Phân tích snp array của thai có bất thường tim mạch trên siêu âm

Chia sẻ: _ _ | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:8

Thêm vào BST

Báo xấu

11
lượt xem 4
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Nghiên cứu mô tả cắt ngang trên 30 thai nhi có dị tật tim mạch trên siêu âm được tiến hành chọc hút dịch ối chẩn đoán trước sinh tại bệnh viện phụ sản Trung ương trong thời gian từ 07/2020 đến 8/2021. Bài viết phân tích SNP array của thai có bất thường tim mạch trên siêu âm.

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Phân tích snp array của thai có bất thường tim mạch trên siêu âm

TẠP CHÍ Y HỌC VIỆT NAM TẬP 528 - THÁNG 7 - SỐ CHUYÊN ĐỀ - 2023 PHÂN TÍCH SNP ARRAY CỦA THAI CÓ BẤT THƯỜNG TIM MẠCH TRÊN SIÊU ÂM Nguyễn Thị Hương2, Đoàn Thị Kim Phượng1,2, Bùi Đức Thắng1, Phan Thị Thu Giang1, Lê Phương Thảo1, Trần Danh Cường1,2, Đặng Anh Linh1, Nguyễn Thị Mỹ Anh1, Hoàng Thị Ngọc Lan1,2 TÓM TẮT 17 A cross-sectional descriptive study on 30 Nghiên cứu mô tả cắt ngang trên 30 thai nhi fetuses with cardiovascular malformations on có dị tật tim mạch trên siêu âm được tiến hành ultrasound underwent amniocentesis at the chọc hút dịch ối chẩn đoán trước sinh tại bệnh National Hospital of Obstetrics and Gynecology viện phụ sản Trung ương trong thời gian từ during the period from 07/2020 to 8/2021. 07/2020 đến 8/2021. Mục tiêu: phân tích SNP Objective: analyze the SNP array of fetuses with array của thai có bất thường tim mạch trên siêu echo-cardiographic abnormalities. Results: SNP âm. Kết quả: SNP array phát hiện 30% số array detected 30% chromosomal abnormalities trường hợp mang bất thường di truyền (10% bất (10% abnormal number of chromosomes, 16.7% thường số lượng nhiễm sắc thể, 16,7% biến thể số bản sao (CNV) gây bệnh và 6,7% CNV có khả pathogenic copy number variant (CNV) and năng gây bệnh). CNV gây bệnh được phát hiện 6.7% likely pathogenic CNV). Pathogenic CNV với tỉ lệ cao nhất ở nhóm đa dị tật kèm bất was detected with the highest rate in the group of thường tim mạch (25%), thấp nhất ở nhóm dị tật multiple malformations with cardiovascular tim hoặc mạch đơn độc (11,1%); khả năng phát abnormalities (25%), the lowest rate was in the hiện bất thường di truyền của SNP array cao hơn group of isolated heart defects (11.1%). The so với NST đồ (30% vs 16,7%) có ý nghĩa thống detection rate of chromosomal abnormalities of kê với p
HỘI NGHỊ KHOA HỌC THƯỜNG NIÊN HỘI HÌNH THÁI HỌC VIỆT NAM nào khác khi loại trừ nguyên nhân nhiễm thể với kích thước từ 50-100 Kb, nhỏ hơn trùng [1]. Tỷ lệ mắc TBS từ 19-75 ca trên gấp hàng trăm lần so với NST đồ. Ngoài ra, một nghìn ca sinh sống và tỷ lệ sảy thai do kĩ thuật có thể sử dụng ối tươi để thực hiện bệnh tim bẩm sinh thậm chí còn lớn hơn [2]. xét nghiệm, thời gian trả kết quả sau 5-7 Đối với các trẻ mắc TBS, gánh nặng ngày. Trên thế giới đã có một vài nghiên cứu bệnh tật về tinh thần, chi phí chữa trị trực phân tích SNP array ở các thai nhi có siêu âm tiếp và gián tiếp là tương đối lớn. Ở Mĩ, mỗi phát hiện di tật tim mạch. Nghiên cứu của năm có khoảng 1% trẻ bị TBS trong số trẻ Huang và cộng sự (2021) cho thấy SNP array sinh sống, nhưng chi phí y tế cho những trẻ có khả năng phát hiện thêm 9,3% biến thể di này lên đến 6 tỉ đô la Mĩ/ năm [3], lớn hơn so truyền gây bệnh tim mạch trong nhóm NST với chi phí điều trị cho tất cả các dị tật bẩm đồ bình thường [5]. Nghiên cứu khác thực sinh khác cộng lại. hiện năm 2013 chỉ ra SNP array giúp tăng Trong các trường hợp mắc TBS phức tạp, thêm 8,4% bất thường di truyền gây bệnh tim các rối loạn đơn gen chiếm khoảng 3% đến mạch trong nhóm có NST đồ bình thường 5%, các đột biến NST lớn hay các đột biến [6]. Ở Việt Nam, hiện tại chưa có nghiên cứu lệch bội chiếm khoảng 8% đến 10%, và các nào về phân tích SNP array trên các thai có CNV gây bệnh chiếm từ 3% đến 25%; trong dị tật tim mạch. Vì vậy, chúng tôi tiến hành TBS đơn độc các CNV gây bệnh chiếm nghiên cứu này với mục tiêu: Phân tích bất khoảng 3% đến 10% [4]. Nguyên nhân môi thường di truyền được phát hiện bằng kĩ trường được xác định trong 2% trường hợp thuật SNP array ở thai nhi có dị tật tim mạch TBS. Số còn lại mắc TBS được cho là do di trên siêu âm. truyền đa nhân tố. Như vậy, vai trò của chẩn đoán trước sinh các bệnh lý tim mạch rất II. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU quan trọng, cung cấp cho cha mẹ trẻ những 30 thai nhi phát hiện dị tật tim mạch trên thông tin tiên lượng trước khi sinh để quyết siêu âm có chỉ định chọc hút ối chẩn đoán định có tiếp tục giữ thai hay không, lên kế trước sinh tại bệnh viện Phụ sản Trung ương hoạch cho các tình huống cụ thể nếu quyết được lấy vào nghiên cứu từ tháng 7/2020 đến định sinh. tháng 8/2021. Phương pháp nghiên cứu: mô Lập NST đồ từ tế bào ối vẫn là tiêu tả cắt ngang. Mỗi mẫu ối được tiến hành chuẩn vàng trong chẩn đoán trước sinh, cho phân tích di truyền đồng thời theo 2 phương phép phát hiện các đột biến về cấu trúc và số pháp: lập NST đồ từ tế bào ối nuôi cấy dựa lượng NST. Tuy nhiên, karyotyping có theo tiêu chuẩn ISCN 2019 và tiến hành SNP những hạn chế như chỉ xác định được các bất array từ tế bào ối tươi (không qua nuôi cấy tế thường có kích thước lớn hơn 7 - 10 Mb và bào) theo quy trình của hãng Affymetrix, cần nuôi cấy tăng sinh tế bào, mất tối thiểu 7- quét tín hiệu huỳnh quang nhờ hệ thống 9 ngày (thậm chí là 2-3 tuần) để có được kết GeneChip ™ System 3000 Dx v2, phân tích quả NST đồ. kết quả bằng phần mềm ChAS 4.2 dựa trên Kĩ thuật SNP array là một kĩ thuật còn rất các cơ sở dữ liệu nguồn mở Decipher, mới ở nước ta, cho phép phát hiện các biến Clinvar, Clingen, OMIM, Unique. 128
TẠP CHÍ Y HỌC VIỆT NAM TẬP 528 - THÁNG 7 - SỐ CHUYÊN ĐỀ - 2023 III. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 3.1. Các kết quả phân tích SNP array Bảng 3.1. Kết quả phân tích chung SNP array Kết quả SNP Bình Lệch Đa Tăng Mất LOH Khảm Tổng array thường bội bội đoạn đoạn Số lượng (n) 11 2 1 8 8 0 0 30 % 36,7 6,7 3,3 26,65 26,65 0 0 100 *LOH (loss of heterozygousity): mất tính dị hợp tử Nhận xét: SNP array phát hiện được 19/30 các trường hợp bao gồm 3 bất thường số lượng NST (10%) và 16 trường hợp mang CNV (53,3%), trong đó có 2 trường hợp lệch bội (T21, T18) chiếm 6,7%, 1 tam bội 69,XXY (3,3%) và 16 CNV bao gồm 8 tăng đoạn và 8 mất đoạn, mỗi loại chiến 26,65%. Bảng 3.2. Đặc điểm các biến thể tăng đoạn Kích Số gen Phân Số Số gen STT Code Công thức quốc tế thước ngoài loại marker OMIM (kb) OMIM CNV arr[GRCh37]7q32.2q36.3 1 MA28 29150 8507 160 126 P (129959739_159119707)x3 arr[GRCh37]8q21.2q24.3 2 MA03 59498 50706 232 204 LP (86778229_146295771)x3 arr[GRCh37] 18q21.1q23 3 MA19 30038 27596 84 66 LP (47976510_78014123)x3 arr[GRCh37]9p24.3 4 MA13 233 688 1 1 VUS (203862_436983)x3 arr[GRCh38]Yq11.223q11.23 5 MA60 3200 312 10 17 VUS (22490968_24887532)x2 arr[GRCh38]8q24.3 6 MA71 719 164 27 13 VUS (143361338_144080661)x3 arr[GRCh37]15q13.3 7 MA34 423 213 1 0 B (32020857_32444043)x3 arr[GRCh38]12p11.1q12 8 MA62 3800 48 0 1 B (34307094_38088741)x3 (P: gây bệnh; LP, có khả năng gây bệnh; VUS: chưa rõ ý nghĩa; LB, có khả năng lành tính, B, lành tính) Nhận xét: Trong 8 CNV tăng đoạn, biến thể có kích thước lớn nhất là 59498 Kb nằm trên nhánh dài NST 8, được phát hiện bởi 50706 marker chứa 232 gen trong OMIM và 204 gen ngoài OMIM, đây là một biến thể có khả năng gây bệnh. CNV nhỏ nhất có kích thước 233 Kb ở 9p24.3, được phát hiện bởi 688 marker, chứa 1 gen trong OMIM với phân loại chưa rõ ý nghĩa. 129
HỘI NGHỊ KHOA HỌC THƯỜNG NIÊN HỘI HÌNH THÁI HỌC VIỆT NAM Bảng 3.3. Đặc điểm các biến thể mất đoạn Kích Số gen Số Số gen STT Code Công thức quốc tế thước ngoài Phân loại marker OMIM (kb) OMIM arr[GRCh37] 1 MA19 5264 5528 53 37 P 4p16.3p16.2(68346_5588048)x1 arr[GRCh37] 2 MA38 82 56 1 1 P 5q35.1(172657721_172739831)x1 arr[GRCh37] 3 MA52 2549 150 43 32 P 22q11.21(18917031_21465662)x1 arr[GRCh37] 1848 4 MA66 5202 34 35 P 9q22.2q22.32(93195383_98396960)x1 arr[GRCh37] 5 MA21 180 154 0 1 LB 19p12(20235826_20416027)x1 arr[GRCh37] 6 MA06 106 52 2 0 B 4q13.2(69435889_69541963)x1 arr[GRCh37] 7 MA29 127 96 1 0 B 6p25.3(254254_381086)x1 arr[GRCh37] 8 MA35 127 228 1 0 B 6p25.3(254254_381086)x1 (P: gây bệnh; LP, có khả năng gây bệnh; LB, có khả năng lành tính, B, lành tính) Nhận xét: trong số 8 CNV mất đoạn, nhỏ nhất là 82 Kb ở 5q35.1, được xác định biến thể có kích thước lớn nhất là 5264 Kb bởi 56 marker và chứa 1 gen gây bệnh trong nằm ở nhánh ngắn NST 4, được xác định bởi OMIM. Hai trường hợp gây bệnh còn lại có 5528 marker bao gồm 53 gen trong OMIM kích thước trên 1 Mb là 2549 Kb và 5202 Kb và 37 gen ngoài OMIM được phân loại là lần lượt nằm trên các NST 22 và 9 được xác biến thể gây bệnh lý. Trong tổng số 4 CNV định bởi 150 và 1848 marker tương ứng chứa mất đoạn gây bệnh, biến thể có kích thước 43 và 34 gen trong OMIM. Bảng 3.4. Kết quả CNV bất thường theo nhóm dị tật thai nhi phát hiện trên siêu âm Kết quả SNP array Nhóm Mã Kết quả siêu STT Phân Kiểu hình tương ứng kết dị tật code âm Công thức quốc tế loại quả Array DT tim Thiểu sản arr[GRCh37]9p24.3 đơn 1 MA13 VUS Chưa đủ dữ liệu thất trái (203862_436983)x3 độc Giãn não thất, bất thường DT Theo dõi hẹp thể chai, dị dạng mặt, dị mạch xuất phát arr[GRCh37] 7q32.2q36.3 2 MA28 P tật tim, động kinh, chậm đơn động mạch (129959739_159119707)x3 phát triển thế chất và tinh độc chủ thần 130
TẠP CHÍ Y HỌC VIỆT NAM TẬP 528 - THÁNG 7 - SỐ CHUYÊN ĐỀ - 2023 Bệnh tim mạch không hội Hẹp đường ra chứng, bất thường hình thất trái và arr[GRCh37]5q35.1 3 MA38 P thái của tim và khiếm thông liên (172657721_172739831)x1 khuyết hệ thống dẫn thất phần cơ truyền của tim Hội chứng Digeorge: bất thường đường ra của tim, hệ miễn dịch suy giảm, hạ arr[GRCh37]22q11.21 canxi huyết ở trẻ sơ sinh, 4 MA52 TOF P (18917031_21465662)x1 thiểu sản vòm hầu, dị dạng mặt, rối loạn tâm DT tim thần, chậm phát triển trí + mạch tuệ arr[GRCh38] 5 MA60 TOF Yq11.223q11.23 VUS Chưa đủ dữ liệu (22490968_24887532)x2 Hội chứng Gorlin: Chậm phát triển vận động và trí arr[GRCh37] tuệ, bộ mặt bất thường 6 MA66 TOF 9q22.2q22.32(93195383_ P hoặc tăng trưởng quá 98396960)x1 mức, xuất hiện các khối u trên da, dưới hàm, u nguyên bào tủy Chậm phát triển trí tuệ, Giãn não thất tay thừa ngón, bộ mặt bất 1 bên, tứ thường (hai mắt cách xa arr[GRCh37] 8q21.2q24.3 7 MA03 chứng Fallot, LP nhau, mũi hếch, cằm nhỏ, (86778229_146295771)x3 giãn bể thận cầu mũi rộng), thông liên 2 bên thất, tinh hoàn ẩn, ngón DT tim tay khoèo mạch Hội chứng Wolf- và P Hirschhorn: bộ mặt bất arr[GRCh37]4p16.3p16.2 ngoài thường, chậm phát triển Thông liên (68346_5588048)x1 hệ tim thể chất và trí tuệ, dị tật 8 MA19 thất, khe hở mạch tim, bất thường hệ thần môi arr[GRCh37]18q21.1q23 kinh, dị dạng đường tiết (47976510_78014123)x3 LP niệu. Động kinh. Giãn não thất arr[GRCh38]8q24.3 9 MA71 bên, thông VUS Chưa đủ dữ liệu (143361338_144080661)x3 liên thất. *not detected: chưa phát hiện bất thường. *TOF: tứ chứng Fallot. (P: gây bệnh; LP, có khả năng gây bệnh; VUS: chưa rõ ý nghĩa) 131
HỘI NGHỊ KHOA HỌC THƯỜNG NIÊN HỘI HÌNH THÁI HỌC VIỆT NAM Nhận xét: trong 5 trường hợp dị tật tim khả năng gây bệnh, một trường hợp mang đơn độc chỉ có 1 trường hợp mang CNV CNV có khả năng gây bệnh (25%); 1 trường chưa rõ ý nghĩa (20%), trong 4 trường hợp dị hợp mang CNV chưa rõ chức năng (12,5%). tật mạch đơn độc thì có duy nhất 1 trường Như vậy, nhóm đa dị tật là nhóm có tỉ lệ phát hợp mang CNV gây bệnh (25%). Trong 13 hiện CNV có ý nghĩa lâm sàng cao nhất rồi trường hợp dị tật tim + mạch, có 1 trường đến nhóm có dị tật tim + mạch, cuối cùng là hợp mang CNV chưa rõ ý nghĩa (7,7%), có 3 nhóm dị tật tim đơn độc hoặc mạch đơn độc. trường hợp mang CNV gây bệnh (23,1%). 3.2. So sánh giữa kết quả SNP array và Với 8 trường hợp đa dị tật có một trường hợp NST đồ mang 2 CNV- 1 CNV gây bệnh và 1 CNV có Bảng 3.5. Kết quả NST đồ và SNP array Kết quả SNP array Bất Tổng số Kết quả NST đồ Bất CNV Bình thường (n-%) thường số Tổng Phân loại CNV thường Bình thường Bất thường lượng NST CNV P LP VUS LB B DT tim 5 (16,7) 4 1 2 1 (T21) 2 0 0 1 0 1 DT mạch 4 (13,3) 3 1 1 0 3 1 0 0 0 2 DT tim + 13 (43,3) 13 0 7 0 6 3 0 1 1 1 mạch 2 (T18; Đa dị tật 8 (26,7) 5 3 1 5 1 2 1 0 1 69,XXX) Tổng 30 (100) 25 5 11 3 16 5 2 3 1 5 p = 0,0398 < 0,05 Nhận xét: Trong nghiên cứu này, SNP động hay vùng đầu mút của NST, thường ít array phát hiện được tất cả các trường hợp chứa gen quy định protein [7]. Điều này phù bất thường di truyền mà NST đồ có thể phát hợp với nghiên cứu của chúng tôi có tất cả 5 hiện được, ngoài ra còn phát hiện được thêm trường hợp CNV lành tính thì cả 5 trường 6 biến thể bất thường trong nhóm NST đồ hợp này đều nằm ở vị trí đầu mút, tâm động bình thường (24%). Khả năng phát hiện bất hay gần tâm động của NST. Trong đó, 2 thường di truyền của SNP array cao hơn so trường hợp MA06 và MA35 có cùng 1 CNV với NST đồ có ý nghĩa thống kê với p
TẠP CHÍ Y HỌC VIỆT NAM TẬP 528 - THÁNG 7 - SỐ CHUYÊN ĐỀ - 2023 ý nghĩa lâm sàng của biến thể mà phụ thuộc ý nghĩa lần lượt 1,3% và 6% [8]. Trong chủ yếu vào vị trí và chức năng các gen chứa nghiên cứu của chúng tôi, số lượng thai nhi trong vùng đó. Kích thước biến thể càng lớn có bất thường cả tim và mạch chiếm tỉ lệ cao thì khả năng chứa các gen quan trọng càng nhất 43,4%, tuy nhiên nhóm có đa dị tật bao cao. So sánh giữa hai bảng đặc điểm của biến gồm cả dị tật tim mạch tuy chỉ có 8 trường thể tăng đoạn và biến thể mất đoạn, các đột hợp (26,7%) nhưng lại có tỉ lệ phát hiện bất biến vi tăng đoạn có ý nghĩa lâm sàng thường di truyền cao nhất 6/8 (75%) trong đó thường có kích thước lớn hơn so với đột biến có 1 T18, 1 tam bội và 4 CNV bất thường vi mất đoạn. CNV tăng đoạn có kích thước bao gồm 1 gây bệnh, 2 CNV có khả năng gây nhỏ nhất có khả năng gây bệnh là 30038 Kb, bệnh, 1 VUS. Nếu chỉ tính số ca có bất trong khi CNV mất đoạn gây bệnh có kích thường siêu âm hệ tim mạch thì tỉ lệ phát thước nhỏ nhất là 82 Kb. Điều này chứng tỏ hiện bất thường di truyền là 6/22 (27,3%). rằng, việc mất các gen chức năng gây hậu Như vậy, khả năng phát hiện bất thường di quả nghiêm trọng hơn so với tăng liều gen. truyền trong nhóm đa dị tật, cao hơn so với Dựa vào bảng 3.4 chúng ta có thể thấy, nhóm chỉ có dị tật tim mạch một cách có ý những bất thường hình thái trên siêu âm khá nghĩa thống kê (75% vs 27,3%, p= 3,95 . e-11 phù hợp với kiểu hình tương ứng của các
HỘI NGHỊ KHOA HỌC THƯỜNG NIÊN HỘI HÌNH THÁI HỌC VIỆT NAM các nhóm bất thường hình thái khác (hệ thần 1. Hoffman JIE, Kaplan S. The incidence of kinh, hệ tiết niệu, hệ cơ xương khớp) nên congenital heart disease. J Am Coll Cardiol. 2002 Jun 19;39(12):1890–900. được thực hiện trong tương lai để đánh giá 2. Bruneau BG. The developmental genetics of giá trị phát hiện bất thường di truyền của congenital heart disease. Nature. 2008 Feb SNP array trong chẩn đoán trước sinh. 21;451(7181):943–8. 3. Pasquali SK, Sun J-L, d’Almada P, V. KẾT LUẬN Jaquiss RDB, Lodge AJ, Miller N, et al. - SNP array phát hiện 30% các trường Center Variation in Hospital Costs for hợp mang bất thường di truyền bao gồm Patients Undergoing Congenital Heart Surgery. Circ Cardiovasc Qual Outcomes. 10% bất thường số lượng NST, 16,7% CNV 2011 May;4(3):306–12. gây bệnh và 6,7% CNV có khả năng gây 4. Jin SC, Homsy J, Zaidi S, Lu Q, Morton bệnh (trong đó có 1 trường hợp mang cả hai S, DePalma SR, et al. Contribution of rare CNV gây bệnh và có khả năng gây bệnh). inherited and de novo variants in 2,871 - CNV gây bệnh được phát hiện với tỉ lệ congenital heart disease probands. Nat cao nhất ở nhóm đa dị tật (25%), thấp nhất ở Genet. 2017 Nov;49(11):1593–601. 5. Huang H, Cai M, Wang Y, Liang B, Lin nhóm dị tật tim hoặc mạch đơn độc N, Xu L. SNP Array as a Tool for Prenatal (11,1%). Diagnosis of Congenital Heart Disease - Khả năng phát hiện bất thường di Screened by Echocardiography: Implications truyền của SNP array cao hơn so với NST for Precision Assessment of Fetal Prognosis. đồ (30% vs 16,7%) có ý nghĩa thống kê với Risk Manag Healthc Policy. 2021 Jan p