Doanh nghiệp nhà nước không vận hành trong khoảng trống kinh tế thuần túy. Mỗi quyết định đầu tư, mở rộng hay thoái vốn đều gắn với lựa chọn chính sách, ưu tiên phát triển và cách Nhà nước can thiệp vào thị trường. Chính vì vậy, các vấn đề xoay quanh doanh nghiệp nhà nước thường không bộc lộ ngay trên báo cáo tài chính, mà ẩn sâu trong cấu trúc quản trị và cơ chế kiểm soát. Kiểm toán doanh nghiệp nhà nước xuất hiện như một lĩnh vực chuyên ngành nhằm bóc tách những tầng vận hành đó, nơi kiểm toán đóng vai trò phân tích cách nguồn lực công được dẫn dắt, ràng buộc và chịu trách nhiệm trong không gian doanh nghiệp.