Đánh giá mối quan hệ di truyền của heo rừng Việt Nam dựa trên vùng D-Loop ty thể

TẠP CHÍ SINH HỌC 2013, 35(3se): 200-206<br /> <br /> ĐÁNH GIÁ MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN CỦA HEO RỪNG VIỆT NAM<br /> DỰA TRÊN VÙNG D-LOOP TY THỂ<br /> Hoàng Nghĩa Sơn1*, Nguyễn Thị Phương Mai2, Hà Thanh Tùng2, Lê Thị Châu2,<br /> Nguyễn Hữu Duân2, Nguyễn Khắc Duy1, Đoàn Chính Chung3, Đỗ Minh Sĩ3, Lê Thành Long1<br /> 1<br /> <br /> Viện Sinh học nhiệt đới, Viện Hàn lâm KH & CN Việt Nam, *hoangnghiason@yahoo.com<br /> 2<br /> Viện Nghiên cứu khoa học Tây Nguyên, Viện Hàn lâm KH & CN Việt Nam<br /> 3<br /> Trường Đại học Khoa học tự nhiên, ĐHQG tp. Hồ Chí Minh<br /> <br /> TÓM TẮT: DNA ty thể được sử dụng để phân tích mối quan hệ phát sinh loài của heo rừng, trong nghiên<br /> cứu này, trình tự vùng D-loop ty thể được sử dụng để đánh giá tính đa hình và mối quan hệ phát sinh loài<br /> của heo rừng Việt Nam và các quần thể heo rừng khác của châu Á. Việc nghiên cứu các vị trí biến đổi<br /> trong vùng D-Loop và phân tích quan hệ di truyền cho thấy quần thể heo rừng bao gồm các cá thể heo<br /> rừng bản địa Việt Nam và các cá thể heo lai (lai giữa heo rừng Việt Nam và heo rừng Thái Lan). Ba vị trí<br /> đa hình mới được tìm thấy ở heo rừng Việt Nam. Bảy vị trí biến đổi của heo rừng Thái Lan được tìm thấy<br /> ở heo rừng lai. Việc xây dựng cây phát sinh loài cho thấy hầu hết các cá thể heo rừng lai có mối quan hệ<br /> di truyền gần với heo rừng Thái Lan, đặc biệt là heo rừng vùng Sansai của Thái Lan. Các cá thể heo rừng<br /> bản địa Việt Nam ở khu vực vườn quốc gia Bidoup-Núi Bà và rừng Tánh Linh giống nhau về mặt di<br /> truyền và nằm trong một nhóm. Heo rừng Việt Nam tách biệt về mặt di truyền so với các nhóm heo rừng<br /> châu Á khác như heo rừng Hàn Quốc, heo rừng Thái Lan và heo rừng Indonesia với khoảng cách di truyền<br /> lớn.<br /> Từ khoá: DNA ty thể, heo rừng, khoảng cách di truyền, phát sinh loài, vùng D-loop.<br /> MỞ ĐẦU<br /> <br /> Việt Nam nằm trong khu vực Đông Nam Á,<br /> đây là khu vực được coi là nguồn gốc phát sinh<br /> của giống heo Sus [10], có đến 6 trên 8 loài đã<br /> được xác định sự hiện diện của chúng ở khu vực<br /> này. Một vài giống heo bản địa của Việt Nam<br /> đã được mô tả về mặt di truyền bằng việc sử<br /> dụng microsatellites để đánh giá sự đa dạng di<br /> truyền [16]. Hơn nữa, một số biến đổi trong<br /> DNA ty thể đã được mô tả ở heo nhà Việt Nam<br /> [5,6]. Tuy nhiên, mối quan hệ di truyền của<br /> quần thể heo rừng Việt Nam còn chưa được mô<br /> tả rõ. Trong nghiên cứu này, chúng tôi sử dụng<br /> vùng D-loop ty thể để phân tích mối quan hệ di<br /> truyền của heo rừng Việt Nam và heo rừng từ<br /> các khu vực khác như Hàn Quốc, Thái Lan,<br /> Indonesia. Các trình tự heo rừng này được thu<br /> nhận từ Genbank. D-loop là một trình tự biến<br /> đổi trong DNA ty thể [1]. Và nhiều nghiên cứu<br /> trên heo đã được tiến hành dựa trên các vị trí<br /> biến đổi của vùng D-loop này [3, 11]. Vùng<br /> D-loop còn được sử dụng cho việc phân tích<br /> mối quan hệ phát sinh loài dựa trên heo nhà và<br /> heo rừng ở khu vực châu Á và châu Âu [18, 20].<br /> Trong nghiên cứu này, các vị trí biến đổi của<br /> vùng d-loop được sử dụng để đánh giá khoảng<br /> 200<br /> <br /> cách di truyền và mối quan hệ phát sinh loài.<br /> Các dữ liệu trên còn được sử dụng để so sánh<br /> với các quần thể heo rừng châu Á khác bao gồm<br /> heo rừng Thái Lan, Hàn Quốc và Indonesia để<br /> đánh giá mối quan hệ di truyền .<br /> VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU<br /> <br /> Thu mẫu DNA<br /> Các cá thể heo rừng Việt Nam được sử dụng<br /> trong nghiên cứu này. Các mẫu heo rừng<br /> Việt Nam được thu nhận từ khu vực Tánh Linh<br /> (6 mẫu), khu vực vườn quốc gia Bidoup-Núi Bà<br /> (4 mẫu) và khu vực Bảo Lộc (9 mẫu). Các mẫu<br /> được thu nhận và bảo quản ở -20oC và được<br /> chuyển về phòng thí nghiệm. Các trình tự khác<br /> được thu nhân từ Genbank (bảng 1).<br /> Tách chiết DNA<br /> DNA tổng được thu nhận từ mô tai của heo<br /> rừng Việt Nam. Các mẫu mô được phá bằng<br /> dung dịch chiết (10 mM Tris-HCl, 10 mM<br /> NaCl, 25 mM EDTA và 1% sodium dodecyl<br /> sulfate) với proteinase K (1 mg/ml) [9]. DNA<br /> sau đó được tinh sạch bằng dung dịch<br /> phenol:chloroform:isoamylalcohol<br /> 25:24:1<br /> (Sigma) và được tủa bằng ethanol (Merck).<br /> <br /> Hoang Nghia Son et al.<br /> <br /> DNA tổng được hòa tan trong dung dịch TE<br /> (0,1 mM Tris-HCl và 0,1 mM EDTA) và được<br /> bảo quản ở -20oC.<br /> PCR<br /> Trình tự vùng D-loop ty thể được khuếch<br /> đại bằng cặp mồi: xuôi mitL76 5’-AATATG<br /> CGACCCCAAAAATTTAACCATT-3’ và mồi<br /> ngược mitH6 5’-ACGTGTACGCACGTGT<br /> ACGC-3’ [11,19]. Tổng thể tích phản ứng PCR<br /> <br /> là 50 µl bao gồm 5 µl 10X PCR Buffer (P2192,<br /> Sigma), 1,5 mM MgCl2, 200 µM dNTP (D7295,<br /> Sigma), 0,05 units/µl Taq DNA Polymerase<br /> (D6677, Sigma), 0,5 µM mồi xuôi và mồi<br /> ngược. Chu kì phản ứng PCR bao gồm: 1 chu kì<br /> biến tính DNA ở 94oC trong 5 phút, 40 chu kì:<br /> 94oC trong 30 giây, 60oC trong 45 giây, 72oC<br /> trong 45 giây, và 72oC trong 10 phút. Kết quả<br /> phản ứng PCR được điện di trên gel agarose<br /> 1%. Sản phẩm khuếch đại có kích thước 602bp.<br /> <br /> Bảng 1. Sự phân bố của heo rừng<br /> Haplotypes<br /> VN1-VN5, VN7<br /> VN8-VN11<br /> VN12-VN20<br /> TLSS1-TLSS4<br /> TLMS1-TLMS6<br /> K1-K9<br /> I1-I5<br /> <br /> Khu vực phân bố (Accession number)<br /> Vườn quốc gia Bidoup-Núi Bà<br /> (JQ898530-JQ898535)<br /> Rừng Tánh Linh<br /> (JQ898536- JQ898539)<br /> Bảo Lộc<br /> Sansai, Chiangmai, Thái Lan (AM779933,<br /> AM779934, AM779936, AM779937)<br /> Mae Sariang, Chiangmai, Thái Lan<br /> (FM244683-FM244688)<br /> Hàn Quốc (EF533685-EF533693)<br /> Indonesia (AB564389, AB564391,<br /> AB564393, AB564395, AB564397)<br /> <br /> Giải trình tự và phân tích dữ liệu<br /> Sản phẩm PCR được tinh sạch bằng<br /> ExoSAP-IT PCR Clean up kit và được sử dụng<br /> làm khuôn cho giải trình tự. Các trình tự<br /> nucleotide được xác định bằng hệ thống<br /> 3730XL DNA Analyzer (Macrogen, Hàn<br /> Quốc). Việc so sánh trình tự của vùng D-loop<br /> DNA ty thể được thực hiện cho 19 cá thể heo<br /> rừng Việt Nam và các cá thể heo rừng khác từ<br /> Genbank (bảng 1). Quá trình so sánh này được<br /> thực hiện bằng phần mềm MEGA5 [15]. Trình<br /> tự vùng D-loop ty thể được xếp dóng cột bằng<br /> chương trình CLUSTAL W. Mô hình Tamura<br /> và Nei được sử dụng để xác định khoảng cách<br /> di truyền, phương pháp Neighbor-joining được<br /> sử dụng để xây dựng cây phát sinh loài [12];<br /> phân tích bootstrap (lặp lại 1000 lần) được sử<br /> dụng để đánh giá mức độ tin cậy của các nhánh<br /> cây phát sinh loài.<br /> KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN<br /> <br /> Loại<br /> Heo rừng Việt Nam<br /> Heo rừng Việt Nam<br /> Heo rừng Việt Nam<br /> Heo rừng Thái Lan<br /> Heo rừng Thái Lan<br /> Heo rừng Hàn Quốc<br /> Heo rừng Indonesia<br /> <br /> Trình tự vùng D-loop ty thể có thể được<br /> khuếch đại bằng bộ mồi được thiết lập bởi<br /> Okumura et al. (1996) [11], các bộ mồi đó như<br /> sau: mitL76 và mitH62 cho vùng A của D-loop,<br /> mitL119 và mit H124 cho vùng B của D-loop,<br /> và mitL104 và mitH6 cho vùng C của D-loop.<br /> Trong nghiên cứu này, chúng tôi chỉ sử dụng<br /> mitL76 (mồi xuôi cho vùng A) và mitH6 (mồi<br /> ngược cho vùng C) để khuếch đại vùng D-loop<br /> từ 20 mẫu. Kết quả cho thấy toàn bộ 19 mẫu<br /> heo rừng Việt Nam được khuếch đại thành công<br /> với cặp mồi trên, trình tự khuếch đại dài 602 bp.<br /> Điều đó cho thấy, cặp mồi mitL76 và mitH6<br /> phù hợp với viêc khuếch đại vùng D-loop của<br /> heo rừng Việt Nam.<br /> Những biến đổi trong trình tự vùng D-loop<br /> Việc xếp dóng cột các trình tự heo rừng<br /> Việt Nam và heo rừng châu Á và việc đánh giá<br /> các vị trí biến đổi trên vùng D-loop cho thấy có<br /> 2 nhóm heo rừng Việt Nam trong nghiên cứu<br /> này. Chín trong 19 cá thể heo rừng Việt Nam có<br /> <br /> Khuếch đại DNA<br /> 201<br /> <br /> TẠP CHÍ SINH HỌC 2013, 35(3se): 200-206<br /> <br /> các vị trí nucleotide biến đổi giống với heo rừng<br /> Thái Lan và nhóm này được gọi là heo lai<br /> (VN12-VN20). Các cá thể còn lại được gọi là<br /> nhóm heo rừng bản đia Việt Nam (VN1-VN5,<br /> VN7-VN11). 18 điểm đa hình được xác định ở<br /> 10 cá thể heo rừng bản địa Việt Nam và 3 điểm<br /> là các điểm đa hình mới. Mười trình tự của heo<br /> rừng bản địa Việt Nam đã được công bố trên cơ<br /> sở dữ liệu của DDBJ/EMBL/Gen Bank<br /> (Accession Number JQ898530-JQ898539).<br /> Chín haplotype của heo rừng lai (VN12-VN20)<br /> <br /> Mẫu<br /> thí<br /> nghiệm<br /> 6<br /> VN1<br /> T<br /> VN2<br /> .<br /> VN3<br /> .<br /> VN4<br /> C<br /> VN5<br /> .<br /> VN7<br /> .<br /> VN8<br /> .<br /> VN9<br /> .<br /> VN10<br /> .<br /> VN11<br /> .<br /> VN12<br /> .<br /> VN13<br /> .<br /> VN14<br /> .<br /> VN15<br /> .<br /> VN16<br /> .<br /> VN17<br /> .<br /> VN18<br /> .<br /> VN19<br /> .<br /> VN20<br /> .<br /> TLSS1 .<br /> TLSS2 .<br /> TLSS3 .<br /> TLSS4 .<br /> TLMS1 .<br /> TLMS2 .<br /> TLMS3 .<br /> TLMS4 .<br /> TLMS5 .<br /> TLMS6 .<br /> K1<br /> .<br /> K2<br /> .<br /> K3<br /> .<br /> K4<br /> .<br /> K5<br /> .<br /> K6<br /> .<br /> K7<br /> .<br /> K8<br /> .<br /> K9<br /> .<br /> I1<br /> .<br /> I2<br /> .<br /> I3<br /> .<br /> I4<br /> .<br /> I5<br /> .<br /> <br /> 8<br /> C<br /> .<br /> .<br /> T<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 1<br /> 4<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 1<br /> 5<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> C<br /> .<br /> C<br /> C<br /> .<br /> C<br /> .<br /> C<br /> .<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 2<br /> 8<br /> G<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> A<br /> A<br /> .<br /> A<br /> .<br /> A<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 4<br /> 2<br /> A<br /> .<br /> .<br /> .<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 4<br /> 6<br /> A<br /> .<br /> .<br /> .<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 4<br /> 7<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> C<br /> .<br /> C<br /> C<br /> .<br /> C<br /> .<br /> C<br /> .<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> C<br /> .<br /> .<br /> <br /> 7<br /> 4<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> .<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> C<br /> C<br /> .<br /> C<br /> .<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 8<br /> 1<br /> G<br /> A<br /> .<br /> A<br /> A<br /> .<br /> A<br /> A<br /> A<br /> A<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 9<br /> 3<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 1<br /> 0<br /> 0<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> .<br /> .<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> <br /> 1<br /> 1<br /> 0<br /> A<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 1<br /> 1<br /> 2<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> T<br /> T<br /> T<br /> T<br /> T<br /> <br /> 1<br /> 1<br /> 5<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> <br /> 1<br /> 2<br /> 7<br /> A<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> <br /> 1<br /> 3<br /> 4<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 1<br /> 3<br /> 9<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> C<br /> C<br /> <br /> Vị trí Nucleotide<br /> 1 1 2 2 2 2 2 2<br /> 5 5 0 2 2 2 3 4<br /> 4 6 3 0 1 4 8 0<br /> ATTGACTG<br /> . . . . . . . .<br /> . . . . . . . .<br /> . . . . . . . .<br /> . . . . . . . .<br /> . . . . . . . .<br /> . . . . . . . .<br /> . . . . . . . .<br /> . . . . . . . .<br /> . . . . . . . .<br /> . . . A. . . .<br /> . . . A. . . .<br /> . . . A. . . .<br /> . . . A. . . .<br /> . . . A. . . .<br /> . . . A. . . .<br /> . . . A. . . .<br /> . . . A. . . .<br /> . . . A. . . .<br /> . . . A. . . .<br /> . . . A. . . .<br /> . . . A. . . .<br /> . . . A. . . .<br /> . . . A. . C.<br /> . . . A. . C.<br /> . . . A. . . .<br /> . . . A. . C.<br /> . . . A. . . .<br /> . . . A. . C.<br /> . C. A. . . .<br /> . C. A. . . .<br /> . . . A. . . .<br /> . C. A. . . .<br /> . C. A. . . .<br /> . C. A. . . .<br /> . C. A. . . .<br /> . CCA. . . .<br /> . C. A. . . .<br /> G. . . GT. A<br /> G. . AC TCA<br /> G. . . . T. A<br /> . C. AGTCA<br /> . C. AGTCA<br /> <br /> có đặc điểm di truyền giống với các cá thể heo<br /> rừng Thái Lan tại các vị trí 14, 100, 115, 127,<br /> 220, 246 và 526, trong khi đó 10 mẫu thí<br /> nghiệm heo rừng bản địa Việt Nam thì khác biệt<br /> về mặt di truyền so với heo rừng Thái Lan (hình<br /> 1). Các vị trí biến đổi đặc trưng của heo rừng<br /> bản địa Việt Nam được tìm thấy tại các vị trí<br /> 127, 220 và 246. Các vị trí này khác biệt hoàn<br /> toàn so với các cá thể heo rừng lai cũng như heo<br /> rừng châu Á khác (hình 1).<br /> <br /> 2<br /> 4<br /> 6<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> <br /> 2<br /> 7<br /> 6<br /> A<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> G<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> G<br /> .<br /> G<br /> .<br /> G<br /> G<br /> .<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 2<br /> 8<br /> 5<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> T<br /> T<br /> T<br /> .<br /> T<br /> T<br /> T<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> T<br /> T<br /> T<br /> T<br /> T<br /> T<br /> T<br /> T<br /> T<br /> T<br /> T<br /> T<br /> T<br /> T<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 2<br /> 9<br /> 2<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> C<br /> C<br /> .<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 2<br /> 9<br /> 5<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> T<br /> T<br /> .<br /> T<br /> T<br /> T<br /> T<br /> .<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 3<br /> 0<br /> 7<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> T<br /> T<br /> T<br /> T<br /> T<br /> <br /> 3<br /> 1<br /> 7<br /> G<br /> .<br /> .<br /> A<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 3<br /> 3<br /> 4<br /> A<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> G<br /> .<br /> G<br /> G<br /> .<br /> G<br /> .<br /> G<br /> .<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> .<br /> .<br /> G<br /> .<br /> G<br /> .<br /> .<br /> .<br /> G<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 3<br /> 3<br /> 9<br /> T<br /> .<br /> .<br /> A<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 3<br /> 9<br /> 3<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 4<br /> 0<br /> 9<br /> G<br /> .<br /> .<br /> A<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 4<br /> 1<br /> 1<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> T<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 4<br /> 1<br /> 9<br /> T<br /> .<br /> .<br /> G<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 4<br /> 4<br /> 3<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> G<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 4<br /> 5<br /> 2<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> G<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 4<br /> 5<br /> 6<br /> A<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> G<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 4<br /> 6<br /> 3<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 4<br /> 6<br /> 8<br /> T<br /> .<br /> .<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> C<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> C<br /> .<br /> C<br /> C<br /> C<br /> <br /> 5<br /> 1<br /> 6<br /> A<br /> .<br /> .<br /> T<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 5<br /> 1<br /> 7<br /> A<br /> .<br /> .<br /> G<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 5<br /> 2<br /> 5<br /> A<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> G<br /> .<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> .<br /> G<br /> .<br /> G<br /> .<br /> .<br /> .<br /> G<br /> G<br /> G<br /> G<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 5<br /> 3<br /> 4<br /> C<br /> .<br /> .<br /> A<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> <br /> 5<br /> 3<br /> 5<br /> G<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> .<br /> A<br /> A<br /> <br /> Nhóm<br /> <br /> Heo rừng bản<br /> địa Việt Nam<br /> <br /> Heo rừng lai<br /> <br /> Heo rừng Thái<br /> Lan Sansai<br /> <br /> Heo rừng Mae<br /> Sariang<br /> <br /> Heo rừng Hàn<br /> Quốc<br /> <br /> Heo rừng<br /> Indonesia<br /> <br /> Hình 1. Các vị trí biến đổi trong vùng D-loop ty thể của các cá thể heo rừng<br /> Dấu chấm “.” Thể hiện các vị trí nucleotide giống nhau.<br /> Bảng 2 mô tả khoảng cách di truyền giữa<br /> các quần thể heo rừng, đánh giá sai số chuẩn<br /> 202<br /> <br /> được thực hiện với phương pháp bootstrap<br /> (1.000 lần lặp lại); việc phân tích được xây<br /> <br /> Hoang Nghia Son et al.<br /> <br /> dựng dựa trên mô hình Tamura-Nei [14]. Sự<br /> khác biệt giữa các trình tự được sử dụng để<br /> đánh giá so sánh tiến hóa [13]. Các kết quả cho<br /> thấy, heo rừng bản địa Việt Nam khác biệt về<br /> mặt di truyền so với heo rừng vùng Sansai<br /> (d = 0,025 ± 0,006) và vùng Mae Sariang<br /> (d = 0,023 ± 0,006) của Thái Lan. Trong khi đó,<br /> <br /> khoảng cách di truyền của heo lai so với heo<br /> vùng Sansai (d = 0,009 ± 0,003) và Mae Sariang<br /> (d = 0,009 ± 0,003) của Thái Lan nhỏ hơn so<br /> với heo rừng bản địa Việt Nam. Khoảng cách di<br /> truyền của heo rừng bản địa Việt Nam so với<br /> Indonesia là lớn nhất (d = 0,046 ± 0,009).<br /> <br /> Bảng 2. Ma trận khoảng cách di truyền Tamura-Nei giữa các quần thể heo rừng. Vùng ma trận phía<br /> dưới là khoảng cách di truyền trung bình, vùng ma trận phía trên là sai số chuẩn<br /> STT<br /> 1<br /> 2<br /> 3<br /> 4<br /> 5<br /> 6<br /> <br /> Quần thể<br /> Heo rừng bản địa Việt Nam<br /> Heo rừng lai<br /> Heo rừng Thái Lan Sansai<br /> Heo rừng Thái Lan Mae Sariang<br /> Heo rừng Hàn Quốc<br /> Heo rừng Indonesia<br /> <br /> 1<br /> 0,025<br /> 0,025<br /> 0,023<br /> 0,024<br /> 0,046<br /> <br /> 2<br /> 0,006<br /> 0,009<br /> 0,009<br /> 0,023<br /> 0,044<br /> <br /> 3<br /> 0,006<br /> 0,003<br /> 0,013<br /> 0,027<br /> 0,044<br /> <br /> 4<br /> 0,006<br /> 0,003<br /> 0,004<br /> 0,020<br /> 0,040<br /> <br /> 5<br /> 0,006<br /> 0,005<br /> 0,006<br /> 0,005<br /> <br /> 6<br /> 0,009<br /> 0,008<br /> 0,008<br /> 0,008<br /> 0,009<br /> <br /> 0,050<br /> <br /> Hình 2. Cây phát sinh loài được thiết lập từ các trình tự heo rừng bản địa Việt Nam,<br /> heo rừng lai và các cá thể heo rừng châu Á khác dựa trên trình tự vùng D-loop<br /> bằng phương pháp phân tích Neighbour-Joining. Giá trị bootstrap được lặp lại 1.000 lần.<br /> Các mẫu thí nghiệm đuợc chia thành 3<br /> nhóm chính dựa trên cây neighbor-joining bao<br /> <br /> gồm: Indonesia, Hàn Quốc và Việt Nam (hình<br /> 2). Nhóm Indonesia với giá trị bootstrap 100%<br /> 203<br /> <br /> TẠP CHÍ SINH HỌC 2013, 35(3se): 200-206<br /> <br /> bao gồm các mẫu thí nghiệm I1 đến I5. Nhóm<br /> Hàn Quốc với giá trị bootstrap 97% bao gồm<br /> các mẫu thí nghiệm K1 đến K2 và K4 đến K9.<br /> Nhóm heo rừng bản địa Việt nam với giá trị<br /> bootstrap 99% bao gồm các mẫu thí nghiệm<br /> VN1 đến VN5 và VN7 đến VN11 (hình 2). Các<br /> cá thể heo rừng bản địa Việt Nam được thu<br /> nhận từ rừng Tánh Linh và vườn quốc gia<br /> Bidoup-Núi Bà, tuy nhiên, chúng đều nằm trong<br /> một nhóm. Ba mẫu thí nghiệm VN1, VN3, VN7<br /> nằm trong nhóm với giá trị bootstrap 49% các<br /> các mẫu thí nghiệm khác (VN2, VN4, VN5 và<br /> VN8-VN11) nằm trong nhóm với giá trị<br /> bootstrap 61%. Năm mẫu thí nghiệm heo rừng<br /> lai (VN12, VN14, VN15, VN17 và VN19) nằm<br /> cùng nhóm với các mẫu thí nghiệm heo rừng<br /> vùng Sansai Thái Lan (TLSS1-TLSS4) với giá<br /> trị bootstrap 71%. Ba mẫu thí nghiệm heo rừng<br /> lai (VN13, VN18, VN20) có mối quan hệ di<br /> truyền gần gũi với mẫu thí nghiệms heo rừng<br /> khu vực Mae Sariang Thái Lan với giá trị<br /> bootstrap 89% (hình 2).<br /> Thảo luận<br /> <br /> Các đặc điểm di truyền của heo rừng<br /> <br /> Việt Nam vẫn chưa được mô tả rõ. Dữ liệu trong<br /> đề tài này cho thấy heo rừng bản địa Việt Nam<br /> khác biệt về mặt di truyền so với heo rừng lai<br /> dựa trên trình tự vùng D-loop ty thể. Khoảng<br /> cách di truyền của heo rừng lai và heo rừng Thái<br /> Lan nhỏ hơn so với heo rừng bản địa Việt Nam<br /> và heo rừng Thái Lan. Bảy vị trí biến đổi của heo<br /> rừng Thái Lan được quan sát thấy ở các cá thể<br /> heo lai. Do đó, các cá thể heo lai này có mối<br /> quan hệ di truyền gần với heo rừng Thái Lan hơn<br /> các cá thể heo rừng bản địa Việt Nam. Các cá thể<br /> heo rừng bản địa Việt Nam gần đây được lai với<br /> heo rừng Thái Lan [8]. Các cá thể heo rừng được<br /> thu nhận ở khu vực Bảo Lôc đều là heo rừng lai,<br /> chúng có các đặc điểm giống với heo rừng Thái<br /> Lan về hình thái và kích thước [7]. Việc phân<br /> tích cây phát sinh loài cho thấy, các cá thể heo<br /> rừng lai (VN12, VN14, VN15, VN17, và VN19)<br /> nằm cùng nhóm với heo rừng vùng Sansai Thái<br /> Lan, điều đó cho thấy các cá thể heo rừng lai này<br /> có nguồn gốc từ vùng Sansai Thái Lan. Các cá<br /> thể heo rừng lai còn lại có mối quan hệ gần gũi<br /> với heo rừng vùng Mae Sariang Thái Lan chứng<br /> tỏ chúng có thể có nguồn gốc từ vùng Mae<br /> Sariang của Thái Lan.<br /> <br /> Hình 3. Sự phân bố các mẫu heo rừng. Heo rừng lai được thu nhận từ vùng Bảo Lộc,<br /> heo rừng bản địa Việt Nam được thu nhận từ vườn quốc gia Bidoup-Núi Bà và rừng Tánh Linh.<br /> Việt Nam là nơi có sự đa dạng heo rừng lớn<br /> nhất thế giới [17] với hai loài heo rừng là Sus<br /> scrofa và Sus bucculentus [2]. Tuy nhiên, trong<br /> nghiên cứu này, tất cả các cá thể heo rừng được<br /> thu nhận là Sus scrofa (hình 3). Các cá thể heo<br /> rừng thu nhận từ khu vực vườn quốc gia<br /> Bidoup-Núi Bà và rừng Tánh Lanh đều nằm<br /> trong một nhóm. Khoảng cách di truyền giữa<br /> 204<br /> <br /> các cá thể trong từng nhóm rất nhỏ, ở nhóm<br /> Bidoup-Núi Bà là 0,000 còn nhóm Tánh Linh là<br /> 0,0126 ± 0,003. Trong khi đó khoàng cách di<br /> truyền giữa hai nhóm này là 0,005±0,0004, điều<br /> đó chứng tỏ không có sự khác biệt lớn về mặt di<br /> truyền trong quần thể heo rừng bản địa Việt<br /> Nam. Giá trị bootstrap ở hầu hết các nhóm heo<br /> rừng lớn hơn 70%, giá trị này là thể hiện mức<br /> <br />