Thực hành Tin sinh học
ThS. Nguyễn Thành Luân 1
KIỂM TRA SỰ KHÁC BIỆT TRONG CÁC
TRÌNH TỰ TIẾN HÓA
Bài thực hành Tin sinh học số 3
GV: ThS. Nguyễn Thành Luân
luannt@cntp.edu.vn
CÁC QUY ĐỊNH CHUNG TRONG THỜI
GIAN THỰC HÀNH
THỜI GIAN THỰC HÀNH VỚI MÁY
KHÔNG LÀM BẤT KỲ CÔNG VIỆC RIÊNG NÀO VỚI MÁY
TỰ LÀM VIỆC, THỜI GIAN KIỂM TRA THEO NHÓM HOẶC CÁ
NHÂN
Thực hành Tin sinh học
ThS. Nguyễn Thành Luân 2
CÀI ĐẶT PHẦN MỀM
BioEdit
MEGA4
MỞ FILE THỰC HÀNH SỐ 03 Gen thực
hành 03.rar
VẤN ĐỀ - TRIỆU CHỨNG
SINH HỌC
Một bệnh nhân được báo cáo tại 1 bệnh viện
với sự phát triển khác thường ở mắt (ảnh).
Thực hành Tin sinh học
ThS. Nguyễn Thành Luân 3
VẤN ĐỀ SINH HỌC
Các bác sĩ tiến hành phẫu thuật mắt và lấy
ra 1 con ấu trùng trong cơ thể từ vết thương
đó (ảnh dưới) Mang đi giải mã trình tự
GIỚI THIỆU CSDL
BOLDSYSTEMS
BOLD = The Barcode of Life Database
Được thiết kế để hỗ trợ sự phát triển và ứng
dụng của các CSDL Barcode DNA.
Nền tảng CSDL bao gồm 3 phần chính: 1 cổng
nhập liệu CSDL, 1 hệ thống máy chủ CSDL
barcode và khu vực chọn lọc CSDL
BOLD được mở rộng miễn phí cho bất kỳ nhà
nghiên cứu nào đam mê trong lĩnh vực DNA
Barcoding
Thực hành Tin sinh học
ThS. Nguyễn Thành Luân 4
Giới thiệu Barcode Of Life Database
(BOLD)
Chứa trên 800,000 trình tự barcode (2010)
Được đóng góp bởi nhiều nhà khoa học và
nghiên cứu viên trên toàn thế giới.
DNA được tách chiết từ cơ thể SV, phóng đại
gen COI sau đó giải mã trình tự gen.
Trình tự sau đó được đưa vào BOLD kết hợp
với tên loài phù hợp với mã barcode đã được
giải mã.
THAO TÁC THỰC HÀNH
Để xác định loài chưa biết tên đó, vào trang web
(http://www.boldsystems.org) Click vào mục
“Identification”
Dán đoạn trình tự GEN THỰC HÀNH SỐ 03 vào
mục textbox của Animal Identification (COI).
Click vào mục “Submit”. Sau đó, chờ cho việc phân
tích hoàn tất, bạn sẽ được dẫn đến 1 trang mới với
danh sách các loài, phân loại của loài đó và tỷ lệ
tương đồng với những loài khác.
Thực hành Tin sinh học
ThS. Nguyễn Thành Luân 5
Giao diện BOLDSYSTEMS
Di chuyển
xuống
dưới và
Dán trình
tự ở dạng
.fasta
SUBMIT
Nguồn: Ratnasingham, S. & Hebert, P. D. N. (2007). BOLD: The Barcode of
Life Data System (www.barcodinglife.org). Molecular Ecology Notes 7, 355-
364. DOI: 10.1111/j.1471-8286.2006.01678.
TRẢ LỜI CÂU HỎI
Tên loài nào tương đồng nhất với loài được giải
trình tự?
Loài nào được phân loại và chi tiết loài được phân
loại?
Có phải loài phân loại này thuộc nhóm ký sinh
trùng gây bệnh ở người hay không? (dùng Google
search hay theo tênS)