VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM
VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT
***************
NGUYỄN THỊ HOA
XC ĐỊNH ĐA HNH NUCLEOTIDE ĐƠN (SNP) CÓ
KHẢ NĂNG LIÊN QUAN ĐẾN TÍNH TRẠNG TĂNG
TRƯỞNG Ở CÁ TRA PANGASIANODON
HYPOPHTHALMUS.
LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC THỰC NGHIỆM
Hà Nội – 2018
VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM
VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT
***************
NGUYỄN THỊ HOA
XC ĐỊNH ĐA HNH NUCLEOTIDE ĐƠN (SNP) CÓ
KHẢ NĂNG LIÊN QUAN ĐẾN TÍNH TRẠNG TĂNG
TRƯỞNG Ở CÁ TRA PANGASIANODON
HYPOPHTHALMUS.
Chuyên ngành: SINH HỌC THỰC NGHIỆM
Mã số: 8 42 01 14
LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC THỰC NGHIỆM
NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC
TS. KIM THỊ PHƯƠNG OANH
Hà Nội – 2018
i
LỜI CẢM ƠN
Tôi xin chân thành cảm ơn phòng Đào tạo Viện Sinh thái và Tài nguyên Sinh
vật đã tạo điều kiện cho tôi học tập và hoàn thành luận văn.
Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc của mình đến TS. Kim Th Phương Oanh,
trưng phòng Hệ gen học môi trưng, Viện Nghiên cu hệ Gen - Viện Hàn lâm
Khoa học và Công nghệ Việt Nam, ngưi đã dành nhiều thi gian, tâm huyết, tận
tình giúp đỡ và hướng dẫn tôi trong suốt quá trình thực hiện và hoàn thiện luận văn.
Tôi xin chân thành cảm ơn sự quan tâm, giúp đỡ nhiệt tình của tập th cán bộ
Phòng Hệ gen học môi trưng – Viện Nghiên cu hệ Gen tạo điều kiện thuận lợi
cho tôi trong quá trình thực hiện đề tài.
Cuối cùng, tôi xin cảm ơn gia đình, bạn bè và tập th lớp Cao học K20 đã luôn
động viên, giúp đỡ tôi trong suốt quá trình học tập.
Hà Nội, ngày ..... tháng ...... năm 2018
Hc viên
Nguyễn Thị Hoa
ii
LỜI CAM ĐOAN
Tôi xin cam đoan luận văn này hoàn toàn được trình bày dựa trên kết quả
nghiên cu khoa học của bản thân dưới sự hướng dẫn chuyên môn của TS. Kim Th
Phương Oanh, trưng phòng Hệ gen học môi trưng, Viện Nghiên cu hệ Gen,
cùng với sự giúp đỡ k thuật của các cán bộ trong phòng Hệ gen học môi trưng.
Các số liệu hình ảnh, kết quả được trình bày, trong luận văn này là trung thực,
không sao chép bất c tài liệu, công trình nghiên cu của ngưi khác mà không chỉ
rõ nguồn tham khảo. Tôi xin chu trách nhiệm về li cam đoan của mình trước hội
đồng.
Hà Nội, ngày… tháng… năm 2018
Hc viên
Nguyễn Thị Hoa
iii
MỤC LỤC
LỜI CẢM ƠN ......................................................................................................................................... i
LỜI CAM ĐOAN ..................................................................................................................................ii
DANH MỤC CC KÝ HIỆU, CHỮ VIẾT TẮT ................................................................................ v
MỞ ĐẦU ................................................................................................................................................ 1
CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU .............................................................................................. 3
1.1. Đặc đim sinh học và giá tr kinh tế của cá tra ............................................................................... 3
1.1.1. Đặc đim sinh học .................................................................................................................. 3
1.1.2. Giá tr kinh tế của cá tra ......................................................................................................... 4
1.2. Tình hình nghiên cu về SNP marker trong thủy sản trên thế giới ................................................ 5
1.3. Tình hình nghiên cu về cá tra  Việt Nam ................................................................................... 7
CHƯƠNG 2. NGUYÊN VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHP ............................................................. 10
2.1. Nguyên vật liệu .................................................................................................................................10
2.1.1. Thu thập mẫu cá tra ....................................................................................................................10
2.1.2. Các cặp mồi nhân các vùng trình tự có cha SNP marker .........................................................10
2.1.3. Hóa chất thí nghiệm ...................................................................................................................11
2.1.4. Thiết b, dụng cụ thí nghiệm ......................................................................................................12
2.2. Phương pháp......................................................................................................................................12
2.2.1. Tách chiết DNA tổng số .............................................................................................................12
2.2.2. Khuếch đại các vùng trình tự bằng phương pháp PCR ..............................................................13
2.2.3. Xác đnh SNP bằng phương pháp Single Base Extension (SNapShot Multiplex Kit). ..............14
2.2.4. Thiết kế mồi SBE (Single Base Extension) ................................................................................16
2.2.5. Thu thập dữ liệu và đánh giá ......................................................................................................22
2.2.6. Phân tích số liệu trên quần th....................................................................................................23
3.1. Kết quả tách chiết DNA tổng số ........................................................................................................25
3.2. Kết quả khuếch đại các đoạn trình tự cha SNP ...............................................................................26
3.3. Kết quả tinh sạch sản phẩm PCR ......................................................................................................26
3.4. Kết quả điện di mao quản bộ mẫu chuẩn ..........................................................................................27
3.5. Thiết lập 11 Binset cho 11 nhóm mẫu ...............................................................................................29
3.6. Kết quả chạy Binset cho các sản phẩm SNapShot của 11 nhóm.......................................................33
3.7. Kết quả thống kê và tính xác suất theo thành phần kiu gen và tần số alen tại các v trí SNP cần
kim nghiệm trên hai nhóm cá tra sinh trưng nhanh và sinh trưng chậm ............................................35