Trong chương trình Khoa học tự nhiên lớp 9, kỳ thi học sinh giỏi (HSG) là cơ hội để học sinh thử sức với các dạng bài tập nâng cao, bao quát cả ba lĩnh vực: Vật lí, Hóa học và Sinh học. Các đề thi HSG KHTN 9 thường có sự kết hợp giữa lý thuyết chuyên sâu và các bài tập tính toán, phân tích tình huống, yêu cầu học sinh vừa nắm chắc kiến thức vừa có khả năng tư duy sáng tạo.