Copyright @ School of Medicine and Pharmacy, VNU
ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI
KHOA Y DƢỢC
Người thực hiện: ĐOÀN VIỆT NGA
ỨNG DỤNG PHƢƠNG PHÁP THIẾT KẾ VÀ
PHÂN TÍCH DỮ LIỆU IN SILICO (ISIDA)
TRONG THIẾT KẾ HỢP CHẤT
ACID HYDROXAMIC MỚI ỨC CHẾ HDAC2
KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH DƢỢC HỌC
Khóa: QH.2013.Y
Người hướng dẫn: 1. TS. LÊ THỊ THU HƢỜNG
2. TS. PHẠM THẾ HẢI
Hà Nội – 2018
PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the watermark
Copyright @ School of Medicine and Pharmacy, VNU
LỜI CẢM ƠN
Trước hết, tôi xin tỏ lòng biết ơn sâu sắc và gửi lời cảm ơn chân thành tới
TS. Lê Thị Thu Hƣờng, công tác tại bộ môn Dược liệu và Dược học cổ truyền -
khoa Y Dược Trường Đại học Quốc gia Hà Nội là người thầy tận tình trực tiếp chỉ
bảo, động viên, hướng dẫn để tôi hoàn thành luận văn của mình.
Tôi xin chân thành cảm ơn TS. Phạm Thế Hải công tác tại Trường Đại học
Dược Hà Nội đã giúp đỡ tôi trong suốt thời gian qua.
Bên cạnh đó, tôi cũng xin gửi lời cảm ơn tới lãnh đạo, thầy cô Khoa Y Dược,
Đại học Quốc gia Hà Nội đã giúp đỡ, tạo điều kiện để tôi được làm khóa luận, được
học tập, nghiên cứu, rèn luyện tại Khoa suốt 5 năm học qua.
Sau cùng, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới gia đình, anh chị em và bạn
bè luôn sát cánh, đồng hành, ủng hộ động viên tôi trong quá tình học tập, nghiên
cứu hoàn thành luận văn.
Dù đã rất cố gắng nhưng kiến thức, kỹ năng và thời gian thực hiện còn hạn
hẹp, tôi khó tránh khỏi những thiếu sót. Tôi rất mong nhận được những ý kiến đóng
góp của các thầy cô để khóa luận của tôi được hoàn thiện hơn.
Tôi xin chân thành cảm ơn.
Hà Nội, Ngày 25 tháng 4 năm 2018
Sinh viên
Đoàn Việt Nga
PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the watermark
Copyright @ School of Medicine and Pharmacy, VNU
GIẢI THÍCH CHỮ VIẾT TẮT
CCC
Tính phù hợp hệ số tương quan
CSDL
Cơ sở dữ liệu
HDAC
Histone deacetylase
HDAC2
Histone deacetylase 2
IC50
Nồng độ ức chế 50%
MAE
Sai số tuyệt đối
MLR
Phương pháp hồi quy tuyến tính đa biến
PS
Tập kiểm tra
Q2
Hệ số tương quan chéo
Q2LOO
Hệ số xác định cho tập kiểm tra
QSAR
Tương quan định lượng giữa cấu trúc – tác
dụng
RMSE
Sai số toàn phương
SAHA
Suberoylanilide hydroxamic acid
TS
Tập huấn luyện
TSPT
Tham số phân tử
PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the watermark
Copyright @ School of Medicine and Pharmacy, VNU
DANH MỤC CÁC HÌNH
Hình1.1: Quá trình acetyl hóa histone / deacetyl hóa được điều chỉnh bởi các
enzyme HAT và HDAC. ............................................................................................ 5
Hình 1.2: Cấu tạo trung tâm hoạt động của HDAC .................................................... 5
Hình 1.3: Mối liên quan của các dạng HDAC khác nhau tới quá trình sinh trưởng
phát triển của tế bào . .................................................................................................. 9
Hình 1.4: Cấu trúc một số dãy acid hydroxamic được tổng hợp .............................. 13
ở Việt Nam ................................................................................................................ 13
Hình 2.1: Cấu trúc hóa học của 45 dẫn xuất của acid hydroxamic ........................... 20
thu thập được ............................................................................................................. 20
Hình 2.2: Các bước xây dựng mô hình QSAR và ứng dụng mô hình trong thiết kế
và dự đoán ................................................................................................................ 22
Hình 2.3: Cơ chế đếm mảnh cấu trúc trong mô tả phân tử ISIDA ........................... 23
Hình 2.4: Biểu di n công thức N- 5-hydroxypyridin-2-yl acetamide theo chương
trình tô màu và gắn nhãn .......................................................................................... 24
Hình 2.5: Hai loại mảnh cấu trúc theo chuỗi và nhánh với các phân loại: nguyên tử
và liên kết, chỉ nguyên tử, chỉ liên kết ...................................................................... 25
Hình 3.1: Các mảnh cấu trúc sử dụng trong mô hình QSAR.................................... 29
Hình 3.2: Các mảnh cấu trúc quan trọng được lựa chọn trong mô hình M1, M2 và
M3 phản ánh mối tương quan định lượng giữa cấu trúc và hoạt tính sinh học ức chế
enzyme HDAC2 ........................................................................................................ 34
PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the watermark
