3/8/2013
1
Giới thiệu chung về
Tin sinh học
GV: ThS. Nguyễn Thành Luân
Email: luannt@cntp.edu.vn
Liên hệ: Khu A Lầu 3 Khoa CNSH & KTMT
TRƢỜNG ĐH CÔNG NGHIỆP THỰC PHẨM TPHCM
KHOA CNSH & KTMT
HỆ ĐẠI HỌC
TIN SINH HỌC
•M học phần : 08200018
•Số tín chỉ : 2
•Trnh đ: Cho sinh viên năm thứ 3 đại học
•Phân bố thời gian: 30 tiết
─ Lý thuyết: 12 tiết
─ Tiểu luận, bài kiểm tra tại lớp: 4 tiết
─ Thực hành, thí nghiệm: 14 tiết
─ Tự học : 60 tiết
3/8/2013
2
Ni dung học phần
STT
Tên chƣơng
1
Ch
ương 1: Giới thiệu chung về tin sinh học
2
Ch
ương 2: Cơ sở dữ liệu tin sinh học (Bioinformatic
Databases
)
3
Ch
ương 3: Sắp xếp thẳng hàng trình tự (Sequence
Alignment)
4
Ch
ương 4. Phép phân tích hệ thống phát sinh loài
(Phylogeny)
5
Ch
ương 5.Giải mã trình tự toàn bộ bộ gen
6
Ch
ương 6. Ứng dụng các tiện ích của tin sinh học trong
nghiên
cứu khoa học
7
Thực
hành thao tác trong tin sinh học
8
Báo
cáo tiểu luận
Mục tiêu môn học tin sinh học
•Mục tiêu chính:
Khám phá những lĩnh vực mới trong sinh học.
Mở ra triển vọng có tính chất toàn cầu về NC
Thống nhất hóa các nguyên tắc, thành tựu của
khoa học trong sinh học.
Số hóa các cơ sở dữ liệu (database) cũng như xây
dựng cách quản lý CNSH bằng tin học.
Xây dựng và phát triển các chương trình ứng
dụng trong CNSH nhằm giải quyết vấn đề trong
nghiên cứu. VD: cây phát sinh loài, đột biến gen…
3/8/2013
3
Mục tiêu ca môn học
Sau khi học xong học phần này, sinh viên có
khả năng:
─ Trình bày các nguyên tắc cơ bản trong phân
tích DNA, phân tích Protein, thiết kế các mồi
oligonucleotide,…
─ Tìm kiếm các bài báo, công trình nghiên
cứu & tìm kiếm các trình tự DNA, Protein.
─ Xử lý và Phân tích DNA, Protein & thiết kế
các oligomer lai phân tử, các primer để khuyếch
đại DNA.
─ Tìm kiếm các bản đồ của các RE trên DNA.
& đăng ký trình tự gene vào ngân hàng gene thế
giới.
Tiêu chí đánh giá môn học
•Bài tập lớn (Tiểu luận): 30%
Nhóm theo chủ đề lớn GV giao (10%
báo cáo Seminar nhóm + báo cáo chủ đề
dạng Report MS Word)
Khác: 20% (chuyên cần, bài tập cá
nhân…)
•Thi kết thúc học phần: 70%
Hình thức thi: vấn đáp (đề mở)
3/8/2013
4
Tài liệu tham khảo
•Tiếng Việt
Nguyễn Thị Lang, Bùi Chí Bửu (2008). ‘Giáo trình Tin
sinh học–Bioinformatics’, Nhà xuất bản nông nghiệp, TP. Hồ
Chí Minh.
Trần Linh Thƣớc và cng sự (2008). ‘Thực tập
Bioinformatics –Lưu hành nội bộ’, Đại học Khoa học Tự
nhiên TP.HCM.
•Tiếng Anh
Baxevanis, A.D. and Ouellette, B.F.F. (2005).
Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes
and Proteins, 3rd edition. Wiley. New York.
Waterman, M.S. (1995). Introduction to Computational
Biology: Sequences, Maps and Genomes. CRC Press.
Mount, D.W. (2002). Bioinformatics: Sequence and
Genome, Cold Spring Harbour Press, New York
Yêu cầu chung cho môn học
Tự chia nhóm và nộp cho lớp trưởng tổng
hợp (<=5 người/nhóm). Ai không có
nhóm = không có điểm báo cáo tiểu
luận. (Np DS vào tuần 2)
Mỗi nhóm tự trang bị ít nhất 1 laptop +
USB 3G kết nối mạng + 1 USB.
Kiểm tra thông qua các bài báo cáo cá
nhân sau mỗi buổi học (lý thuyết hoặc
thực hành)
3/8/2013
5
GIỚI THIỆU CƠ BẢN
VỀ TIN SINH HỌC
CHƢƠNG I
TỔNG QUAN CHƢƠNG I
Lịch sử & khái niệm tin sinh học
Vì sao phải cần nghiên cứu tin sinh học?
Các lĩnh vực nghiên cứu ứng dụng của
tin sinh học
Các công cụ, kỹ năng phục vụ cho tin
sinh học
Các thuật ngữ sử dụng trong các ứng
dụng tin sinh học