HỘI NGHỊ QUỐC TẾ KIỂM SOÁT NHIỄM KHUẨN VÀ VI SINH LÂM SÀNG – BỆNH VIỆN ĐẠI HỌC Y DƯỢC TPHCM
98
GIÁ TRỊ XÉT NGHIỆM MCIM, ECIM SO VỚI CARBA-5, MULTIPLEX PCR
TRONG SÀNG LỌC ENTEROBACTERALES SINH CARBAPENEMASE
Nguyễn Sĩ Tuấn1, 2, Võ Thị Trinh1, Nguyễn Thị Thuỳ Linh1,
Lê Duy Nhất2, Hà Thị Hoa2, Trần Nguyễn Trường Duy2
TÓM TẮT13
Mục tiêu: Xác nhận giá trị sử dụng, độ nhạy,
độ đặc hiệu, giá trị tiên đoán dương, giá trị tiên
đoán âm của xét nghiệm mCIM, eCIM so với
CARBA-5, multiplex PCR trong sàng lọc trực
khuẩn Gram âm đường ruột (Enterobacterales)
sinh Carbapenemase tại Bệnh viện Đa khoa
Thống Nhất tỉnh Đồng Nai từ 4/2020 đến 9/2024.
Phương pháp: Nghiên cứu cắt ngang mô tả.
Nhóm bệnh gồm 147 chủng Enterobacterales
mang gen mã hoá Carbapenemase và nhóm
chứng gồm 1.516 chủng Enterobacterales không
mang gen mã hoá Carbapenemase. Xác nhận giá
trị sử dụng xét nghiệm mCIM, eCIM so với
phương pháp tiêu chuẩn CARBA-5. Xác định giá
trị xét nghiệm mCIM, eCIM so với phương pháp
multiplex PCR được tối ưu dựa trên công bố của
Poirel 2011.
Kết quả: Xét nghiệm mCIM có độ chính xác
là 95%, độ nhạy là 90% và độ đặc hiệu là 100%
so với phương pháp tiêu chuẩn là CARBA-5. Xét
nghiệm eCIM có độ chính xác là 100%, độ nhạy
là 100% và độ đặc hiệu là 100% so với phương
pháp tiêu chuẩn là CARBA-5. Cả 2 xét nghiệm
mCIM và eCIM có độ chụm (độ lặp và độ tái
lặp) đồng thuận loại tương đồng 100% với xét
1Trường Đại học Quốc tế Hồng Bàng
2Bệnh viện Đa khoa Thống Nhất tỉnh Đồng Nai
Chịu trách nhiệm chính: Nguyễn Sĩ Tuấn
Email: nsituan@gmail.com
Ngày nhận bài: 02/10/2024
Ngày phản biện khoa học: 11/10/2024
Ngày duyệt bài: 14/10/2024
nghiệm CARBA-5. Giá trị của xét nghiệm
mCIM/ eCIM so với multiplex PCR lần lượt như
sau: độ nhạy là 100%; độ đặc hiệu là 96,7%; giá
trị tiên đoán dương là 64,6%; giá trị tiên đoán âm
là 100%.
Kết luận: Nghiên cứu ước lượng một độ
nhạy đầu tiên tại Việt Nam nhằm xác định giá trị
xét nghiệm mCIM, eCIM trên 1663 chủng vi
khuẩn cho thấy mCIM và eCIM có giá trị cao
trong sàng lọc và phân nhóm carbapenemase ở
Enterobacterales.
Từ khóa: mCIM, eCIM, Enterobacterales,
CARBA-5, multiplex PCR, Carbapenemase
SUMMARY
THE DIAGNOSTIC VALUE OF MCIM
AND ECIM COMPARED TO CARBA-5
AND MULTIPLEX PCR IN
SCREENING FOR
CARBAPENEMASE-PRODUCING
ENTEROBACTERALES
Objective: This study aims to verify the
diagnostic value, including sensitivity,
specificity, positive predictive value (PPV), and
negative predictive value (NPV), of the mCIM
and eCIM tests compared to CARBA-5 and
multiplex PCR in screening for carbapenemase-
producing Enterobacterales at Thong Nhat
General Hospital, Dong Nai Province, from
4/2020 to 9/2024.
Methods: This is a descriptive cross-
sectional study. The case group includes 147
strains of Carbapenemase gene-harboring
Enterobacterales, and the control group consists
TẠP CHÍ Y HỌC VIỆT NAM TẬP 544 - THÁNG 11 - SỐ CHUYÊN ĐỀ - 2024
99
of 1,516 strains of non-Carbapenemase gene-
harboring Enterobacterales. The diagnostic utility
of mCIM and eCIM was compared with the
CARBA-5 standard. The value of the mCIM and
eCIM tests was also compared to an optimized
multiplex PCR based on the publication by Poirel
2011.
Results: The mCIM test showed an accuracy
of 95%, with a sensitivity of 90% and a
specificity of 100% compared to the CARBA-5
gold standard. The eCIM test demonstrated an
accuracy of 100%, with both a sensitivity and
specificity of 100% compared to the CARBA-5
gold standard. Both mCIM and eCIM tests
exhibited 100% reproducibility (repeatability and
reproducibility) in concordance with the
CARBA-5 test. When compared to multiplex
PCR, the values for the mCIM/eCIM tests were
as follows: sensitivity of 100%, specificity of
96.7%, positive predictive value (PPV) of 64.6%,
and negative predictive value (NPV) of 100%.
Conclusion: The first study estimating
sensitivity in Vietnam aimed at determining the
value of mCIM and eCIM tests on 1,663
bacterial strains shows that mCIM and eCIM
have high value in screening and classifying
Carbapenemase in Enterobacterales.
Keywords: mCIM, eCIM, Enterobacterales,
CARBA-5, multiplex PCR, Carbapenemase
I. ĐẶT VẤN ĐỀ
Trong suốt 25 năm từ khi Imipenem được
FDA chấp thuận vào năm 1985, Carbapenem
đã được xem là lựa chọn ưu tiên để điều trị
các nhiễm khuẩn do vi khuẩn Gram âm đa
kháng thuốc. Do đó, sự tích lũy các đề kháng
Carbapenem theo thời gian ngày càng tăng ở
trực khuẩn Gram âm đường ruột
(Enterobacterales). Việc xác định cơ chế vi
khuẩn đề kháng Carbapenem rất cần thiết
trong việc chọn lựa kháng sinh3. Năm 2018,
phương pháp bất hoạt Carbapenem cải tiến
(the modified Carbapenem inactivation
method, mCIM) để xác định Carbapenemase.
Tiếp đó, phương pháp mCIM cải tiến bằng
cách bổ sung EDTA đã được CLSI (Clinical
& Laboratory Standard Institute) M100-28
khuyến cáo bổ sung để phát hiện metallo-
carbapenemase6.
Có rất ít công bố giá trị của mCIM và
eCIM trong chẩn đoán Enterobacterales tiết
Carbapenemase tại Việt Nam. Do đó, trên
nhóm nghiên cứu tiến hành nghiên cứu này
với các mục tiêu như sau:
1. Xác nhận giá trị sử dụng phương pháp
mCIM, eCIM so với CARBA-5 để phát hiện
Carbapenemase ở Enterobacterales gây
nhiễm tại Bệnh viện Đa khoa Thống Nhất
tỉnh Đồng Nai.
2. Xác định độ nhạy, độ đặc hiệu, giá trị
tiên đoán dương của mCIM, eCIM so với
PCR để phát hiện Carbapenemase ở
Enterobacterales gây nhiễm tại Bệnh viện Đa
khoa Thống Nhất tỉnh Đồng Nai.
3. Xác định độ nhạy, độ đặc hiệu, giá trị
tiên đoán dương của eCIM kết hợp mCIM so
với PCR để phát hiện Carbapenemase ở
Enterobacterales gây nhiễm khuẩn tại Bệnh
viện Đa khoa Thống Nhất tỉnh Đồng Nai.
II. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.1. Đối tượng nghiên cứu: Các phân
lập từ bệnh phẩm của bệnh nhân nhiễm
khuẩn có kết quả định danh ra vi khuẩn
đường ruột (Enterobacterales) tại Bệnh viện
Đa khoa Thống Nhất tỉnh Đồng Nai từ
4/2020 – 9/2024.
Tiêu chuẩn lựa chọn: Chủng vi khuẩn
đường ruột có kết quả PCR đa mồi có gen
mã hoá Carbapenemase đưa vào nhóm bệnh.
Chủng vi khuẩn đường ruột có kết quả PCR
đa mồi không có gen mã hoá Carbapenemase
HỘI NGHỊ QUỐC TẾ KIỂM SOÁT NHIỄM KHUẨN VÀ VI SINH LÂM SÀNG – BỆNH VIỆN ĐẠI HỌC Y DƯỢC TPHCM
100
đưa vào nhóm chứng.
Tiêu chuẩn loại trừ: Mẫu phân lập có
kết quả định danh không thuộc hệ thống định
danh tự động của hệ thống BD-Phoenix. Mẫu
phân lập (từ bệnh phẩm) bị ngoại nhiễm.
2.2. Phương pháp nghiên cứu:
Thiết kế nghiên cứu: Nghiên cứu cắt
ngang mô tả.
Công thức tính cỡ mẫu:
Công thức tính cỡ mẫu để ước lượng một
độ nhạy dựa trên công thức được đề nghị trên
trang web của tác giả Thái Thanh Trúc 2:
Độ nhạy của phương pháp mCIM/eCIM
dựa trên nghiên cứu của Ya-Min Tsai và
cộng sự công bố năm 2020 trên tạp chí BMC
Microbiology là 89,3%1.
Tỷ lệ hiện mắc trong dân số dựa trên
nghiên cứu công bố năm 2019 tại Việt Nam
của tác giả Van An và cộng sự, là 4,14%. Cỡ
mẫu trong nghiên cứu này là:
Như vậy, cỡ mẫu trong nghiên cứu này là
147 mẫu nhóm bệnh và 1513 mẫu nhóm
chứng.
Xét nghiệm Multiplex PCR phát hiện
gen mã hoá Carbapenemase:
Trình tự Primer: Trình tự Primer được
tổng hợp (Bảng 1) bởi hãng Phù Sa, Việt
Nam.
Bảng 5. Trình tự Primer sử dụng của nghiên cứu
STT
Tên gen
Trình tự
Kích thước sản phẩm
TLTK
1
IMP
F: GGAATAGAGTGGCTTAANTCTC
R: GGTTTAANAAAACAACCACC
232bp
5
5
OXA
F: CGTGGTTAAGGATGAACAC
R: ATCAAGTTCAACCCAACCG
438bp
9
NDM
F: GGTTTGGCGATCTGGTTTTC
R: CGGAATGGCTCATCACGATC
621bp
11
KPC
F: CGTCTAGTTCTGCTGTCTTG
R: CTTGTCATCCTTGTTAGGCG
798bp
Master mix: Master mix sử dụng trong
nghiên cứu này là Solg ™ h-Taq DNA
Polymerase hãng Solgent - Hàn Quốc.
Phương pháp tách chiết: Sử dụng bộ kít tách
chiết bằng phương pháp shock nhiệt
AccuRive Bacteria DNA Prep Kit của hãng
Khoa Thương, Việt Nam. Mẫu chuẩn: Các
mẫu chuẩn của các trình tự mục tiêu được
cung cấp bởi công ty TNHHDV & TM Nam
Khoa. Các mẫu vi khuẩn Gram âm kháng
Carbapenem được thu thập tại Bệnh viện Đa
khoa Thống Nhất tỉnh Đồng Nai và xác nhận
gen kháng thuốc bằng phương pháp giải trình
tự Sanger cải tiến tại công ty TNHHDV &
TM Nam Khoa.
Xét nghiệm CARBA-5 phát hiện các
nhóm Carbapenemase: Bộ xét nghiệm
NG.TEST@/ CARBA-5 (NG-BIOTECH,
Pháp)4,7,8.
Xét nghiệm mCIM, eCIM phát hiện các
nhóm Carbapenemase: Phương pháp mCIM
và eCIM phát hiện kiểu hình Carbapenemase
được thực hiện bảo đảm chất lượng theo
hướng dẫn CLSI M100-286 (Hình 1) và quy
trình thực hiện xét nghiệm theo hình 3A.
TẠP CHÍ Y HỌC VIỆT NAM TẬP 544 - THÁNG 11 - SỐ CHUYÊN ĐỀ - 2024
101
Hình 1. Bảo đảm chất lượng xét nghiệm mCIM, eCIM
phát hiện kiểu hình Carbapenemase
Quy trình nghiên cứu:
Hình 2. Sơ đồ nghiên cứu
Địa điểm, thời gian nghiên cứu: Nghiên
cứu được tiến hành tại khoa Vi sinh, Bệnh
viện Đa khoa Thống Nhất tỉnh Đồng Nai.
Mẫu được thu thập từ 4/2020 đến 9/2024 và
tiến hành thực nghiệm từ 9/2023 đến 9/2024.
2.3. Đạo đức nghiên cứu: Nghiên cứu
được thực hiện khi có sự chấp thuận của Hội
đồng đạo đức trong nghiên cứu Y sinh học
của Đại học Quốc tế Hồng Bàng.
III. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU
Tổng vi khuẩn là 1.663 chủng
Enterobacterales, gồm nhóm bệnh 147 chủng
và nhóm chứng 1.516 chủng. Đặc điểm
nhóm mẫu trong nghiên cứu được trình bày
trong các bảng 2, 3 bên dưới.
HỘI NGHỊ QUỐC TẾ KIỂM SOÁT NHIỄM KHUẨN VÀ VI SINH LÂM SÀNG – BỆNH VIỆN ĐẠI HỌC Y DƯỢC TPHCM
102
Bảng 6. Phân bố gen Carbapenemase trong nhóm mẫu nghiên cứu
Kết quả PCR đa mồi
Tần số
Tỉ lệ (%)
NEG
1516
91,2
OXA
63
3,8
NDM
51
3,1
KPC
27
1,6
NDM+OXA
5
0,3
KPC+OXA
1
0,1
Nhận xét: Bảng 2 cho thấy, có 147 chủng (chiếm 8,8%) mang gen mã hoá
Carbapenemase và 1.516 chủng (chiếm 91,2%) không có gen mã hoá Carbapenemase.
Bảng 7. Phân bố kiểu hình Carbapenemase của Enterobacterales bằng mCIM và eCIM
Kiểu hình Carbapenemase
Tần số
Tỉ lệ (%)
Serine ß-lactamase
48
2,89
Metallo ß-lactamase
47
2,83
Âm tính carbapenemase
1568
94,29
Tổng
1663
100
Nhận xét: Bảng 3 cho thấy tỉ lệ kiểu hình
Enterobacterales tiết Carbapenemase là
5,71%.
Xác nhận giá trị sử dụng của mCIM,
eCIM phát hiện Carbapenemase ở
Enterobacterales
Kết quả xác nhận giá trị sử dụng của
mCIM, eCIM phát hiện Carbapenemase ở
Enterobacterales được trình bày thông qua 2
thông số: Độ chính xác và độ chụm của xét
nghiệm phát hiện Carbapenemase ở
Enterobacterales. Phương pháp tiêu chuẩn để
xác định độ chính xác là phuơng pháp
CARBA-5.
Kết quả độ chính xác của xét nghiệm
phát hiện Serine -lactamase ở
Enterobacterales
Chọn 10 chủng vi khuẩn dương tính với
Serine Carbapenemase và 10 chủng vi khuẩn
âm tính với Serine Carbapenemase bằng
CARBA-5. Độ chính xác của xét nghiệm
phát hiện Serine Carbapenemase bằng mCIM
được tính qua các chỉ số phần trăm đồng
thuận loại (CA, %), độ nhạy, độ đặc hiệu so
với CARBA-5. Kết quả được trình bày trong
Bảng 4 bên dưới.
Bảng 8. Độ chính xác của xét nghiệm phát hiện Serine
-lactamase phương pháp
mCIM, eCIM
CARBA-5 dương tính
CARBA-5 âm tính
9
0
0
10
95%
90%
100%