9/18/2020
Chương 8. Các phương pháp nghiên cứu sinh thái vi sinh vật
• Thu và bảo quản mẫu
• Sử dụng kính hiển vi
• Nuôi cấy vi sinh vật
• Cây phân loại phân tử
• Các phương pháp Fingerprinting
• Phương pháp Metagenomics
• Phương pháp Proteomics
• Phương pháp sử dụng phóng xạ
Thu và bảo quản mẫu
• Lượng mẫu và khu vực lấy mẫu đại diện cho nơi sống và ổ sinh thái của vi sinh vật
• Cần ghi chép thông tin về mẫu một cách rõ ràng và đầy đủ
• Căn cứ vào từng loại mẫu mà chọn phương pháp lưu giữ phù hợp.
1
9/18/2020
Kính hiển vi
Nhuộm màu
Đếm trực tiếp
2
9/18/2020
Xác định vi sinh vật thông qua hoạt động hô hấp của tế bào
• Nuôi cấy vi sinh vật trong môi trường có chứa chất nhuộm chẳng hạn như p-
iodonitrotetrazolium (INT), hoạt động trao đổi chất của tế bào sẽ khử INT thành
formazan tích tụ trong tế bào.
• Nhuộm với acridine orange, formazan sẽ dễ dàng được quan sát dưới kính hiển vi đối
pha.
Fluorescent in situ Hybridization (FISH)
3
9/18/2020
Nuôi cấy vi sinh vật
• Theo ước tính chỉ khoảng 1% tổng số loài vi sinh vật có khả năng nuôi cấy
• Môi trường nuôi cấy vi sinh vật khác nhau do như cầu dinh dưỡng khác
nhau, hoạt động trao đổi chất khác nhau…
• Sử dụng môi trường chọn lọc do một số loài vi sinh vật có khả năng sống
trong điều kiện chứa chất chọn lọc, còn các loài khác thì không.
Cây phân loại phân tử
Các nhóm sinh vật khác nhau có các vùng bảo thủ đặc trưng khác nhau (16S rDNA,
ITS,…), sử dụng kỹ thuật phân tử để nhân dòng và giải trình tự, sau đó xác định độ tương
đồng để dựng cây phân loại.
4
9/18/2020
Các nhóm vi sinh vật được phát hiện trong đất nhờ các phương pháp khác nhau
Theo Buckley và Schmidt (2002)
Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE)
5
9/18/2020
Metagenomics
6
