BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ TP. HỒ CHÍ MINH
ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP
TỐI ƯU HÓA CÁC CẶP MỒI MICROSATELLITE TRONG
PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN CÁ TRA
(Pangasianodon hypophthamus)
Ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC
Chuyên ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC
Giảng viên hướng dẫn : BÙI THỊ LIÊN HÀ
Sinh viên thực hiện : TẠ THANH THẾ
MSSV: 1151110518 Lớp: 11DSH01
TP. Hồ Chí Minh, 2015
Đồ án tốt nghiệp
iii
LỜI CAM ĐOAN
Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi. Các số liệu, hình
ảnh và kết quả trong luận văn là trung thực. Nếu có bất kỳ sự gian dối nào, tôi xin
chịu hoàn toàn trách nhiệm.
TP. HCM, ngày … tháng … năm 2015
Sinh viên,
Tạ Thanh Thế
Đồ án tốt nghiệp
iv
LỜI CẢM ƠN
Trước hết, em xin bày tỏ lời cảm ơn sâu sắc đến quý thầy cô trong Khoa Công
Nghệ Sinh Học – Thực Phẩm – Môi Trường đã tận tình giảng dạy và truyền đạt
kiến thức cho em trong những năm học qua. Những kiến thức mà em nhận được
trên giảng đường đại học không chỉ là nền tảng cho quá trình thực hiện luận văn tốt
nghiệp này mà còn là hành trang quý báu giúp em vững bước trong tương lai.
Đặc biệt, em xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến Viện Nghiên Cứu Nuôi Trồng
Thủy Sản II và Ths. Bùi Thị Liên Hà đã tận tình hướng dẫn, truyền đạt kinh nghiệm
và tạo điều kiện tốt nhất cho em hoàn thành tốt khóa luận tốt nghiệp. Bên cạnh đó,
em xin gửi lời cảm ơn đến chị Lê Ngọc Thùy Trang cùng các bạn sinh viên tại
phòng thí nghiệm Di Truyền Phân Tử đã nhiệt tình giúp đỡ, hỗ trợ và động viên em
trong suốt thời gian qua.
Đồng thời, em xin chân thành gửi lời cảm ơn đến những người bạn đã là chỗ
dựa vững chắc và cùng sát cánh bên nhau trong suốt những năm học qua.
Cuối cùng, con gửi lời cảm ơn sâu sắc nhất đến ba mẹ đã động viên và giúp đỡ
con vượt qua những khó khăn trong cuộc sống và trong quá trình học tập.
TP. HCM, ngày … tháng … năm 2015
Sinh viên,
Tạ Thanh Thế
Đồ án tốt nghiệp
v
MỤC LỤC
Trang
DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT ........................................................................ ix
DANH MỤC CÁC BẢNG ...................................................................................... xi
DANH MỤC CÁC HÌNH ...................................................................................... xii
MỞ ĐẦU……… ........................................................................................................ 1
1. Đặt vấn đề ..................................................................................................... 1
2. Mục tiêu nghiên cứu .................................................................................... 2
3. Nội dung nghiên cứu .................................................................................... 2
CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU .............................................................. 3
1.1. Giới thiệu về cá Tra (Pangasianodon hypophthamus) .............................. 3
1.1.1. Hệ thống phân loại .............................................................................. 3
1.1.2. Đặc điểm hình thái .............................................................................. 4
1.1.3. Đặc điểm phân bố và sinh thái ............................................................ 6
1.1.3.1. Đặc điểm phân bố ............................................................................ 6
1.1.3.2. Đặc điểm sinh sản ............................................................................ 7
1.2. Tình hình chọn giống cá tra tại đồng bằng sông Cửu Long .................... 8
1.2.1. Tình hình nuôi cá tra ở đồng bằng sông Cửu Long ............................. 8
1.2.2. Tình hình chất lượng con giống cá Tra ở đồng bằng sông Cửu Long 8
1.2.3. Một số chương trình nghiên cứu liên quan đến cá tra ......................... 9
1.3. Ứng dụng di truyền phân tử vào trong chọn giống ................................ 10
1.3.1. Phân loại ............................................................................................ 10
1.3.2. RestrictionFragment Length Polymorphism (RFLP) ........................ 11
1.3.3. Amplifíed Fragment Length Polymorphism (AFLP) ........................ 12
Đồ án tốt nghiệp
vi
1.3.4. Kỹ thuật RAPD (Random Amplifíed Polymorphism DNA) ............ 13
1.3.5. Microsatellite (SSR) .......................................................................... 13
1.4. Chỉ thị Microsatellite trong nghiên cứu đa dạng di truyền ................... 14
1.4.1. Khái niệm về Microsatellite .............................................................. 14
1.4.2. Tính chất ............................................................................................ 15
1.4.3. Sự phát triển của primer Microsatellite ............................................. 16
1.4.4. Giới hạn của Microsatellite ............................................................... 16
1.4.5. Các loại Microsatellite ....................................................................... 18
1.4.6. Cơ chế hình thành microsatellite ....................................................... 18
1.4.7. Nguyên tắc phát hiện microsatellite bằng mồi microsatellite ........... 19
1.4.8. Ưu và nhược điểm cùa microsatellite ................................................ 21
1.4.8.1. Ưu điểm ......................................................................................... 21
1.4.8.2. Nhược điểm ................................................................................... 21
1.4.9. Vai trò của microsatellite .................................................................. 22
1.4.10. Ứng dụng của microsatellite.............................................................. 23
CHƯƠNG 2. NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .................. 24
2.1. Địa điểm và thời gian nghiên cứu ............................................................ 24
2.2. Vật liệu nghiên cứu .................................................................................... 24
2.2.1. Nguồn mẫu ........................................................................................ 24
2.2.2. Hóa chất, dụng cụ và thiết bị ............................................................. 24
2.2.2.1. Mồi ................................................................................................. 24
2.2.2.2. Thang ............................................................................................. 25
2.2.2.3. Các hóa chất sử dụng trong tách chiết DNA ................................. 26
2.2.2.4. Hóa chất sử dụng trong PCR ......................................................... 26