Tính đa hình gene Cytochrome P450 quan trọng ở người Kinh tại TP.HCM, Việt Nam

Ngày nhận bài: 27-03-2025 / Ngày chấp nhận đăng bài: 24-04-2025 / Ngày đăng bài: 05-05-2025

*Tác giả liên hệ: Lê Thị Lý. Khoa Công nghệ Sinh học, Trường Đại học Quốc tế, Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh, Thành phố Hồ

Chí Minh, Việt Nam. E-mail: ly.le@hcmiu.edu.vn

https://www.tapchiyhoctphcm.vn 49

ISSN: 1859-1779

Nghiên cứu Y học

Tạp chí Y học Thành phố Hồ Chí Minh;28(5):49-57

https://doi.org/10.32895/hcjm.m.2025.05.07

Tính đa hình của các gene Cytochrome P450 quan

trọng ở người Kinh tại Thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam

Tống Thị Hằng1,2, Phan Võ Thu Nga1,2, Nguyễn Hoàng Khuê Tú1,2, Lê Thị Lý1,2,*

1Khoa Công nghệ Sinh học, Trường Đại học Quốc tế, Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh, Thành phố Hồ

Chí Minh, Việt Nam

2Đại học Quốc Gia thành phố Hồ Chí Minh, Thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam

Tóm tắt

Mục tiêu: Cytochrome P450 thuộc hệ enzyme có chức năng oxy hóa và khử các loại thuốc tại gan. Các enzyme này tham

gia vào giai đoạn đầu tiên của quá trình chuyển hóa thuốc và đóng vai trò quan trọng trong việc đào thải thuốc khỏi gan.

Các gene CYP450 có tính biến dị cao và nhiều biến dị có khả năng tác động mạnh mẽ đến quá trình chuyển hóa nhiều loại

thuốc khác nhau trong điều trị lâm sàng. Nghiên cứu này cung cấp bảng phân tích về sự đa hình di truyền của một số gene

CYP450 quan trọng trong chuyển hoá thuốc ở người Kinh Việt Nam tại Thành phố Hồ Chí Minh.

Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Nghiên cứu được thực hiện trên 100 tình nguyện viên khỏe mạnh, từ 18 tuổi trở lên,

với tỷ lệ giới tính 1:1 và không mắc bệnh mạn tính tại thời điểm nghiên cứu. Tất cả các đối tượng tham gia xác nhận nguồn

gốc người Kinh của mình thông qua bảng câu hỏi tự trả lời. DNA của các tình nguyện viên được thu thập và giải trình tự tại

các vùng mục tiêu của các gene CYP450 quan trọng. Các trình tự này được phân tích để đánh giá đa hình di truyền.

Kết quả: 15 gene CYP450 có ảnh hưởng mạnh mẽ đến quá trình chuyển hóa thuốc đã được chọn để phân tích. Vùng mã

hóa của các gene này có 107 biến dị, trong đó 1 biến dị được xác định là mới. Nhiều biến dị ở vùng mã hoá gene CYP450

có liên quan đến các sự thay đổi chuyển hoá thuốc. Dữ liệu cung cấp thông tin về sự phân bố các biến dị ở người Kinh

đồng thời tập trung vào các biến dị gây ảnh hưởng mạnh đến việc sử dụng một số loại thuốc.

Kết luận: Tính đa hình di truyền của các gene CYP450 quan trọng đã được xác định, đồng thời bổ sung lưu ý về các biến

dị quan trọng tác động đến chuyển hoá thuốc trong nghiên cứu lâm sàng và thực hành sử dụng thuốc.

Từ khóa: di truyền hệ gene dược; người Kinh; các biến dị quan trọng

Tạp chí Y học Thành phố Hồ Chí Minh * Tập 28 * Số 5* 2025

50 | https://www.tapchiyhoctphcm.vn https://doi.org/10.32895/hcjm.m.2025.05.07

Abstract

GENETIC POLYMORPHISM OF SOME IMPORTANT CYTOCHROME P450

GENES IN VIETNAMESE KINH PEOPLE FROM HO CHI MINH CITY

Tong Thi Hang, Phan Vo Thu Nga, Nguyen Hoang Khue Tu, Le Thi Ly

Objective: Cytochrome P450s belong to the superfamily enzymes that mostly function in oxidation and reduction of

drug in liver cells. These enzymes participate in the very first stages of drug metabolism and play an important role in

drug clearance from the liver. Genes CYP450 are highly variable and many of them have strong clinical impact on

metabolism of numerous drugs. This study provides the panel of genetic variation in some clinically important CYP450

genes from Vietnamese Kinh people.

Methods: The study was conducted on 100 healthy adult volunteers from 18 to 47 years of age without any chronic

disease at the time of study, and the sampling protocol were specified at gender ratio of 1:1. All participants confirmed

their ethnicity through the self-respond questionnaire. DNAs of volunteers were collected and sequenced at the target

regions for important CYP450 genes. Sequences were analyzed for genetic polymorphism.

Results: 15 CYP450 genes of whom having had high impact on drug metabolism were selected for analysis. From the

coding region of these genes, we obtained 107 variants, in which 1 variant was determined novel. Many variants were

found to be associated with certain metabolism problems, raising concern in several drug uses.

Conclusions: The genetic polymorphism of important CYP450 genes was obtained from the dataset, marking the

notable gap clinical research and drug use.

Keywords: pharmacogenomic; CYP450; Kinh people; very important pharmacogenes

1. ĐẶT VẤN ĐỀ

Hệ enzyme Cytochrome P450 (CYP450) gồm các

enzyme chủ yếu tham gia vào pha I của quá trình chuyển hóa

các chất lạ đưa vào cơ thể. Ở người, có 57 enzyme CYP450

được xác định là có chức năng tiềm năng, trong đó các

enzyme thuộc họ CYP1, CYP2 và CYP3 chịu trách nhiệm

chuyển hóa hơn 80% các loại thuốc sử dụng trong lâm sàng

[1]. Các enzyme phân bố nhiều nhất trong gan được xác định

bao gồm CYP1A2 (13%), CYP2A6 (4%), CYP2C (20%),

CYP2D6 (2%), CYP2E1 (7%) và CYP3A4 (30%) [2]. Sự

thay đổi về đặc điểm sinh lý và khác biệt về di truyền có thể

thay đổi hoạt động của các enzyme này [3-6]. Các biến dị

trong enzyme CYP ảnh hưởng đến hoạt động, độ an toàn,

sinh khả dụng và khả năng kháng thuốc [7].

Đa hình di truyền của các gen CYP450 đã được nghiên

cứu trong nhiều thập kỷ qua. Các bằng chứng thu thập được

đã chỉ ra mối liên hệ giữa sự biến đổi gen CYP và quá trình

chuyển hóa thuốc ở pha I. Các enzyme hoạt động tích cực có

thể tham gia nhiều con đường oxy hóa - khử các thuốc khác

nhau, chẳng hạn như CYP2C19 (tham gia 59 con đường

chuyển hoá thuốc), CYP2C9 (59 con đường), CYP2D6 (68

con đường), v.v.. Sự liên quan chặt chẽ giữa biến dị di truyền

và chuyển hóa thuốc cho thấy các enzyme này là những yếu

tố quan trọng cần được quan tâm trong hoạt động ứng dụng

lâm sàng. Do đó, đối với nhóm biến dị gene hay nhóm thuốc

liên quan, xét nghiệm di truyền cần được thực hiện đối với

các biến dị chỉ thị trước khi kê toa thuốc.

Cơ sở Dữ liệu về Dược lý Gen (PharmGKB:

https://www.pharmgkb.org) thu thập và tóm tắt bằng chứng

về các tác động dược lý của gene, đồng thời phân loại mức

độ tác động trên lâm sàng. Mức độ 1 (Level 1 – bao gồm 1A

và 1B) biểu thị sự kết hợp chặt chẽ giữa việc chuyển hoá

thuốc và biến dị di truyền, với các bằng chứng rõ rệt từ các

tài liệu công bố và cảnh báo lâm sàng. Mức độ 2 gợi ý mối

liên quan giữa biến dị và hệ quả sử dụng thuốc. Mức độ 3

mô tả có sự liên quan giữa biến dị và thuốc với các bằng

chứng không đủ mạnh. Dựa vào dữ liệu này, PharmGKB lập

Tạp chí Y học Thành phố Hồ Chí Minh * Tập 28 * Số 5 * 2025

https://doi.org/10.32895/hcjm.m.2025.05.07 https://www.tapchiyhoctphcm.vn

danh sách các gen liên quan đến các vấn đề lâm sàng. Danh

sách các yếu tố gây đáp ứng thuốc bao gồm các gen CYP,

HLA và các gen liên quan đến sự chuyển hóa, vận chuyển và

đào thải thuốc khác. Các gen CYP ở nhóm Mức độ 1 gồm

các gene quan trọng liên quan đến dược lý như CYP2A6,

CYP2B6, CYP2C19, CYP2C9, CYP2D6, CYP3A4,

CYP3A5 và CYP4F2.

Phân bố các biến dị gene CYP trong các nhóm chủng tộc

khác nhau phản ánh khả năng chuyển hoá của enzyme đối

với thuốc nhất định ở mức độ quần thể. Một số biến dị phổ

biến hơn trong một nhóm chủng tộc này nhưng lại ít phổ biến

hơn ở nhóm khác. Do đó, dữ liệu phân bố di truyền cần được

tạo ra cho từng nhóm chủng tộc. Nghiên cứu về gene CYP ở

Việt Nam đang tập trung khảo sát và đánh giá các gene quan

trọng đã được chứng minh là có tham gia vào nhiều con

đường chuyển hoá thuốc và tác động mạnh mẽ đến phản ứng

thuốc như CYP2B6, CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6,

CYP3A4 và CYP4F2 [8-11]. Nghiên cứu này nhằm mục

đích cung cấp dữ liệu phân tích về các biến dị di truyền của

gene CYP được công nhận là quan trọng đối với quá trình

chuyển hóa thuốc. Ngoài danh sách các enzyme được

khuyến nghị bởi PharmGKB cho các gene CYP quan trọng

ở trên, các enzyme CYP khác ở mức độ 2 và 3 về bằng chứng

lâm sàng cũng được phân tích trong nghiên cứu này nâng

tổng số gene được phân tích là 15 gene.

2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP

NGHIÊN CỨU

2.1. Đối tượng nghiên cứu

Những người khỏe mạnh (từ 18 tuổi trở lên) được tuyển

chọn ngẫu nhiên từ cộng đồng dân cư Việt Nam tại Thành

phố Hồ Chí Minh với tỉ lệ nam:nữ là 1:1.

2.1.1. Tiêu chuẩn chọn

Nguồn gốc người Kinh của các đối tượng tham gia được

xác định thông qua bảng câu hỏi tự khai.

2.1.2. Tiêu chuẩn loại trừ

Các đối tượng không đủ tiêu chuẩn bao gồm: không đủ

thông tin nguồn gốc, có bệnh mãn tính, đang dùng thuốc và

có các phản ứng phụ …

2.2. Phương pháp nghiên cứu

2.2.1. Thiết kế nghiên cứu

Nghiên cứu cắt ngang.

2.2.2. Cỡ mẫu

Cỡ mẫu của nghiên cứu được tham khảo từ dự án 1000 hệ

gen người [12].

2.2.3. Phương pháp thực hiện

Trước khi tiến hành lấy mẫu, tất cả các đối tượng tham gia

được cung cấp thông tin ngắn gọn về dự án và quy trình lấy

mẫu máu cùng với bản cam kết đồng ý tham gia. Các mẫu

máu ngoại vi thu từ người tham gia nghiên cứu được bảo

quản trong ống EDTA ở -80oC cho đến khi tách chiết DNA.

Tách chiết DNA và Giải trình tự

DNA từ người tham gia được tách chiết từ máu ngoại vi

bằng bộ kit QIAamp DNA Blood Mini Kit (Qiagen, GmbH,

Đức) theo quy trình của nhà sản xuất. Hàm lượng và độ phân

mảnh của DNA được kiểm tra bằng phương pháp điện di

agarose và phương pháp quang phổ. Các mẫu DNA có nồng

độ tối thiểu 50 ng/µl và tỷ lệ hấp thụ A260/A280 từ 1,8 đến

2 đạt tiêu chuẩn cho việc giải trình tự. Mẫu DNA bộ gene

trước hết được khuếch đại bằng phản ứng multiplex PCR tại

các vùng mã hoá của 15 gene CYP mục tiêu. Sản phẩm PCR

được gắn barcode để đánh dấu từng cá thể, sau đó được tinh

sạch và giải trình tự 2 chiều sử dụng kit MiSeq Reagent Kit

v2 (Illumina, San Diego, CA, Hoa Kỳ) trên thiết bị giải trình

tự thế hệ mới bench top next generation sequencer, với sản

phẩm dầu ra 2x250 bp.

Phân tích biến dị

Các đoạn đọc ngắn khoảng 250 bp từ máy giải trình tự

được điều chỉnh để loại bỏ các đoạn adapter, sau đó được so

sánh với bộ gene tham chiếu của người phiên bản Hg38 [13]

bằng công cụ Burrows-Wheeler Aligner (0.7.17), tiếp theo là

phát hiện biến dị theo quy trình tìm biến dị Genome Analysis

Toolkits (GATK 4.2, Broad Institute) và hiệu chỉnh biến dị

(VQSR – variant quality score recalibration). Các biến dị tìm

được sau đó được đối chiếu với cơ sở dữ liệu là

Ensembl/GENCODE để xác định loại dịch mã và kiểu hình.

SIFT (Sorting Intolerant from Tolerant) và PolyPhen2

(Polymorphism Phenotyping) được sử dụng để dự đoán tác

động của biến dị lên chức năng protein. Để xử lý các biến dị

lưu trong các tập tin (vcf) và tính toán giá trị khoảng cách di

Tạp chí Y học Thành phố Hồ Chí Minh * Tập 28 * Số 5* 2025

52 | https://www.tapchiyhoctphcm.vn https://doi.org/10.32895/hcjm.m.2025.05.07

truyền theo cặp (Fst) giữa các quần thể, chúng tôi sử dụng

các bộ công cụ từ Bcftools (1.10.2) và vcftools (0.1.16)

[14,15]. Các công cụ phân tích biến dị và vẽ biểu đồ bao gồm

plink (1.9), PGDSpider-3 và phần mềm R (R Foundation for

Statistical Computing, Vienna, Austria, www.R-project.org)

[16,17].

2.2.4. Xử lý và phân tích dữ liệu

Phân bố của các alen được so sánh giữa quần thể người

Kinh và các quần thể khác từ dự án 1000 bộ gen người được

so sánh bằng phép kiểm định Chi bình phương và kiểm định

chính xác Fisher trên Excel và SPSS (Microsoft) [18].

Ngưỡng ý nghĩa thống kê được đặt là p <0,000154

(0,05/26C2) sau khi được hiệu chỉnh theo phương pháp

Bonferroni.

3. KẾT QUẢ

3.1. Đối tượng nghiên cứu

100 đối tượng tham gia trong nghiên cứu có độ tuổi từ 18

đến 47 và cân nặng từ 42-98 kg. Tỷ lệ giới tính nam nữ là 1:1.

Các câu trả lời từ bảng câu hỏi cho thấy các đối tượng tham

gia có cha mẹ và ông bà hai bên đều là người Kinh và tại thời

điểm nghiên cứu không có các bệnh mãn tính.

3.2. Các biến dị CYP

Từ các vùng mã hóa của 15 gen CYP được chọn, dữ liệu đã

thu được 107 biến dị, trong đó có 1 biến dị được xác định là

mới. Ba mươi biến dị được xác định là quan trọng về mặt lâm

sàng với mức độ bằng chứng từ 1 đến 3 (Bảng 1). Gen

CYP2C19 (nằm trên nhiễm sắc thể 10) và CYP2A6 (nằm trên

nhiễm sắc thể 19) là những gen có số lượng biến dị cao nhất

(lần lượt 11 và 13 biến dị) đồng thời có số lượng cao nhất các

biến dị có mức độ tác động lâm sàng cấp độ 1. Tác động của

các biến dị này lên chuyển hoá thuốc được tổng hợp trong

Bảng 2.

3.3. Phân tích thống kê

Tần số alen của các biến dị quan trọng được so sánh với tần

số alen cùng biến dị của 26 quần thể từ dữ liệu 1000 bộ gen

người bao gồm: CHB (Người Hán ở Bắc Kinh, Trung Quốc),

CHS (Người Hán miền Nam Trung Quốc), CDX (Người Đài

ở Xishuangbanna, Trung Quốc), JPT (Người Nhật ở Tokyo,

Nhật Bản), CEU (Cư dân Utah có tổ tiên Bắc và Tây Âu), TSI

(Người Toscani ở Ý), GBR (Người Anh ở Anh và Scotland),

FIN (Người Phần Lan), IBS (Quần thể Iberia ở Tây Ban Nha),

YRI (Người Yoruba ở Ibadan, Nigeria), LWK (Người Luhya

ở Webuye, Kenya), GWD (Người Gambia ở Western Division,

Gambia), MSL (Người Mende ở Sierra Leone), ESN (Người

Esan ở Nigeria), ASW (Người gốc Phi ở Tây Nam Mỹ), ACB

(Người Caribbean gốc Phi ở Barbados), MXL (Người gốc

Mexico ở Los Angeles, California), PUR (Người Puerto Rico),

CLM (Người Colombia ở Medellin, Colombia), PEL (Người

Peru ở Lima, Peru), GIH (Người Ấn Độ Gujarat ở Houston,

Texas), PJL (Người Punjabi ở Lahore, Pakistan), BEB (Người

Bengali ở Bangladesh), STU (Người Tamil Sri Lanka ở Anh),

ITU (Người Telugu Ấn Độ ở Anh). Phương pháp kiểm định

Chi bình phương được sử dụng, với các dữ liệu nhỏ, kiểm định

chính xác Fisher được sử dụng. Sau khi điều chỉnh giá trị p

bằng phương pháp Bonferroni, hầu hết các alen có tần số

tương tự với các quần thể trên thế giới. Tuy nhiên, các alen

trong gene CYP4F2 có sự khác biệt lớn hơn so với các quần

thể châu Á khác (Ấn Độ, Bangladesh, Pakistan, Sri Lanka) và

châu Âu (Ý và Tây Ban Nha) (Bảng 3).

Bảng 1. Biến dị của các gene CYP ở người Kinh ở thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam

Nhiễm sắc thể Gene Tổng số biến dị Số các biến dị quan trọng trong lâm sàng

Mức 1 Mức 2 Mức 3

1 CYP4A11 8 1

CYP4B1 8 1

2 CYP1B1 11 3

7 CYP3A5 5

CYP3A4 3 1 1

CYP2C19 11 5

CYP2C9 6 2

CYP2E1 4 1

Tạp chí Y học Thành phố Hồ Chí Minh * Tập 28 * Số 5 * 2025

https://doi.org/10.32895/hcjm.m.2025.05.07 https://www.tapchiyhoctphcm.vn

Nhiễm sắc thể Gene Tổng số biến dị Số các biến dị quan trọng trong lâm sàng

Mức 1 Mức 2 Mức 3

CYP19A1 6 2

CYP1A1 7 1

CYP1A2 3 1

CYP4F2 12 1 1

CYP2A6 13 3 2

CYP2B6 7 2 1

22 CYP2D6 3 1

15 gene Tống số: 107 13 2 15

Tổng số: 30

Bảng 2: Các biến dị có ảnh hưởng nghiêm trọng ở các gene CYP nghiên cứu

Gene Vị trí Biến dị Mức

độ

Tấn số

alen

Thay đổi

trình tự Thuốc* Kiểu hình*

CYP2C19

10:94780653 rs4986893 1a 0.0142 tgG/tgA

Imipramine, dexlansoprazole,

Clopidogrel, voriconazole,

citalopram, lansoprazole,

omeprazole, pantoprazole

sertraline, escitalopram,

clomipramine, amitriptyline

Chuyển hoá,

động dược, Hiệu

lực, Gây độc

10:94781859 rs4244285 1a 0.2214 ccG/ccA

Clopidogrel, voriconazole,

citalopram, lansoprazole,

sertraline, doxepin, escitalopram,

clomipramine, amitriptyline,

pantoprazole, imipramine,

dexlansoprazole.

Chuyển hoá,

động dược, Hiệu

lực, Gây độc

10:94781944 rs375781227 1a Gac/Aac clopidogrel, omiprazol Chuyển hoá

10:94842866 rs3758581 1a 0.9515 Att/Gtt

Clopidogrel, voriconazole,

citalopram, lansoprazole,

pantoprazole, citalopram,

sertraline, doxepin, escitalopram,

clomipramine, amitriptyline,

pantoprazole, imipramine,

dexlansoprazole, trimipramine

Chuyển hoá,

động dược, Hiệu

lực, Gây độc

10:94852738 rs56337013 1a - Cgg/Tgg Clopidogrel Hiệu lực, Gây

độc

CYP2C9

10:94941958 rs72558187 1a 0.0006 cTt/cCt Phenyltoin, meloxicam, celecoxib,

lornoxicam Chuyển hoá

10:94981296 rs1057910 1a 0.0485 Att/Ctt

Piroxicam, phenytoin, lornoxicam,

ibuprofen, fluvastatin, tenoxicam,

warfarin, celecoxib, flurbiprofen,

meloxicam, siponimod

Chuyển hoá,

động dược, Hiệu

lực, Gây độc

Warfarin, acetocoumarol Liều lượng

CYP4F2 19:15879621 rs2108622 1a 0.2368 Gtg/Atg Wafarin Liều lượng

CYP2A6

19:40844759 rs1809810 1b 0.0136 tAc/tTc Nicotine Chuyển hoá

19:40847036 rs28399447 1b 0.0571 Tct/Cct Nicotine Chuyển hoá

19:40848293 rs199916117 1b 0.003 Aag/Gag Nicotine Chuyển hoá

CYP2B6

19:40991369 rs8192709 1a 0.0475 Cgc/Tgc Enfavirenz Gây độc

19:41006936 rs3745274 1a 0.3157 caG/caT Enfavirenz, sertraline Chuyển hoá,

gây độc

*Thuốc và kiểu hình chuyển hoá được tham khảo trên PharmGKB (https://www.pharmgkb.org/)

Tính đa hình của các gene Cytochrome P450 quan trọng ở người Kinh tại Thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam

Chủ đề:

Tài liệu liên quan

Tài liêu mới

AI tóm tắt

Giới thiệu tài liệu

Đối tượng sử dụng

Từ khoá chính

Nội dung tóm tắt

Hỗ trợ

Phương thức thanh toán

Theo dõi chúng tôi