Kiểm toán hoạt động xuất hiện và phát triển cùng với sự thay đổi trong cách xã hội nhìn nhận hiệu quả và trách nhiệm của các tổ chức. Khi nguồn lực ngày càng hữu hạn trong khi yêu cầu về chất lượng dịch vụ, tác động kinh tế – xã hội và giá trị công ngày càng gia tăng, việc đánh giá hoạt động không chỉ nhằm phát hiện sai sót mà còn hướng tới cải thiện cách thức tổ chức vận hành. Trong tiến trình đó, Kiểm toán hoạt động trở thành một lĩnh vực chuyên sâu, cung cấp cơ sở phân tích để xem xét liệu các hoạt động có tạo ra kết quả phù hợp với mục tiêu và nguồn lực đã sử dụng hay không.