Vi sinh lâm sàng là môn học trong lĩnh vực y học, cung cấp kiến thức về các loại vi sinh vật gây bệnh, cơ chế gây nhiễm trùng và vai trò của xét nghiệm vi sinh trong chẩn đoán, điều trị cũng như phòng ngừa bệnh truyền nhiễm. Môn học này có tính ứng dụng cao, gắn liền với thực hành lâm sàng tại các cơ sở y tế, giúp sinh viên hiểu rõ mối liên hệ giữa tác nhân vi sinh và tình trạng bệnh lý trên người bệnh.