Hệ sinh thái nông nghiệp là môn học quan trọng trong đào tạo ngành Bảo vệ thực vật, giúp sinh viên hiểu rõ cấu trúc, chức năng và sự vận hành của các hệ sinh thái trong nông nghiệp. Môn học nghiên cứu mối quan hệ tương tác giữa cây trồng, vật nuôi, đất, nước, khí hậu, vi sinh vật và con người, từ đó hình thành các phương thức quản lý bền vững. Thông qua môn học, sinh viên có khả năng đánh giá tác động của hoạt động canh tác đến môi trường và tìm ra giải pháp tối ưu để phát triển nông nghiệp theo hướng an toàn và hiệu quả.