Nghiên cứu xác định kiểu gen của vi rút BK ở bệnh nhân ghép thận tại Bệnh viện Quân y 103
lượt xem 2
download
Bài viết trình bày xác định sự phân bố và lưu hành kiểu gen vi rút BK trên bệnh nhân ghép thận. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Tổng số 131 bệnh nhân ghép thận được thu thập tại khoa Thận và Lọc máu, Bệnh viện Quân y 103. Mẫu máu, nước tiểu được thu thập và tách chiết DNA sử dụng cho phản ứng Nested - PCR khuếch đại đoạn gen VP1 của BK virus (BKV).
Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!
Nội dung Text: Nghiên cứu xác định kiểu gen của vi rút BK ở bệnh nhân ghép thận tại Bệnh viện Quân y 103
- NGHIÊN CỨU LÂM SÀNG Nghiên cứu xác định kiểu gen của vi rút BK ở bệnh nhân ghép thận tại Bệnh viện Quân y 103 Hoàng Xuân Sử 1, Trương Qúy Kiên2, Phạm Quốc Toản2, Lê Việt Thắng2 Nguyễn Thanh Xuân2, Lê Thị Bảo Quyên3, Lê Đình Nam4, Nguyễn Đắc Thắng1 Hoàng Xuân Cường1, Đinh Thị Thu Hằng1, Hồ Anh Sơn1, Hoàng Văn Lương1 1 Học viện Quân y 2 Bệnh viện Quân y 103 3 Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội 4 Bệnh viện Quân y 354 TÓM TẮT 1, 3/8 (37,5%) thuộc phân nhóm IV/c-1. Không có Mục tiêu: Xác định sự phân bố và lưu hành kiểu sự khác biệt giữa các kiểu gen BKV liên quan đến gen vi rút BK trên bệnh nhân ghép thận. tuổi, giới, các chỉ số xét nghiệm và tình trạng BKVN Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Tổng là không có ý nghĩa thống kê (p>0,05). số 131 bệnh nhân ghép thận được thu thập tại khoa Kết luận: Nghiên cứu chỉ ra kiểu gen BKV-I là Thận và Lọc máu, Bệnh viện Quân y 103. Mẫu máu, kiểu gen lưu hành phổ biến, tiếp theo là BKV-IV nước tiểu được thu thập và tách chiết DNA sử dụng trên những bệnh nhân ghép thận. Nghiên cứu cho phản ứng Nested - PCR khuếch đại đoạn gen này giúp cung cấp những đặc điểm di truyền VP1 của BK virus (BKV). Những mẫu BKV dương phân tử BKV góp phần giám sát BKV ở bệnh tính được giải trình tự và xây dựng cây chủng loại nhân ghép thận. phát sinh xác định kiểu gen bằng phương pháp Từ khóa: Vi rút BK, kiểu gen BKV, ghép thận. Neighbor-joining dựa trên phần mềm Mega 7. Kết quả: 40 mẫu dương tính với BKV được giải ĐẶT VẤN ĐỀ trình tự và phân tích loài, trong đó chỉ phát hiện được Human polyomavirus BK (BKV) thuộc họ BKV- I (62,5%) và BKV- IV (37,5%). Trong BKV- I, Polyomaviridae, đặc trưng bởi bộ gen DNA kép, chỉ quan sát được phân nhóm I/b-1 (62,5%), không khép vòng, được phân lập lần đầu tiên từ mẫu nước phát hiện được các phân nhóm khác. Tuy nhiên, tiểu của bệnh nhân sau ghép thận với biến chứng BKV- IV cho thấy sự đa dạng của các phân nhóm hẹp niệu quản [18]. Thuật ngữ “BK” có nguồn gốc như sau: IV/a-1 (26,67%), IV/a-2 (6,67%), IV/c- từ chữ cái đầu của bệnh nhân đầu tiên phát hiện 1 (66,66%). Với 8 bệnh nhân bị BKVN (BK Virus nhiễm virus trong nước tiểu vào năm 1971. BKV Nephropathy), được khẳng định bằng sinh thiết lây nhiễm ở mọi lứa tuổi với tỷ lệ huyết thanh thận, 5/8 (62,5%) bệnh nhân thuộc phân nhóm I/b- dương tính ở người lớn dao động từ 60% tới 100%. Ngày nhận bài: 10/6/2020 Ngày phản biện: 30/7/2020 Ngày chấp nhận đăng: 5/8/2020 6 TẠP CHÍ NỘI KHOA VIỆT NAM | SỐ 18/2020
- NGHIÊN CỨU LÂM SÀNG Sau khi nhiễm BKV nguyên phát, BKV tồn tại ở III hiếm gặp hơn. BKV-I tiếp tục được chia thành dạng tiềm ẩn trong đường tiết niệu sinh dục và chỉ 4 phân nhóm I/a, I/b-1, I/b-2 và I/c; trong khi đó bắt đầu tái hoạt động nhân lên mạnh mẽ, phá hủy BKV-IV đa dạng hơn với 6 phân nhóm IV/a-1, IV/ các tế bào đường tiết niệu khi hệ miễn dịch bị ức a-2, IV/b-1, IV/b-2, IV/c-1, IV/c-2. Sự phân bố đa chế hoặc suy giảm. Ngoài bài tiết trong đường tiết dạng của các kiểu BKV cũng như phân nhóm BKV niệu, BKV cũng xuất hiện trong huyết tương của ở quần thể người đã được nghiên cứu ở nhiều nước, bệnh nhân ghép thận. trong đó phân nhóm Ia phổ biến ở châu Phi, phân Ở bệnh nhân ghép thận, tỷ lệ lưu hành BKV nhóm I/b-1 phổ biến ở Đông Nam Á, phân nhóm dao động từ 10% tới 60%, trong số đó 1% tới 10% I/b-2 phổ biến ở châu Âu và phân nhóm I/c phổ dẫn đến BKVN, đặc trưng bởi hoại tử ống thận biến ở Đông Bắc Á [8], [15]. Cũng như phân nhóm cũng như tình trạng viêm thận kẽ. Sự tiến triển của I, mỗi phân nhóm BKV-IV tương ứng với một vị trí BKVN thường xảy ra mà không có dấu hiệu lâm địa lý nhất định [11]. Các nghiên cứu gần đây cho sàng hoặc triệu chứng rõ ràng ngoại trừ tăng nồng thấy kiểu gen BKV có liên quan đến yếu tố độc lực độ creatinin huyết thanh, nếu không phát hiện kịp và bệnh sinh của BKVN. Tuy nhiên, ở Việt Nam, thời 15% đến 80% trường hợp BKVN dẫn tới mất chưa có nghiên cứu nào xác định tỷ lệ lưu hành kiểu ghép trong vòng 5 năm đầu tiên [3]. Mặt khác, gen của BKV ở bệnh nhân ghép thận. Do đó, mục BKVN thường dễ bị bỏ sót chẩn đoán hoặc nhầm tiêu chính của nghiên cứu nhằm xác định sự phân lẫn với tình trạng thải ghép cấp tính hoặc độc tính bố và lưu hành kiểu gen BKV trên những bệnh nhân của thuốc ức chế miễn dịch. ghép thận tại Bệnh viện Quân y 103. Bộ gen BKV có kích thước gần 5,3 kb, được chia thành 3 vùng: vùng kiểm soát sớm, vùng kiểm soát VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU muộn và vùng không mã hóa [3], trong đó vùng Bệnh nhân và mẫu bệnh phẩm không mã hóa giữ chức năng điều tiết, vùng mã hóa Mẫu máu và nước tiểu của 131 bệnh nhân ghép sớm mã hóa cho các kháng nguyên T lớn, T nhỏ thận được thu thập tại Khoa Thận Lọc máu, Bệnh và vùng mã hóa muộn mã hóa agnoprotein và các viện Quân y 103. Mẫu nước tiểu được xử lý bằng protein cấu trúc (Viral Protein: VP1, VP2 và VP3). cách ly tâm ở 3200 rpm, 30 phút, bỏ dịch, thu cặn. VP1 là thành phần chính của vỏ capsid, giúp duy trì Mẫu máu được ly tâm 3000 rpm, 10 phút và tách cấu trúc capsid, đồng thời các vòng lặp bên ngoài lấy huyết tương. Huyết tương và cặn nước tiểu được VP1 đóng vai trò quan trọng trong việc làm trung bảo quản -80oC cho tới khi tách DNA. Thông tin gian gắn kết với thụ thể tế bào chủ cũng như chịu lâm sàng và cận lâm sàng được thu thập cho phân trách nhiệm cho sự tồn tại của các biến thể kháng tích sự liên quan với kiểu gen của BKV. nguyên BKV [2], [14]. Dựa trên trình tự toàn bộ Tách DNA gen hoặc sự đa dạng trình tự vùng VP1, Jin và cs BKV-DNA được tách chiết từ 200 µl huyết tương [5] đã phân loại các chủng BKV hiện có thành bốn hoặc cặn nước tiểu theo quy trình bộ kit GeneJET kiểu gen kí hiệu từ BKV I-IV, đồng thời những kiểu Whole Blood Genomic DNA Purification Mini gen này có mối tương quan rõ rệt với các kiểu huyết Kit (Thermo Scientific, Mỹ). DNA được ly giải thanh học [7]. BKV- I được xác định là kiểu gen lưu trong 54 µl dung dịch Elution buffer. Các mẫu sau hành phổ biến nhất trên thế giới (80%), tiếp theo đó được bảo quản lâu dài ở -80oC cho đến khi thực là BKV- IV (15%), trong khi đó BKV- II và BKV- hiện phản ứng Nested - PCR. TẠP CHÍ NỘI KHOA VIỆT NAM | SỐ 18/20200 7
- NGHIÊN CỨU LÂM SÀNG Nested PCR và giải trình tự Germany) với chu trình nhiệt như sau: Vòng 1 Các cặp mồi nhằm khuếch đại vùng gen VP1 (95oC x 5 phút)(94oC x 30 giây; 58oC x 30 giây; được thay đổi một số trình tự so với công bố trước 72oC x 45 giây) x 35 chu kỳ, (72oC x 7 phút); vòng đây nhằm phù hợp với các chủng Việt Nam [6], [9]. 2 (95oC x 5 phút)(94oC x 30 giây; 42oC x 30 giây; Thành phần phản ứng PCR trong thể tích 20 µl gồm: 72oC x 30 giây) x 35 chu kỳ, (72oC x 7 phút). Sản 1X Dream Taqgo master mix, 0,2 µM hỗn hợp mồi phẩm Nested - PCR được điện di kiểm tra trên gel xuôi - ngược, 5 µl DNA khuôn, điều chỉnh H2O khử agarose 1,2% TBE 0,5X, nhuộm ethidium bromide, ion đủ thể tích 20 μl. Phản ứng PCR được khuếch chụp ảnh và lưu kết quả trên máy UVP (Eppendorf, đại trên máy Mastercycler (Eppendorf, Hamburg, Hamburg, Germany). Bảng 1. Các cặp mồi sử dụng trong nghiên cứu Primers Sequences Position Size (bp) References BKV_ S ATC AAA GAA CTG CTC CTC AAT 1361-1381 580 bp 9 BKV_ AS GCA CTC CCT GCA TTT CCA AGG G 1919-1940 BKV-F CAA GTG CCA AAA CTA CTA AT 1630-1649 327 bp 6 BKV-R TGC ATG AAG GTT AAG CAT GC 1937-1956 BKV-seq AGG AGT AGA AGT TCT AGA AG 1651-1675 287 bp 6 Các chủng tham chiếu 26 trình tự genome BKV tương ứng với các kiểu gen của BKV được thu thập từ Genbank để so sánh với trình tự các chủng BKV phân lập từ các bệnh nhân ghép thận trong nghiên cứu này. Thông tin của các trình tự tham chiếu được thể hiện ở Bảng 2. Bảng 2. Các trình tự tham chiếu Mã số Phân nhóm Quốc gia AB211369 I/b-1 Nhật Bản AB365177 I/b-1 Nhật Bản JN192433 I/b-1 Ireland AB301086 I/b-2 Nhật Bản AB211370 I/b-2 Netherland AB369092 I/a Nhật Bản NC001538 I/a USA V01108 I/a USA AB211381 I/c Nhật Bản AB211372 I/c Nhật Bản AB211386 III Nhật Bản AB263920 II Anh 8 TẠP CHÍ NỘI KHOA VIỆT NAM | SỐ 18/2020
- NGHIÊN CỨU LÂM SÀNG AB269859 IV/a-1 Philippine AB269869 IV/a-1 Việt Nam AB268868 IV/a-2 Việt Nam AB211389 IV/a-2 Nhật Bản AB269867 IV/c-1 Việt Nam AB269858 IV/c-1 Trung Quốc AB269863 IV/c-1 Trung Quốc AB211391 IV/b-1 Nhật Bản AB217919 IV/b-1 Nhật Bản KF468291 IV/c-2 Đức AB269857 IV/c-2 Trung Quốc AB269835 IV/b-2 Nhật Bản AB269834 IV/b-2 Nhật Bản AB211387 IV/b-2 Nhật Bản Giải trình tự gen và xây dựng cây chủng loại Tổng số 131 bệnh nhân ghép thận được đưa vào phát sinh nghiên cứu với độ tuổi trung bình là 39,73±10,68. Sản phẩm Nested-PCR được tinh sạch và giải Tỷ lệ bệnh nhân nam chiếm 69,47%, nữ chiếm trình tự trực tiếp trên máy 3130 XL (ABI, Mỹ). 30,53%. Các chỉ số xét nghiệm gồm số điểm hòa hợp Trình tự vùng VP1 thu được sử dụng phần mềm HLA trung bình là 3,57±1,47, nồng độ creatinine BioEdit 7.0 và MEGA7.0 để phân tích và xây dựng tháng đầu sau ghép là 116,53±33,40. Trong số 131 cây phát sinh loài các chủng BKV phân lập ở bệnh bệnh nhân, 8 trường hợp được chẩn đoán BKVN nhân ghép thận theo phương pháp Neiborjoining (6,11%) bằng sinh thiết thận. (ML) với hệ số bootstrap lặp lại 1000 lần. Nested - PCR phát hiện BKV Mẫu bệnh phẩm của 131 bệnh nhân được tách KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ BÀN LUẬN DNA và thực hiện Nested - PCR với các cặp mồi Thông tin chung về bệnh nhân đặc hiệu. Trong số đó, 40 mẫu (30,53%) dương tính Bảng 3. Đặc điểm chung của nhóm bệnh nhân nghiên cứu với BKV, được thể hiện qua hình ảnh điện di với băng đặc hiệu có kích thước 327 bp (hình 1). Các Đặc điểm Thông số băng đều sáng, đậm nét và không có sản phẩm phụ. Nam 91 (69,47%) Giới tính Nữ 40 (30,53%) Tuổi 39,73 ± 10,68 Creatinin T1 (µmol/ml) 116,53 ± 33,40 HLA mismath 3,57 ± 1,47 BKVN 8 (6,11%) Hình 1. Nested PCR gen VP1 TẠP CHÍ NỘI KHOA VIỆT NAM | SỐ 18/20200 9
- NGHIÊN CỨU LÂM SÀNG Chú thích: 1, 2, 3: các mẫu dương tính với BKV, 4: Việt Nam. Phân tích sâu hơn về trình tự dưới loài, đối chứng âm, 5: Marker 100 bp (Thermo Fisher, Mỹ) 27/27 mẫu BKV-I thuộc về phân nhóm I/b-1, Xác định sự lưu hành kiểu gen của BKV ở không phát hiện được các phân nhóm I/b-2, I/a bệnh nhân ghép thận hay I/c. Tuy nhiên, BKV- IV thể hiện sự đa dạng 40 mẫu dương tính với BKV bằng Nested - PCR các phân nhóm cao hơn: 10 mẫu thuộc phân nhóm được tinh sạch và giải trình tự. Dựa vào các trình tự IV/c-1, 4 mẫu thuộc phân nhóm IV/a-1 và 1 mẫu tham chiếu được công bố trên Genbank cùng với thuộc nhóm IV/a-2 (Bảng 4). Trong số 8 bệnh kết quả giải trình tự của 40 mẫu dương tính, cây nhân bị BKVN, phát hiện được 5/8 mẫu (62,5%) chủng loại phát sinh được xây dựng theo phương thuộc phân nhóm I/b-1, 3/8 mẫu (38,5%) thuộc pháp Neighbor-joining (Hình 2). Kết quả phân phân nhóm IV/c-1. Kết quả phân tích sự phân bố tích bằng cây chủng loại phát sinh cho thấy: 25 và sự khác biệt giữa các kiểu gen BKV liên quan mẫu (62,5%) thuộc BKV-I, 15 mẫu (37,5%) thuộc đến tuổi, giới, các chỉ số xét nghiệm và tình trạng BKV- IV, không phát hiện được BKV-II, III trong BKVN là không có ý nghĩa thống kê (p>0,05). các mẫu bệnh phẩm của bệnh nhân ghép thận tại Kết quả được trình bày ở bảng 5. Bảng 4. Sự phân bố các phân nhóm của BKV BKV- I (n=25) BKV- IV (n=15) I/a I/-b1 I/b-2 I/c IV/a-1 IV/a-2 IV/b-1 IV/c-1 IV/c-2 0 25 0 0 4 1 0 10 0 (0%) (100%) (0%) (0%) (26,67%) (6,67%) (0%) (66.66%) (0%) Bảng 5. Sự phân bố kiểu gen BKV theo các chỉ số lâm sàng và cận lâm sàng BKV-I BKV-IV Thông số p (n=25) (n=15) Tuổi 41,12 ± 10,94 38,94 ± 8,49 0,50 Nữ 6 (24%) 4 (26,67%) 1 Giới tính Nam 19 (76%) 11 (73,33%) Thời gian sau ghép (năm) 2,42 ± 2,63 1,91 ± 1,93 0,51 Creatinin T1 (µmol/ml) 126,16 ± 33,86 134,06 ± 39,62 0,50 BKVN 5 (20 %) 3 (20%) 1 10 TẠP CHÍ NỘI KHOA VIỆT NAM | SỐ 18/2020
- NGHIÊN CỨU LÂM SÀNG Genotype I Genotype III Genotype II Genotype IV Hình 2. Cây phát sinh loài của trình tự gen VP1 các chủng BKV phân lập ở miền Bắc Việt Nam với các chủng tham chiếu, sử dụng phần mềm MEGA7 theo phương pháp Neighbor joining với hệ số bootstrap lặp lại 1000 lần TẠP CHÍ NỘI KHOA VIỆT NAM | SỐ 18/20200 11
- NGHIÊN CỨU LÂM SÀNG BÀN LUẬN chiếm ưu thế (76,5%). H. Boukoum và cộng sự cũng BKV có 4 kiểu gen chính là BKV-I, II, III, IV lưu đưa ra nhận định không có sự liên quan giữa kiểu gen hành trên thế giới và sự phân bố của các kiểu gen cũng và tình trạng BKVN (p>0,05), mặc dù cả hai bệnh như các phân nhóm phụ thuộc vào các vùng địa lý nhân bị BKVN đều thuộc phân nhóm I/b-2. Trong khác nhau. Trong đó, BKV- I phổ biến nhất trên toàn khi đó, nghiên cứu của Pastrana và cs. (2013) [13] chỉ thế giới, chiếm tỷ lệ 70%-80% [15], tiếp đến là BKV- ra rằng BKV - IV chiếm tỷ lệ cao hơn ở bệnh nhân bị IV chiếm 15%-25%, được phát hiện ở châu Âu, châu BKVN sau ghép thận so với bệnh nhân sau ghép chỉ Á nhưng không phát hiện ở châu Phi. BKV- II và BKV- có BKV dương tính trong máu và nước tiểu. Một số III rất hiếm gặp ở mọi vùng địa lý [4]. BKV- I có 4 phân nghiên cứu khác cũng chỉ ra mối liên hệ giữa kiểu gen nhóm gồm I/a, I/b-1, I/b-2 và I/c nhưng nguồn gốc BKV-II, III, IV với nguy cơ bị BKVN cao hơn ở bệnh và sự phân bố của các phân nhóm là khác nhau. Phân nhân ghép thận [10], [16]. Nghiên cứu gần đây của nhóm I/a có nguồn gốc ở châu Phi, I/b-1 có nguồn Johannes Korth và cộng sự cho thấy BKV-I chiếm tỷ lệ gốc từ Đông Nam Á, I/b-2 đến từ châu Âu và I/c chủ cao với 82%, tiếp theo là BKV-IV (14%) và cuối cùng yếu ở Đông Bắc Á. Trong nghiên cứu này, khi phân là BKV-II (4%). Điểm đáng chú ý là bệnh nhân BKVN tích trình tự DNA của vùng gen VP1 cho thấy BKV- I do BKV-II và IV được phát hiện với tỷ lệ cao hơn so là kiểu gen chiếm ưu thế (62,5%), tiếp đến là BKV-IV với bệnh nhân bị BKVN do BKV-I ((8/10 (80%) so (32,5%). Phân tích sâu hơn để xác định phân nhóm, với 17/46 (37%); p = 0,001). Trong nghiên cứu này 25/25 mẫu thuộc BKV- I ở những bệnh nhân ghép chúng tôi chỉ ra BKV- I xuất hiện ở nhóm bệnh nhân thận tại miền Bắc trong nghiên cứu này đều thuộc BKVN cao hơn (5/8 bệnh nhân) có thể do BKV- I nhóm I/b-1. Kết quả này phù hợp với sự phân bố kiểu sao chép hiệu quả hơn BKV- IV trong tế bào biểu gen BKV trên thế giới cũng như nguồn gốc và sự phân mô thận cũng như BKV- I chiếm ưu thế trong dân bố nhóm I/b-1 ở Đông Nam Á trong các nghiên cứu số Việt Nam [12]. Kết quả của chúng tôi khi so sánh trước đây [1], [4], [17]. sự khác biệt giữa các kiểu gen BKV liên quan đến Nhiễm BKV và BKVN là một vấn đề thách thức tuổi, giới, các chỉ số xét nghiệm và tình trạng BKVN lâm sàng ở bệnh nhân sau ghép thận khi mà các lựa cho thấy không có ý nghĩa thống kê (p>0,05). Tuy chọn trong điều trị còn hạn chế, phụ thuộc nhiều nhiên, nghiên cứu này chưa được hỗ trợ đầy đủ để vào kinh nghiệm của bác sĩ. Việc theo dõi điều trị đánh giá tính mức độ liên quan của kiểu gen BKV, bệnh nhân sau ghép thận đóng vai trò rất quan trọng tải lượng vi rút BKV trong máu và nước tiểu đối với trong duy trì chức năng thận ghép, giảm thiểu tối đa nguy cơ bệnh thận do BKV, do đó, một nghiên cứu nguy cơ mất mô ghép hay suy chức năng thận ghép. lớn hơn là cần thiết để kiểm tra giả thuyết này. Trong nghiên cứu này, khi phân tích kiểu gen BKV của 8 bệnh nhân BKVN được khẳng định bằng sinh KẾT LUẬN thiết thận, 5/8 (62,5%) thuộc nhóm I/b-1; 3/5 Nghiên cứu phân bố và lưu hành kiểu gen của (37,5%) thuộc nhóm IV/c-1, và sự khác biệt này BKV ở bệnh nhân ghép thận tại Việt Nam cho thấy không có ý nghĩa thống kê (p>0,05). Nghiên cứu chỉ phát hiện BKV-I và BKV-IV, trong đó BKV-I của của H. Boukoum và cộng sự (2016) trên 34 mẫu chiếm ưu thế (62,5% so với 37,5%). Việc xác định bệnh phẩm (máu hoặc nước tiểu) của bệnh nhân kiểu gen BKV có thể giúp dự báo mối liên quan ghép thận tại Tunisia cho thấy BKV- I có tỷ lệ lưu tiềm tàng giữa diễn tiến gây bệnh của BKV và tiến hành cao nhất (79,5%), trong đó phân nhóm I/b-2 triển của BKVN ở bệnh nhân ghép thận. 12 TẠP CHÍ NỘI KHOA VIỆT NAM | SỐ 18/2020
- NGHIÊN CỨU LÂM SÀNG SUMMARY Objectives: This study aims to investigate the distribution of BK virus genotypes among renal transplant recipients. Patients and methods: A total of 131 patients who underwent kidney transplantation in the department of Nephrology and Dialysis, Military Hospital 103. Genotyping of BK virus was performed using Nested - PCR, sequenced and aligned with reference sequences retrieved from Genbank for phylogenetic analysis. Results and Discussion: Among 131 recipients of kidney transplants analyzed. Genotyping of BKV was performed successfully in 40 out of the 131 patients by Nested - PCR. BKV-I was detected in 25 of 40 (62.5%) patients, and 15 out of 40 (32.5%) belonging to BKV-IV; no cases of BKV- II or III were observed. Using phylogenetic analysis of the subgroups, BKV-I/b-1 was found the predominant subgroup (100%), whereas BKV-IV included 26.67% of IV/a-1, 6.67% of IV/a-2 and 66.66% of IV/c-1, respectively. In 8 patients diagnosed BKVN, 5 of them were infected with subgroup I/b-1 (62.5%) and 3 cases were infected with subgroup IV/c-1 (32.5%). No significant difference between BKV genotypes was observed in relation to age, sex, HLA mismatch, creatinine at month 1, BKVN. Conclusion: This study indicated that the BKV-I was predominant, followed by BKV-IV among recipients of renal transplant in Vietnam. Keywords: BK virus, Genotypye, Renal Transplant. TÀI LIỆU THAM KHẢO 1. Chen Q. et al. (2006), “Subtype IV of the BK polyomavirus is prevalent in East Asia”, Archives of virology, 151(12), pp. 2419-2429. 2. Dugan A. S. et al. (2007), “Identification of amino acid residues in BK virus VP1 that are critical for viability and growth”, Journal of virology, 81(21), pp. 11798-11808. 3. Hirsch H. H. et al. (2005), “Polyomavirus-associated nephropathy in renal transplantation: interdisciplinary analyses and recommendations”, Transplantation, 79(10), pp. 1277-1286. 4. Ikegaya H. et al. (2006), “Identification of a genomic subgroup of BK polyomavirus spread in European populations”, Journal of general virology, 87(11), pp. 3201-3208. 5. Jin L. et al. (1993), “Genomic typing of BK virus in clinical specimens by direct sequencing of polymerase chain reaction products”, Journal of medical virology, 41(1), pp. 11-17. 6. Jin L. et al. (1995), “Prevalence and distribution of BK virus subtypes in healthy people and immunocompromised patients detected by PCR-restriction enzyme analysis”, Clinical and diagnostic virology, 3(3), pp. 285-295. 7. Knowles W. A. et al. (1989), “Serological typing scheme for BK‐like isolates of human polyomavirus”, Journal of medical virology, 28(2), pp. 118-123. 8. Krumbholz A. et al. (2006), “Prevalence of BK virus subtype I in Germany”, Journal of medical virology, 78(12), pp. 1588-1598. TẠP CHÍ NỘI KHOA VIỆT NAM | SỐ 18/20200 13
- NGHIÊN CỨU LÂM SÀNG 9. Ledesma J. et al. (2013), “BK polyomavirus genotyping at inter‐and intra‐patient level in Spain”, Journal of medical virology, 85(8), pp. 1402-1408. 10. Matsuda Y. et al. (2011), “A rapid and efficient method BK polyomavirus genotyping by high‐resolution melting analysis”, Journal of medical virology, 83(12), pp. 2128-2134. 11. Nishimoto Y. et al. (2007), “An Asian origin for subtype IV BK virus based on phylogenetic analysis”, Journal of molecular evolution, 65(1), pp. 103-111. 12. Nukuzuma S. et al. (2006), “Subtype I BK polyomavirus strains grow more efficiently in human renal epithelial cells than subtype IV strains”, Journal of general virology, 87(7), pp. 1893-1901. 13. Pastrana D. V. et al. (2013), “BK polyomavirus genotypes represent distinct serotypes with distinct entry tropism”, Journal of virology, 87(18), pp. 10105-10113. 14. Stehle T. et al. (1994), “Structure of murine polyomavirus complexed with an oligosaccharide receptor fragment”, Nature, 369(6476), p. 160. 15. Takasaka T. et al. (2004), “Subtypes of BK virus prevalent in Japan and variation in their transcriptional control region”, Journal of General Virology, 85(10), pp. 2821-2827. 16. Tremolada S. et al. (2010), “Rare subtypes of BK virus are viable and frequently detected in renal transplant recipients with BK virus-associated nephropathy”, Virology, 404(2), pp. 312-318. 17. Zheng H.-Y. et al. (2007), “Relationships between BK virus lineages and human populations”, Microbes and infection, 9(2), pp. 204-213. 18. Hirsch H. H. and Steiger J. (2003), “Polyomavirus BK”, The Lancet Infectious Diseases, 3(10), p. 611. 14 TẠP CHÍ NỘI KHOA VIỆT NAM | SỐ 18/2020
CÓ THỂ BẠN MUỐN DOWNLOAD
-
Xác định kiểu gen của HCV bằng kỹ thuật giải trình tự trực tiếp sản phẩm PCR thu nhận được từ thử nghiệm RT real-time PCR dùng mồi và taqman probe đặc hiệu vùng 5’ NC
7 p | 180 | 38
-
Ứng dụng giải trình tự gen trong xác định kiểu gen đột biến kháng thuốc điều trị viêm gan vi rút B mạn
7 p | 14 | 6
-
Xác định kiểu gen virus viêm gan B
6 p | 66 | 5
-
Nghiên cứu gen cagA và VacA trên các chủng Helicobacter Pylori kháng kháng sinh phân lập từ bệnh nhi tại Việt Nam
10 p | 67 | 4
-
Xác định kiểu gen mã hóa carbapenemase của các chủng Klebsiella pneumoniae sinh carbapenemase chưa phân nhóm được bằng hệ thống Phoenix M50
7 p | 14 | 4
-
Đặc điểm kiểu gen và kiểu hình huyết học bệnh Hemoglobin H không mất đoạn
8 p | 21 | 3
-
Xác định kiểu gen đề kháng clarithromycin ở helicobacter pylori bằng kỹ thuật giải trình tự gen 23S RRNA
6 p | 4 | 3
-
Thiết lập quy trình xác định kiểu gen của điểm đa hình ABCB1 3435C>T bằng kỹ thuật PCR-RFLP và phân tích ảnh hưởng của đa hình gen đối với liều, nồng độ thuốc tacrolimus ở bệnh nhân ghép thận
8 p | 10 | 3
-
Nghiên cứu mối liên quan giữa đa hình kiểu gen AGT M235T với bệnh thận đái tháo đường
8 p | 45 | 3
-
Thiết lập quy trình PCR-RFLP xác định kiểu gen vi rút BK phân lập từ bệnh nhân ghép thận
9 p | 3 | 2
-
Nghiên cứu tần số kiểu gen, tần số alen đa hình CYP2E1*5B và CYP2E1*7B ở nhóm người Việt Nam sinh sống tại một số tỉnh phía Bắc
8 p | 10 | 2
-
Xác định kiểu gen β-lactamase phổ mở rộng trong các chủng Escherichia coli phân lập từ người lành và bệnh phẩm tại thành phố Hồ Chí Minh từ năm 2017-2018
6 p | 36 | 2
-
Mối liên quan giữa đa hình nucleotide đơn XRCC1 Arg399Gln với nguy cơ mắc lupus ban đỏ hệ thống
9 p | 29 | 2
-
Xác định genotype, đột biến BCP của HBV và codon 249 của gen P53 ở người trong huyết thanh của bệnh nhân HCC
6 p | 44 | 2
-
Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen cagA, vacA của vi khuẩn helicobacter pylori và đặc điểm tổn thương mô bệnh học viêm dạ dày mạn tính của người dân tộc thiểu số Việt Nam
8 p | 45 | 1
-
Tối ưu hoá quy trình phân tích kiểu gen và xác định tần số đa hình rs4994 trên gen ADRB3 ở trẻ 3-5 tuổi tại Hà Nội
8 p | 38 | 1
-
Đặc điểm kiểu gen HLA-C ở trẻ có mẹ tiền sản giật
5 p | 5 | 1
Chịu trách nhiệm nội dung:
Nguyễn Công Hà - Giám đốc Công ty TNHH TÀI LIỆU TRỰC TUYẾN VI NA
LIÊN HỆ
Địa chỉ: P402, 54A Nơ Trang Long, Phường 14, Q.Bình Thạnh, TP.HCM
Hotline: 093 303 0098
Email: support@tailieu.vn