intTypePromotion=1
zunia.vn Tuyển sinh 2024 dành cho Gen-Z zunia.vn zunia.vn
ADSENSE

Luận án Tiến sĩ Y học: Nghiên cứu đa hình gen TNF-α-308 và TGF-β1-509 ở bệnh nhân ung thư biểu mô tế bào gan có HBsAg dương tính

Chia sẻ: Cothumenhmong6 Cothumenhmong6 | Ngày: | Loại File: DOCX | Số trang:179

35
lượt xem
4
download
 
  Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Luận án nghiên cứu đa hình gen TNF-α-308 và TGF-β1-509 ở bệnh nhân ung thư biểu mô tế bào gan có HBsAg dương tính trên 102 bệnh nhân UTBMTBG có HBsAg (+), đã được chẩn đoán xác định tại Trung tâm Y học Hạt nhân và Ung Bướu, Bệnh viện Bạch Mai từ 10/2016 – 10/2017.

Chủ đề:
Lưu

Nội dung Text: Luận án Tiến sĩ Y học: Nghiên cứu đa hình gen TNF-α-308 và TGF-β1-509 ở bệnh nhân ung thư biểu mô tế bào gan có HBsAg dương tính

  1. 1 ĐẶT VẤN ĐỀ Ung   thư   biểu   mô   tế   bào   gan   (Hepatocellular   carcinoma   ­   HCC,  UTBMTBG) là một trong những bệnh lý ác tính hay gặp hàng đầu thế giới.  Bệnh đứng hàng thứ 6 trong 10 loại ung thư hay gặp, là nguyên nhân thứ ba   gây tử  vong do ung thư. Theo GLOBOCAN  ước tính riêng năm 2018 đã có  841.00 trường hợp mắc mới và 782.000 bệnh nhân tử  vong do UTBMTBG  [1]. Các nghiên cứu đã ghi nhận nhiễm virus viêm gan B (HBV) mạn là  nguyên nhân chính gây UTBMTBG. Việt Nam có tỷ  lệ  nhiễm HBV cao  tương ứng có số người mắc UTBMTBG tương đối lớn. Đây là loại ung thư  có tiên lượng xấu với thời gian sống thêm ngắn, liên quan đến khả  năng   chẩn đoán sớm còn nhiều hạn chế. Do vậy, hiện nay trên thế  giới những  nghiên cứu về  sinh bệnh học của UTBMTBG nhằm mục tiêu nhận diện  những dấu  ấn sinh học có giá trị  trong chẩn đoán, điều trị  đã được tiến  hành rộng rãi.  Với sự phát triển mạnh mẽ của sinh học phân tử, nhiều nghiên cứu đã  ghi nhận vai trò kiểu gen, đặc biệt các đa hình gen (SNP: Single nucleotide  polymorphism) của vật chủ  đóng vai trò quan trọng trong đáp  ứng miễn  dịch của cơ thể khi nhiễm HBV,  ảnh hưởng đến quá trình hình thành viêm  gan mạn, xơ gan, phát triển UTBMTBG. Như vậy, nghiên cứu đa hình gen   giúp phân tầng đối tượng nguy cơ, cải thiện phát hiện sớm và kết quả điều  trị bệnh [2], [3]. Gen TNF ­ α nằm trên nhánh ngắn của nhiễm sắc thể số 6   (NST 6p21). Đây là một gen có nhiều điểm đa hình đơn, điểm đa hình tại vị  trí ­308 được đánh giá có liên quan đến nguy cơ  UTBMTBG. Các nghiên  cứu cho thấy alen A của điểm đa hình trên liên quan đến tăng cường sản   xuất TNF –  α  trên cả  in vitro và  in vivo. Ngoài ra, người mang alen A có 
  2. 2 tăng nguy cơ  UTBMTBG cao hơn khi so sánh với người mang alen G [4],   [5].   Gen TGF – β1 nằm trên nhánh dài nhiễm sắc thể số 19 (19q13.1­13.3),   có nhiều điểm đa hình, trong đó điểm đa hình tại vị  trí ­509 C>T đã được  đánh giá có liên quan đến nồng độ  TGFβ huyết tương. Hơn nữa, phân tích  điểm đa hình TGF – β1­509 C>T thấy những cá thể có alen T tăng nguy cơ  UTBMTBG so với những cá thể mang alen C [6]. Nhiều nghiên cứu cho thấy các điểm đa hình TNF ­  α  ­308 và TGF ­  β1­509  ảnh hưởng đến tiến triển của viêm gan mạn, xơ  gan, hình thành,  phát triển và di căn của UTBMTBG thông qua việc kiểm soát nồng độ  các   cytokine tương ứng [3], [7], [8]. TNFα và TGFβ là những cytokine đa chức  năng, đóng vai trò kiểm soát nhiều quá trình của tế bào như tăng trưởng, biệt  hóa, hình thành mạng lưới gian bào, đáp ứng miễn dịch, sinh mạch máu, chết   theo chương trình. Bên cạnh đó, trong vi môi trường sinh u các cytokine này  tương tác, hỗ  trợ lẫn nhau làm tăng cường quá trình hình thành và tiến triển  UTBMTBG [5],[3],[9].  Việt Nam là quốc gia có tỷ lệ nhiễm HBV và mắc UTBMTBG cao với   những hậu quả  vô cùng nặng nề. Tuy nhiên, cho đến nay chưa có một   nghiên cứu nào đánh giá ảnh hưởng của đa hình hai gen trên với nguy cơ bị  UTBMTBG. Vì vậy, chúng tôi tiến hành đề  tài “Nghiên cứu đa hình gen   TNF­α ­308 và TGF­β 1­509 ở bệnh nhân ung thư biểu mô tế bào gan có   HBsAg dương tính” với 2 mục tiêu: 1. Xác định tỷ lệ kiểu gen và alen của 2 điểm đa hình gen  TNF ­ α ­ 308,   TGF ­ β1 ­ 509 ở bệnh nhân UTBMTBG có HBsAg (+).
  3. 3 2. Phân tích mối liên quan của đa hình gen TNF­  α  ­ 308, TGF­  β1­ 509   với nguy cơ UTBMTBG và một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng   của bệnh nhân UTBMTBG có HBsAg (+).
  4. 4 CHƯƠNG 1 TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1. UNG THƯ BIỂU MÔ TẾ BÀO GAN Ung thư  biểu mô tế  bào gan (UTBMTBG) là một bệnh ác tính khởi  phát từ  tế  bào gan (HCC: hepatocellular carcinoma), chiếm đa số  các bệnh  ác tính của gan (> 90%) [10]. 1.1.1. Dịch tễ ung thư biểu mô tế bào gan trên thế giới Ung thư biểu mô tế bào gan là loại ung thư đứng hàng thứ  6 trong 10  loại ung thư phổ biến trên toàn cầu (thứ 5 với nam, thứ 9 đối với nữ). Đặc   điểm dịch tễ  của UTBMTBG khác nhau  ở  các vùng trên thế  giới, những   vùng có tỷ  lệ  mắc cao bao gồm Sahara châu Phi, Đông Á, Đông Nam Á,  Trung Quốc, Đài Loan, Hàn Quốc, Nhật Bản, do đây là nơi lưu hành dịch tễ  của HBV, loại virus có mối liên quan chặt chẽ  với UTBMTBG [11]. Theo   Tổ  chức Y tế  Thế giới,  ước tính riêng năm 2018 đã có tới 841.000 trường  hợp   mắc   mới   UTBMTBG   trên   toàn   cầu,   chịu   trách   nhiệm   cho   782.000  trường hợp tử  vong cùng năm. Số  trường hợp tử  vong gần bằng số  mới   mắc, phản ánh UTBMTBG là một bệnh có tiên lượng nặng, thời gian sống  thêm ngắn [12]. Nam giới có mắc bệnh cao hơn nữ, gấp từ  2­4 lần. Tỷ  lệ mắc tăng  dần theo tuổi, cao nhất khoảng 65­70 tuổi, trong đó ở những vùng lưu hành  dịch tễ HBV, đỉnh mắc bệnh thấp hơn chỉ từ 55­60 tuổi [10], [13], [14]. Vài thập kỷ  gần đây, xu hướng mắc UTBMTBG thay đổi khá nhiều.  Trong khi các vùng có tỷ lệ mắc thấp ( Mỹ, trung tâm châu Âu) bệnh có xu  hướng gia tăng do liên quan đến béo phì và nhiễm HCV, các vùng trước đây 
  5. 5 có tỷ lệ mắc cao lại có xu hướng giảm vì áp dụng chương trình tiêm phòng  HBV [2]. Hình 1.1. Tỷ lệ mắc ung thư biểu mô tế bào gan chuẩn  theo tuổi và giới trên thế giới * Nguồn: Singal, A.(2020) [15] 1.1.2. Dịch tễ ung thư biểu mô tế bào gan Việt Nam  Nằm   trong   khu   vực   Đông   Nam   Á,   điểm   nóng   của   thế   giới   về  UTBMTBG, Việt Nam có tỷ lệ mắc bệnh cao. Tổng kết một số nghiên cứu  được tiến hành tại nhiều địa phương trên toàn quốc, ở  các thời điểm khác   nhau cho thấy UTBMTBG thực sự là một gánh nặng với nền y tế. Báo cáo  của Nguyễn Văn Vy và cs về công tác phòng chống ung thư kéo dài 10 năm   tại Hải Phòng (2003) đã cho thấy  UTBMTBG  có mức độ  phổ  biến đứng  hàng thứ 3 trong các loại ung thư [16]. Một nghiên cứu được khác tiến hành  bởi Nguyễn Đình Tùng (2010) tại Thừa Thiên Huế trong thời gian từ 2001 –  2009 với 7234 trường hợp mắc ung thư  mới, cũng ghi nhận trong 10 loại   ung   thư   hay   gặp,  UTBMTBG  đứng   hàng   đầu   ở   nam   với   ASRI   (Age  
  6. 6 Standardised   Incidence   Rate   –   tỷ   lệ   mắc   chuẩn   hóa   theo   tuổi)/   100.000  người  là 34,8 và đứng thứ 4 đối với nữ [17].  Năm 2018, GLOBOCAN   đã công bố  tỷ  lệ  mắc UTBMTBG chuẩn  theo tuổi (ASIR) tính chung cho hai giới tại Việt Nam là 23,2 xếp thứ 4 trên   toàn cầu sau Mông Cổ (93,7), Ai Cập (32,2) và Giambia (23,9) [1].  Theo Cơ  quan Nghiên cứu Ung thư  Quốc tế  (IARC), UTBMTBG là  loại ung thư  phổ  biến nhất, có xu hướng phát triển nhanh là nguyên nhân   chủ  yếu gây tử  vong do ung thư   ở  cả  hai giới tại Việt Nam. Dựa vào  những   số   liệu   thống   kê   đã   được   công   bố   từ   2010   ­   2018   cho   thấy  UTBMTBG có tốc độ  phát triển nhanh thứ 2 đối với nam và thứ 5 đối với   nữ. Tính riêng năm 2018 tại Việt Nam, đã có tới 25.335 trường hợp mắc   UTBMTBG mới và có tới 20.710 trường hợp tử vong cùng năm [18].   Tương  ứng với tình trạng UTBMTBG có tỷ  lệ  mắc và tử  vong cao,   thực trạng nhiễm HBV cũng rất đáng lo ngại, theo Robert G. và cs (2011)  tiến hành nghiên cứu tại 12 bệnh viện trên toàn quốc từ  2005 – 2008 cho   thấy Việt Nam là một trong những quốc gia có tỷ lệ nhiễm HBV cao nhất   thế  giới với gần 12% người có HBsAg (+), khoảng 10 triệu người chung   sống với HBV mạn. Tình hình nhiễm HBV khác nhau giữa các vùng: như  tại thành phố Hồ Chí Minh, Hà Nội khoảng 10­14%, Thái Bình, Thanh Hóa   chiếm 18,8­19%. Tỷ  lệ  nhiễm HBV thậm chí còn cao hơn  ở  những bệnh  nhân có biểu hiện bệnh lý gan,  ước tính lên tới 31,2 ­ 47%. Nhóm nghiên  cứu đã tính toán và đưa ra  ước lượng với tình hình nhiễm HBV như  trên  vào năm 2025, HBV sẽ  là nguyên nhân gây nên 56.650 bệnh nhân xơ  gan,   25.000 người bị UTBMTBG và 40.000 người tử vong [19].
  7. 7 Rõ ràng tại Việt Nam, gánh nặng UTBMTBG do nhiễm HBV là rất  lớn, do vậy thực sự cần có biện pháp hỗ trợ sàng lọc giúp chẩn đoán, điều  trị sớm cho bệnh nhân, nhằm cải thiện tiên lượng bệnh. 1.1.3. Các yếu tố nguy cơ của ung thư biểu mô tế bào gan Các yếu tố  nguy cơ  chủ  yếu của UTBMTBG bao gồm nhiễm HBV,   HCV, bệnh gan do rượu, bệnh gan nhiễm mỡ không do rượu, xơ  gan. Các  yếu tố nguy cơ khác ít gặp hơn như ứ sắt huyết thanh di truyền, thiếu hụt   alpha 1­ antitrypsin, bệnh gan tự miễn, nhiễm aflatoxin B (AFB1), đái tháo   đường typ 2, béo phì...Trong các yếu tố  nguy cơ gây UTBMTBG, HBV và  HCV là nguyên nhân hàng đầu chiếm tới 80% các trường hợp, trong đó  nguyên nhân do HBV chiếm 75­80%, HCV chiếm 10­20%. Yếu tố nguy cơ  chính  ở  những vùng có tỷ  lệ  bị  UTBMTBG cao như  các quốc gia châu Á,  châu Phi là nhiễm HBV và tiếp xúc với aflatoxin, ngược lại các vùng có tỷ  lệ bị UTBMTBG thấp gồm Mỹ, châu Âu lại là nhiễm HCV, nghiện rượu,  đái tháo đường và béo phì. Nhiễm HBV  chiếm khoảng 60% các nguyên  nhân gây  UTBMTBG  ở  các nước đang phát triển, trong khi đối với các  nước phát triển tỷ lệ này chỉ khoảng 23% [20]. 1.1.4. Chẩn đoán ung thư biểu mô tế bào gan Chẩn đoán xác định  Trên thế giới các khuyến cáo chẩn đoán UTBMTBG chủ yếu dựa vào  kích thước khối u và tính chất ngấm thuốc, thải thuốc của khối u trên các   phương pháp chẩn đoán hình ảnh [21] ­ Khuyến cáo của AASLD, EASL khối u có kích thước khối u (>1cm),   cần tiến hành chụp CT hoặc MRI có tiêm thuốc. Nếu khối có hình  ảnh   điển hình của UTBMTBG là ngấm thuốc nhanh, hiện rõ thì động mạch và   thải thuốc nhanh  ở  thì tĩnh mạch và thì muộn thì có thể  khẳng định chẩn 
  8. 8 đoán. Sinh thiết chẩn đoán mô bệnh học được đặt ra nếu phương pháp  chẩn đoán hình ảnh không thấy hình ảnh điển hình.  ­ Khuyến cáo APASL và JSH khối tăng sinh mạch  ở  pha động mạch   sau đó  thải  thuốc nhanh  ở  pha tĩnh mạch  được chẩn đoán UTBMTBG.  Những khối tăng sinh mạch ở pha động mạch nhưng không có thải thuốc ở  pha tĩnh mạch hoặc pha muộn cần đánh giá thêm bằng SPIO­MRI hoặc   MRI sử  dụng chất đặc hiệu với tế  bào, hoặc siêu âm sử  dụng Levovist   hoặc Sonazoid. Trường hợp những tổn thương ít mạch máu trên pha động  mạch của CT hoặc MRI, theo APASL cần đánh giá thêm bằng SPIO­MRI   hoặc siêu âm cản âm như trên để khẳng định chẩn đoán, trong khi JSH cần   thêm cả Gd­EOB­DTPA­MRI để chẩn đoán xác định, nếu  kết quả chỉ có 1  trong 2 phương pháp điển hình cần thêm sinh thiết để chẩn đoán.  Tại Việt Nam, năm 2012 Bộ Y tế đã đưa ra hướng dẫn chẩn đoán xác  định UTBMTBG khi có 1 trong 3 tiêu chuẩn sau: [22] ­ Có bằng chứng giải phẫu bệnh  ­ Hình ảnh điển hình trên chụp CT có tiêm thuốc cản quang hoặc MRI   có thuốc cản từ + αFP ≥ 400 ng/ml ­ Hình ảnh điển hình trên chụp CT ổ bụng có cản quang hoặc MRI có  cản từ +  αFP tăng cao hơn bình thường (
  9. 9 UTBMTBG có mối liên quan chặt chẽ với nhiễm HBV, các nghiên   cứu dịch tễ cho thấy những vùng có tỷ  lệ  dân số  bị  nhiễm HBV mạn tính  > 8% như  châu Á, Sahara, châu Phi song hành với tỷ  lệ  mắc UTBMTBG   cao [20]. Hơn nữa, khoảng 80% các trường hợp UTBMTBG trên thế  giới  xẩy ra  ở  các nước đang phát triển, nơi có tỉ  lệ  nhiễm HBV cao nhất [23].   Trên thực tế nguy cơ UTBMTBG tăng cả đối với những trường hợp nhiễm   HBV   không   hoạt   động.   Một   nghiên   cứu   trên   20.000   người   mang   HBV  không hoạt động thấy nguy cơ tương đối bị ung thư tăng với RR 4,6, nguy   cơ tử vong liên quan đến bệnh gan tăng với RR là 2,1 [24].  HBV gây UTBMTBG qua cả  cơ  chế trực tiếp và gián tiếp, trong khi  cơ  chế  gián tiếp gây tổn thương gan kéo dài, tăng tái tạo tế  bào gan dẫn  đến tích lũy các đột biến, thì hiện tượng HBV có khả năng tích hợp vào bộ  gen người, gây giảm hoạt động methyl hóa DNA, kết quả làm mất ổn định   về nhiễm sắc thể của vật chủ, từ đó phát triển ung thư là cơ chế chính của  con đường trực tiếp [25]. Tổng kết các nghiên cứu cho thấy những bệnh   nhân nhiễm HBV có nguy cơ  UTBMTBG cao hơn khi có kèm một hoặc   nhiều các yếu tố  sau: HBeAg (+) kéo dài, nồng độ  HBV DNA tăng cao (≥  104 copies/ml), HBV genotype C (gấp 2­3 lần so với genotype B), xu ất hi ện   các đột biến của virus viêm gan B như  các đột biến tiền nhân, vùng nhân   hay mất đoạt pre S [13], [24], [26].   
  10. 10 Hình 1.2. Liên quan giữa tỷ lệ nhiễm virus viêm gan B và  ung thư biểu mô tế bào gan                                       * Nguồn: Kew M.C. (2010) [23] Tuy nhiên, trên thực tế  lâm sàng  không phải bệnh nhân nhiễm HBV  nào cũng phát triển thành UTBMTBG. Do đó, cả  bản thân HBV và cơ  thể  vật chủ  đều có vai trò quan trọng, tương tác với nhau gây nên bệnh cảnh   cuối cùng.  Tổn thương gan do HBV được cho là thông qua đáp  ứng miễn dịch   trung gian chủ yếu do hoạt động đặc hiệu của tế bào lympho T với HBV.   Khi cơ  thể bị  nhiễm HBV, vi môi trường viêm có thể  làm tăng tần số  đột  biến của virus thông qua tác dụng cảm  ứng tế  bào.  Tính nhạy cảm di  truyền được quy định bởi các yếu tố viêm, các cytokine và chemokin do các  tế  bào viêm tiết ra kèm theo đó là sự  mất cân bằng giữa các cytokine của   Th1 và Th2 góp vai trò quan trọng vào phản  ứng viêm, hoại tử, tái tạo tế  bào gan và phát triển ung thư. Bên cạnh đó, các con đường gây viêm bao   gồm  các  đường dẫn tín hiệu NF­κB, STAT3, Wnt/β  catenin và TGF­β1  cũng góp phần vào sự hình thành ung thư. Nghiên cứu những yếu tố trên có  ý nghĩa đối với việc giám sát tích cực các đối tượng nhiễm HBV, những  người có nhiều khả  năng phát triển UTBMTBG, từ  đó giúp phân tầng đối 
  11. 11 tượng nguy cơ, phục vụ chẩn đoán sớm, cải thiện hiệu quả điều trị bệnh.  Do vậy, cho đến nay trên thế  giới đã có rất nhiều  nghiên cứu  tiến hành  đánh giá sự di truyền đa hình quy định các cytokine như TNF­α, TGF­  β1,  IL­6, IL­10 ...với nguy cơ UTBMTBG [26]. 1.2.   GEN  TNFα ,   TGFβ  VÀ   ĐIỂM   ĐA   HÌNH   GEN  TNFα ­308   G>A,   TGFβ 1­509 C>T 1.2.1. Khái niệm đa hình nucleotide đơn (SNP) Bộ gen người, phần lớn được bảo tồn trong quá trình tiến hóa, ít nhất  99,5% số  gen giữa hai cá thể  bất kỳ  sẽ  giống hệt nhau, như  vậy sự  khác  biệt chỉ chiếm 0,1% ­ 0,5%. Đây là điểm mấu chốt tạo ra mỗi cá thể là duy  nhất do có các đặc điểm, tính trạng khác nhau (hình dạng, bệnh di truyền   …). Nhiều yếu tố  trong hệ  gen góp phần tạo nên khác biệt trên, trong đó  SNP   đóng   vai   trò   quan   trọng.   Thuật   ngữ   polymorphisms   nghĩa   là   nhiều  dạng   (poly:   nhiều,   morphisms:   dạng).   Single   nucleotide   polymorphism   (SNP) đọc “snip”, được định nghĩa là sự  thay đổi base đơn lẻ  trên một  chuỗi trình tự DNA, thay đổi này chiếm tỉ lệ ≥ 1% trong cộng đồng lớn và  được tiếp tục di truyền [27].  Do có 4 loại nucleotide nên mỗi một vị  trí SNP của gen có thể  có tối  đa 4 đa hình tương  ứng với bốn loại nucleotide A, C, G và T. SNP có thể  xẩy ra trong cả bộ gen của ngườ i với tần số  1/250 đôi nucleotide. Điều  này có nghĩa là có khoảng 11 tri ệu SNP  trong 3 tỷ nucleotide c ủa b ộ gen   ngườ i. Hầu hết, SNP không ảnh hưởng đến sức khỏe hoặc sự phát triển của  cơ  thể. Tuy nhiên, các nhà nghiên cứu đã thấy một số  SNP có thể  giúp dự  đoán ảnh hưởng của các yếu tố môi trường và nguy cơ phát triển bệnh. SNP   cũng có thể được sử dụng để theo dõi sự di truyền của các gen bệnh trong gia   đình [28], [29], [30]. 
  12. 12 Hình 1.3. Đa hình gen thay thế nucleotid * Nguồn: Aguiar­Pulido V. và CS (2010) [31] Cơ chế tác dụng của các SNP SNP có thể  nằm  ở  các vùng khác nhau của gen như  vùng khởi động,  exon, intron hoặc  ở  vùng không phiên mã (UTR: untranslated regions) 5’và  3’. Các điểm đa hình này  ảnh hưởng đến hoạt động của gen bằng những  cơ chế khác nhau, phụ thuộc vào vị trí của chúng trên gen.  Hình 1.4. Các vùng của gen * Nguồn: Huang W.L. và CS (2014) [32] Vùng khởi động gen (promoter) đóng vai trò quan trọng giúp kiểm soát  sự bắt đầu và mức độ sao chép gen, các SNP tại vùng này tác động đến gen   thông qua hai cơ  chế. Thứ  nhất là  ảnh hưởng đến hoạt động vùng khởi  động do tác dụng lên hộp chức năng TATA (một đoạn DNA nằm cách vị trí  phiên mã khoảng 30 nucleotid có trình tự  phổ  biến là TATAAAT) và hoạt  động gắn các yếu tố  sao chép. Thứ  hai chúng tác động đến biểu hiện gen  
  13. 13 thông qua tác động lên quá trình methyl hóa DNA như thay đổi số lượng vị  trí methyl hóa, ảnh hưởng đến hoạt động gắn yếu tố sao chép gen với các   đảo CpG, hoạt hóa các enzyme của quá trình sao chép và gây thay đổi các  histon.  SNP  ở  vùng exon có thể   ảnh hưởng đến gen bằng cách  ức chế  quá   trình dịch mã, phiên mã của gen.  SNP  ở  vùng intron có những  ảnh hưởng khác nhau với quá trình sao  mã như thúc đẩy hoặc ức chế khả năng kéo dài RNAs không mã hóa.  SNP ở vùng 5’­UTR ảnh hưởng đến dịch mã, trong khi ở vùng 3’­UTR  lại ảnh hưởng đến khả năng gắn microRNA [28]. Hình 1.5. Vùng khởi động của đa hình gen và sự nhạy cảm  phát triển ung thư * Nguồn: Deng N. và CS (2017) [28] TF:(Transcription   factor   ­   yếu   tố  phiên  mã),   TFBS:(Transcription   factor   binding site ­ vị trí gắn yếu tố phiên mã).  Cytokine  Cytokine là một nhóm các phân tử  protein truyền tin phức tạp. Các  phân tử truyền tin này có thể được tiết vào huyết tương hay gắn ở màng tế 
  14. 14 bào, cho phép thực hiện sự  truyền tin giữa các tế  bào, các mô khác nhau.  Các cytokine có tác dụng phức tạp, thậm chí đối ng hịch nhau trong hệ  thống   miễn   dịch   tùy   vào   vị   trí   tác   dụng   và   nồng   độ.   V í   dụ  IL­1β,  TNFα...vừa có tác dụng như yếu tố tiền viêm, vừa có tác dụng như yếu tố  chống viêm. Các cytokine kích thích đáp  ứng của vật chủ  để  hạn chế  tổn  thương tế  bào, do dó duy trì sự   ổn định nội môi. Mặt khác, chúng cũng  đóng góp vai trò quan trọng trong sự  hình thành, phát triển ung thư  do tác  động lên các tế  bào miễn dịch, kiểm soát sự  phát triển, biệt hóa và di căn  của tế  bào, đặc biệt khi có hiện tượng mất cân bằng về  nồng độ  hay rối   loạn quá trình truyền tin của các cytokine [33]. Nồng độ  cytokine có vai trò quan trọng trong quá trình đáp  ứng miễn  dịch, phụ  thuộc vào hoạt động các gen tổng hợp chúng. Tính đa hình của   các gen quy định cytokine chủ  yếu là SNP, các microsatellite  nằm  ở  vùng  khởi động hay các vùng kiểm soát sẽ ảnh hưởng đến quá trình sao chép, từ  đó quy định nồng độ cytokine ở các cá thể khác nhau. Như vậy, bằng việc  cho phép sản xuất các cytokine với các mức độ  khác nhau, đa hình của các  gen sẽ quyết định các hoạt động đáp ứng miễn dịch. Đây là lý do tại sao sự  hiện diện một số các alen của các SNP nhất định có thể ảnh hưởng đến hậu   quả  của quá trình nhiễm virus, vi khuẩn và tiến trình hình thành bệnh lý  ở  người. 1.2.2. Gen TNFα  và điểm đa hình TNF­α –308 G>A  1.2.2.1. Gen TNF­α  và một số điểm đa hình  Gen TNF­α  Gen TNF­α (Tumor necrosis factor ­ alpha) nằm ở locus 21.3 của nhánh  ngắn nhiễm sắc thể số 6 (6p21.3), thuộc vùng III của phức hợp hòa hợp mô  chủ yếu (MHC: Major Histo Compatibility complex)
  15. 15 Hình 1.6. Vị trí gen TNF­α trên nhiễm sắc thể số 6 * Nguồn: Berlingerio M. và CS (2009) [34] Gen  TNF­α  có chiều dài khoảng 3kb gồm 4 exon, ch ứa 2770 c ặp   bazơ, từ  cặp bazơ 31 .575.567 đến 41.578.336. Gen trên mã hóa cho phân  tử  TNF­α  với 157 amino acid polypeptid, có khối lượ ng phân tử  25.644  Da [35], [36], [37], [38]. Hình 1.7. Sơ đồ gen TNF­ α và một số điểm đa hình * Nguồn: Pujhari S.K. và CS (2012) [36] Các nghiên cứu đã ghi nhận gen TNF­α có rất nhiều điểm đa hình, đặc  biệt tại  vùng khởi động như: ­1031 (T>C), ­863 (C>A), ­857 (C>A), ­851   (C>T), ­419 (G>C), ­376 (G>A), ­308 (G>A), ­238 (G>A), ­162 (G>A), và  ­49 (G>A). Trong đó, những vị trí đột biến tại điểm ­149, ­163, ­ 49 ít gặp ở 
  16. 16 người da trắng. Các SNP khác như  thêm một cytosine tại vị  trí +70 của  exon đầu tiên, hay G>A tại vị trí +488 của intron đầu tiên...[4]. Điểm đa hình gen TNF­α – 308 G>A Những điểm đa hình nucleotid đơn của gen   TNF­α  có tác dụng trực  tiếp đến khả năng sản xuất TNFα huyết tương do chúng thường nằm ở vị  trí khởi động của gen. Trong đó điểm đa hình tại vị trí ­308 có vai trò quan  trọng được ghi nhận qua nhiều nghiên cứu. SNP này có 2 alen bao gồm:   loại chứa   ­308G (còn được gọi là  TNFA*1), loại còn lại hiếm gặp hơn,  chứa  ­308A (còn được gọi là TNFA*2). Tổng kết các nghiên cứu dịch tễ  thấy tần suất  xuất  hiện kiểu  gen và alen của   đa hình  đơn  TNF­α  308   (G>A) có độ đa dạng cao, khác nhau ở từng quần thể [5], [37]. 1.2.2.2. Tỷ lệ alen và gen TNF­ a – 308 G>A Tỷ lệ đa hình gen và alen của TNF­α – 308 G>A  ở các quần thể khác  nhau khá đa dạng, nhìn chung alen G xuất hiện  ưu thế, alen A xuất hiện   với tần suất ít hơn. Sookoian S. và cs (2005) tiến hành phân tích dựa trên  824 tài liệu tham khảo và 31 nghiên cứu đã công bố tần suất mang kiểu gen   GA + AA đối với kiểu gen  TNF­ α – 308 G/A ở quần thể Trung Quốc 18%,   Nhật Bản 3%, người da trắng 45%, Phần Lan 36%  và Brazil 23% [39]. Tỷ  lệ  kiểu gen này rất khác nhau giữa các quần thể, với p A ở một số quẩn thể  TNF­α  ­ 308 genotype STT Quần thể N GG (%) GA (%) AA (%) 1 Nam Ấn Độ [37]  250 2 94 4 Tây Ban  2 313 86 14 Nha [37]  3 Phần Lan [37] 490 74 25 1
  17. 17 4 Úc [37] 170 31 64 5 5 Đài Loan [37] 246 84,2 15,4 0,4 6 Đức [37] 176 67 30 2,84 Hồng  7 121 92,6 7,4 Công [37] 8 Nhật [37] 177 97,2 2,8 9 Pháp [37]  710 85 15 10 Ai Cập [43] 150 68,8 25,3 6 Tỷ lệ alen A TNF­α­308A ở các quần thể khác nhau rất đa dạng [41], [44].
  18. 18 Bảng 1.2. Tỷ lệ alen A của TNF­α­308 G>A ở một số quần thể   STT Quần thể Alen A TNF­α  ­ 308 (%) 1 Ireland (n=100) [45] 23,0 2 Macedonia (n=250) [44] 13,2 3 Đài Loan (n=246) [37] 15,8 4 Ấn Độ (n=216) [46] 6,0 5 Brazil (n=200) [46] 14,0 6 Việt Nam (n = 2350) [47] 7,0 1.2.3. Gen TGF­β 1 và điểm đa hình TGF­β 1 – 509 C>T Gen TGF­β1 Gen  TGF­β1  (Transforming   Growth   Factor,   Beta   1)   là   gen   mã   hóa  protein, nằm trên nhánh dài của nhiễm sắc thể số 19 (19q13.1­13.3)  Hình 1.8. Gen TGF­β 1 trên nhánh dài nhiễm sắc thể số 19   * Nguồn: Lister Hill National Center for Biomedical Communications (2017)[48]  Gen TGF­β1 có chiều dài 23,56 kB, gồm 7 exon, 6 intron, chứa 52 .347  đôi bazơ, bắt đầu từ  đôi bazơ  41.301.587 đến 41.353.933. Gen TGF­β1 mã  hóa cho phân tử  protein là TGFB1, đây là một cytokine đa chức năng chứa  390 acid amin, khối lượng phân tử là 44.341 Da [6], [49], [50].  
  19. 19 Hình 1.9. Gen TGF­β 1 và một số điểm đa hình  * Nguồn: Heidari Z. và CS (2013) [51] Điểm đa hình TGF­β1­509 C>T Cho đến nay các nhà khoa học đã xác định được hơn 147 điểm đa hình   đơn nằm trên gen  TGF­β1. Một vài điểm đa hình đơn đáng lưu ý gồm 3  điểm  nằm ở vùng upstream ­988 (C>A), ­800 (G>A) và ­509 (C>T), 1 điểm  đa hình nằm  ở  vùng không sao mã thêm C tại vị  trí   +72, 2 điểm nằm  ở  vùng exon 1 tại codon 10 (+869 C>T) và codon 25 (+915 G>C), 263 (C>T)   và 1 ở vùng exon 5, codon 629 [52], [53], [54]. 1.2.3.1. Gen TGF­β 1 và điểm đa hình TGF­β 1­ 509 C>T Trong các SNP nói trên, SNP tại vị trí C­509T nằm tại vùng khởi động  của gen là một điểm đa hình quan trọng liên quan đến khả  năng sao chép   gen và sản xuất TGF – β huyết tương [55]. 1.2.3.2. Tỷ lệ kiểu alen và kiểu gen của TGF­β 1­509 C>T Tỷ  lệ  kiểu alen và gen của   TGFβ1 – 509   khá đa dạng  ở  các quần  thể khác nhau, trong đó tỷ lệ alen C và T của gen  TGF­β1­509 xuất hiện  với tỷ lệ khá cân bằng, nhưng không thấy sự nhất quán về  kiểu alen  ưu   thế [50], [52], [56].  
  20. 20 Bảng 1.3. Tỷ lệ kiểu gen, alen của TGF­β 1­509 ở một số quần thể  TGF­ β 1­509  TGF­β 1­509 Gen Quần  N TT Alen thể CC  CT TT C (%) T (%) (%)  (%)  (%) Trung Quốc 198 262 67 64 99 1. 230 (2015) [57] (43,04) (56,96) (29,13) (27,83) (43,04) Ấn Độ  441  59 193  55 2 2.  250 (2017) [50] (88,2) (11,8) (77,2) (22) (0,8) Tây Ban Nha  243 127 79  85 21 3.  185 (2005) [56] (65,68) (34,32) (43) (46)  (11) Iran  140 132 248 35 62 43 4.  (2012) [58] Nữ (47,1) (52,9) (25) (44,3) (30,7) Mexico 253 238 268 56  126 71 5.  (2013) [52] Nữ (47,04) (52,96) (22,13) (49,80) (28,07) Nhật Bản 309 285 76 157 64 6.  297 (2004) [59] (52) (48) (25,6) (52,9) (21,5) 1.2.4. Phương pháp xác định điểm đa hình gen Phương pháp giải trình tự  trực tiếp hiện đang được sử  dụng rộng rãi  để xác định trình tự nucleotid của các gen [60] Phương pháp Sanger  ­ Enzyme DNA polymerase tổng hợp sợi DNA bổ sung từ sợi đơn với là  nucleotide.   Nguồn   nguyên   liệu   cung   cấp   cho   phản   ứng   trên   ngoài   các  nucleotide cơ bản (A, T, G, C) có thêm 1% ddNTP (dideoxynucleotide) gồm  ddCTP, ddATP, ddGTP, ddTTP có đánh dấu đồng vị phóng xạ hoặc huỳnh   quang. Khác với phân tử  nucleotide thông thường, ddNTP thiếu nhóm 3’­ OH do vậy nó không tạo được liên kết với nucleotide mới.  ­ Khi men DNA polymerase kéo một ddNTP vào chuỗi, sợi bổ sung sẽ bị  chặn lại, kết quả  tạo các sợi bổ  sung với độ  dài khác nhau. Do có nhiều  
ADSENSE

CÓ THỂ BẠN MUỐN DOWNLOAD

 

Đồng bộ tài khoản
13=>1