SO SÁNH CÁC TRÌNH TỰ SINH HỌC BẰNG BLAST VÀ CLUTALX

Chia sẻ: Vũ Minh Dương | Ngày: | Loại File: PPT | Số trang:42

Thêm vào BST

Báo xấu

770
lượt xem 102
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Nắm được những nguyên tắc so sánh các trình tự sinh học Sử dụng chương trình BLAST giúp chúng ta nhanh chóng tìm ra những trình tự sinh học tương đồng (nếu có trong các CSDL lớn như NCBI, EMBL, DDPJ...) với trình tự yêu cầu. Cung cấp những số liệu về tỉ lệ tương đồng, nguồn gốc các trình tự tương đồng,...

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: SO SÁNH CÁC TRÌNH TỰ SINH HỌC BẰNG BLAST VÀ CLUTALX

n to SO SÁNH CÁC TRÌNH TỰ SINH HỌC BẰNG BLAST VÀ CLUTALX 1
Mục tiêu của bài học  Nắm được những nguyên tắc so sánh các trình tự sinh học  Sử dụng chương trình BLAST giúp chúng ta nhanh chóng tìm ra những trình tự sinh học tương đồng (nếu có trong các CSDL lớn như NCBI, EMBL, DDPJ…) với trình tự yêu cầu.  Cung cấp những số liệu về tỉ lệ tương đồng, nguồn gốc các trình tự tương đồng,… 2 Tì kim rnh ự i họ m ế tì t snh c
Bắt cặp trình tự  Sắp xếp thẳng hàng trình tự là phương pháp sắp xếp hai hoặc nhiều trình tự nhằm đạt được sự giống nhau tối đa.  Các trình tự này có thể được xen bằng các khoảng trống (thường được diễn tả bằng các gạch nối ngang) tại các vị trí có thể để làm sao tạo thành các cột giống nhau (identical) hoặc tương tự nhau (similar). tcctctgcctctgccatcat---caaccccaaagt |||| ||| ||||| ||||| |||||||||||| tcctgtgcatctgcaatcatgggcaaccccaaagt 3 Gi it ệ mô họ ớ hiu n c
 Phương pháp này thường được dùng để nghiên cứu sự tiến hóa của các trình tự từ một tổ tiên chung, đặc biệt là các trình tự sinh học như trình tự protein hoặc trình tự DNA.  Các bắt cặp không đúng trong trình tự tương ứng với các đột biến và các khoảng trống tương ứng với phần thêm vào hoặc xóa đi.  Thuật ngữ "sắp xếp thẳng hàng trình tự" cũng chỉ quá trình tạo ra sự sắp xếp này hay tìm ra các cách sắp xếp tốt nhất trong cơ sở dữ liệu gồm các trình tự riêng biệt. 4 Gi it ệ mô họ ớ hiu n c
Sắp gióng cột đôi một (Pairwise alignment)  Sắp gióng cột đôi một là phương pháp phục vụ cho việc tìm kiếm một trình tự sắp gióng cột toàn bộ hay (cục bộ) mà trùng khớp nhất của các chuỗi protein ( amino acid) hay DNA (nucleic acid).  Thông thường, mục đích của nó là tìm ra (mối quan hệ) đồng đẳng của một gene hay một sản phẩm-gen trong một cơ sở dữ liệu các thông tin mẫu đã có sẵn. Thông tin này là hữu ích để trả lời một loạt các câu hỏi sinh học khác nhau. 5 Gi it ệ mô họ ớ hiu n c
Ứng dụng  Một vài ví dụ về những câu hỏi mà các nhà nghiên cứu dùng BLAST để tìm câu trả lời.  Chủng loại vi khuẩn nào có các protein có liên hệ về giống loài với một loại protein khác mà có chuỗi amino-acid mà ta đã biết không?.  Chuỗi DNA mà ta vừa sắp xếp có nguồn gốc từ đâu?  Có gen nào khác dùng để mã hóa các protein có cấu trúc hay dáng dấp gần với cái mà ta vừa xác định không?.  BLAST còn được dùng kết hợp với các giải thuật khác có đòi hỏi sự so trùng chuỗi gần đúng. 6 Gi it ệ mô họ ớ hiu n c
Blast  BLAST là một giải thuật để so sánh các chuỗi sinh học, như các chuỗi của các protein hay của các chuỗi DNA khác nhau.  Chúng ta dùng blast khi câu hỏi đặt ra “liệu có trình tự nào trong ngân hàng dữ liệu giống hoặc gần giống với trình tự của bạn không”?. 7 Gi it ệ mô họ ớ hiu n c
Nguyên tắc trong blast Thu thập và lựa Phân tích kết chọn trình tự Blast quả blast (protein hay DNA, RNA) Thuật toán của BLAST có 2 phần, một phần tìm kiếm và một phần đánh giá thống kê dựa trên kết quả tìm được. 8 Gi it ệ mô họ ớ hiu n c
Thuật toán blast  Thuật toán của BLAST có 2 phần, một phần tìm kiếm và một phần đánh giá thống kê dựa trên kết quả tìm được.  Trong phần đánh giá thống kê, BLAST dựa trên cơ sở đánh giá của một cặp trình tự để tính ra một giá trị gọi là [Bit-Score]. Giá trị càng cao chứng tỏ khả năng tương tự của các bắt cặp càng cao.  Ngoài ra BLAST tính toán một giá trị trông đợi E-Score (Expect-Score) phụ thuộc vào Bit-Score. 9 Gi it ệ mô họ ớ hiu n c
Giá trị xác xuất trong blast 10 Gi it ệ mô họ ớ hiu n c
Các bước tìm kiếm trong blast Bước 1: BLAST tìm kiếm các chuỗi con ngắn với chiều dài cố định W có tính tương tự cao Bước 2: BLAST tiếp tục tìm kiếp những cặp Hits tiếp theo dựa trên cơ sở những Hit đã tìm được trong bước 1 Minimum Score (S) Neighborhood Score Threshold (T) Những chuỗi con nào có số điểm lớn hơn một giá trị ngưỡng T (threshold value) thì được gọi là tìm thấy và được BLAST gọi là Hits 11 Gi it ệ mô họ ớ hiu n c
Mở rộng so sánh các trình tự  Bước 3: Cuối cùng BLAST mở rộng những cặp Hits đã tìm được theo cả hai chiều và đồng thời đánh số điểm.  Quá trình mở rộng kết thúc khi điểm của các cặp Hits không thể mở rộng thêm nữa. KENFDKARFSGTWYAMAKKDPEG 50 RBP (query) MKGLDIQKVAGTWYSLAMAASD. 44 lactoglobulin (hit) Hit! Mở rộng Mở rộng 12 Gi it ệ mô họ ớ hiu n c
Những chuỗi con nucleotide trong blast Những chuỗi con này được đánh giá cho điểm dựa trên ma trận thay thế (Substitutionsmatrix) BLOSUM hoặc PAM. 13 Gi it ệ mô họ ớ hiu n c
Protein words Những chuỗi con này được đánh giá cho điểm dựa trên ma trận thay thế (Substitutionsmatrix) BLOSUM hoặc PAM. 14 Gi it ệ mô họ ớ hiu n c
Cách tính điểm Phương pháp chung:  Terminal mismatches (0)  Bắt cặp nhau score (1)  Mismatch penalty (-3)  Gap penalty (-1)  Gap extension penalty (-1) DNA Defaults
Cách tính điểm số DNA GGGGGGAGAA |||||*|*|| 8(1)+2(-3)=2 GGGGGAAAAAGGGGG GGGGGGAGAA--GGG |||||*|*|| ||| 3 11(1)+2(-3)+1(-1)+1(-1)= GGGGGAAAAAGGGGG
So sánh các đặc tính di truyền của các loài
Bò và Cá (DNA) 32 .ACAGGACATTTTACTACTCTGCAGATAATGGCTGACTTTGACATGGTAC 80 | | | | | | || | | || | | |||| | 51 TTCTTCAGACTGCGCCATGGGGCTCAGCGACGGGGAATGGCAGTTGGTGC 100 . . . . . 81 TGAAGTGCTGGGGTCCAATGGAGGCGGACCACGCAACCCACGGGAGTCTG 130 |||| |||||| ||||||| || |||| ||| ||| | 101 TGAATGCCTGGGGGAAGGTGGAGGCTGATGTCGCAGGCCATGGGCAGGAG 150 . . . . . 131 GTGCTGACCCGTTTATTCACAGAGCACCCAGAAACCCTAAAGTTATTCCC 180 || || | | | | ||||||| || || || ||||| || ||| 151 GTCCTCATCAGGCTCTTCACAGGTCATCCCGAGACCCTGGAGAAATTTGA 200 . . . . . 181 CAAGTTTGCTGGC...ATCGCCCATGGGGACCTGGCCGGGGATGCAGGTG 227 |||||| | | | | | || || | | | 201 CAAGTTCAAGCACCTGAAGACAGAGGCTGAGATGAAGGCCTCCGAGGACC 250 48% similarity
Bò và Heo 1 CAGCTGTCGGAGACAGACACCCAGTCAGTCCCGCCCTTGTTCTTTTTCTC 50 | ||| ||| || | ||||| |||| ||| |||||| 1 .......CAGAGCCAGGACACCCAGTACGCCCGCACTTGCTCTGTTTCTC 43 . . . . . 51 TTCTTCAGACTGCGCCATGGGGCTCAGCGACGGGGAATGGCAGTTGGTGC 100 |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| 44 TTCTGCAGACTGTGCCATGGGGCTCAGCGACGGGGAATGGCAGCTGGTGC 93 . . . . . 101 TGAATGCCTGGGGGAAGGTGGAGGCTGATGTCGCAGGCCATGGGCAGGAG 150 |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 94 TGAACGTCTGGGGGAAGGTGGAGGCTGATGTCGCAGGCCATGGGCAGGAG 143 . . . . . 151 GTCCTCATCAGGCTCTTCACAGGTCATCCCGAGACCCTGGAGAAATTTGA 200 ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| 144 GTCCTCATCAGGCTCTTTAAGGGTCACCCCGAGACCCTGGAGAAATTTGA 193 . . . . . 201 CAAGTTCAAGCACCTGAAGACAGAGGCTGAGATGAAGGCCTCCGAGGACC 250 |||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||| 194 CAAGTTTAAGCACCTGAAGTCAGAGGATGAGATGAAGGCCTCTGAGGACC 243 80% giống nhau (88% at aa!)
Các biến thể của blast Program query Database 1 blastn DNA DNA 1 blastp protein protein 6 blastx DNA protein 20