Vi sinh vật gây bệnh là môn học cơ sở quan trọng trong ngành Bảo vệ thực vật, nghiên cứu các nhóm vi sinh vật như vi khuẩn, nấm, virus và tuyến trùng gây bệnh cho cây trồng. Sinh viên được trang bị kiến thức từ đặc điểm hình thái, sinh lý, sinh thái đến cơ chế gây bệnh và mối quan hệ giữa vi sinh vật với cây ký chủ. Môn học này giúp người học nắm vững nền tảng khoa học để phát hiện, chẩn đoán và đề xuất biện pháp quản lý bệnh hại phù hợp trong sản xuất nông nghiệp.