Hướng dẫn thao tác phần mềm DNAclub: Chi tiết và dễ hiểu nhất

H NG D N M T S THAO TÁC TRÊN CÁC PH N M MƯỚ Ẫ Ộ Ố Ầ Ề

DNAclub

1. Ch ng trinh DNA clubươ

Cach chuyên trinh t DNA thanh trinh t ng c    ư ư ươ

M ch ng trinh DNAclub ơ ươ  copy va dan trinh t dang FASTA vao    ư   vao convert   chon 

Reverse

Cach chuyên trinh t DNA thanh trinh t bô sung    ư ư 

M ch ng trinh DNAclub ơ ươ  copy va dan trinh t dang FASTA vao    ư   vao convert   chon 

Reverse + Complement  Chon lai Reverse 

Cach chuyên trinh t DNA thanh trinh t aa    ư ư

M ch ng trinh DNAclub ơ ươ  copy va dan trinh t dang FASTA vao    ư   vao convert   chon 

Translate one frame hoăc translate three trame

Tim vi tri căt enzyme gi i han băng ch ng trinh DNA Club      ơ  ươ

M ch ng trinh DNAclub ơ ươ  đa trinh t DNA cân phân tich vao    ư ư  RestrictionMap

2. Ph n m m NTSYSpc 2.1ầ ề

a. So sánh t ng đngươ ồ

-M ph n m m NTSYSpc 2.1 ở ầ ề  ch n Similarity ọ ch n Qualitative data ọ Input file

(Data1.xls)  Output file (đt tên file Data1.NTS) ặ Compute

b. V s đ nhánhẽ ơ ồ

-Ch n Clustering ọ ch n SAHN ọ Input file (Data1.NTS)  Output file (đt tênặ

Data1b.NTS)  Compute

- Có 2 cách:

Ch n bi u t ng Plot tree góc d i bên trái đ hi n th hình vọ ể ượ ở ướ ể ể ị ẽ

Ch n Graphics ọ Ch n Tree plot ọ Input file (Data1b.NTS)  Compute

3. Ph n m m Winbootầ ề

a. T o file d ng .datạ ạ

-M file Data2.xls ở ch n Save as ọ l u file d i d ng Text (Tab delimited)ư ướ ạ

-Đn th m c đã l u file, chuy n Data2.txt thành Data2.dat ế ư ụ ư ể

b. Ch s bootstrapỉ ố

-M ph n m m Winboot ở ầ ề  Input file format ch n Tab ọ Browse  File name ch nọ

Data2.dat  Ok  Coefficient ch n Dice ọ Samples ch n 2000 ọ Compute

4. Ph n m m Mega 6.0ầ ề

a. So sánh trình tự

-Align  Edit/Build Alignment  Ok  DNA  Edit  Insert Sequence From File  ch nọ

file text ch a các trình t đnh d ng FASTA ứ ự ị ạ  Đánh d u các trình t mu n so sánh (ho cấ ự ố ặ

Ctrl A đ ch n t t c trình t ) ể ọ ấ ả ự  Alignment  Align by ClustalW  Ok  Save file 

thoát

b. Xây d ng cây ph hự ả ệ

-File  Open A File/Session...  ch n file đã save ọ Analysis  Phylogeny 

Construct/Test Maximum Likelihood Tree  Yes  Compute

5. Ve gian đô pha hê băng ClustalX 1.81    

M phân mêm ClustalX  ơ  chen trinh đâu tiên vao thi chon Load sequences, khi chen nhiêu trinh       

t vao ch ng trinh thi băt đâu t trinh t th 2 phai chon Append Sequence        ư ươ ư ư ư  

Tab Alignment  Do Complete Alignment  Align

6. Ch ng trinh chuyên đôi đinh dang SeqVerterươ    

Chuyên đôi sang đinh dang FASTA   

M ch ng trinh SeqVerter ơ ươ  chon Use SeqVerter  Import sequences  đa trinh t cân  ư ư

chuyên đôi d i dang text   ươ   Ok  click chon trinh t cân chuyên đôi   ư    chon kiêu đinh dang    

cân chuyên đôi    Ok.

7. Ch ng trinh Pymolươ

Đa d liêu vao ch ng trinh  ư ư  ươ

Co 2 cach: 

Cach 1: M ch ng trinh Pymol  ơ ươ  Plugin  chon PDB Loader Service  nhâp ma sô cua   

protein  Ok

Cach 2: M ch ng trinh Pymol  ơ ươ  File  open  chon th muc ch a tâp tin pdb cân quan sat   ư  ư 

Cach lây ma sô cua protein va tai tâp tin pdb      

Vao trang web protein data bank   nhâp t khoa   ư  go  ghi lai 4 ki t ma sô protein hoăc tai    ư  

tâp tin pdb.

Cho biêt cach loai phân t n c Hb:   ư ươ

Vao trang web protein data bank   Hb  go  ghi lai 4 ki t ma sô.   ư

M ch ng trinh Pymol ơ ươ  Plugin  Plugin  chon PDB Loader Service  nhâp ma sô   Ok

 nut lênh A (action)  remove H2O.

Chi sô bootstrap: la tân sô xuât hiên cua môt nhom (cluster) trên sô lân gian đô đc thiêt lâp.              ươ 

Đn vi tinh la % (phân trăm). Theo Felsenstein (1985) bootstrap la môt công cu hô tr cho viêc     ơ    ơ 

xây d ng cây phat sinh loai. Chi sô bootstrap noi lên đô tin cây cua s gân gui cac thanh viên cua       ư     ư 

nhom cua cây pha hê. Chi sô bootstrap không thê hiên môi quan hê di truyên. Chăng han 90% co             

nghia xây d ng 100x co 90x xuât hiên  ư 

Nhâp sô côt (Samples) va sô hang (Species) t ng ng v i sô mâu va sô mâu band trong thi              ươ ư ơ

nghiêm  Dan bang hê nhi phân vao vi tri nay      

Menu Tools  chon Options  Cluster analysis

Show Distance va Show Similarities   Show Distance  Distance Equation theo Jacard  Ok

Tr lai ơ   menu Multivariate  Cluster Analysis

Hướng dẫn một số thao tác trên các phần mềm DNAclub

Chủ đề:

Tài liệu liên quan

Tài liêu mới

AI tóm tắt

Giới thiệu tài liệu

Đối tượng sử dụng

Từ khoá chính

Nội dung tóm tắt

Hỗ trợ

Phương thức thanh toán

Theo dõi chúng tôi