Tóm tắt luận án Tiến sĩ Sinh học: Xác định và phân tích hoàn chỉnh trình tự hệ gen ty thể của 6 giống lợn bản địa tại một số tỉnh Miền Bắc Việt Nam

VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM

HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ

-----------------------------

Bùi Anh Tuấn

XÁC ĐỊNH VÀ PHÂN TÍCH HOÀN CHỈNH TRÌNH TỰ

HỆ GEN TY THỂ CỦA 6 GIỐNG LỢN BẢN ĐỊA TẠI

MỘT SỐ TỈNH MIỀN BẮC VIỆT NAM

Chuyên ngành: Công nghệ sinh học

Mã sỗ: 94 20 20 1

TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC

Hà Nội - Năm 2020

Công trình được hoàn thành tại:

Học viện Khoa học và Công nghệ - Viện Hàn lâm Khoa học và Công

nghệ Việt Nam

Người hướng dẫn khoa học 1: GS. TS Nghiêm Ngọc Minh

Người hướng dẫn khoa học 2: PGS. TS Võ Thị Bích Thủy

Phản biện 1: …

Phản biện 2: …

Phản biện 3: …

Luận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng đánh giá luận án tiến sĩ cấp

Học viện, họp tại Học viện Khoa học và Công nghệ - Viện Hàn lâm

Khoa học và Công nghệ Việt Nam

vào hồi … giờ ..’, ngày … tháng … năm 20….

Có thể tìm hiểu luận án tại:

- Thư viện Học viện Khoa học và Công nghệ

- Thư viện Quốc gia Việt Nam

MỞ ĐẦU

1. Tính cấp thiết của luận án

Trong điều kiện chăn nuôi hiện tại, các giống lợn bản địa

đang bị giảm dần về số lượng, đang mất đi một nguồn gen quý của

địa phương và quốc gia, một số giống đã bị tuyệt chủng hoặc đứng

trên bờ tuyệt chủng. Cho đến nay, vẫn chưa có công trình nghiên cứu

khoa học đầy đủ về hệ gen của các giống lợn bản địa Việt Nam, qua

đó làm sáng tỏ nguồn gốc và quan hệ phát sinh chủng loại, nhằm

phục vụ cho công tác bảo tồn nguồn tài nguyên quý hiếm này. Việc

xây dựng cơ sở dữ liệu phân tử về nguồn gen của các giống lợn này

vẫn chưa được tiến hành và khai thác một cách đầy đủ. Từ các vấn

đề cấp bách nêu trên, chúng tôi tiến hành nghiên cứu đề tài: “Xác

định và phân tích hoàn chỉnh trình tự hệ gen ty thể của 6 giống lợn

bản địa tại một số tỉnh Miền Bắc Việt Nam".

2. Mục tiêu nghiên cứu của luận án

- Thu được dữ liệu hoàn chỉnh hệ gen ty thể của 6 giống lợn

bản địa Việt Nam (lợn Ỉ, lợn Móng Cái, lợn Mường Lay, lợn Hương,

lợn Mường Khương và lợn Hạ Lang) và đăng ký trên Ngân hàng gen.

- Xác định thành phần, cấu trúc hệ gen ty thể, so sánh sự sai

khác trình tự, xác định đặc điểm di truyền đặc trưng của sáu giống

lợn bản địa trên, qua đó đóng góp vào cơ sở dữ liệu phục vụ công tác

nhận dạng và bảo tồn.

- Xác định mối quan hệ về di truyền, nhận định nguồn gốc,

phát sinh chủng loại của 6 giống lợn bản địa Việt Nam.

3. Các nội dung nghiên cứu chính của luận án

- Điều tra, khảo sát về giống, nơi cư trú, thu thập mẫu máu

của của sáu giống lợn bản địa nghiên cứu.

- Giải trình tự toàn bộ hệ gen ty thể của sáu giống lợn bản

địa. Lắp ráp, xác định trình tự hoàn chỉnh toàn bộ hệ gen ty thể và chú giải.

- Phân tích thành phần, cấu trúc hệ gen. - Nghiên cứu đa hình trình tự, so sánh trình tự hệ gen ty thể

của 6 giống lợn này với một số giống lợn ở Châu Á, Châu Âu.

- Xây dựng cây phát sinh chủng loại dựa trên trình tự vùng D-loop và trình tự hoàn chỉnh của hệ gen ty thể, phân tích mối quan

hệ nguồn gốc phát sinh chủng loại giữa 6 giống lợn bản địa và một số

giống lợn khác trên thế giới.

Chương 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU

1.1. Nguồn gốc, phân loại và quá trình thuần hóa lợn nhà

Tổ tiên xa xưa của lợn là lợn rừng, đã được săn bắn để cung

cấp thực phẩm cho cuộc sống của người nguyên thủy. Tất cả các

giống lợn hiện nay được coi là các dạng của Sus scrofa domestica.

Các bằng chứng về phát sinh chủng loại địa lý cho thấy quá trình

thuần hóa lợn diễn ra nhiều lần ở nhiều nơi trên thế giới. Có quan

điểm cho rằng tổ tiên của lợn ngày nay được xác định là lợn rừng

nguyên thủy và quê hương của chúng chính là vùng Đông Nam Á .

1.2. Ứng dụng của hệ gen ty thể trong nghiên cứu phát sinh

chủng loại, xác định nguồn gốc

Xác định mối quan hệ về phát sinh chủng loại nhờ trình tự

mtDNA dựa trên nguyên lý: thông tin về quá trình tiến hóa có thể thu

được qua phân tích dữ liệu về trình tự. mtDNA đã được sử dụng rộng

rãi để nghiên cứu phát sinh chủng loại với những lý do sau: Thứ

nhất, sự tiến hóa của mtDNA ở động vật có vú diễn ra trước hết từ sự

thay thế từng cặp nucleotide, mà rất hiếm khi xảy ra sự tái sắp xếp

các phần chính của hệ gen. Thứ hai, tốc độ tiến hóa của mtDNA

được cho là nhanh hơn gấp 10 lần so với DNA nhân. Thứ ba, mtDNA

được di truyền theo dòng mẹ, đơn bội và không xảy ra tái tổ hợp.

1.3. Phát sinh chủng loại phân tử, xây dựng và phân tích cây

phát sinh chủng loại phân tử

1.3.1. Cây phát sinh chủng loại

Cây phát sinh chủng loại là một biểu đồ hình nhánh biểu diễn

mối quan hệ tiến hóa giữa các thực thể sinh vật, nêu lên một giả

thuyết về các sinh vật trên cây đã có quan hệ họ hàng với nhau như

thế nào. Hình học tô-pô của một cây xác định mối quan hệ của các

thực thể được đại diện trên cây phát sinh. Chiều dài nhánh phản ánh

mức độ quan hệ của các đối tượng trên cây. Chỉ duy nhất một nhánh

là nối giữa hai nút. Các nút đại diện cho các đơn vị phân loại (các

taxon mà cụ thể ở đây là các trình tự DNA hoặc protein), nút là giao

điểm hay điểm tận cùng của hai hoặc nhiều nhánh. Một đơn vị phân

loại hoạt động (OTU) là một taxon hiện có có mặt ở một nút ngoài

cùng hay còn gọi là lá.

1.3.2. Phân tích phát sinh chủng loại

Phân tích phát sinh chủng loại phân tử được chia làm năm bước:

(1) Thu nhận trình tự, lựa chọn trình tự: thu nhận trình tự từ

cơ sở dữ liệu bao gồm hàng ngàn họ protein của sinh vật nhân thực, hay

các kết quả từ công cụ BLAST. (2) Dóng hàng đa trình tự: Sử dụng

phép dóng hàng đa trình tự của một nhóm các trình tự tương đồng

(homologous). (3) Lựa chọn mô hình thay thế trong chuỗi DNA và

amino acid: Đây là mô hình môt tả về các các thức thay thế đơn phân

trong quá trình tiến hóa (4) Xây dựng cây: Có bốn phương pháp

chính để dựng cây: dựa vào khoảng cách, maximum parsimony,

maximum likelihood và suy luận Bayes. Phương pháp Bayes giúp

suy luận dựa trên mô hình để phân tích phát sinh chủng loại.

MrBayes lượng giá một phân bố xác suất tiên nghiệm, là khả năng

một cây tạo ra thỏa mãn dữ liệu quan sát. (5) Phân tích cây phát sinh

chủng loại: Tính chính xác của cây được đánh giá bằng phân tích

bootstrap. Bootstrap mô tả độ mạnh về hình học tô-pô của cây. Việc

xác định gốc của cây giúp đánh giá tổng thể chiều hướng biến đổi.

Có thể xác định gốc của cây dựa vào trung điểm hoặc nhờ nhóm đối

chứng.

Chương 2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

2.1. Đối tượng và địa điểm nghiên cứu

Các cá thể lợn thuộc 6 giống lợn bản địa Việt Nam (Ỉ, Móng

Cái, Mường Khương, Mường Lay, Hương và Hạ Lang) được lựa

chọn ngẫu nhiên trong các đàn lợn tại một số địa phương: Điện Biên,

Lào Cai, Cao Bằng, Hải Phòng và Thanh Hóa.

2.2. Phương pháp nghiên cứu

2.3.1. Phương pháp điều tra dựa trên đặc điểm ngoại hình lợn

Quan sát bên ngoài con vật bởi các nhóm chỉ tiêu màu sắc

lông, da và nhóm chỉ tiêu đánh giá về hình dạng, đặc điểm của các

bộ phận trên cơ thể lợn, đo đạc khối lượng, các chỉ số: dài thân, vòng

ngực và cao vai. Tiêu chí đánh giá đối chiếu với Át lát Các giống vật

nuôi ở Việt Nam và Chuyên khảo Bảo tồn và khai thác nguồn gen

vật Nuôi Việt Nam.

2.3.2. Xác định trình tự hệ gen ty thể

Tách chiết DNA, khuếch đại phân đoạn mtDNA bằng

PCR, giải trình tự hệ gen ty thể bằng phương pháp phân đoạn

(shotgun) theo nguyên lý của Sanger.

2.3.3. Nhóm phương pháp lắp ráp, dóng hàng trình tự, dự đoán và

chú giải hệ gen

2.3.3.1. Lắp ráp hệ gen

Dữ liệu trình tự được đánh giá và chỉnh sửa trên phần mềm

BioEdit v7.2.5. Các đoạn contig thu được từ quá trình cắt gọt sẽ

được ghép nối lại dựa trên phần trình tự gối lên nhau ở hai đầu mỗi

đoạn bằng phần mềm DNA Dragon v1.6.0 (SequentiX) và phần

mềm EditSeq (DNASTAR).

2.3.3.2. Dóng hàng đa trình tự

Các trình tự vùng D-loop và trình tự vùng mã hóa của hệ gen ty

thể vừa lắp ráp sẽ được tách riêng. Các đoạn trình tự lặp ngắn trước sau

5' -CGTGCGTACA-3' được xác định số lượng đơn vị lặp và loại bỏ.

Trình tự hệ gen ty thể của các giống lợn trên thế giới được dóng

hàng đa trình tự, sử dụng thuật toán MUSCLE. Xác định mô hình

tiến hóa thích hợp nhất bằng phần mềm MEGA7.

2.3.3.3.Phân tích, chú giải hệ gen

Phân tích và chú giải hệ gen và các gen tRNA của các giống lợn

bản địa Việt Nam bằng công cụ trực tuyến Dogma và Mitos Web

Server. Tất cả các chú giải được kiểm tra bằng công cụ BLAST trên

GenBank.

2.3.4. Phân tích trình tự và phương pháp xác định mức độ tương

đồng trình tự

Với trình tự thu được, chúng tôi tiến hành phân tích các chỉ

số cơ bản về tỷ lệ bất đối xứng của các loại nucleotide như phần trăm

của các loại nucleotide sử dụng phần mềm DAMBE v6.3.17

(http://dambe.bio.uottawa.ca/), cùng với đó là hai chỉ số độ lệch: GC

skew và AT skew được tính toán dựa theo công thức sau:

2.3.5. Phương pháp xây dựng cây và phân tích chủng loại phát sinh

2.3.5.1. Khoảng cách tiến hóa

Khoảng cách p (p-distance) giữa các cặp trình tự được tính toán

sử dụng thuật toán hai thông số của Kimura trong phần mềm MEGA.

2.3.5.2. Phân tích phát sinh chủng loại

Trình tự của vùng Dloop và toàn bộ vùng mã hóa của hệ gen

ty thể được sử dụng riêng biệt làm dữ liệu đầu vào để dựng các cây

phát sinh chủng loại tương ứng. Phương pháp Bayes được sử dụng

trong phần mềm BEAST v1.8.3, thiết lập Yule process và MCMC

10000000 để tính toán xác suất hậu nghiệm. Cây tối thích được tìm

ra bằng phần mềm Tree Annotater v.1.8.4. Gốc của cây được xác

định bằng phương pháp sử dụng nhóm đối chứng (out - group. Kiểm

tra thứ tự phân nhánh và tính chính xác bằng phân tích bootstrap sau

1000 lần lặp lại. Cuối cùng, phần mềm Figure Tree v1.4.2 được sử

dụng để đọc tệp tin kết xuất ra và xây dựng cây phát sinh chủng loại.

Chương 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN

3.1. Chọn lựa, thu thập mẫu

Tính đến nay tại Việt Nam, để nhận diện các giống lợn bản

địa các nhà chọn giống chưa có cơ sở dữ liệu phân tử nào mà chủ

yếu căn cứ và bộ chỉ tiêu các đặc điểm hình thái đã được công bố và

phê chuẩn. Để đảm bảo độ tin cậy trong việc thu mẫu phục vụ nghiên

cứu, chúng tôi đã tiến hành khảo sát các đặc điểm ngoại hình dựa

trên 3 nhóm chỉ tiêu là: (1) Đặc điểm lông, da; (2) tầm vóc, khối

lượng và (3) hình dáng cơ thể, số lượng núm vú.

a. Nhóm chỉ tiêu đặc điểm lông da

Ở giống Mường Lay, qua quan sát thấy sự phân bố màu sắc

lông da thường kèm theo với một số chỉ tiêu ngoại hình để tạo thành

phân nhóm nhỏ hơn (gọi tên: nhóm A+). Số lượng các cá thể lợn

được quan sát màu sắc lông da được phân vào các nhóm A+, A và B

theo thứ tự giảm dần các chỉ tiêu đặc trưng của giống. Chỉ những cá

thể nào có đầy đủ chỉ tiêu của giống (nhóm A hoặc A+) mới được

chọn lựa để sàng lọc ở các nhóm chỉ tiêu tiếp theo.

Bảng 3.1. Kết quả khảo sát đặc điểm lông, da của 6 giống

lợn bản địa

Đặc điểm về màu sắc lông da

Tổng số

N

Nhóm

%

Lợn Ỉ

Lông thưa, thô. Lông, da đen nhưng không bóng

9

100

9 Lợn Móng Cái

- Thân lang đen trắng, đầu đen, tiếp giáp giữa

100

82,0

lông đen và trắng có khoảng mờ

18,0

- Thân lang đen trắng, đầu đen giữa trán có đốm trắng, tiếp giáp giữa lông đen và trắng có khoảng mờ

Lợn Mường Khương

100

77,0

- Màu sắc lông da đen tuyền. Lông thưa và mềm.

- Màu sắc lông da đen tuyền hoặc đen có đốm

23,0

trắng ở đầu đuôi và chân, lông thưa mềm.

Lợn Hương

57,8

- Thân và 4 chân trắng, có mảng lông da màu đen ở mông và da đầu. Phần tiếp giáp giữa đen và trắng rộng khoảng 2-3 cm, trên đó da đen, lông trắng

- Có thêm đặc điểm: giữa trán có một điểm trắng,

42,1

bốn chân có mầu trắng.

Lợn Hạ Lang

- Bụng trắng và có dải trắng vắt vai có dải đen

31,7

gần giống yên ngựa.

- Có thêm đặc điểm: Giữa trán có điểm trắng gần

68,3

giống hình nêm

Lợn Mường Lay

- Đen tuyền, lưng thẳng, đầu núm vú cách mặt

50,0

đất 10-15cm

- Có thêm đốm trắng ở chân, trán, đuôi, lưng

11,4 2

thẳng, đầu núm vú cách mặt 10-15 cm

- Có thêm lưng hơi võng, bụng hơi sệ, đầu núm

A+

38,5

vú đều không sa sệ.

(N: Số cá thể được lựa chọn có đặc điểm màu sắc lông da phù hợp với Át

lát; %: phần trăm cá thể có đặc điểm phù hợp trên tổng số cá thể quan sát)

Chỉ những cá thể ở nhóm A và A+ sẽ được chọn lựa để tiến

hành khảo sát ở nhóm tiêu chí về tầm vóc, khối lượng.

b. Đặc điểm về kích thước các chiều đo và khối lượng

Bảng 3.2. Kết quả khảo sát khối lượng và kích thước của 6

Khối lượng

giống lợn bản địa Dài thân

Vòng ngực

Cao vai

Giống lợn

± SD

Ỉ Móng Cái Hương Hạ Lang Mường Khương Mường Lay

± SD 40,34 ± 0,92 51,47 ± 0,32 40,55 ± 0,22 42,68 ± 042 52,64 ± 0,92 40,43 ± 0,95

± SD 85,76 ± 1,32 83,93 ± 1,44 39,58 ± 0,91 92,41 ± 1,35 90,77 ± 1,46 45,25 ± 0,93 42,56 ±0,36 86,73 ± 1,33 81,31 ± 1,42 43,68 ±0,98 87,12 ± 1,33 84,34 ± 1,43 46,14 ±0,96 93,94 ± 1,32 90,52 ± 1,46 43,25±0,94 85,71 ± 1,38 83,97 ± 1,46

(ĐVT: Khối lượng: Kg; kích thước: cm)

: Trị số trung bình ± SD: độ lêch chuẩn

Kết quả cho thấy 100% các cá thể được khảo sát về nhóm chỉ

tiêu tầm vóc và kích thước cơ thể đều mang những đặc điểm đặc

trưng của từng giống. c. Khảo sát trên nhóm chỉ tiêu hình dáng cơ thể

Bảng 3.3. Khảo sát đặc điểm hình dáng cơ thể của 6 giống

lợn bản địa

Đặc điểm hình dáng cơ thể (số lượng núm vú)

N

%

Tổng số

Lợn Ỉ

- Đầu to vừa phải, trán gần phẳng, mặt nhăn, nọng cổ và má chảy sệ khi béo, mõm ngắn,

9

100 - Bụng ít sệ, thân, chân dài và cao hơn so với lợn

Ỉ Mỡ

Lợn Móng Cái

- Đầu to, mõm nhỏ và dài, tai nhỏ và nhọn, có

18

15 83,3

nếp nhăn to và ngắn ở miệng.

Đặc điểm hình dáng cơ thể (số lượng núm vú)

N

%

Tổng số

- Cổ to ngắn, ngực nở và sâu, lưng dài, hơi võng,

bụng hơi sệ, mông rộng và xuôi.

Lợn Mường Khương

- Mõm dài thẳng hoặc hơi cong. Trán nhẵn, tai tô

cúp rủ về phía trước.

23

20 86,9

- Bốn chân to cao, vũng chắc. Lưng hơi cong, bụng to nhưng không sệ tới sát đất, mông hơi dốc.

Lợn Hương

- Đầu đen và thô, giữa trán có một điểm trắng.

16

10 62,5

- Chân to, bụng to vừa phải và không chạm đất, lưng võng nhưng không gãy, bốn chân có mầu trắng, mông dốc, vai nở, ngực sâu.

Lợn Hạ Lang

- Mõm ngắn, mặt nhăn to.

28

25 89,2

- Chân to ngắn. Lưng võng, bụng không chạm đất

Lợn Mường Lay

- Mõm thẳng, dài vừa phải, trán có nếp nhăn, tai

to và dày cụp.

- Mình thuôn dài, lưng hơi võng, chân to và cao

27

13 48,1

vừa phải, đi bằng bàn.

- Núm vú đều, khi mang thai và nuôi con, núm

vú không sa sệ, không chạm đất.

(N: Số cá thể được lựa chọn có đặc điểm hình dáng cơ thể phù hợp với Át lát; %: phần trăm cá thể có đặc điểm phù hợp trên tổng số cá thể quan sát)

Số cá thể thuộc 6 giống lợn sau khi được chọn lựa qua 3 nhóm

chỉ tiêu về ngoại hình đã đạt đầy đủ các tiêu chí đặc trưng của từng

giống. Mẫu máu của những cá thể này được lựa chọn ngẫu nhiên mỗi

giống 6 mẫu đem tách chiết DNA tổng số phục vụ nghiên cứu.

3.2. Trình tự hệ gen ty thể của 6 giống lợn bản địa

Trình tự hoàn chỉnh hệ gen ty thể của 6 giống lợn bản địa

gồm Ỉ, Móng Cái, Mường Khương, Mường Lay, Hương và Hạ Lang

đã được xác định và đăng ký trên GenBank với các mã số truy cập

KX094894, KU556691, KY432578, KX147101, KY964306 và KY800118.

Công trình của nhóm tác giả Tran Thi Thuy Nhien và cộng sự (2016)

tiến hành nghiên cứu độc lập cũng công bố trình tự hoàn chỉnh hệ

gen ty thể của giống lợn Móng Cái (mã số truy cập GenBank:

KU556691). Kích thước hệ gen của lợn Móng Cái do nhóm tác giả

này công bố là 16.632 bp, ngắn hơn so với trình tự trong kết quả

nghiên cứu của chúng tôi là 79 bp, sự khác biệt chủ yếu chỉ nằm

trong vùng D-loop, trong đó có sự khác biệt số lượng motif lặp

‘CGTGCGTACA'.

3.3. Phân tích hệ gen ty thể

3.3.1. Phân tích thành phần hệ gen ty thể

Tỷ lệ thành phần các loại nucleotide được liệt kê tại bảng 3.5.

Bảng 3.5. Tỷ lệ thành phần base ở hệ gen ty thể của 6 giống lợn bản địa Việt Nam. G(%) 13,33 13,30 13,31 13,32 13,35 13,32

Giống lợn Ỉ Móng Cái Mường Khương Hạ Lang Hương Mường Lay

G+C(%) 39,57 39,50 39,50 39,55 39,57 39,51

A(%) 34,64 34,70 34,68 34,67 34,65 34,70

C(%) 26,24 26,20 26,19 26,20 26,22 26,19

T(%) 25,75 25,79 25,81 25,78 25,78 25,79

Kết quả cho thấy, độ lệch thành phần các nucleotide hệ gen ty

thể của các giống lợn nghiên cứu theo hướng giàu A+T (60,43 -

60,50). Một số chỉ số đặc trưng cho trình tự hệ gen ty thể như tỷ lệ

phần trăm base loại G và loại C (% GC), độ lệch GC và AT (GC

skew và AT skew) được liệt kê nhằm phân tích và so sánh giữa

các giống lợn bản địa Việt Nam với các giống lợn khác trên thế

giới tại bảng 3.6.

Bảng 3.6. Thành phần trình tự của các nhóm lợn trên thế giới

Khu vực Giống lợn

%GC

Lợn bản địa Việt Nam

Trình tự hoàn chỉnh AT GC skew skew -0,33 0,15 -0,33 0,15 -0,33 0,15 -0,33 0,15 -0,33 0,15 -0,33 0,15

39,35 39,23 39,24 39,25 39,25 39,29 - -

- -

Trình tự D-loop AT GC skew skew 0,16 -0,32 0,16 -0,33 0,16 -0,34 0,14 -0,30 0,16 -0,33 0,16 -0,31 0,17 -0,35 0,15 -0,35

39,91 38,77 38,47 39,25 38,79 39,59 38,55 38,76

39,25

-0,33 0,15

38,2

-0,34

0,15

Đông Bắc Á

- 39,19 39,21

-0,33 0,15 -0,33 0,15

39,09 38,59 38,69

-0,33 -0,33 -0,34

0,16 0,16 0,16

Ỉ Móng Cái Hạ Lang Hương Mường Khương Mường Lay Jeju Korean native pig WB-China northeast WB-Japan WB-Korea Bamei

Huzu

39,2

-0,33 0,15

38,69

-0,34

0,16

Sông Hoàng Hà

Khu vực các nước Châu Âu

-0,33 0,15 -0,33 0,15 -0,33 0,15 -0,34 0,15 -0,33 0,15 -0,33 0,15 -0,34 0,15 -0,34 0,15 -0,33 0,15 -0,33 0,15

Lưu vực sông Mê Kông

Khu vực Nam Trung Quốc Lưu vực sông

Berkshire Duroc Hampshire Iberian Landrace Large White Pietrain WB-European Banna mini Dahe Thailand indigenous pig WB-Malaysia WB-Vietnam WB-Yunnan Lantang Lanyu WB-Fujian WB-Hainan Aba Bihu Jinhua

39,28 39,32 39,33 39,29 39,28 39,27 39,28 39,28 39,28 39,24 - 39,18 39,26 39,28 39,22 39,25 39,19 39,19 39,21 39,81 39,22

-0,33 0,15 -0,33 0,15 -0,33 0,15 -0,33 0,15 -0,30 0,12 -0,33 0,15 -0,33 0,15 -0,33 0,15 -0,31 0,14 -0,33 0,15

38,47 38,66 38,27 38,37 38,47 38,47 38,52 38,56 39,16 38,92 38,7 38,59 38,69 39,27 38,57 38,55 38,71 38,68 38,69 38,69 38,46

-0,34 -0,35 -0,36 -0,35 -0,35 -0,35 -0,35 -0,35 -0,34 -0,33 -0,33 -0,38 -0,34 -0,31 -0,34 -0,34 -0,33 -0,33 -0,34 -0,34 -0,34

0,16 0,16 0,16 0,16 0,15 0,16 0,16 0,17 0,16 0,16 0,16 0,19 0,16 0,15 0,16 0,16 0,16 0,15 0,16 0,16 0,16

Khu vực Giống lợn

%GC

Trình tự hoàn chỉnh AT GC skew skew - - - -

Trường Giang

Kele Taoyuan WB-Jiangxi Wei Xiang pig

-0,33 0,15 -0,33 0,15 -0,33 0,15

- - 39,22 39,2 39,18

Trình tự D-loop AT GC skew skew 0,16 -0,34 0,16 -0,34 0,16 -0,34 0,16 -0,34 0,16 -0,33

38,68 38,66 38,59 38,69 38,59

"-" : Trình tự hoàn chỉnh chưa được công bố.

Các chỉ số GC skew ở các giống lợn đều mang giá trị âm,

AT skew đều mang giá trị dương. Như vậy, xét về tiến hóa, xu

hướng thay đổi thành phần nucleotide giữa các giống lợn là không có

khác biệt lớn. Đối với trình tự hoàn chỉnh, toàn bộ sáu giống lợn

nghiên cứu đều giống nhau về trị số GC skew và AT skew với giá trị

tương ứng là -0,33 và 0,15. Ở hai giống Hương và Mường Lay cùng

với giống WB-Yunnan của Trung Quốc trình tự hoàn chỉnh ít có sự

chênh lệch nhất giữa C và G tương ứng là 0,30 và 0,31. Giống lợn

Hương là giống có độ lệch giữa hai loại nucleotide A và T thấp nhất

(0,14). So sánh giữa vùng trình tự D-loop và trình tự hoàn chỉnh, có

thể thấy vùng D-loop ở đa phần các giống lợn đều có chỉ số AT skew

cao hơn, tức là có mức độ biến đổi thành phần nucleotide loại A và T

cao hơn. Giá trị trung bình cộng của trị số GC skew đối với các

giống lợn bản địa Việt Nam (-0,32) cao hơn so với giá trị trung bình

cộng của các giống lợn khác trên thế giới (-0,34). Về lý thuyết, các

chỉ số độ lệch này cũng cho phép đánh giá một phần độ đa dạng di

truyền và gián tiếp xác định các mối quan hệ về phát sinh chủng loại.

Tuy nhiên sự khác biệt là chưa đủ lớn giữa các đối tượng nghiên cứu,

nên chưa thể đưa ra suy luận khoa học cụ thể nào theo hai hướng trên

từ các chỉ số GC skew và AT skew.

3.3.2. Chú giải cấu trúc hệ gen ty thể

Kết quả chú giải cấu trúc hệ gen ty thể của các giống lợn

nghiên cứu đều bao gồm 37 gen trong đó có 2 gen mã hóa RNA

ribosome, 13 gen mã hóa protein, 22 gen mã hóa RNA vận chuyển

và một vùng kiểm soát D-loop. Ngoài ra còn có mười hai vùng

không mã hóa nhỏ nằm rải rác trên khắp hệ gen ty thể. Kết quả

chú giải hệ gen sử dụng công cụ trực tuyến GenomeVx cho thấy

các giống lợn bản địa Việt Nam có hệ gen ty thể mạch kép, khép

vòng, với kích thước lần lượt là: lợn Móng Cái: 16.711 base pairs

(bp), lợn Mường Lay: 16.740 bp, lợn Mường Khương: 16.679 bp,

lợn Hạ Lang: 16.722 bp, lợn Hương:16.753 bp và lợn Ỉ: 16.731

bp. So sánh các trình tự lặp trước sau theo motif 5'-tacacgtgcg-3'

ở vùng D-loop cho thấy có những khác biệt lớn giữa nhóm lợn

Việt Nam so với các giống lợn nhóm Châu Âu, Châu Á.

Kết quả phân tích cấu trúc, tổ chức hệ gen ty thể của 6 giống

lợn bản địa Việt Nam ở trên cho thấy có sự tương đồng với cấu trúc

hệ gen ty thể của các loài động vật có vú khác. Thành phần các loại

base có trong hệ gen ty thể của cả 6 giống lợn đều theo hướng giàu

A+T (trên 60%), tương tự với các nhóm lợn Châu Á khác.

3.3.3. Cấu trúc thành phần của các gen RNA vận chuyển

Thông tin về cấu trúc thành phần của các gen tRNA được liệt

kê ở bảng 3.13.

Bảng 3.13. Thành phần nucleotide của 22 gen tRNA

Tên gen

Thành phần Nucleotide

Sợi (+/-)

AT skew

STT

GC skew

tRNA Phe tRNA Val tRNA Leu2 tRNA Ile tRNA Gln tRNA Met tRNA Trp

1. 2. 3. 4. 5. 6. 7.

Chiều dài (bp) 70 68 75 69 73 70 68

A 26 26 23 28 16 20 26

G 13 10 14 11 20 13 12

C 16 14 17 8 8 20 14

-0,10 0,27 -0,17 0,18 -0,10 0,05 0,16 0,12 0,43 -0,29 -0,21 0,08 -0,08 0,24

T 15 18 21 22 29 17 16

+ + + + - + +

Tên gen

Thành phần Nucleotide

Sợi (+/-)

AT skew

STT

GC skew

tRNA Ala tRNA Asn tRNA Cys tRNA Tyr tRNA Ser2 tRNA Asp tRNA Lys tRNA Gly tRNA Arg tRNA His tRNA Ser1 tRNA Leu1 tRNA Glu tRNA Thr tRNA Pro

0,30 -0,16 0,24 -0,09 0,14 -0,05 0,15 0,08 0,29 -0,11 0,14 -0,02 -0,07 0,08 -0,13 0,09 -0,20 0,07 0,00 0,09 -0,14 0,05 0,08 0,17 0,36 -0,23 -0,20 0,16 0,31 -0,28

- - - - - + + + + + + + - + -

A 19 21 18 21 17 23 20 25 29 29 20 27 17 22 13 486

C 8 11 12 11 11 9 16 13 9 8 12 11 8 18 10 264

G 15 18 16 15 20 12 14 10 6 8 9 13 17 12 19 297

Chiều dài (bp) 68 75 66 65 69 68 67 69 69 69 59 70 69 68 65 1509 68,59

T 26 25 20 18 21 24 17 21 25 24 18 19 27 16 23 462 22,09 13,50 12,00 21,00

0,06 0,02

8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. 17. 18. 19. 20. 21. 22. Tổng chiều dài Giá trị trung bình

22 gen tRNA có kích thước tổng thể là 1509 bp và chiều dài

trung bình là 68,6 bp, nằm trong khoảng từ 59 bp (tRNAPro) đến 75 bp tRNALeu(CTA). Thành phần nucleotide của toàn bộ 22 gen tRNA đều theo hướng độ lệch thiên về hàm lượng AT với tỉ lệ các loại

nucleotide là: 32,2% A, 30,6% T, 19,6% G và 17,5% C, theo thứ tự

A > T > G >C . Giá trị chỉ số GC skew trong 22 gen tRNA có 10 gen

mang giá trị âm (chiếm 0,45%), 8 gen tRNA có chỉ số AT skew âm

(chiếm 36%) và giá trị trung bình chỉ số AT skew, GC skew đều mang giá

trị dương (0,06 và 0,02 %). Điều này chứng tỏ rằng sự hiện diện của

nucleotide loại A trên các sợi DNA nhiều hơn T ở đa số các gen tRNA và

tỉ lệ chênh lệch G, C gần như tương đương nhau trong số 22 gen tRNA

của hệ gen ty thể các giống lợn bản địa Việt Nam. Duy nhất chỉ có gen

tRNA His có tần số G bằng C với chỉ số GS skew bằng 0.

3.3.4. Phân tích cấu trúc bậc hai của các tRNA

Kết quả dự đoán cấu trúc bậc hai của 22 tRNA cho thấy, cấu

trúc của 21 tRNA ngoại trừ tRNASer-1 đều có dạng cỏ ba lá điển

hình được tạo thành từ ba thùy dihydrouridine DHU, pseudouridin

(TψC ) và anti-codon. 21 tRNA đều có các gốc nhánh gắn amino

acid (amino acid acceptor) và gốc nhánh bộ ba đối mã (aniticodon)

tương ứng đều là 7 bp và 5 bp, ngoại trừ tRNA Ser-1 có chiều dài

gốc nhánh bộ ba đối mã là 6 bp. Riêng tRNA Ser-1 do có kích thước

gen ngắn, do đó có phần thùy dihydrouridine (DHU) không hình

thành được cấu trúc bền vững.

3.4. So sánh đa hình trình tự

Do có sự khác biệt về đặc điểm cấu trúc và vai trò trong tiến

hóa giữa hai vùng trình tự, nên kết quả phân tích đa hình trình tự

được thể hiện ở hai nhóm kết quả: đa hình vùng D-loop và đa hình

vùng mã hóa.

3.4.1. Trình tự vùng D-loop

3.4.1.1. Mức độ tương đồng

Kết quả so sánh hệ số tương đồng trình tự ở vùng D-loop đạt

mức thấp nhất ở giống lợn Ỉ (< 0,951), tiếp đến là giống lợn Mường

Lay (<0,971), qua đó phản ánh nét đặc trưng về mặt di truyền của hai

giống lợn bản địa này. Bên cạnh đó, có thể thấy mức độ tương đồng

cao về trình tự giữa hai giống lợn Hương và Hạ Lang (chỉ số tương

đồng cao nhất đạt: 0,999). So sánh độ tương đồng ở nhóm lợn lang

của Việt Nam (Hương, Hạ Lang và Móng Cái) cho thấy có mức độ

tương đồng cao hơn trong nội bộ nhóm so với các giống lợn bản địa

Việt Nam khác và các giống lợn trên thế giới.

3.4.1.2. Mức độ khác biệt

Có 25 vị trí đa hình trên tổng số 1184 vị trí (chiều dài contig),

trong đó có 5 vị trí có mặt ít nhất 2 biến thể. Kết quả so sánh khác

biệt vùng D-loop được trình bày ở bảng 3.15.

Bảng 3.15. Các vị trí SNP ở vùng D-loop của 6 giống lợn nghiên cứu

STT

Ỉ

Hương

Giống Vị trí

- - - - - T/C C/T - - - - - - - - - - - - - - - - -

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25

G/A T/C T/C T/C - - - A/G T/C G A - G/G/A A - G/G/A - G/G/A - A - C - A/G -

Mường Khương - - - T/C C/T - C/T - - G - - - - - - - - - - - - T/T/C - -

Mường Lay - - - T/C C/T - C/T - - - A A - - A - A - A - A - - - -

Móng Cái - - - T/C - T/C C/T - - G - - - - - - - - - - - - - - -

Hạ Lang - - - - - T/C C/T - - - - - - - - - - - - - - - - - A/C/A A/C/A

24 183 215 242 280 407 454 503 562 706 714 736 734 744 746 754 756 764 766 774 776 791 813 1032 1165

Khi so sánh khác biệt trình tự vùng D-loop có thể thấy một

số vị trí, chẳng hạn tại vị trí nucleotide thứ 454 (hình 3.6.) tất cả các

nhóm lợn Việt Nam trừ lợn Ỉ khác biệt với hầu hết các giống lợn còn

lại ở biến thể này (C/T). Vùng trình tự này của giống lợn Ỉ mang khá

nhiều các điểm khác biệt với 5 giống lợn bản địa Việt Nam còn lại và

với các giống lợn khác trên thế giới.

Hình 3.6. Vị trí khác biệt trên trình tự vùng D-loop của các giống lợn bản địa Việt Nam và các giống lợn trên thế giới

3.4.2. Trình tự vùng mã hóa hệ gen ty thể

3.4.2.1. Mức độ tương đồng

Các giống lợn trong nhóm lợn lang của Việt Nam (Hạ Lang,

Hương và Móng Cái) có mức độ tương đồng với nhau khá cao. Hai

giống bản địa tại tỉnh Cao Bằng (Hương và Hạ Lang) thể hiện mức

độ gần gũi về di truyền với chỉ số tương đồng cao (0,999). So với

vùng D-loop, trình tự vùng mã hóa của giống Ỉ không thể hiện mức

độ đặc trưng cao.

3.4.2.2. Mức độ khác biệt

Khác biệt thường rơi vào các vùng gen mã hóa cho protein và

tRNA, trong khi các vùng còn lại khá bảo thủ. Bên cạnh đó, trong số

các biến thể SNP đáng chú ý có biến thể tại vị trí 2250 nằm trên gen

mã hóa 12S rRNA. Tất cả các giống bản địa Việt Nam ngoại trừ

giống Ỉ không có biến thể (C/T) nằm ở vùng này, trong khi hầu hết

các giống lợn khác đều có, kết quả này được minh chứng ở hình 3.8.

Hình 3.8. Biến thể trình tự tại vị trí nucleotide 2250 vùng mã hóa hệ gen ty thể các giống lợn

Kết quả so sánh biến thể trình tự này thể hiện có sự tương

đồng giữa giống lợn Ỉ với giống Banamini (ở lưu vực sông Mekong)

và giữa nhóm 5 giống lợn Việt Nam (Hương, Móng Cái, Mường

Lay, Mường Khương và Hạ Lang) với giống lợn Lantang (ở khu vực

miền nam Trung Quốc) cho phép đưa ra những dự đoán về những

mối liên hệ gần gũi về mặt di truyền giữa các giống lợn này.

3.5. Phân tích về quan hệ phát sinh chủng loại

Để tăng cường độ tin cậy về nguồn gốc và quan hệ phát

sinh chủng loại, dữ liệu vùng D-loop và dữ liệu trình tự hoàn

chỉnh được phân tích một cách độc lập để xây dựng các cây phát

sinh chủng loại khác nhau. Đối với giống lợn Móng Cái ngoài kết

quả trình tự của luận án, chúng tôi còn sử dụng trình tự của nhóm

tác giả Tran Thi Thuy Nhien (2016) (kí hiệu trên cây phát sinh

chủng loại là MongCai_TN) để xây dựng cây phát sinh chủng

loại, cũng như phân tích về quan hệ tiến hóa.

3.5.1. Cây phát sinh chủng loại dựa trên dữ liệu trình tự D-loop

Ba giống lợn vùng Đông Bắc Bộ (lợn Móng Cái, Hạ Lang,

và Hương) đều có cùng cặp taxon chị em với giống lợn Lantang

(vùng Nam Trung Quốc, khoảng cách p từ 0,0006 - 0,0016. Hai

giống lợn thuộc khu vực Tây Bắc Bộ (lợn Mường Khương và lợn

Mường Lay) có quan hệ di truyền gần gũi với giống lợn Bamei

(khu vực lưu vực sông Hoàng Hà với khoảng cách p là 0,0012).

Kết quả về phát sinh chủng loại thể hiện trên cây phù hợp với dự

đoán về sự gần gũi giữa hai giống Hương và Hạ Lang khi chúng

có những sự tương đồng về hình thái và phân bố địa lý. Tồn tại

khoảng cách p tương đối gần trong nhóm các con lợn Việt Nam là

0,0039±0,00112. Giống lợn Ỉ của Việt Nam ở cùng nhánh với

giống lợn Banna Mini (thuộc vùng sông Mê Kông, với khoảng

cách p là 0,0006, giá trị bootstrap đạt 99%). Khoảng cách tiến hóa

của giống lợn Ỉ là xa nhất so với 5 giống lợn bản địa Việt Nam

còn lại, cụ thể là giống lợn Ỉ có khoảng cách p với Hương và Hạ

Lang là 0,0081; khoảng cách với 3 giống Móng Cái, Mường

Khương và Mường Lay là 0,00782. Quan hệ giữa các giống lợn

này được thể hiện rõ trên cây phát sinh chủng loại ở hình 3.11.

Đối với giống lợn Móng Cái, taxon MongCai_TN có trình tự

mtDNA được công bố bởi Tran Thi Thuy Nhien và cs khác biệt

khá lớn về kích thước và đoạn lặp so với các giống lợn khác nên

nắm ở nhánh tách biệt với hầu hét các giống lợn Châu Á khác và

nằm rất xa với taxon từ kết quả nghiên cứu của chúng tôi.

3.5.2. Cây phát sinh chủng loại dựa trên trình tự hoàn chỉnh

Quan hệ gần của nhóm lợn lang Việt Nam (Hương, Hạ

Lang và Móng Cái) một lần nữa được khẳng định ở cây dựa trên

trình tự hoàn chỉnh (hình 3.12). Cùng với những tương đồng về đặc

điểm hình thái giữa giống lợn Hương và giống Lantang ở tỉnh Quảng

Đông, miền nam Trung Quốc. Từ quan hệ phát sinh này có thể đưa

ra giả thiết về nguồn gốc chung của nhóm lợn bản địa Việt Nam với

lợn Lantang xuất phát từ hoạt động giao thương trong quá khứ giữa

tỉnh Quảng Đông Trung Quốc với các tỉnh biên giới miền núi phía

bắc Việt Nam. Khoảng cách p trung bình xác định được là tương đối

gần trong nhóm các con lợn bản địa Việt Nam (0,00209), lớn hơn khi

so sánh với nhóm lợn Châu Á (0,00694) và đặc biệt có khoảng cách

rất xa với nhóm lợn Châu Âu (0,01734).

Nhóm lợn lang Việt Nam (lợn Móng Cái, Hương và Hạ Lang)

cùng một nhánh phụ (giá trị bootstrap 95%) với khoảng cách tiến

hóa gần, phù hợp với sự tương đồng về đặc điểm địa lý phân bố và

hình thái học. Nhóm lợn lang Việt Nam đều có mối quan hệ gần gũi

về mặt di truyền và cùng một lớp với giống lợn Lantang (thuộc khu

vực Nam Trung Quốc). Lợn Mường Lay và Mường Khương ở các

nhánh chị em có khoảng cách p rất gần (0,0005). Hai giống lợn

Hương và Hạ Lang cùng nhóm với lợn Lantang ở miền nam Trung

Quốc. Giống Mường Lay cùng nhánh phụ với giống Bamei ở lưu

vực sông Hoàng Hà, Trung Quốc. Giống lợn Ỉ có khoảng cách xa

nhất với các giống lợn bản địa Việt Nam còn lại và có khoảng cách

tiến hóa gần nhất với lợn Banamini. Hai giống lợn của tỉnh Cao

Bằng là Hạ Lang và Hương có có quan hệ phát sinh gần phù hợp với

một số đặc điểm tương đồng giữa hai giống lợn về hình thái, bên

cạnh đó đã có một số tài liệu đề cập đến nguồn gốc gần gũi hoặc có

chung nguồn gốc của hai giống lợn này.

Hình 3.11. Cây phát sinh chủng loại vùng D-loop: Quan hệ phát sinh chủng loại được phân tích sử

dụng phương pháp suy luận Bayes bằng phần mềm BEAST v1.8.3.

Hình 3.12. Cây phát sinh chủng loại của trình tự hoàn chỉnh: Quan hệ phát sinh chủng loại được phân tích sử dụng phương pháp suy luận Bayes bằng phần mềm BEAST v1.8.3

Kết quả của luận án bao gồm các dữ liệu về thông tin di truyền

thu được giúp nhận định nguồn gốc giống, đánh giá đặc trưng di

truyền của những giống lợn bản địa nghiên cứu, được coi là những

nguồn gen vật nuôi bản địa đang bị thất thoát tại Việt Nam.

Chương 4. KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ

4.1. Kết luận

1. Đã giải trình tự hoàn chỉnh hệ gen ty thể của 6 cá thể lợn bản

địa Việt Nam (lợn Ỉ, lợn Móng Cái, lợn Mường Khương, lợn Mường

Lay, lợn Hương và lợn Hạ Lang) dữ liệu đã công bố trên ngân hàng

Genbank tương ứng với các mã số KX094894, KU556691,

KY432578, KX147101, KY964306 và KY800118.

2. Đã phân tích, chú giải, dự đoán cấu trúc chức năng hệ gen ty

thể của 6 cá thể lợn nghiên cứu.

3. Xác định được độ đa hình trình tự hệ gen ty thể của 6 cá thể

lợn nghiên cứu. Chỉ số tương đồng trình tự hệ gen ty thể của vùng D-

loop ở giống lợn Ỉ là thấp nhất so với 5 giống còn lại. Xác định được

25 vị trí đa hình trong vùng D-loop của 6 cá thể lợn nghiên cứu.

4. Ước lượng được khoảng cách tiến hóa, mối quan hệ phát sinh

chủng loại giữa 6 cá thể lợn nghiên cứu với một số giống lợn nhà và

lợn rừng khác trên thế giới. Nguồn gốc của 6 giống lợn bản địa Việt

Nam gần gũi với nhóm lợn Châu Á, đặc biệt là các giống lợn bản địa

Nam Trung Quốc và khác xa với nhóm lợn Châu Âu. Xây dựng được

giả thuyết về nguồn gốc chung của giống lợn Hương và Hạ Lang có

thể là cùng một nguồn gốc.

4.2. Kiến nghị

1. Cần tiến hành nghiên cứu các loại chỉ thị phân tử khác, kết

hợp với dữ liệu về hệ gen ty thể của các giống lợn bản địa nghiên

cứu để sử dụng như một công cụ nhận dạng giống.

2. Cần tiến hành các nghiên cứu tiếp theo trên khoảng 20 giống

lợn bản địa khác của Việt Nam, từ đó tạo nguồn dữ liệu di truyền

đóng góp cho ngân hàng dữ liệu gen quốc gia và sử dụng những

nguồn gen này cho nhiệm vụ bảo tồn các giống vật nuôi quý hiếm.

NHỮNG ĐÓNG GÓP MỚI CỦA LUẬN ÁN

- Đây là công bố khoa học mới về dữ liệu hoàn chỉnh của hệ gen ty thể 6 giống lợn bản địa Việt Nam. Các dữ liệu này được gửi

lên ngân hàng GenBank với các mã số truy cập tương ứng.

- Luận án cung cấp các kết quả về phân tích, chú giải thành

phần, đa hình trình tự, cấu trúc và chức năng của hệ gen ty thể của

sáu giống lợn bản địa Việt Nam, đóng góp vào ngân hàng dữ liệu gen

động vật bản địa Việt Nam.

- Luận án đã đánh giá được khoảng cách tiến hóa và mối quan hệ phát sinh chủng loại phân tử của sáu giống lợn bản địa Việt

Nam với các giống lợn Châu Á và Châu Âu, đồng thời khẳng định

nguồn gốc của 6 giống lợn bản địa Việt Nam có liên quan đến lợn

Châu Á, gần gũi với các nhóm lợn Nam Trung Quốc và lưu vực sông

Hoàng Hà (Trung Quốc).

DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH CỦA TÁC GIẢ

1. Nguyen HD, Bui TA, Nguyen PT, Kim OT, Vo TT. The

complete mitochondrial genome sequence of the indigenous I pig

(Sus scrofa) in Vietnam. Asian - Australia Journal of Animal

Sciences. 2017 Jul; 30(7): 930–937.

2. Thuy Thi Bich Vo, Hieu Duc Nguyen, Tuan Anh Bui,

Minh Ngoc Nghiem, Eui Bae Jeung. Phylogenomic analysis of

mitochondrial DNA in the Huong pig: an indigenous pig of Vietnam.

Global Journal of Animal Breeding and Genetics. July, 2017. Vol. 5

(4), pp. 389-397.

3. Hieu Duc Nguyen, Linh Thuy Pham, Tuan Anh Bui, Minh

Ngoc Nghiem, Thuy Thi Bich Vo. The Complete Sequence of

Mitochondrial Genome of Muong Khuong Pig (Sus Scrofa).

International Journal of Research Studies in Biosciences. Volume 5,

Issue 7, July 2017, pp. 1-3.

4. Thuy Thi Bich Vo, Tuan Anh Bui, Hieu Duc Nguyen,

Hanh Hong Ha and Eui Bae Jeung. The Mitochondrial Genome and

Phylogenetic Relationships of Muong Lay Black Pig (Sus scrofa) in

Vietnam. Approaches in Poultry, Dairy & Veterinary Sciences

(2018) 5:1-7.

5. Tuan Anh Bui, Hieu Duc Nguyen and Thuy Thị Bich Vo.

Complete mitochondrial genome sequence and phylogenetic status of

Halang pig (Sus scrofa). Asian Journal of Biology, 6: 1-8, 2018;

Article no.AJOB.41995.

6. Thuy Thi Bich Vo, Hieu Duc Nguyen, Tuan Anh Bui, Binh

Thi Nguyen Le, Minh Ngoc Nghiem and Hai Van Nong.

Phylogenomic analysis and gene organisation of mitogenome from

Mong Cai pig in Vietnam. Current Science. Vol. 116, No. 9, 10 May

2019, p 1566-1571. Doi:10.18520/cs/v116/i9/1566-1571.

7. Bùi Anh Tuấn, Nguyễn Đức Hiếu, Nghiêm Ngọc Minh, Võ

Thị Bích Thủy. Phân tích đa dạng di truyền hệ gen ty thể và nguồn

gốc tiến hóa của sáu giống lợn bản địa Việt Nam. Tạp chí Khoa học

và Công nghệ Việt Nam. Tháng 7/2018. Tập 60(7), tr. 53-60.