Ngày nhận bài: 27-03-2025 / Ngày chấp nhận đăng bài: 24-04-2025 / Ngày đăng bài: 05-05-2025
*Tác giả liên hệ: Lê Thị Lý. Khoa Công nghệ Sinh học, Trường Đại học Quốc tế, Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh, Thành phố Hồ
Chí Minh, Việt Nam. E-mail: ly.le@hcmiu.edu.vn
© 2025 Bản quyền thuộc về Tạp chí Y học Thành phố Hồ Chí Minh.
https://www.tapchiyhoctphcm.vn 49
ISSN: 1859-1779
Nghiên cứu Y học
Tạp chí Y học Thành phố Hồ Chí Minh;28(5):49-57
https://doi.org/10.32895/hcjm.m.2025.05.07
Tính đa hình của các gene Cytochrome P450 quan
trọng ở người Kinh tại Thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam
Tống Thị Hằng1,2, Phan Võ Thu Nga1,2, Nguyễn Hoàng Khuê Tú1,2, Lê Thị Lý1,2,*
1Khoa Công nghệ Sinh học, Trường Đại học Quốc tế, Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh, Thành phố Hồ
Chí Minh, Việt Nam
2Đại học Quốc Gia thành phố Hồ Chí Minh, Thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam
Tóm tắt
Mục tiêu: Cytochrome P450 thuộc hệ enzyme có chức năng oxy hóa và khử các loại thuốc tại gan. Các enzyme này tham
gia vào giai đoạn đầu tiên của quá trình chuyển hóa thuốc và đóng vai trò quan trọng trong việc đào thải thuốc khỏi gan.
Các gene CYP450 có tính biến dị cao và nhiều biến dị có khả năng tác động mạnh mẽ đến quá trình chuyển hóa nhiều loại
thuốc khác nhau trong điều trị lâm sàng. Nghiên cứu này cung cấp bảng phân tích về sự đa hình di truyền của một số gene
CYP450 quan trọng trong chuyển hoá thuốc ở người Kinh Việt Nam tại Thành phố Hồ Chí Minh.
Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Nghiên cứu được thực hiện trên 100 tình nguyện viên khỏe mạnh, từ 18 tuổi trở lên,
với tỷ lệ giới tính 1:1 và không mắc bệnh mạn tính tại thời điểm nghiên cứu. Tất cả các đối tượng tham gia xác nhận nguồn
gốc người Kinh của mình thông qua bảng câu hỏi tự trả lời. DNA của các tình nguyện viên được thu thập và giải trình tự tại
các vùng mục tiêu của các gene CYP450 quan trọng. Các trình tự này được phân tích để đánh giá đa hình di truyền.
Kết quả: 15 gene CYP450 có ảnh hưởng mạnh mẽ đến quá trình chuyển hóa thuốc đã được chọn để phân tích. Vùng mã
hóa của các gene này có 107 biến dị, trong đó 1 biến dị được xác định là mới. Nhiều biến dị ở vùng mã hoá gene CYP450
có liên quan đến các sự thay đổi chuyển hoá thuốc. Dữ liệu cung cấp thông tin về sự phân bố các biến dị ở người Kinh
đồng thời tập trung vào các biến dị gây ảnh hưởng mạnh đến việc sử dụng một số loại thuốc.
Kết luận: Tính đa hình di truyền của các gene CYP450 quan trọng đã được xác định, đồng thời bổ sung lưu ý về các biến
dị quan trọng tác động đến chuyển hoá thuốc trong nghiên cứu lâm sàng và thực hành sử dụng thuốc.
Từ khóa: di truyền hệ gene dược; người Kinh; các biến dị quan trọng
Tạp chí Y học Thành phố Hồ Chí Minh * Tập 28 * Số 5* 2025
50 | https://www.tapchiyhoctphcm.vn https://doi.org/10.32895/hcjm.m.2025.05.07
Abstract
GENETIC POLYMORPHISM OF SOME IMPORTANT CYTOCHROME P450
GENES IN VIETNAMESE KINH PEOPLE FROM HO CHI MINH CITY
Tong Thi Hang, Phan Vo Thu Nga, Nguyen Hoang Khue Tu, Le Thi Ly
Objective: Cytochrome P450s belong to the superfamily enzymes that mostly function in oxidation and reduction of
drug in liver cells. These enzymes participate in the very first stages of drug metabolism and play an important role in
drug clearance from the liver. Genes CYP450 are highly variable and many of them have strong clinical impact on
metabolism of numerous drugs. This study provides the panel of genetic variation in some clinically important CYP450
genes from Vietnamese Kinh people.
Methods: The study was conducted on 100 healthy adult volunteers from 18 to 47 years of age without any chronic
disease at the time of study, and the sampling protocol were specified at gender ratio of 1:1. All participants confirmed
their ethnicity through the self-respond questionnaire. DNAs of volunteers were collected and sequenced at the target
regions for important CYP450 genes. Sequences were analyzed for genetic polymorphism.
Results: 15 CYP450 genes of whom having had high impact on drug metabolism were selected for analysis. From the
coding region of these genes, we obtained 107 variants, in which 1 variant was determined novel. Many variants were
found to be associated with certain metabolism problems, raising concern in several drug uses.
Conclusions: The genetic polymorphism of important CYP450 genes was obtained from the dataset, marking the
notable gap clinical research and drug use.
Keywords: pharmacogenomic; CYP450; Kinh people; very important pharmacogenes
1. ĐẶT VẤN ĐỀ
Hệ enzyme Cytochrome P450 (CYP450) gồm các
enzyme chủ yếu tham gia vào pha I của quá trình chuyển hóa
các chất lạ đưa vào cơ thể. Ở người, có 57 enzyme CYP450
được xác định là có chức năng tiềm năng, trong đó các
enzyme thuộc họ CYP1, CYP2 và CYP3 chịu trách nhiệm
chuyển hóa hơn 80% các loại thuốc sử dụng trong lâm sàng
[1]. Các enzyme phân bố nhiều nhất trong gan được xác định
bao gồm CYP1A2 (13%), CYP2A6 (4%), CYP2C (20%),
CYP2D6 (2%), CYP2E1 (7%) và CYP3A4 (30%) [2]. Sự
thay đổi về đặc điểm sinh lý và khác biệt về di truyền có thể
thay đổi hoạt động của các enzyme này [3-6]. Các biến dị
trong enzyme CYP ảnh hưởng đến hoạt động, độ an toàn,
sinh khả dụng và khả năng kháng thuốc [7].
Đa hình di truyền của các gen CYP450 đã được nghiên
cứu trong nhiều thập kỷ qua. Các bằng chứng thu thập được
đã chỉ ra mối liên hệ giữa sự biến đổi gen CYP và quá trình
chuyển hóa thuốc ở pha I. Các enzyme hoạt động tích cực có
thể tham gia nhiều con đường oxy hóa - khử các thuốc khác
nhau, chẳng hạn như CYP2C19 (tham gia 59 con đường
chuyển hoá thuốc), CYP2C9 (59 con đường), CYP2D6 (68
con đường), v.v.. Sự liên quan chặt chẽ giữa biến dị di truyền
và chuyển hóa thuốc cho thấy các enzyme này là những yếu
tố quan trọng cần được quan tâm trong hoạt động ứng dụng
lâm sàng. Do đó, đối với nhóm biến dị gene hay nhóm thuốc
liên quan, xét nghiệm di truyền cần được thực hiện đối với
các biến dị chỉ thị trước khi kê toa thuốc.
Cơ sở Dữ liệu về Dược lý Gen (PharmGKB:
https://www.pharmgkb.org) thu thập và tóm tắt bằng chứng
về các tác động dược lý của gene, đồng thời phân loại mức
độ tác động trên lâm sàng. Mức độ 1 (Level 1 – bao gồm 1A
và 1B) biểu thị sự kết hợp chặt chẽ giữa việc chuyển hoá
thuốc và biến dị di truyền, với các bằng chứng rõ rệt từ các
tài liệu công bố và cảnh báo lâm sàng. Mức độ 2 gợi ý mối
liên quan giữa biến dị và hệ quả sử dụng thuốc. Mức độ 3
mô tả có sự liên quan giữa biến dị và thuốc với các bằng
chứng không đủ mạnh. Dựa vào dữ liệu này, PharmGKB lập
Tạp chí Y học Thành phố Hồ Chí Minh * Tập 28 * Số 5 * 2025
https://doi.org/10.32895/hcjm.m.2025.05.07 https://www.tapchiyhoctphcm.vn
|
51
danh sách các gen liên quan đến các vấn đề lâm sàng. Danh
sách các yếu tố gây đáp ứng thuốc bao gồm các gen CYP,
HLA và các gen liên quan đến sự chuyển hóa, vận chuyển và
đào thải thuốc khác. Các gen CYP ở nhóm Mức độ 1 gồm
các gene quan trọng liên quan đến dược lý như CYP2A6,
CYP2B6, CYP2C19, CYP2C9, CYP2D6, CYP3A4,
CYP3A5 và CYP4F2.
Phân bố các biến dị gene CYP trong các nhóm chủng tộc
khác nhau phản ánh khả năng chuyển hoá của enzyme đối
với thuốc nhất định ở mức độ quần thể. Một số biến dị phổ
biến hơn trong một nhóm chủng tộc này nhưng lại ít phổ biến
hơn ở nhóm khác. Do đó, dữ liệu phân bố di truyền cần được
tạo ra cho từng nhóm chủng tộc. Nghiên cứu về gene CYP ở
Việt Nam đang tập trung khảo sát và đánh giá các gene quan
trọng đã được chứng minh là có tham gia vào nhiều con
đường chuyển hoá thuốc và tác động mạnh mẽ đến phản ứng
thuốc như CYP2B6, CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6,
CYP3A4 và CYP4F2 [8-11]. Nghiên cứu này nhằm mục
đích cung cấp dữ liệu phân tích về các biến dị di truyền của
gene CYP được công nhận là quan trọng đối với quá trình
chuyển hóa thuốc. Ngoài danh sách các enzyme được
khuyến nghị bởi PharmGKB cho các gene CYP quan trọng
ở trên, các enzyme CYP khác ở mức độ 2 và 3 về bằng chứng
lâm sàng cũng được phân tích trong nghiên cứu này nâng
tổng số gene được phân tích là 15 gene.
2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP
NGHIÊN CỨU
2.1. Đối tượng nghiên cứu
Những người khỏe mạnh (từ 18 tuổi trở lên) được tuyển
chọn ngẫu nhiên từ cộng đồng dân cư Việt Nam tại Thành
phố Hồ Chí Minh với tỉ lệ nam:nữ là 1:1.
2.1.1. Tiêu chuẩn chọn
Nguồn gốc người Kinh của các đối tượng tham gia được
xác định thông qua bảng câu hỏi tự khai.
2.1.2. Tiêu chuẩn loại trừ
Các đối tượng không đủ tiêu chuẩn bao gồm: không đủ
thông tin nguồn gốc, có bệnh mãn tính, đang dùng thuốc và
có các phản ứng phụ …
2.2. Phương pháp nghiên cứu
2.2.1. Thiết kế nghiên cứu
Nghiên cứu cắt ngang.
2.2.2. Cỡ mẫu
Cỡ mẫu của nghiên cứu được tham khảo từ dự án 1000 hệ
gen người [12].
2.2.3. Phương pháp thực hiện
Trước khi tiến hành lấy mẫu, tất cả các đối tượng tham gia
được cung cấp thông tin ngắn gọn về dự án và quy trình lấy
mẫu máu cùng với bản cam kết đồng ý tham gia. Các mẫu
máu ngoại vi thu từ người tham gia nghiên cứu được bảo
quản trong ống EDTA ở -80oC cho đến khi tách chiết DNA.
Tách chiết DNA và Giải trình tự
DNA từ người tham gia được tách chiết từ máu ngoại vi
bằng bộ kit QIAamp DNA Blood Mini Kit (Qiagen, GmbH,
Đức) theo quy trình của nhà sản xuất. Hàm lượng và độ phân
mảnh của DNA được kiểm tra bằng phương pháp điện di
agarose và phương pháp quang phổ. Các mẫu DNA có nồng
độ tối thiểu 50 ng/µl và tỷ lệ hấp thụ A260/A280 từ 1,8 đến
2 đạt tiêu chuẩn cho việc giải trình tự. Mẫu DNA bộ gene
trước hết được khuếch đại bằng phản ứng multiplex PCR tại
các vùng mã hoá của 15 gene CYP mục tiêu. Sản phẩm PCR
được gắn barcode để đánh dấu từng cá thể, sau đó được tinh
sạch và giải trình tự 2 chiều sử dụng kit MiSeq Reagent Kit
v2 (Illumina, San Diego, CA, Hoa Kỳ) trên thiết bị giải trình
tự thế hệ mới bench top next generation sequencer, với sản
phẩm dầu ra 2x250 bp.
Phân tích biến dị
Các đoạn đọc ngắn khoảng 250 bp từ máy giải trình tự
được điều chỉnh để loại bỏ các đoạn adapter, sau đó được so
sánh với bộ gene tham chiếu của người phiên bản Hg38 [13]
bằng công cụ Burrows-Wheeler Aligner (0.7.17), tiếp theo là
phát hiện biến dị theo quy trình tìm biến dị Genome Analysis
Toolkits (GATK 4.2, Broad Institute) và hiệu chỉnh biến dị
(VQSR – variant quality score recalibration). Các biến dị tìm
được sau đó được đối chiếu với cơ sở dữ liệu là
Ensembl/GENCODE để xác định loại dịch mã và kiểu hình.
SIFT (Sorting Intolerant from Tolerant) và PolyPhen2
(Polymorphism Phenotyping) được sử dụng để dự đoán tác
động của biến dị lên chức năng protein. Để xử lý các biến dị
lưu trong các tập tin (vcf) và tính toán giá trị khoảng cách di
Tạp chí Y học Thành phố Hồ Chí Minh * Tập 28 * Số 5* 2025
52 | https://www.tapchiyhoctphcm.vn https://doi.org/10.32895/hcjm.m.2025.05.07
truyền theo cặp (Fst) giữa các quần thể, chúng tôi sử dụng
các bộ công cụ từ Bcftools (1.10.2) và vcftools (0.1.16)
[14,15]. Các công cụ phân tích biến dị và vẽ biểu đồ bao gồm
plink (1.9), PGDSpider-3 và phần mềm R (R Foundation for
Statistical Computing, Vienna, Austria, www.R-project.org)
[16,17].
2.2.4. Xử lý và phân tích dữ liệu
Phân bố của các alen được so sánh giữa quần thể người
Kinh và các quần thể khác từ dự án 1000 bộ gen người được
so sánh bằng phép kiểm định Chi bình phương và kiểm định
chính xác Fisher trên Excel và SPSS (Microsoft) [18].
Ngưỡng ý nghĩa thống kê được đặt là p <0,000154
(0,05/26C2) sau khi được hiệu chỉnh theo phương pháp
Bonferroni.
3. KẾT QUẢ
3.1. Đối tượng nghiên cứu
100 đối tượng tham gia trong nghiên cứu có độ tuổi từ 18
đến 47 và cân nặng từ 42-98 kg. Tỷ lệ giới tính nam nữ là 1:1.
Các câu trả lời từ bảng câu hỏi cho thấy các đối tượng tham
gia có cha mẹ và ông bà hai bên đều là người Kinh và tại thời
điểm nghiên cứu không có các bệnh mãn tính.
3.2. Các biến dị CYP
Từ các vùng mã hóa của 15 gen CYP được chọn, dữ liệu đã
thu được 107 biến dị, trong đó có 1 biến dị được xác định là
mới. Ba mươi biến dị được xác định là quan trọng về mặt lâm
sàng với mức độ bằng chứng từ 1 đến 3 (Bảng 1). Gen
CYP2C19 (nằm trên nhiễm sắc thể 10) và CYP2A6 (nằm trên
nhiễm sắc thể 19) là những gen có số lượng biến dị cao nhất
(lần lượt 11 và 13 biến dị) đồng thời có số lượng cao nhất các
biến dị có mức độ tác động lâm sàng cấp độ 1. Tác động của
các biến dị này lên chuyển hoá thuốc được tổng hợp trong
Bảng 2.
3.3. Phân tích thống kê
Tần số alen của các biến dị quan trọng được so sánh với tần
số alen cùng biến dị của 26 quần thể từ dữ liệu 1000 bộ gen
người bao gồm: CHB (Người Hán ở Bắc Kinh, Trung Quốc),
CHS (Người Hán miền Nam Trung Quốc), CDX (Người Đài
ở Xishuangbanna, Trung Quốc), JPT (Người Nhật ở Tokyo,
Nhật Bản), CEU (Cư dân Utah có tổ tiên Bắc và Tây Âu), TSI
(Người Toscani ở Ý), GBR (Người Anh ở Anh và Scotland),
FIN (Người Phần Lan), IBS (Quần thể Iberia ở Tây Ban Nha),
YRI (Người Yoruba ở Ibadan, Nigeria), LWK (Người Luhya
ở Webuye, Kenya), GWD (Người Gambia ở Western Division,
Gambia), MSL (Người Mende ở Sierra Leone), ESN (Người
Esan ở Nigeria), ASW (Người gốc Phi ở Tây Nam Mỹ), ACB
(Người Caribbean gốc Phi ở Barbados), MXL (Người gốc
Mexico ở Los Angeles, California), PUR (Người Puerto Rico),
CLM (Người Colombia ở Medellin, Colombia), PEL (Người
Peru ở Lima, Peru), GIH (Người Ấn Độ Gujarat ở Houston,
Texas), PJL (Người Punjabi ở Lahore, Pakistan), BEB (Người
Bengali ở Bangladesh), STU (Người Tamil Sri Lanka ở Anh),
ITU (Người Telugu Ấn Độ ở Anh). Phương pháp kiểm định
Chi bình phương được sử dụng, với các dữ liệu nhỏ, kiểm định
chính xác Fisher được sử dụng. Sau khi điều chỉnh giá trị p
bằng phương pháp Bonferroni, hầu hết các alen có tần số
tương tự với các quần thể trên thế giới. Tuy nhiên, các alen
trong gene CYP4F2 có sự khác biệt lớn hơn so với các quần
thể châu Á khác (Ấn Độ, Bangladesh, Pakistan, Sri Lanka) và
châu Âu (Ý và Tây Ban Nha) (Bảng 3).
Bảng 1. Biến dị của các gene CYP ở người Kinh ở thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam
Nhiễm sắc thể Gene Tổng số biến dị Số các biến dị quan trọng trong lâm sàng
Mức 1 Mức 2 Mức 3
1 CYP4A11 8 1
CYP4B1 8 1
2 CYP1B1 11 3
7 CYP3A5 5
CYP3A4 3 1 1
10
CYP2C19 11 5
CYP2C9 6 2
CYP2E1 4 1
Tạp chí Y học Thành phố Hồ Chí Minh * Tập 28 * Số 5 * 2025
https://doi.org/10.32895/hcjm.m.2025.05.07 https://www.tapchiyhoctphcm.vn
|
53
Nhiễm sắc thể Gene Tổng số biến dị Số các biến dị quan trọng trong lâm sàng
Mức 1 Mức 2 Mức 3
15
CYP19A1 6 2
CYP1A1 7 1
CYP1A2 3 1
19
CYP4F2 12 1 1
CYP2A6 13 3 2
CYP2B6 7 2 1
22 CYP2D6 3 1
15 gene Tống số: 107 13 2 15
Tổng số: 30
Bảng 2: Các biến dị có ảnh hưởng nghiêm trọng ở các gene CYP nghiên cứu
Gene Vị trí Biến dị Mức
độ
Tấn số
alen
Thay đổi
trình tự Thuốc* Kiểu hình*
CYP2C19
10:94780653 rs4986893 1a 0.0142 tgG/tgA
Imipramine, dexlansoprazole,
Clopidogrel, voriconazole,
citalopram, lansoprazole,
omeprazole, pantoprazole
sertraline, escitalopram,
clomipramine, amitriptyline
Chuyển hoá,
động dược, Hiệu
lực, Gây độc
10:94781859 rs4244285 1a 0.2214 ccG/ccA
Clopidogrel, voriconazole,
citalopram, lansoprazole,
sertraline, doxepin, escitalopram,
clomipramine, amitriptyline,
pantoprazole, imipramine,
dexlansoprazole.
Chuyển hoá,
động dược, Hiệu
lực, Gây độc
10:94781944 rs375781227 1a Gac/Aac clopidogrel, omiprazol Chuyển hoá
10:94842866 rs3758581 1a 0.9515 Att/Gtt
Clopidogrel, voriconazole,
citalopram, lansoprazole,
pantoprazole, citalopram,
sertraline, doxepin, escitalopram,
clomipramine, amitriptyline,
pantoprazole, imipramine,
dexlansoprazole, trimipramine
Chuyển hoá,
động dược, Hiệu
lực, Gây độc
10:94852738 rs56337013 1a - Cgg/Tgg Clopidogrel Hiệu lực, Gây
độc
CYP2C9
10:94941958 rs72558187 1a 0.0006 cTt/cCt Phenyltoin, meloxicam, celecoxib,
lornoxicam Chuyển hoá
10:94981296 rs1057910 1a 0.0485 Att/Ctt
Piroxicam, phenytoin, lornoxicam,
ibuprofen, fluvastatin, tenoxicam,
warfarin, celecoxib, flurbiprofen,
meloxicam, siponimod
Chuyển hoá,
động dược, Hiệu
lực, Gây độc
Warfarin, acetocoumarol Liều lượng
CYP4F2 19:15879621 rs2108622 1a 0.2368 Gtg/Atg Wafarin Liều lượng
CYP2A6
19:40844759 rs1809810 1b 0.0136 tAc/tTc Nicotine Chuyển hoá
19:40847036 rs28399447 1b 0.0571 Tct/Cct Nicotine Chuyển hoá
19:40848293 rs199916117 1b 0.003 Aag/Gag Nicotine Chuyển hoá
CYP2B6
19:40991369 rs8192709 1a 0.0475 Cgc/Tgc Enfavirenz Gây độc
19:41006936 rs3745274 1a 0.3157 caG/caT Enfavirenz, sertraline Chuyển hoá,
gây độc
*Thuốc và kiểu hình chuyển hoá được tham khảo trên PharmGKB (https://www.pharmgkb.org/)