- 1 -
ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI
TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ
Phan Duy Tùng
KIỂM ĐỊNH VÀ SO SÁNH CÁC MÔ HÌNH BIẾN
ĐỔI AMINO ACID CHO VIRÚT CÚM
KHOÁ LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC HỆ CHÍNH QUY
Ngành: khoa học máy tính
HÀ NỘI - 2009
- 2 -
ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI
TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ
Phan Duy Tùng
KIỂM ĐỊNH VÀ SO SÁNH CÁC MÔ HÌNH BIẾN
ĐỔI AMINO ACID CHO VIRÚT CÚM
KHOÁ LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC HỆ CHÍNH QUY
Ngành: khoa học máy tính
Cán bộ hướng dẫn: TS. Lê Sỹ Vinh
HÀ NỘI - 2009
- 3 -
Tóm tắt khóa luận
Khóa luận với đề tài “kiểm định và so sánh các mô hình biến đổi amino acid cho
virút cúm”. Đề tài này chúng tôi đã thực hiện những công việc sau:
1. Nghiên cứu tổng quan về sinh học phân tử và tin sinh học.
2. Nghiên cứu mô hình biến đổi amino acid.
3. Kiểm thứ mô hình I09 cho virút cúm và so sánh với các mô hình khác như: LG,
WAG, HIVw, HIVb, JTT ……
Kết quả cho thấy I09 [31] tốt hơn các mô hình khác khi áp dụng cho dữ liệu virút cúm.
- 4 -
Lời cảm ơn
Tôi xin chân thành cảm ơn Tiến sỹ Lê Sỹ Vinh là người trực tiếp, nhiệt tình
hướng dẫn tôi làm khóa luận tốt nghiệp trong thời gian qua.
Tôi xin gửi lời cảm ơn tới thạc sỹ Đặng Cao Cường người đã giúp đỡ tôi rất
nhiều trong quá trình làm khoán luận tốt nghiệp.
Tôi xin gửi lời cảm ơn tới toàn thể các thầy giáo, cô giáo tại Trường Đại Học
Công Nghệ những người đã hết lòng dạy cho tôi những kiến thức hết sức bổ ích trong
4 năm học tại trường.
Xin cảm ơn gia đình và những người bạn đã dành cho tôi tình thương yêu và sự
hỗ trợ tốt nhất.
- 5 -
Mục lục
Lời nói đầu ...................................................................................................................... 1
Chương 1: Tổng quan về sinh học phân tử và .................................................................. 2
Một số khái niệm khái niệm tin sinh ................................................................................ 2
1.1 Sinh học phân tử......................................................................................................2
1.2 Sắp hàng đa chuỗi ...................................................................................................4
1.3 Cây phân loài ..........................................................................................................6
Chương 2: Mô hình thay thế nucleotide và....................................................................... 7
Mô hình thay thế amino acids .......................................................................................... 7
2.1 Mô hình của chuỗi tiến hóa .....................................................................................7
2.2 Mô hình thay thế của nucleotide..............................................................................9
2.3 Mô hình thay thế của amino acid...........................................................................13
Chương 3: Virút............................................................................................................. 17
3.1 Khái niệm cơ bản về virút .....................................................................................17
3.2 Phân loại Virút ......................................................................................................17
3.3 Virút cúm..............................................................................................................18
Chương 4: Quá trình thực hiện kết quả.......................................................................... 21
4.1 Sơ lược về chương trình ........................................................................................22
4.2 Những điểm cần chú ý trong chương trình.............................................................22
4.3 Quá trình thực hiện................................................................................................24
Kết luận ......................................................................................................................31
Chương 5: Tổng kết – Đánh giá..................................................................................... 32
5.1 Tổng kết................................................................................................................32
5.2 Những đóng góp....................................................................................................32
5.3 Hướng phát triển ...................................................................................................32
Tài liệu tham khảo ......................................................................................................... 33
Hình tham khảo ............................................................................................................. 36