Lắp ráp de novo

Nội dung bài viết trình bày dữ liệu hệ gen của tôm thẻ chân trắng nhiễm virus đốm trắng được lắp ráp bằng công cụ SOAPdenovo2 thu được hệ gen có kích thước khoảng 1,67Gb với 3.180.049 scaffold với N50 là 616 bp, từ đó dự đoán được 187.948 gen. Trong đó có 133.548 gen được chú giải trên cơ sở dữ liệu UniProtKB/Swissprot và 33.611 gen được chú giải trên cơ sở dữ liệu NT. Đây là những kết quả ban đầu có ý nghĩa quan trọng cho các nghiên cứu tiếp theo về tính trạng kháng bệnh virus đốm trắng của tôm thẻ chân trắng ở Việt Nam.

7p spiritedaway36 25-11-2021 19 1   Download

Mục tiêu nghiên cứu của đề tài là giải mã hệ gen phiên mã (transcriptome) từ 4 mô (mô cơ, môt tim, mô gan tụy, mô gốc mắt) của tôm sú (Penaeus monodon), thiết lập cơ sở dữ liệu hệ phiên mã phục vụ cho các nghiên cứu tiếp theo. Sàng lọc các gen giả định liên quan đến tính trạng tăng trưởng của tôm sú. Xác định các SNP và microsatellite từ cơ sở dữ liệu hệ phiên mã. Xác định bộ SNP liên quan đến tính trạng tăng trưởng của tôm sú.

147p chuheodethuong 09-07-2021 36 7   Download

Tôm sú (Penaeus monodon) là loài thủy sản đem lại nguồn lợi lớn cho quốc gia trong những năm gần đây. Tuy nhiên, các dữ liệu về hệ gene và hệ phiên mã của chúng còn hạn chế. Mặc dù công việc gia hóa sử dụng các biện pháp di truyền chọn giống đã nâng cao chất lượng tôm sú.

9p vimississippi2711 04-12-2020 28 3   Download