi và các enzyme chuyn hóa các cht. Mc dù có nhiu nghiên cu
v nm mc trng và vi khuẩn đất xung quanh khu nm mc trng
nhưng chế đằng sau s tương tác này vẫn chưa được sáng t, các
đặc tính chức năng của chúng vn cần được xác định li bng thc
nghim. Việt Nam, cho đến nay vẫn chưa có nghiên cứu v đa dạng
các loài vi khun rng Quốc Gia Cúc Phương nói chung và đa dạng
loài các vi khuẩn đất xung quanh khu nm mc trắng nói riêng cũng
như khai thác các enzyme phân giải cellulose ca vi khun trong h
2
sinh thái này. Để sàng lc enzyme mong mun t khu h vi sinh vt
không thông qua nuôi cy, k thut metagenomics nhiều ưu thế.
Nhằm đánh giá đa dạng thành phn loài vi sinh vật trong đất xung
quanh khu nm mc trng cũng như sàng lọc enzyme hóa cellulase
có nhiều đặc tính mi không thông qua nuôi cấy, chúng tôi đã sử dng
k thuật metagenomic để tiến hành đề tài: Nghiên cứu đa dạng khu
h vi khun quanh nm mc trng thy phân lignocellulose khai
thác gen mã hóa cellulase bng k thuật Metagenomics”.
2. Mc tiêu nghiên cu ca lun án
Đánh giá được đa dng ca khu h vi sinh vật đất mùn xung
quanh khu nm mc trng phân hủy lignocellulose và xác định được
đa dạng enzyme tham gia vào quá trình phân gii lignocellulose, khai
thác la chọn được enzyme phân gii cellulose tiềm năng ng
dng trong thc tin sn xut t khu h vi khuẩn đất xung quanh khu
nm mc trng rng Quốc gia Cúc Phương bằng k thut
Metagenomics.
3. Các ni dung nghiên cu chính ca lun án
- Phân tích đánh giá mức độ đa dng loài ca khu h vi
khuẩn trong đất xung quanh khu nm mc trng thy phân
lignocellulose bng k thut Metagenomics;
- Phân tích và đánh giá mc độ đa dạng ca các enzyme tham
gia phân gii lignocellulose ca khu h vi khuẩn đất xung quanh khu
nm mc trng thy phân lignocellulose bng k thut Metagenomics;
- Tìm kiếm và la chn các trình t gen mi mã hóa cellulase
có tiềm năngng dng bng các công c tin sinh hc;
- Nghiên cu biu hin tái t hp ca một gen đã lựa chn,
tinh chế và đánh giá tính chất ca enzyme β-glucosidase.
3
CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU
1.1. Khái quát chung v lignocellulose
Lignocellulose được cấu tạo từ ba thành phần chính
cellulose, hemicellulose lignin. Cellulose hemicelluloses liên kết
chặt chẽ với lignin. Cellulose thành phần chính trong cấu trúc của
thành tế bào thực vật thường chiếm tỷ lệ 38 50%. Cellulose được
cấu tạo từ đơn phân D-glucose và chịu trách nhiệm về độ bền cơ học
của thành tế bào thực vật. Tiếp đến hemicellulose chiếm tỷ 17
32% có cấu trúc không đồng nhất, có sự phân nhánh cao thường được
cấu tạo tcác đường đơn pentose và hexose. Các hemicellulose tạo ra
các liên kết chéo giữa các cellulose. Lignin chiếm 15 – 30% bao gồm
các polyphenol thơm, được sinh tổng hợp tạo thành cấu trúc bao
bọc xung quanh hai thành phần cellulose và hemicelluloses, cung cấp
thêm độ bền học cho thành tế bào, chống lại côn trùng hoặc điều
kiện ẩm ướt.
1.2. Cellulase
Enzym cellulase là một trong 3 nhóm enzym quan trọng tham
gia vào phân hủy sinh khối lignocellulose. Cellulase được xếp vào
nhóm enzyme glycoside hydrolase (GH) (EC 3.2.1.-), có khả năng cắt
mối liên kết β-1,4-glycoside trong phân tử cellulose tạo thành các sản
phẩm cello-oligosaccharide, cellobiose glucose. Trong tự nhiên,
quá trình thủy phân hoàn toàn cellulose được thực hiện nhsự hoạt
động phối hợp của ba loại cellulase chính: (1) endoglucanase (EC
3.2.1.4) thủy phân các liên kết β-1,4-glucoside nội phân tử của chuỗi
cellulose một cách ngẫu nhiên để tạo ra các đầu chuỗi mới, (2)
exoglucanase (EC 3.2.1.74, EC 3.2.1.91) phân cắt chuỗi cellulose
đầu khử không khử để giải phóng c phân tử cellobiose hoặc
glucose hòa tan (3) β -glucosidase (EC 3.2.1.21) thủy phân các