TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ
KHOA THỦY SẢN
CHƯNG THỊ NGHIỄM
ỨNG DỤNG PHƯƠNG PHÁP PCR - GENOTYPING
TRONG NGHIÊN CỨU TÁC NHÂN GÂY BỆNH ĐỐM
TRẮNG (WSSV) TRÊN TÔM SÚ
LUẬN VĂN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC
NGÀNH BỆNH HỌC THỦY SẢN
2009
PDF created with FinePrint pdfFactory Pro trial version http://www.fineprint.com
TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ
KHOA THỦY SẢN
CHƯNG THỊ NGHIỄM
ỨNG DỤNG PHƯƠNG PHÁP PCR - GENOTYPING
TRONG NGHIÊN CỨU TÁC NHÂN GÂY BỆNH ĐỐM
TRẮNG (WSSV) TRÊN TÔM SÚ
LUẬN VĂN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC
NGÀNH BỆNH HỌC THỦY SẢN
CÁN BỘ HƯỚNG DẪN
TRẦN THỊ TUYẾT HOA
2009
PDF created with FinePrint pdfFactory Pro trial version http://www.fineprint.com
i
LỜI CẢM TẠ
Xin chân thành cảm tạ Quý Thầy - Cô giảng viên Khoa Thủy Sản, trường Đại
học Cần Thơ đã tận tâm giảng dạy, truyền đạt những kiến thức và kinh nghiệm
quý báu trong suốt thời gian em học tập tại trường.
Đặc biệt, em xin chân thành cảm ơn cô Trần Thị Tuyết Hoa giảng viên Bộ
môn Sinh học và Bệnh Thủy Sản thuộc khoa Thủy Sản - trường đại học Cần
Thơ đã tận tâm dìu dắt, hướng dẫn em hoàn thành luận văn tốt nghiệp, tạo điều
kiện để em có cơ hội học tập thêm những kiến thức thực tế.
Chân thành cảm ơn anh Mai Nam Hưng (lớp cao học khoá 14) đã nhiệt tình hỗ
trợ cung cấp mẫu tôm thu ở Cà Mau năm 2008.
Xin cám ơn tập thể các bạn lớp Bệnh học thủy sản khóa 31 đã động viên, giúp
đỡ, và trao đổi kiến thức trong suốt thời gian học tập, làm luận văn tốt nghiệp
tại Khoa Thủy Sản.
Chân thành cảm ơn các anh, chị ở bộ môn Sinh học và Bệnh thủy sản đã nhiệt
tình hỗ trợ, giúp đỡ tận tình trong suốt thời gian thực hiện luận văn.
Chân thành cảm ơn Ba, Mẹ và em gái đã động viên trong suốt thời gian làm
luận văn cũng như trong khoảng thời gian học Đại học.
Xin chân thành cảm ơn và chúc Quý thầy cô và các anh, chị, bạn bè lời chúc
sức khỏe và thành công trong cuộc sống.
PDF created with FinePrint pdfFactory Pro trial version http://www.fineprint.com
ii
TÓM TẮT
Nghiên cứu được thực hiện nhằm tìm hiểu sự khác nhau về kiểu gen của
WSSV ở hai thời điểm và hai khu vực khác nhau bằng phương pháp PCR -
Genotyping (ORF94 và ORF125). Kết quả cho thấy có sự khác nhau về kiểu
gen của WSSV ở năm 2006 và năm 2008 và cả ở 2 khu vực Cà Mau và Bạc
Liêu khi phân tích 231 mẫu ở 23 ao, thuộc 2 đợt thả giống liên tiếp trong cùng
một ao nuôi ở mô hình quãng canh cải tiến (QCCT) thuộc tỉnh Cà Mau 2008
và so sánh kiểu gen của các dòng virus này với các nghiên cứu trước đây (năm
2006). Kết quả nghiên cứu cho thấy, năm 2008, kiểu gen thuộc ORF94 có 12
nhóm vùng lặp lại (VLL), từ 4 - 16 vùng lặp lại trong đó 11-VLL chiếm tỉ lệ
cao nhất (35,8%, 43/120 tổng số mẫu), ORF125 có 8 nhóm vùng lặp lại từ 3 -
14 vùng lặp lại, trong đó 7-VLL chiếm tỉ lệ cao nhất (53,8%, 64/119 tổng số
mẫu). Năm 2006 cho thấy có 5 nhóm vùng lặp lại thuộc ORF125, từ 4 - 8
vùng lặp lại (Cà Mau) và có 6 nhóm từ 3 - 8 vùng lặp lại (Bạc Liêu), trong đó
kiểu gen có 6-VLL chiếm tỉ lệ cao nhất ở cả hai khu vực (Cà Mau là 59,7%,
Bạc Liêu là 24,1%). Sự nhiễm nhiều kiểu gen (ORF94 và ORF125) của
WSSV trong cùng 1 ao ở mô hình nuôi QCCT năm 2008 là phổ biến và sự
nhiễm kép nhiều kiểu gen trong cùng một mẫu tôm cũng phong phú hơn so
với năm 2006. Nghiên cứu còn cho thấy, sự nhiễm bệnh ở các đợt nuôi tôm
liên tiếp ở mô hình QCCT chủ yếu là do nguồn tôm giống gây ra. Từ đó có thể
thấy khả năng ứng dụng tốt phương pháp PCR Genotying trong nghiên cứu tác
nhân gây bệnh đốm trắng (WSSV) trên tôm sú.
PDF created with FinePrint pdfFactory Pro trial version http://www.fineprint.com
iii
MỤC LỤC
LỜI CẢM TẠ ................................... ……………………………………….i
TÓM TẮT .................................................................................................. ii
MỤC LỤC ................................................................................................. iii
DANH SÁCH BẢNG ................................................................................. v
DANH SÁCH HÌNH ................................................................................. vi
Chương I - GIỚI THIỆU ............................................................................ 1
Chương II - LƯỢC KHẢO TÀI LIỆU ........................................................ 3
2.1 Tình hình bệnh đốm trắng trên tôm .................................................. 3
2.1.1 Trên thế giới .............................................................................. 3
2.1.2 Ở Việt Nam ............................................................................... 4
2.2 Một số vấn đề liên quan đến virus gây đốm trắng - WSSV .............. 5
2.2.1 Hình thái học của WSSV ........................................................... 5
2.2.2 Cấu trúc protein ......................................................................... 5
2.2.3 Gen và phân loai học.................................................................. 6
2.2.4 Sự biến đổi về gen và độc lực của các dòng virus....................... 7
2.2.5 Vật chủ cảm nhiễm .................................................................... 7
2.2.6 Một số nghiên cứu về tác nhân gây bệnh đốm trắng bằng
kỹ thuật PCR - genotyping ................................................................. 8
2.3 Phương pháp chẩn đoán PCR .......................................................... 9
2.3.1 Nguyên tắc phản ứng PCR ......................................................... 9
2.3.2 Một số yếu tố chính ảnh hưởng đến phản ứng PCR .................... 9
2.3.3 Úng dụng của kỹ thuật PCR ..................................................... 10
Chương III - VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ............... 11
3.1 Địa điểm và thời gian nghiên cứu .................................................. 11
3.2 Vật liệu nghiên cứu ....................................................................... 11
3.2.1 Dụng cụ và hoá chất .............................................................. 11
3.2.2 Vật liệu nghiên cứu ................................................................ 11
3.3 Phương pháp nghiên cứu ............................................................... 12
3.3.1 Phương pháp Nested - PCR phát hiện WSSV ........................... 12
PDF created with FinePrint pdfFactory Pro trial version http://www.fineprint.com