Kiểm toán hoạt động hình thành từ nhu cầu đánh giá cách thức các tổ chức sử dụng nguồn lực để tạo ra kết quả và giá trị cho xã hội. Khi hiệu quả, hiệu lực và tính kinh tế trở thành tiêu chí trọng tâm trong quản trị, việc phân tích hoạt động không chỉ phục vụ kiểm tra nội bộ mà còn hỗ trợ cải thiện chất lượng quản lý. Trong dòng chảy đó, Kiểm toán hoạt động phát triển như một lĩnh vực chuyên ngành, tập trung xem xét mối quan hệ giữa mục tiêu, nguồn lực, quy trình và kết quả đạt được.