Luận án Tiến sĩ Công nghệ thông tin: Các phương pháp xây dựng ma trận biến đổi axít amin

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI<br /> TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ<br /> ------------------------------------------<br /> <br /> ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI<br /> TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ<br /> ĐẶNG CAO CƯỜNG<br /> <br /> CÁC PHƯƠNG PHÁP XÂY DỰNG MA TRẬN BIẾN<br /> ĐẶNG<br /> THỊ THU<br /> HIỀN<br /> ĐỔI AXÍT<br /> AMIN<br /> <br /> LUẬN ÁN TIẾN SĨ CÔNG NGHỆ THÔNG TIN<br /> <br /> I TOÁN NỘI SUY VÀ MẠNG NƠRON RBF<br /> <br /> 1<br /> <br /> Hà Nội – 2013<br /> <br /> ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI<br /> TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ<br /> -------------------------------------------<br /> <br /> ĐẶNG CAO CƯỜNG<br /> <br /> CÁC PHƯƠNG PHÁP XÂY DỰNG MA TRẬN BIẾN<br /> ĐỔI AXÍT AMIN<br /> <br /> Chuyên ngành: Khoa học Máy tính<br /> Mã số: 62.48.01.01<br /> <br /> LUẬN ÁN TIẾN SĨ CÔNG NGHỆ THÔNG TIN<br /> <br /> NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC:<br /> <br /> 1. TS. Lê Sỹ Vinh<br /> 2. TS. Lê Sĩ Quang<br /> <br /> 2<br /> <br /> Hà Nội – 2013<br /> <br /> Lời cam đoan<br /> Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi. Các kết quả được<br /> viết chung với các tác giả khác đều được sự đồng ý của các đồng tác giả trước khi<br /> đưa vào luận án. Các kết quả nêu trong luận án là trung thực và chưa từng được<br /> công bố trong các công trình khác.<br /> Tác giả<br /> <br /> 1<br /> <br /> Lời cảm ơn<br /> Luận án được thực hiện tại Trường Đại học Công nghệ, Đại học Quốc gia Hà<br /> Nội, dưới sự hướng dẫn của TS. Lê Sỹ Vinh và TS. Lê Sĩ Quang.<br /> Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới TS. Lê Sỹ Vinh, TS. Lê Sĩ Quang và<br /> giáo sư Oliver Gascuel, những người đã có những định hướng giúp tôi thành công<br /> trong việc nghiên cứu của mình. Các thầy cũng đã động viên và chỉ bảo giúp tôi<br /> vượt qua những khó khăn để tôi hoàn thành được luận án này. Tôi cũng chân thành<br /> cảm ơn thầy Hoàng Xuân Huấn, thầy đã cho tôi nhiều kiến thức quý báu về nghiên<br /> cứu khoa học và cuộc sống. Những sự chỉ bảo quý giá của các thầy đã giúp tôi hoàn<br /> thành tốt luận án này.<br /> Tôi cũng xin cảm ơn tới các Thầy, Cô thuộc Khoa Công nghệ Thông tin,<br /> Trường Đại học Công nghệ, Đại học Quốc gia Hà Nội đã tạo mọi điều kiện thuận<br /> lợi giúp tôi trong quá trình làm nghiên cứu sinh.<br /> Cuối cùng, tôi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới gia đình và bạn bè, những người<br /> đã cho tôi điểm tựa vững chắc để tôi có được thành công như ngày hôm nay.<br /> <br /> 2<br /> <br /> MỤC LỤC<br /> Lời cam đoan ............................................................................................................... 1<br /> Lời cảm ơn .................................................................................................................. 2<br /> MỤC LỤC ................................................................................................................... 3<br /> Danh mục các ký hiệu và chữ viết tắt ......................................................................... 7<br /> Danh mục các bảng ..................................................................................................... 9<br /> Danh mục các hình vẽ, đồ thị .................................................................................... 12<br /> Danh mục các thuật toán ........................................................................................... 14<br /> MỞ ĐẦU ................................................................................................................. 15<br /> Chương 1. BÀI TOÁN ƯỚC LƯỢNG SỰ BIẾN ĐỔI CỦA AXÍT AMIN ............. 19<br /> 1.1. Giới thiệu chung ........................................................................................... 19<br /> 1.1.1. ADN và axít amin .............................................................................. 19<br /> 1.1.2. Các phép biến đổi trên chuỗi axít amin ............................................. 21<br /> 1.1.3. Sắp hàng đa chuỗi axít amin .............................................................. 22<br /> 1.1.4. Cây phân loài ..................................................................................... 23<br /> 1.2. Mô hình hoá quá trình biến đổi axít amin ................................................... 24<br /> 1.2.1. Sự khác biệt giữa hai chuỗi tương đồng ............................................ 24<br /> 1.2.2. Mô hình Markov cho quá trình biến đổi axít amin ............................ 26<br /> 1.3. Bài toán ước lượng mô hình biến đổi axít amin .......................................... 29<br /> 1.4. Các phương pháp ước lượng mô hình biến đổi axít amin ........................... 31<br /> 1.4.1. Phương pháp đếm .............................................................................. 31<br /> 1.4.2. Phương pháp cực đại khả năng (maximum likelihood) ..................... 34<br /> <br /> 3<br /> <br />