ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI
KHOA Y DƢỢC
Người thực hiện: Đinh Gia Khánh
ỨNG DỤNG PHƢƠNG PHÁP DOCKING
PHÂN TỬ TRONG SÀNG LỌC TÌM KIẾM
HỢP CHẤT ỨC CHẾ THỤ THỂ
INTERLEUKIN - 6 HƢỚNG ĐIỀU TRỊ
VIÊM KHỚP DẠNG THẤP
KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH DƢỢC HỌC
Khóa: QH.2013.Y
Người hướng dẫn: 1. TS. LÊ THỊ THU HƢỜNG
2. TS. PHẠM THẾ HẢI
Hà Nội - 2018
Copyright © School of Medicine and Pharmacy, VNU
LỜI CẢM ƠN
Trước hết, tôi xin tỏ lòng biết ơn sâu sắc và gửi lời cảm ơn chân thành
tới TS. Lê Thị Thu Hƣờng, công tác tại bộ môn Dược liệu và Dược học cổ
truyền - khoa Y Dược Trường Đại học Quốc gia Hà Nội là người thầy tận tình
chỉ bảo, động viên, hướng dẫn để tôi hoàn thành luận văn.
Tôi xin chân thành cảm ơn TS.Phạm Thế Hải công tác tại Trường Đại
học Dược Hà Nội đã chỉ bảo tận tình cho tôi từ những bước đi ban đầu khi
nhận đề tài.
Bên cạnh đó, tôi cũng xin gửi lời cảm ơn tới lãnh đạo, thầy cô Khoa Y
Dược, Đại học Quốc gia Hà Nội đã giúp đỡ, tạo điều kiện để tôi được làm
khóa luận, được học tập, nghiên cứu, rèn luyện tại Khoa suốt 5 năm học qua.
Sau cùng, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới gia đình, anh chị em và
bạn bè luôn sát cánh, đồng hành, ủng hộ động viên tôi trong quá tình học tập,
nghiên cứu hoàn thành luận văn.
Dù đã rất cố gắng nhưng kiến thức, kỹ năng và thời gian thực hiện còn
hạn hẹp, tôi khó tránh khỏi những thiếu sót. Tôi rất mong nhận được những ý
kiến đóng góp của các thầy cô để khóa luận của tôi được hoàn thiện hơn.
Tôi xin chân thành cảm ơn.
Hà Nội, Ngày 30 tháng 4 năm 2018
Sinh Viên
Đinh Gia Khánh
PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the watermark
Copyright © School of Medicine and Pharmacy, VNU
DANH MỤC KÝ HIỆU VIẾT TẮT
Tên viết tắt
Tên Tiếng Anh
Tên Tiếng Việt
CRP
C-reactive protein
Protein phản ứng C
CSDL
Cơ sở dữ liệu
FDA
Food and Drug Administation
Cơ quan Quản lý Thực
phẩm và Dược phẩm Hoa
Kỳ
GA
Genetic Algorithm
Thuật giải di truyền
HBA
Hydro bond acceptor
Trung tâm nhận liên kết
hydro
HBD
Hydro bond donor
Trung tâm cho liên liên
kết hydro
HTS
High throughput screening
Sàng lọc thông lượng cao
IL-6
Interleukin 6
Interleukin 6
IL-6R
Interleukin 6 receptor
Thụ thể Interleukin 6
MIL-6R
membrane-bound Interleukin
6 receptor
Thụ thể Interleukin 6 bám
màng tế bào
MW
Molecular weight
Khối lượng phân tử
RA
Rheumatoid Arthritis
Viêm khớp dạng thấp
PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the watermark
Copyright © School of Medicine and Pharmacy, VNU
SIL-6R
soluble Interleukin-6 receptor
Thụ thể Interleukin 6 dạng
hòa tan
SVBVS
Structure-Based Virtual
Screening
Sàng lọc ảo dựa trên cấu
trúc
VEGF
Vascular Endothelial Growth
Factor
Yếu tố phát triển nội mạc
mạch máu
VNPD
Vietnamese natural product
Database
Cơ sở dữ liệu hợp chất
thiên nhiên Việt Nam
PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the watermark
Copyright © School of Medicine and Pharmacy, VNU
DANH MỤC HÌNH VẼ
Hình 1.1: Cơ chế bệnh sinh viêm khớp dạng thấp ......................................................... 4
Hình 1.2: Hai con đường kích hoạt phản ứng viêm của IL-6 .................................... 5
Hình 1.3: Cấu trúc 3 chiều (3D) của phức hợp IL-6 với thụ thể của nó. Hai IL-
6 (xanh tím đậm, hồng), hai IL-6R (xanh dương, xám) tạo phức hợp với vùng
màng ngoài của cấu trúc hai protein gp130 (xanh lá,vàng) ....................................... 5
Hình 1.4: Các quá trình nghiên cứu và phát triển thuốc .............................................. 7
Hình 2.1: Phân tích protein 1 ALU về cấu trúc hình học so với IL-6 phản ánh
qua màu sắc trên Ngân hàng dữ liệu protein Châu Âu (https://www.rcsb.org/)12
Hình 2.2: Hình ảnh 3D của protein 1ALU ...................................................................... 13
Hình 3.1: Minh họa kết quả sàng lọc ................................................................................ 16
Hình 3.2: Minh hoạ hai chiều tương tác của Madindoline A trong trung tâm
hoạt động của IL-6 .................................................................................................................... 17
Hình 3.3: Minh họa 2 chiều tương tác của (-)-Hydnocarpin trong trung tâm
hoạt động của IL-6 .................................................................................................................... 24
Hình 3.4: Minh họa 2 chiều tương tác của 24-methylene cycloartane-3β,21-
diol trong trung tâm hoạt động của IL-6 .......................................................................... 25
Hình 3.5: Minh họa 2 chiều tương tác của 20(R),24(E)-3-oxo-9β-lanosta-
7,24-dien-26-oic acid trong trung tâm hoạt động của Il-6 ........................................ 26
Hình 3.6: Minh họa 2 chiều tương tác của 3,6,7-Tri-O-acetyl-α-mangostin
trong trung tâm hoạt động của Il-6 ..................................................................................... 27
Hình 3.8: Minh họa 2 chiều tương tác của 3-epibartogenic acid trong trung
tâm hoạt động của IL-6 ........................................................................................................... 29
Hình 3.9: Minh họa 2 chiều tương tác của 3α-hydroxy-urs-12-ene-23,28-dioic
acid trong trung tâm hoạt động của IL-6 ......................................................................... 30
Hình 3.10: Minh họa 2 chiều tương tác của 6-O-benzoyl-α-mangostin trong
trung tâm hoạt động của Il-6 ................................................................................................. 31
Hình 3.11: Minh họa 2 chiều tương tác của 9-hydroxycanthin-6-O-
glucopyranoside trong trung tâm hoạt động của IL-6 ................................................ 32
Hình 3.12: Minh họa 2 chiều tương tác của apigenin 7-O-β-D-glucosid trong
trung tâm hoạt động của IL-6 ............................................................................................... 33
PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the watermark
