i
LỜI CAM ĐOAN
Tôi xin cam đoan luận văn “Giám sát sự lưu hành type vi rút và khảo sát yếu tố
nguy cơ phát sinh dịch cúm gia cầm trên địa bàn huyện Quảng Ninh, tỉnh Quảng
Bình” là công trình nghiên cứu của riêng tôi, nằm trong khuôn khổ đề tài Khoa học và
Công nghệ tỉnh Quảng Bình năm 2017 do PGS - TS. Nguyễn Xuân Hòa làm chủ
nhiệm. Các kết quả nghiên cứu được trình bày trong luận văn là trung thực, khách
quan và chưa từng dùng để bảo vệ lấy bất kỳ học vị nào.
Tôi xin cam đoan rằng mọi sự giúp đỡ cho việc thực hiện luận văn đã được cám
ơn, các thông tin trích dẫn trong luận văn này đều được chỉ rõ nguồn gốc.
Quảng Bình, ngày 15 tháng 05 năm 2018
Tác giả luận văn
Nguyễn Thị Ngọc
PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the watermark
ii
LỜI CẢM ƠN
Trong suốt quá trình thực hiện đề tài và hoàn thành bản luận văn, tôi luôn nhận
được sự giúp đỡ của nhiều tổ chức và cá nhân. Nhân dịp này tôi xin cảm ơn:
Ban Giám hiệu, Phòng Đào tạo sau Đại học, Khoa Chăn nuôi Thú y, Trường Đại
học Nông lâm Huế đã tạo điều kiện cho tôi được theo học chương trình đào tạo trình
độ Thạc sỹ tại trường.
Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến Thầy giáo, TS Vũ Văn Hải, Khoa Chăn
nuôi Thú y, Trường Đại học Nông lâm Huế là người thầy hướng dẫn khoa học, trực
tiếp giúp đỡ tôi trong quá trình thực hiện đề tài và hoàn thành luận văn.
Tập thể Lãnh đạo và cán bộ Chi cục Thú y Quảng Bình, Phân viện Thú y Nha
Trang, Đề tài khoa học và Công nghệ tỉnh Quảng Bình năm 2017 – 2018, nghiên cứu
sinh Phạm Hồng Kỳ đã tạo điều kiện thuận lợi và giúp đỡ tôi hoàn thành đề tài nghiên
cứu của mình.
Đặc biệt, gia đình, bạn bè và đồng nghiệp đã luôn bên cạnh, động viên, giúp đỡ
tôi trong quá trình học tập, nghiên cứu và hoàn thành luận văn.
Mặc dù bản thân đã nổ lực, cố gắng, song do kiến thức và thời gian hạn chế nên
không tránh khỏi những tồn tại, thiếu sót. Vì vậy, kính mong tiếp tục nhận được sự
quan tâm, góp ý từ các thầy cô giáo, bạn bè, đồng nghiệp cho các nội dung nghiên cứu.
Xin chân thành cảm ơn!
Thừa Thiên Huế, tháng 05 năm 2018
Tác giả
Nguyễn Thị Ngọc
PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the watermark
iii
TÓM TẮT LUẬN VĂN
Đề tài “Giám sát sự lưu hành type vi rút và khảo sát yếu tố nguy cơ phát sinh
dịch cúm gia cầm trên địa bàn huyện Quảng Ninh, tỉnh Quảng Bình” được thực
hiện từ tháng 7 năm 2017 đến tháng 2 năm 2018. 100 hộ nuôi gia cầm tại 5 xã trên địa
bàn huyện Quảng Ninh, tỉnh Quảng Bình được điều tra phỏng vấn trực tiếp bằng phiếu
điều tra. Các yếu tố nguy cơ làm phát sinh và lây lan dịch cúm gia cầm gồm: Không tiêm
vắc xin phòng bệnh cho đàn gia cầm (OR = 11,15); tập quán giết mổ gia cầm sống tại gia
đình (OR = 25,67); nuôi gia cầm tiếp xúc với chim trời (OR = 7,5); Tập quán nuôi ghép
nhiều gia cầm với nhau (OR = 11,07); Tập quán sử dụng nước ao hồ (OR =7,36).
Với mục đích giám sát sự lưu hành vi rút cúm A , từ tháng 7 năm 2017 đến tháng 2
năm 2018 trên địa bàn huyện Quảng Ninh, tỉnh Quảng Bình. 72 mẫu swab gộp của gà và
vịt đã được thu thập. Sự có mặt của vi rút cúm được phát hiện bằng phương pháp Real
time RT - PCR. Kết quả xác định được 21 mẫu dương tính với vi rút cúm type A, cụ thể
như sau: Tại chợ Võ Xá, qua 8 lần lấy mẫu với tổng số 32 mẫu giám sát, có 13/32
mẫu dương tính với gen M (tỷ lệ 40,625 %). Tiếp tục xét nghiệm 13 mẫu dương tính
gen M để xác định subtyp H, thấy 1 mẫu dương tính với subtyp H5. Xét nghiệm mẫu
này để xác định subtyp N1 và N6 phát hiện thấy 1 mẫu dương tính với subtype N6
(3,125%). Như vậy có sự lưu hành vi rút cúm A/H5N6 với tỷ lệ 3,125% trên địa bàn
nghiên cứu.
Giám sát tại đàn chỉ báo : Qua 8 lần lấy mẫu với tổng số 40 mẫu giám sát, có 8/40
mẫu dương tính với gen M (tỷ lệ 20%). Không có mẫu nào dương tính với subtyp H5 và
H7. Như vậy, không có sự lưu hành cúm A/H5N6 tại hộ chăn nuôi trong thời điểm giám
sát.
Mẫu dương tính với vi rút cúm A/H5N6 tại chợ Võ Xá, Quảng Ninh, được tiến
hành giải trình tự gen tại công ty 1st Base, Singapo. Quy trình được thực hiện bằng
phương pháp Sanger dideoxy sequencing. Kết quả giải trình tự được trích xuất dưới
dạng mặc định (*ab1) được đọc bằng phần mềm Bioedit như sau:
Đánh giá bằng thuật toán Blast trên GenBank (NCBI), Trình tự gen H5 của
chủng phân lập được tại huyện Quảng Ninh có mức tương đồng cao nhất (nhận dạng
dể nhất) với các chủng H5 đã tìm thấy, hiển thị màu đỏ tương ứng mức điểm >200.
Trình tự điểm phân cắt của chủng phân lập được có chứa chuỗi aminoacid
RERRRKR/GLF tại các vùng phân cắt trong phân tử HA, Giống với trình tự điểm
phân cắt của các chủng độc lực cao do tổ chức OIE công bố năm 2017. (Motiff
cleavage site hpaiv h5 RERRRKR/GLF,OIE, 2017). Từ đó có thể kết luận chủng phân
lập được tại Quảng Ninh có độc lực cao.
Vẫn còn chủng H5N6 lưu hành trên đàn gia cầm cho thấy nguy cơ phát dịch còn
tiềm ẩn do đó cần tăng cường công tác giám sát chủ động, đặc biệt hàng năm cần xây
dựng kế hoạch lấy mẫu để xác định sự lưu hành vi rút cúm gia cầm nhằm cảnh báo sớm
và chuẩn bị đầy đủ các điều kiện để sẵn sàng ứng phó với dịch cúm gia cầm độc lực cao.
PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the watermark
iv
MỤC LỤC
LỜI CAM ĐOAN ......................................................................................................... i
LỜI CẢM ƠN .............................................................................................................ii
TÓM TẮT LUẬN VĂN ............................................................................................ iii
MỤC LỤC .................................................................................................................. iv
DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT .............................................. vii
DANH MỤC CÁC BẢNG .......................................................................................viii
MỞ ĐẦU ..................................................................................................................... 1
1. Đặt vấn đề ................................................................................................................ 1
2. Mục tiêu nghiên cứu ................................................................................................ 2
3. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn .................................................................................. 2
Chương 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU ........................................................................... 3
1.1. Khái niệm cúm gia cầm......................................................................................... 3
1.2. Lịch sử bệnh cúm gia cầm. .................................................................................... 3
1.3. Tình hình bệnh cúm gia cầm trên thế giới và Việt Nam ......................................... 4
1.3.1. Tình hình bệnh cúm gia cầm trên thế giới .......................................................... 4
1.3.2. Tình hình bệnh cúm gia cầm ở Việt Nam ........................................................... 6
1.3.3. Tình hình bệnh cúm gia cầm ở Quảng Bình. .................................................... 15
1.3.4. Tình hình dịch cúm gia cầm tại huyện Quảng Ninh. ......................................... 16
1.4. Vi rút học bệnh cúm gia cầm ............................................................................... 17
1.4.1. Cấu trúc của vi rút cúm gia cầm ....................................................................... 17
1.4.2. Đặc điểm cấu trúc hệ gence cúm gia cầm ......................................................... 19
1.4.3. Đặc điểm kháng nguyên - miễn dịch ................................................................ 21
1.4.4. Độc lực của vi rút ............................................................................................. 24
1.4.5. Cơ chế xâm nhập, nhân lên và gây bệnh của vi rút ........................................... 25
1.4.6. Sức đề kháng của vi rút .................................................................................... 26
1.5. Truyền nhiễm học ............................................................................................... 27
1.5.1. Động vật cảm nhiễm ........................................................................................ 27
PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the watermark
v
1.5.2. Con đường truyền lây ....................................................................................... 28
1.5.3. Mùa phát bệnh ................................................................................................. 28
1.6. Triệu chứng và bệnh tích ..................................................................................... 28
1.6.1. Triệu chứng ...................................................................................................... 28
1.6.2. Bệnh tích .......................................................................................................... 29
1.7. Các phương pháp chẩn đoán ............................................................................... 30
1.7.1. Chẩn đoán dịch tễ học ...................................................................................... 30
1.7.2. Chẩn đoán lâm sàng ......................................................................................... 30
1.7.3. Chẩn đoán vi rút học ........................................................................................ 30
1.7.4. Chẩn đoán huyết thanh học .............................................................................. 30
1.8. Phòng bệnh ......................................................................................................... 31
1.8.1. Phòng bệnh bằng vệ sinh .................................................................................. 31
1.9. Hiểu biết về kỹ thuật Realtime RT-PCR .............................................................. 32
1.9.1. Thế nào là phản ứng Realtime RT-PCR ........................................................... 32
1.9.2. Cơ chế hoạt động của Real time PCR sử dụng Taqman probe làm chất phát
huỳnh quang .............................................................................................................. 32
Chương 2: NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP THỰC HIỆN ..................................... 34
2.1. Đối tượng, phạm vi và nội dung nghiên cứu của đề tài ....................................... 34
2.1.1. Đối tượng nghiên cứu...................................................................................... 34
2.1.2. Phạm vi nghiên cứu .......................................................................................... 34
2.1.3. Nội dung .......................................................................................................... 34
2.2. Bố trí thí nghiệm ................................................................................................. 34
2.3. Vật liệu nghiên cứu ............................................................................................. 35
2.3.1. Mẫu vật: ........................................................................................................... 35
2.3.2. Nguyên liệu...................................................................................................... 35
2.4. Phương pháp nghiên cứu ..................................................................................... 37
2.4.1. Phương pháp lấy mẫu ....................................................................................... 37
2.4.2. Phương pháp xét nghiệm. ................................................................................. 37
2.5. Phương pháp xử lý số liệu ................................................................................... 42
PDF Watermark Remover DEMO : Purchase from www.PDFWatermarkRemover.com to remove the watermark
