BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HỒ CHÍ MINH
BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC
********000********
KHA LUN TT NGHIỆP
ỨNG DỤNG KHA PHÂN LOẠI HÌNH THÁI VÀ VÙNG 16S
rRNA TRÊN DNA TY THỂ TRONG ĐỊNH DANH CÁ BỘT
THUỘC HỌ Pangasiidae
Ngành học: CÔNG NGHỆ SINH HỌC
Niên khóa: 2003 – 2007
Sinh viên thực hiện: NGUYỄN KIỀU DỢI
Thành phố Hồ Chí Minh
Tháng 8/2007
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HỒ CHÍ MINH
BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC
********000********
ỨNG DỤNG KHA PHÂN LOẠI HÌNH THÁI VÀ VÙNG 16S
rRNA TRÊN DNA TY THỂ TRONG ĐỊNH DANH CÁ BỘT
THUỘC HỌ Pangasiidae
Giáo viên hƣớng dẫn: Sinh viên thực hiện:
TS. NGUYỄN VĂN HẢO NGUYỄN KIỀU DỢI
ThS. NGUYỄN VIẾT DŨNG
KS. NGUYỄN NGUYỄN DU
Thành phố Hồ Chí Minh
Tháng 8/2007
iii
LỜI CẢM TẠ
Tôi xin chân thành cảm ơn Ban Giám Hiệu Trƣờng Đại Học Nông Lâm TP.
Hồ Chí Minh, Ban chủ nhiệm Bộ Môn Công Nghệ Sinh Học, cùng tất cả quý thầy
cô đã tạo điều kiện tốt và truyền đạt kiến thức cho tôi trong suốt thời gian học tại
trƣờng.
Tôi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến thầy Nguyễn Văn Hảo đã tận tình chỉ bảo
và tạo điều kiện tốt nhất để tôi hoàn thành luận văn tốt nghiệp.
Xin chân thành cảm ơn Chƣơng Trình Thuỷ Sản Ủy Hội Sông MêKông đã
hỗ trợ kinh phí cho tôi thực hiện đề tài này.
Tôi đặc biệt cảm ơn anh Nguyễn Nguyễn Du, anh Nguyễn Viết Dũng đã tận
tâm, nhiệt tình hƣớng dẫn trong suốt thời gian tôi thực hiện đề tài.
Xin chân thành cảm ơn anh Lâm Ngọc Châu, anh Nguyễn Văn Phụng phòng
Nguồn Lợi Thủy Sản cùng chị Trì Thanh Thảo, anh Cao Thành Trung, anh Chu
Quang Trọng phòng Thí Nghiệm Sinh Học Phân Tử đã quan tâm giúp đỡ, tạo điều
kiện cho tôi hòan thành tốt đề tài.
Sau cùng tôi xin cảm ơn gia đình cùng bạn bè thân yêu lớp Công Nghệ Sinh
Học k29 đã chia sẽ cùng tôi những vui buồn trong thời gian học cũng nhƣ hết lòng
hỗ trợ, giúp đỡ tôi trong thời gian thực tập.
Sinh viên thực hiện
NGUYỄN KIỀU DỢI
iv
ABSTRACT
Morphological study plays important role in post-larvae fish taxonomy of the
family Pangasiidae that contributes significantly to economy of the MeKong River
Basin. However, this method bring limit true results. therefore we analysised the
level of genetic diversity (A partial region of mitochondrial 16S rRNA gene,
approximately 568 base pairs) of three catfish species to support morphological
method.
In this study, 976 specimens, originating from Mekong and Bassac River
(from june 2006 to september 2006) were analysed morphologically. The result, the
family Pangasiidae rate of 36,56% per in total specimens in 2006; three species (P.
hypophthalmus, P. larnaudii, P. macronema) rate of 33,63% per in total
Pangasiidae specimens and individual rate of 11,36% per in total number
Pangasiidae.
All Pangasiidae specimens of 2006 don’t analysised DNA because DNA
was broke by formol. 26 individuals (size from 15 mm to 30 mm) from 64
specimens (6/2007) were add from three species: P. hypophthalmus, P. larnaudii, P.
macronema. All specimens were sequenced and compared with standard sequence
in genbank. This result, Sequences of 8/9 samples P. hypophthalmus similary with
P. hypophthalmus (DQ334282, DQ334385, DQ334287). The exception of H1
sample, with one mutation at site nucleotide 26 to GenBank (DQ334282 –
DQ334289); Sequences of 9 samples P. macronema similary from 99% to 100%
sequences of P. macronema to GenBank (DQ334314); Sequences of 8 samples P.
larnaudii similary 100% sequences of three haplotypes P. larnaudii (DQ334303,
DQ334312, DQ334313). All in all, findings from this study demonstrated that
morphological method correspond with three species P. hypophthalmus, P.
larnaudii, P. macronema.
v
TM TẮT
Khóa phân loại hình thái đóng một vai trò quan trọng trong việc định danh cá
bột và cá con thuộc họ Pangasiidae vốn có ý nghĩa về kinh tế đối với vùng Đồng Bằng
Sông Cửu Long. Tuy nhiên, phƣơng pháp này cho độ chính xác nhất định. Vì vậy
chúng tôi phân tích sự khác nhau ở mức độ di truyền cụ thể là vùng 16S rRNA (xấp xỉ
568 bp) trên DNA ty thể (mt DNA) ở 3 loài (đã có sẵn dữ liệu trên ngân hàng gene) để
hỗ trợ phƣơng pháp định danh hình thái.
Trong nghiên cứu này, chúng tôi thực hiện phân loại bằng hình thái 976 mẫu cá
thu từ tháng 6/2006 đến tháng 9/2006 trên hai nhánh sông Tiền và sông Hậu. Kết quả
họ Pangasiidae chiếm 36,56% so với tổng mẫu thu đƣợc năm 2006; 3 loài phân tích (P.
hypophthalmus, P. larnaudii, P. macronema) chiếm 33,63% so với tổng mẫu
Pangasiidae thu đƣợc nhƣng số lƣợng chỉ chiếm 11,36% so với tổng lƣợng cá thể họ
Pangasidae.
Các mẫu cá năm 2006 sau khi khi phân tích hình thái không phân tích đƣợc
DNA (do DNA bị hủy trong formal), 26 cá thể từ 64 mẫu cá bột thu từ 22/6/2007 đến
tháng 30/6/2007 đƣợc bổ sung của 3 loài nêu trên với kích thƣớc khác nhau (từ 15 mm
– 30 mm), giải trình tự và đối chiếu với các trình tự chuẩn trên ngân hàng genbank để
kiểm tra lại độ tin cậy của phƣơng pháp phân tích hình thái. Kết quả đạt đƣợc nhƣ sau:
Trình tự 8/9 mẫu loài P. hypophthalmus tƣơng đồng 100% với trình tự 3
kiểu gen P. hypophthalmus trên ngân hàng gene (DQ334282, DQ334285, DQ334287).
Riêng mẫu H1 có một đột biến thay thế nucleotide ở vị trí thứ 26 so với tám kiểu gene
tham khảo trên ngân hàng gene.
Trình tự 9 mẫu phân tích loài P. macronema giống từ 99% - 100% trình tự
P. macronema trên ngân hàng gene (DQ334314).
Trình tự 8 mẫu loài P. larnaudii tƣơng đồng 100% với trình tự 3 kiểu gen P.
larnaudii trên ngân hàng gene (DQ334303, DQ334312; DQ334313).
Tóm lại, qua kết quả so sánh trình tự của 26 mẫu thuộc 3 loài phân tích với trình
tự dữ liệu chuẩn trên ngân hàng gene đã khẳng định đƣợc khoá phân loại hình thái đối
với các loài mà chúng tôi đƣa ra là phù hợp.