BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HỒ CHÍ MINH
BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC
***000***
TRẦN NGUYỄN MINH ĐĂNG
XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU SSRs (SIMPLE
SEQUENCE REPEATS) TỪ ESTs (EXPRESSED
SEQUENCE TAGS) CỦA CÂY DỨA (Ananas comosus)
Thành phố Hồ Chí Minh
Tháng 09/2006
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HỒ CHÍ MINH
BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC
***000***
XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU SSRs (SIMPLE
SEQUENCE REPEATS) TỪ ESTs (EXPRESSED
SEQUENCE TAGS) CỦA CÂY DỨA (Ananas comosus)
Luận văn kỹ sƣ
Chuyên ngành: Công Nghệ Sinh Học
Giáo viên hƣớng dẫn: Sinh viên thực hiện:
TS. TRẦN THỊ DUNG TRẦN NGUYỄN MINH ĐĂNG
Cử Nhân LƢU PHÚC LỢI Khóa: 2002-2006
Thành phố Hồ Chí Minh
Tháng 09/2006
MINISTRY OF EDUCATION AND TRAINING
NONG LAM UNIVERSITY, HCMC
DEPARTMENT OF BIOTECHNOLOGY
***000***
BUILDING SSRs (SIMPLE SEQUENCE REPEATS)
DATABASE FROM ESTs (EXPRESSED SEQUENCE
TAGS) OF PINEAPPLE (Ananas comosus)
Graduation thesis
Major: Biotechnology
Professor Student
PhD. Tran Thi Dung TRAN NGUYEN MINH DANG
BSc. LƢU PHÚC LỢI Term: 2002 - 2006
Ho Chi Minh City
09/2006
iv
LỜI CẢM ƠN
XIN CHÂN THÀNH CẢM ƠN
Ban Giám Hiệu trƣờng Đại học Nông Lâm Tp. Hồ Chí Minh đã tạo mọi
điều kiện cho tôi trong suốt thời gian học tập.
Các thầy cô trong bộ môn Công Nghệ Sinh Học cùng các thầy cô đã trực
tiếp giảng dạy trong suốt bốn năm qua.
Xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến:
TS. Trần Thị Dung
Cử Nhân Lƣu Phúc Lợi
Đã tận tụy hƣớng dẫn, truyền đạt kiến thức giúp cho tôi hoàn thành khóa
luận này.
Cùng toàn thể lớp Công Nghệ Sinh Học 28 thân thiện đã hỗ trợ, giúp đỡ và
động viên tôi trong suốt thời gian làm đề tài.
Thành kính ghi ơn ba mẹ cùng những ngƣời thân trong gia đình luôn tạo
điều kiện và động viên con trong suốt quá trình học tập tại trƣờng.
Tháng 08 năm 2006
Trần Nguyễn Minh Đăng
v
TÓM TẮT KHOÁ LUẬN
TRẦN NGUYỄN MINH ĐĂNG, đại học Nông Lâm TP. Hồ Chí Minh, tháng
08/2006. “XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU SSRs (SIMPLE SEQUENCE
REPEATS) TỪ ESTs (EXPRESSED SEQUENCE TAGS) CỦA CÂY DỨA
(Ananas comosus)”
Hội đồng hướng dẫn:
TS. Trần Thị Dung
Cử Nhân. Lưu Phúc Lợi
Khóa luận được thực hiện tại bộ môn Công Nghệ Sinh Học, trường đại học
Nông Lâm TP. Hồ Chí Minh, trong khoảng thời gian từ tháng 3/2006 đến 8/2006.
Trong những năm qua sinh học không ngừng phát triển, đã tạo ra những kho dữ
liệu rất lớn về trình tự gene, protein,... của thực vật, động vật,… Và với các thành tựu
vốn có của công nghệ thông tin, những trình tự gene này đã và đang được lưu trữ trong
cơ sở dữ liệu sinh học lớn như NCBI, EMBL, DDBj,…Vì các cơ sở dữ liệu này quá
lớn và chứa rất nhiều thông tin khác nhau, không tập trung thành từng gene cụ thể nên
khó có thể thực hiện việc truy xuất các thông tin phục vụ trực tiếp cho một nghiên cứu
chuyên biệt, trong đó có phương pháp microsatellite. Do vậy, mục tiêu của chúng tôi
là tiến hành xây dựng cơ sở dữ liệu SSRs từ ESTs của cây dứa Ananas comosus được
lấy ở cơ sở dữ liệu sinh học NCBI.
Để đạt được mục tiêu trên, khóa luận cần đảm bảo thực hiện nội dung như sau:
Dùng Perl script để thu nhận trình tự các nucleotide của gene từ trang cơ
sở dữ liệu GenBank NCBI.
Tìm và tách các đoạn microsatellite có thể có trong mỗi đoạn gen.
Tìm hiểu về mô hình dữ liệu quan hệ, sử dụng mô hình này vào việc lưu
trữ dữ liệu các trình tự nucleotide và trình tự SSRs của Ananas comosus, và tạo
cơ sở dữ liệu chứa những trình tự này. Sau đó chuyển các dữ liệu này vào cơ sở
dữ liệu chính.
Kết hợp các phần mềm quản lý cơ sở dữ liệu và phần mềm tạo web, thiết
kế trang web chia sẻ thông tin với người dùng.