Chi ngân sách mục tiêu là công cụ quan trọng giúp định hướng và tập trung nguồn lực tài chính nhà nước vào các lĩnh vực, chương trình ưu tiên nhằm đạt được các mục tiêu phát triển kinh tế – xã hội cụ thể. Việc phân bổ chi theo mục tiêu không chỉ đảm bảo hiệu quả sử dụng ngân sách mà còn tăng cường khả năng giám sát, đánh giá kết quả đầu tư công.