Bài giảng Vật lí y sinh: Buổi 6+7+8 - Trần Thị Minh Thư

Tài liệu này chia thành ba phần chính, giới thiệu về protein và khoa học tính toán, phương pháp mô phỏng MD và GROMACS. Tài liệu được thiết kế cho người học Vật lý Y sinh và các chuyên gia trong lĩnh vực nghiên cứu phân tử sinh học, với mục đích giúp họ hiểu rõ về phương pháp mô phỏng MD và sử dụng GROMACS.

Người học Vật lý Y sinh và các chuyên gia trong lĩnh vực nghiên cứu phân tử sinh học.

Tài liệu này bắt đầu với giới thiệu về protein và các khái niệm cơ bản, sau đó chia sẻ phương pháp phân tích dữ liệu và cách chạy mô phỏng. Sau đó, tài liệu giới thiệu về phương pháp mô phỏng MD (Molecular Dynamics) và cách sử dụng GROMACS để thực hiện mô phỏng. GROMACS là một công cụ tính toán song song cho mô phỏng phân tử sinh học, được phát triển bởi nhóm tác giả tại Royal Institute of Technology và Uppsala University, Thụy Điển. Phần cuối cùng giới thiệu về các chức năng của GROMACS, bao gồm hỗ trợ mạnh tính toán song song, miễn phí, chỉ tốn máy tính và ổ cứng, mã nguồn mở. Tài liệu cũng giúp người đọc hiểu rõ về việc sử dụng GROMACS để chạy mô phỏng MD và tạo ra file trajectory (diễn biến của phân tử) và cung cấp thông tin về năng lượng và áp suất.