BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ TP. HỒ CHÍ MINH
ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP
ĐỊNH DANH NẤM SỢI GÂY HỎNG TRỨNG CÁ BÁ
CHỦ (Pterapogon kauderni) DỰA TRÊN GEN ITS VÀ
XÁC ĐỊNH SỰ LÂY NHIỄM BẰNG KĨ THUẬT SEM
Ngành: Công Nghệ Sinh Học
Chuyên ngành: Công Nghệ Sinh Học
Giảng viên hướng dẫn : Ths. Võ Minh Sơn
CN. Ngô Đức Duy
Sinh viên thực hiện : Nguyễn Thị Thủy Tiên
MSSV: 1151110524 Lớp: 11DSH04
TP. Hồ Chí Minh, năm 2015
LỜI CAM ĐOAN
Tôi xin cam đoan: Đồ án này là công trình nghiên cứu thực sự của cá nhân,
được thực hiện dưới sự hướng dẫn khoa học của ThS. Võ Minh Sơn, CN. Ngô Đức
Duy. Các số liệu thu thập và kết quả phân tích trong đề tài là trung thực, đề tài
không trùng với bất kỳ đề tài nghiên cứu khoa học nào. Những thông tin tham khảo
trong khóa luận đều được trích dẫn cụ thể nguồn sử dụng.
Thành phố Hồ Chí Minh, ngày 16 tháng 8 năm 2015
Sinh viên thực hiện
Nguyễn Thị Thủy Tiên
LỜI CẢM ƠN
Trong thời gian thực hiện đồ án tốt nghiệp ở Viện Sinh Học Nhiệt Đới Thủ
Đức, được sự hướng dẫn tận tình của các Thầy cô, các anh chị và các bạn , em đã
hoàn thành tốt đồ án này. Em xin chân thành gửi lời cảm ơn đến:
TS. Hoàng Quốc Khánh, trưởng phòng Vi Sinh ứng dụng, Viện Sinh Học
Nhiệt Đới, Viện Khoa Học và Công Nghệ Việt Nam, Thầy đã tạo điều kiện cho em
được làm đề tài.
Thầy Ngô Đức Duy, TS. Nguyễn Hoàng Dũng và chị Loan phòng Vi Sinh
ứng dụng, Viện Sinh Học Nhiệt Đới, Viện Khoa Học và Công Nghệ Việt Nam đã
tận tình chỉ bảo, giảng dạy và giúp đỡ em trong suốt thời gian thực hiện đồ án.
Thầy Võ Minh Sơn đang công tác tại Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản
II thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, đã nhiệt tình giúp em trong quá
trình thu nhập mẫu bệnh trên trứng cá, và hỗ trợ giải đáp thắc mắc trong quá trình
làm đề tài.
Cô Nguyễn Hoài Hương, phòng Vi sinh, khoa Công Nghệ Sinh Học – Thực
Phẩm – Môi Trường, Trường Đại học Công Nghệ Thành Phố Hồ Chí Minh đã tận
tình giúp đỡ em trong quá trình nhận đề tài.
Các bạn lớp 11DSH04 đã luôn đồng hành, chia sẻ và giúp đỡ em trong suốt
thời gian học tập và thực hiện đề tài.
Cuối cùng, con xin cám ơn Ba Mẹ, đã nuôi nấng, chăm sóc và tạo mọi điều
kiện cho con ăn học thành người có ích cho xã hội và anh hai, người đã luôn bên
cạnh động viên, định hướng cho em những khi em gặp khó khăn trong công việc.
Đồ Án Tốt Nghiệp
i
MỤC LỤC
MỤC LỤC ................................................................................................................... i
DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT ............................................................................ v
DANH MỤC CÁC BẢNG ........................................................................................ vi
DANH MỤC HÌNH ẢNH ....................................................................................... vii
MỞ ĐẦU ..................................................................................................................... 1
1. Tính cấp thiết của đề tài .................................................................................. 1
2. Tình hình nghiên cứu ...................................................................................... 1
3. Mục đích nghiên cứu ....................................................................................... 2
4. Nhiệm vụ nghiên cứu ...................................................................................... 2
5. Phương pháp nghiên cứu ................................................................................. 2
6. Các kết quả đạt được của đề tài ....................................................................... 3
CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU ................................................................ 4
1.1. Cá Bá Chủ ...................................................................................................... 4
1.1.1. Hệ thống phân loại .............................................................................. 4
1.1.2. Đặc điểm sinh thái học ........................................................................ 5
1.1.2.1. Hình thái .......................................................................................... 5
1.1.2.2. Sinh học sinh sản ............................................................................. 6
1.1.3. Quy trình ấp trứng cá Bá Chủ tại Việt Nam ........................................ 9
1.2. Bệnh nấm thủy sản ........................................................................................ 9
1.2.1. Bệnh nấm thủy mi ............................................................................. 10
1.2.2. Bệnh do nấm Lagenidium .................................................................. 10
1.2.3. Bệnh do nấm Haliphthoros ............................................................... 10
1.2.4. Bệnh do nấm Fusarium ..................................................................... 11
Đồ Án Tốt Nghiệp
ii
1.2.5. Bệnh do nấm Plectosporium ............................................................. 11
1.3. Định danh bằng phương pháp sinh học phân tử .......................................... 11
1.3.1. Các phương pháp ly trích DNA ......................................................... 11
1.3.1.1. Nguyên tắc ..................................................................................... 11
1.3.1.2. Phương pháp ly trích DNA vi sinh vật .......................................... 12
1.3.2. PCR trong định danh vi sinh vật ....................................................... 13
1.3.2.1. Kỹ thuật PCR ................................................................................. 13
1.3.2.2. Gen rDNA ...................................................................................... 14
1.3.2.3. Mồi ................................................................................................. 14
1.3.2.4. Ứng dụng của PCR trong quá trình định danh loài vi sinh vật ...... 16
1.3.3. Xây dựng cây phát sinh loài .............................................................. 16
1.4. Kỹ thuật khuếch tán đĩa giấy kháng sinh vào môi trường thạch ................. 17
1.4.1. Phạm vi áp dụng ................................................................................ 17
1.4.2. Kháng sinh ......................................................................................... 17
1.5. Phương pháp chụp SEM .............................................................................. 22
CHƯƠNG 2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ....................... 24
2.1. Vật liệu, thiết bị và hóa chất ........................................................................ 24
2.1.1. Dụng cụ và thiết bị ............................................................................ 24
2.1.2. Nguồn mẫu ........................................................................................ 24
2.1.3. Hóa chất ............................................................................................. 24
2.1.3.1. Môi trường nuôi cấy ...................................................................... 24
2.1.3.2. Các hóa chất định danh .................................................................. 24
2.1.3.3. Các hóa chất phản ứng PCR .......................................................... 24
2.2. Phương pháp nghiên cứu ............................................................................. 25