
Nghiên cứu biến đổi thành phần gen H5 của virus cúm...
565
ng©n hμng gen vμ thu thËp chuçi gen H5
cña c¸c chñng c−êng ®éc ®−¬ng nhiÔm
(2005-2008) thuéc c¸c vïng miÒn kh¸c
nhau cña ViÖt Nam vμ §«ng Nam ¸.
Chñng A/Ck/Vietnam/HG4/2005 cã møc ®é
t−¬ng ®ång cao víi c¸c chñng A/H5N1 ®·
c«ng bè trong ng©n hμng gen, chøng tá gen
HA thu nhËn ®−îc chÝnh x¸c lμ gen H5 cña
virus cóm A ph©n týp H5N1, thuéc d−íi
dßng Qu¶ng §«ng (Guangdong sublineage).
Nh− vËy cã thÓ kh¼ng ®Þnh kÕt qu¶ cña qu¸
tr×nh t¸ch dßng ®· l−u gi÷ ®−îc gen H5 cña
chñng A/Ck/Vietnam/HG4/2005 vμ cã c¬ së
®Ó ph©n tÝch biÕn ®æi thμnh phÇn gen.
Hai m−¬i chñng liÖt kª ë b¶ng 1 ®−îc
s¾p xÕp so s¸nh ®èi chiÕu sö dông ch−¬ng
tr×nh GENEDOC2.5. C¸c chñng sè 2 ®Õn 11
thuéc d−íi dßng Qu¶ng §«ng; c¸c chñng sè
12 ®Õn 20 thuéc d−íi dßng Phóc KiÕn (B¶ng
1). Chñng A/Ck/Vietnam/HG4/2005 cã tû lÖ
®ång nhÊt nucleotide (identity) thÊp nhÊt
lμ 95% (B¶ng 1) vμ tû lÖ t−¬ng ®ång amino
acid (homology) thÊp nhÊt lμ 97% víi c¸c
chñng cã nguån gèc Qu¶ng §«ng (tõ sè 2
®Õn 11). Trong khi ®ã, víi c¸c chñng cã
nguån gèc Phóc KiÕn (tõ sè 12 ®Õn 20), tû
lÖ ®ång nhÊt nucleotide thÊp nhÊt cña
chñng nμy lμ 93% (B¶ng 1) vμ tû lÖ t−¬ng
®ång amino acid thÊp nhÊt lμ 92% (sè liÖu
kh«ng tr×nh bμy ë ®©y).
KÕt qu¶ so s¸nh ®èi chiÕu tr×nh tù
nucleotide vμ amino acid cña toμn bé chuçi
gen H5 (1707 bp m· ho¸ cho 568 amino acid)
cña chñng A/Ck/Vietnam/HG4/2005(H5N1)
víi c¸c chñng A/H5N1 kh¸c cña ViÖt Nam vμ
vïng §«ng Nam ¸ ®−îc tr×nh bμy ë h×nh 1.
* 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * 120
A-Ck-VN-HG : ATGGAGAAAATAGTGCTTCTTTTTGCGATATTCAGTCTTGTTAAAAGTGATCAGATTTGCATTGGTTACCATGCAAACAACTCAACAGAGCAGGTTGACACAATAATGGAAAAGAACGTT : 120
A-Ck-VN-LA : ..............................G....................................................G.................................... : 120
A-Dk-VN-CM : ..............................G....................................................G.................................... : 120
A-Ck-VN-NC : ..........................A...G....................................................G.................................... : 120
A-HN-3040- : ..........................A...G....................................................G.................................... : 120
A-Ck-TL-No : ..........................A...G......................................................................................... : 120
A-mDk-VN-B : ..............................G......................................................................................... : 120
A-Dk-VN-18 : ........................A.....G....................................................G.................................... : 120
A-Ck-VN-29 : ..............................G....................................................G.................................... : 120
A-Ck-Indo- : .....................C....A...GC.............G..................................T....................................... : 120
A-Ck-TL-08 : ..........................A...G....................................................G.................................... : 120
A-Ck-Fujia : .....................C.G..A...G....C...............................................G.................................... : 120
A-Dk-VN-NA : .....................C....A...A....C......................A........................G.................................... : 120
A-Dk-VN-53 : .....................C....A...A....C...............................................G.................................... : 120
A-Ck-Laos- : .....................C........G....C.................................................................................... : 120
A-Ck-Laos- : .....................C....A...G....C..........................C....................G.................................... : 120
A-mDk-VN-1 : .....................A....A...G....C.........G.C...................................G.................................... : 120
A-Dk-VN-50 : .....................C....A...A....C...............................................G.................................... : 120
A-Dk-VN-43 : .....................C....A...A....C...............................................G.................................... : 120
A-VN-HN312 : .....................C....A...A....C...............................................G.................................... : 120
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------rut gon--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
* 980 * 1000 * 1020 * 1040 * 1060 * 1080
A-Ck-VN-HG : TATGTGAAATCAACCAGATTAGTCCTTGCGACTGGGCTCAGAAATAGCCCTCAAAGAGAGAGAAGAAGAAAAAAGAGAGGATTATTTGGAGCTATAGCAGGTTTTATAGAAGGAGGATGG : 1080
A-Ck-VN-LA : .............A.........................................T......................................................G......... : 1080
A-Dk-VN-CM : .............A..............................................G.................................................G......... : 1080
A-Ck-VN-NC : .............A.....................................................---........................................G..G...... : 1077
A-HN-3040- : .............A.....................................................---........................................G......... : 1077
A-Ck-TL-No : .............A.....................A.........................A................................................G......... : 1080
A-mDk-VN-B : .............A........................................C.....G.................................................G......... : 1080
A-Dk-VN-18 : .............A..............................................G........................................G........G......... : 1080
A-Ck-VN-29 : .............A..............................................G...................G.............................G......... : 1080
A-Ck-Indo- : .............A...................................................................C............................G......... : 1080
A-Ck-TL-08 : .............AT...............................................................................................G......... : 1080
A-Ck-Fujia : .............A..A..............................T....T......A.............---.....C............................G......... : 1077
A-Dk-VN-NA : .............A..A..............................T....T......A.............---.....C...C........................G..C...... : 1077
A-Dk-VN-53 : .............A..A..............................T....T......A.............---.....C....C.......................G..C...... : 1077
A-Ck-Laos- : .............A..A..............................T....T......A.............---.....C............................G......... : 1077
A-Ck-Laos- : .............A..A............T.................T....T......A.............---.....C...................G........G......... : 1077
A-mDk-VN-1 : .............A..A........................................................---.....C...................................... : 1077
A-Dk-VN-50 : .............A..A..............................T....T......A.............---.....C............................G..C...... : 1077
A-Dk-VN-43 : .............A..A..............................T....T......A.............---.....C............................G..C...... : 1077
A-VN-HN312 : .............A..A..............................T....T......A.............---.....C............................G..C...... : 1077
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------rut gon----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
* 1580 * 1600 * 1620 * 1640 * 1660 * 1680
A-Ck-VN-HG : GGAGTAAAATTGGAATCAATAGGAATTTACCAAATACTGTCAATTTATTCTACAGTGGCGAGTTCCCTAGCACTGGCAATCATGGTAGCTGGTCTATCCTTATGGATGTGCTCCAATGGG : 1680
A-Ck-VN-LA : ........................................................................................................................ : 1680
A-Dk-VN-CM : .....G...........G...................................................................................................... : 1680
A-Ck-VN-NC : ..................................................C.....A............................................................... : 1677
A-HN-3040- : ..................................................C.....A............................................................... : 1677
A-Ck-TL-No : ........................................................A.......................................................T....... : 1680
A-mDk-VN-B : .....G.................................................................................................................. : 1680
A-Dk-VN-18 : .....G...........G...................................................................................................... : 1680
A-Ck-VN-29 : .....G...............................................C.................................................................. : 1680
A-Ck-Indo- : ..G...............................................A.................................A.G................................. : 1680
A-Ck-TL-08 : ...........................................................A............................................................ : 1680
A-Ck-Fujia : .........................C........................A.....T........T....................G...........T..................... : 1677
A-Dk-VN-NA : .........................C........................A.....T........T....................G...........T..................... : 1677
A-Dk-VN-53 : .........................C........................A.....T........T....................G...........T..................... : 1677
A-Ck-Laos- : ........G................C........................A....CT........T....................G...........T..................... : 1677
A-Ck-Laos- : .........................C........................A.....T........T....................G...........T..G.................. : 1677
A-mDk-VN-1 : .........................C........................A...................................G...........T..G.....------------- : 1664
A-Dk-VN-50 : .........................C........................A.....T........T....................G...........T..................... : 1677
A-Dk-VN-43 : .........................C........................A.....T........T....................G...........T..................... : 1677
A-VN-HN312 : .........................C........................A.....T........T....................G...........T..................... : 1677
* 1700
A-Ck-VN-HG : TCGTTACAATGCAGAATTTGCATTTAA : 1707
A-Ck-VN-LA : ........................... : 1707
A-Dk-VN-CM : ........................... : 1707
A-Ck-VN-NC : ........................--- : 1701
A-HN-3040- : .................A........G : 1704
A-Ck-TL-No : ........................... : 1707
A-mDk-VN-B : ........................... : 1707
A-Dk-VN-18 : ........................... : 1707
A-Ck-VN-29 : ........................... : 1707
A-Ck-Indo- : ........................-.. : 1706
A-Ck-TL-08 : ..A........................ : 1707
A-Ck-Fujia : ..................--------- : 1695
A-Dk-VN-NA : ........................... : 1704
A-Dk-VN-53 : ....----------------------- : 1681
A-Ck-Laos- : ........................--- : 1701
A-Ck-Laos- : ........................... : 1704
A-mDk-VN-1 : --------------------------- : -
A-Dk-VN-50 : ........................... : 1704
A-Dk-VN-43 : ..................--------- : 1695
A-VN-HN312 : ........................... : 1704
A. H5 NUCLEOTIDE
* 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * 120
A-Ck-VN-HG : ATGGAGAAAATAGTGCTTCTTTTTGCGATATTCAGTCTTGTTAAAAGTGATCAGATTTGCATTGGTTACCATGCAAACAACTCAACAGAGCAGGTTGACACAATAATGGAAAAGAACGTT : 120
A-Ck-VN-LA : ..............................G....................................................G.................................... : 120
A-Dk-VN-CM : ..............................G....................................................G.................................... : 120
A-Ck-VN-NC : ..........................A...G....................................................G.................................... : 120
A-HN-3040- : ..........................A...G....................................................G.................................... : 120
A-Ck-TL-No : ..........................A...G......................................................................................... : 120
A-mDk-VN-B : ..............................G......................................................................................... : 120
A-Dk-VN-18 : ........................A.....G....................................................G.................................... : 120
A-Ck-VN-29 : ..............................G....................................................G.................................... : 120
A-Ck-Indo- : .....................C....A...GC.............G..................................T....................................... : 120
A-Ck-TL-08 : ..........................A...G....................................................G.................................... : 120
A-Ck-Fujia : .....................C.G..A...G....C...............................................G.................................... : 120
A-Dk-VN-NA : .....................C....A...A....C......................A........................G.................................... : 120
A-Dk-VN-53 : .....................C....A...A....C...............................................G.................................... : 120
A-Ck-Laos- : .....................C........G....C.................................................................................... : 120
A-Ck-Laos- : .....................C....A...G....C..........................C....................G.................................... : 120
A-mDk-VN-1 : .....................A....A...G....C.........G.C...................................G.................................... : 120
A-Dk-VN-50 : .....................C....A...A....C...............................................G.................................... : 120
A-Dk-VN-43 : .....................C....A...A....C...............................................G.................................... : 120
A-VN-HN312 : .....................C....A...A....C...............................................G.................................... : 120
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------rut gon--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
* 980 * 1000 * 1020 * 1040 * 1060 * 1080
A-Ck-VN-HG : TATGTGAAATCAACCAGATTAGTCCTTGCGACTGGGCTCAGAAATAGCCCTCAAAGAGAGAGAAGAAGAAAAAAGAGAGGATTATTTGGAGCTATAGCAGGTTTTATAGAAGGAGGATGG : 1080
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A-Dk-VN-18 : .............A..............................................G........................................G........G......... : 1080
A-Ck-VN-29 : .............A..............................................G...................G.............................G......... : 1080
A-Ck-Indo- : .............A...................................................................C............................G......... : 1080
A-Ck-TL-08 : .............AT...............................................................................................G......... : 1080
A-Ck-Fujia : .............A..A..............................T....T......A.............---.....C............................G......... : 1077
A-Dk-VN-NA : .............A..A..............................T....T......A.............---.....C...C........................G..C...... : 1077
A-Dk-VN-53 : .............A..A..............................T....T......A.............---.....C....C.......................G..C...... : 1077
A-Ck-Laos- : .............A..A..............................T....T......A.............---.....C............................G......... : 1077
A-Ck-Laos- : .............A..A............T.................T....T......A.............---.....C...................G........G......... : 1077
A-mDk-VN-1 : .............A..A........................................................---.....C...................................... : 1077
A-Dk-VN-50 : .............A..A..............................T....T......A.............---.....C............................G..C...... : 1077
A-Dk-VN-43 : .............A..A..............................T....T......A.............---.....C............................G..C...... : 1077
A-VN-HN312 : .............A..A..............................T....T......A.............---.....C............................G..C...... : 1077
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------rut gon----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
* 1580 * 1600 * 1620 * 1640 * 1660 * 1680
A-Ck-VN-HG : GGAGTAAAATTGGAATCAATAGGAATTTACCAAATACTGTCAATTTATTCTACAGTGGCGAGTTCCCTAGCACTGGCAATCATGGTAGCTGGTCTATCCTTATGGATGTGCTCCAATGGG : 1680
A-Ck-VN-LA : ........................................................................................................................ : 1680
A-Dk-VN-CM : .....G...........G...................................................................................................... : 1680
A-Ck-VN-NC : ..................................................C.....A............................................................... : 1677
A-HN-3040- : ..................................................C.....A............................................................... : 1677
A-Ck-TL-No : ........................................................A.......................................................T....... : 1680
A-mDk-VN-B : .....G.................................................................................................................. : 1680
A-Dk-VN-18 : .....G...........G...................................................................................................... : 1680
A-Ck-VN-29 : .....G...............................................C.................................................................. : 1680
A-Ck-Indo- : ..G...............................................A.................................A.G................................. : 1680
A-Ck-TL-08 : ...........................................................A............................................................ : 1680
A-Ck-Fujia : .........................C........................A.....T........T....................G...........T..................... : 1677
A-Dk-VN-NA : .........................C........................A.....T........T....................G...........T..................... : 1677
A-Dk-VN-53 : .........................C........................A.....T........T....................G...........T..................... : 1677
A-Ck-Laos- : ........G................C........................A....CT........T....................G...........T..................... : 1677
A-Ck-Laos- : .........................C........................A.....T........T....................G...........T..G.................. : 1677
A-mDk-VN-1 : .........................C........................A...................................G...........T..G.....------------- : 1664
A-Dk-VN-50 : .........................C........................A.....T........T....................G...........T..................... : 1677
A-Dk-VN-43 : .........................C........................A.....T........T....................G...........T..................... : 1677
A-VN-HN312 : .........................C........................A.....T........T....................G...........T..................... : 1677
* 1700
A-Ck-VN-HG : TCGTTACAATGCAGAATTTGCATTTAA : 1707
A-Ck-VN-LA : ........................... : 1707
A-Dk-VN-CM : ........................... : 1707
A-Ck-VN-NC : ........................--- : 1701
A-HN-3040- : .................A........G : 1704
A-Ck-TL-No : ........................... : 1707
A-mDk-VN-B : ........................... : 1707
A-Dk-VN-18 : ........................... : 1707
A-Ck-VN-29 : ........................... : 1707
A-Ck-Indo- : ........................-.. : 1706
A-Ck-TL-08 : ..A........................ : 1707
A-Ck-Fujia : ..................--------- : 1695
A-Dk-VN-NA : ........................... : 1704
A-Dk-VN-53 : ....----------------------- : 1681
A-Ck-Laos- : ........................--- : 1701
A-Ck-Laos- : ........................... : 1704
A-mDk-VN-1 : --------------------------- : -
A-Dk-VN-50 : ........................... : 1704
A-Dk-VN-43 : ..................--------- : 1695
A-VN-HN312 : ........................... : 1704
A. H5 NUCLEOTIDE
* 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * 120
A-Ck-VN-HG : ATGGAGAAAATAGTGCTTCTTTTTGCGATATTCAGTCTTGTTAAAAGTGATCAGATTTGCATTGGTTACCATGCAAACAACTCAACAGAGCAGGTTGACACAATAATGGAAAAGAACGTT : 120
A-Ck-VN-LA : ..............................G....................................................G.................................... : 120
A-Dk-VN-CM : ..............................G....................................................G.................................... : 120
A-Ck-VN-NC : ..........................A...G....................................................G.................................... : 120
A-HN-3040- : ..........................A...G....................................................G.................................... : 120
A-Ck-TL-No : ..........................A...G......................................................................................... : 120
A-mDk-VN-B : ..............................G......................................................................................... : 120
A-Dk-VN-18 : ........................A.....G....................................................G.................................... : 120
A-Ck-VN-29 : ..............................G....................................................G.................................... : 120
A-Ck-Indo- : .....................C....A...GC.............G..................................T....................................... : 120
A-Ck-TL-08 : ..........................A...G....................................................G.................................... : 120
A-Ck-Fujia : .....................C.G..A...G....C...............................................G.................................... : 120
A-Dk-VN-NA : .....................C....A...A....C......................A........................G.................................... : 120
A-Dk-VN-53 : .....................C....A...A....C...............................................G.................................... : 120
A-Ck-Laos- : .....................C........G....C.................................................................................... : 120
A-Ck-Laos- : .....................C....A...G....C..........................C....................G.................................... : 120
A-mDk-VN-1 : .....................A....A...G....C.........G.C...................................G.................................... : 120
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A-VN-HN312 : .....................C....A...A....C...............................................G.................................... : 120
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------rut gon--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
* 980 * 1000 * 1020 * 1040 * 1060 * 1080
A-Ck-VN-HG : TATGTGAAATCAACCAGATTAGTCCTTGCGACTGGGCTCAGAAATAGCCCTCAAAGAGAGAGAAGAAGAAAAAAGAGAGGATTATTTGGAGCTATAGCAGGTTTTATAGAAGGAGGATGG : 1080
A-Ck-VN-LA : .............A.........................................T......................................................G......... : 1080
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A-Dk-VN-18 : .............A..............................................G........................................G........G......... : 1080
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A-Ck-TL-08 : .............AT...............................................................................................G......... : 1080
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A-Dk-VN-53 : .............A..A..............................T....T......A.............---.....C....C.......................G..C...... : 1077
A-Ck-Laos- : .............A..A..............................T....T......A.............---.....C............................G......... : 1077
A-Ck-Laos- : .............A..A............T.................T....T......A.............---.....C...................G........G......... : 1077
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A-Dk-VN-43 : .............A..A..............................T....T......A.............---.....C............................G..C...... : 1077
A-VN-HN312 : .............A..A..............................T....T......A.............---.....C............................G..C...... : 1077
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------rut gon----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
* 1580 * 1600 * 1620 * 1640 * 1660 * 1680
A-Ck-VN-HG : GGAGTAAAATTGGAATCAATAGGAATTTACCAAATACTGTCAATTTATTCTACAGTGGCGAGTTCCCTAGCACTGGCAATCATGGTAGCTGGTCTATCCTTATGGATGTGCTCCAATGGG : 1680
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A-Ck-VN-29 : .....G...............................................C.................................................................. : 1680
A-Ck-Indo- : ..G...............................................A.................................A.G................................. : 1680
A-Ck-TL-08 : ...........................................................A............................................................ : 1680
A-Ck-Fujia : .........................C........................A.....T........T....................G...........T..................... : 1677
A-Dk-VN-NA : .........................C........................A.....T........T....................G...........T..................... : 1677
A-Dk-VN-53 : .........................C........................A.....T........T....................G...........T..................... : 1677
A-Ck-Laos- : ........G................C........................A....CT........T....................G...........T..................... : 1677
A-Ck-Laos- : .........................C........................A.....T........T....................G...........T..G.................. : 1677
A-mDk-VN-1 : .........................C........................A...................................G...........T..G.....------------- : 1664
A-Dk-VN-50 : .........................C........................A.....T........T....................G...........T..................... : 1677
A-Dk-VN-43 : .........................C........................A.....T........T....................G...........T..................... : 1677
A-VN-HN312 : .........................C........................A.....T........T....................G...........T..................... : 1677
* 1700
A-Ck-VN-HG : TCGTTACAATGCAGAATTTGCATTTAA : 1707
A-Ck-VN-LA : ........................... : 1707
A-Dk-VN-CM : ........................... : 1707
A-Ck-VN-NC : ........................--- : 1701
A-HN-3040- : .................A........G : 1704
A-Ck-TL-No : ........................... : 1707
A-mDk-VN-B : ........................... : 1707
A-Dk-VN-18 : ........................... : 1707
A-Ck-VN-29 : ........................... : 1707
A-Ck-Indo- : ........................-.. : 1706
A-Ck-TL-08 : ..A........................ : 1707
A-Ck-Fujia : ..................--------- : 1695
A-Dk-VN-NA : ........................... : 1704
A-Dk-VN-53 : ....----------------------- : 1681
A-Ck-Laos- : ........................--- : 1701
A-Ck-Laos- : ........................... : 1704
A-mDk-VN-1 : --------------------------- : -
A-Dk-VN-50 : ........................... : 1704
A-Dk-VN-43 : ..................--------- : 1695
A-VN-HN312 : ........................... : 1704
A. H5 NUCLEOTIDE