Vi sinh vật nước là môn học nghiên cứu các nhóm vi sinh vật tồn tại trong môi trường nước như vi khuẩn, virus, nấm men, tảo và động vật nguyên sinh. Môn học cung cấp kiến thức về đặc điểm hình thái, cấu trúc, sinh lý, vai trò sinh thái và ảnh hưởng của vi sinh vật đến chất lượng nguồn nước. Bên cạnh đó, môn học còn đề cập đến ứng dụng vi sinh vật trong xử lý ô nhiễm, bảo vệ môi trường và nuôi trồng thủy sản.