intTypePromotion=1
ADSENSE

Luận văn : THU THẬP VÀ TỔ CHỨC DỮ LIỆU GENE PHỤC VỤ NGHIÊN CỨU CÂY TRỒNG BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN part 10

Chia sẻ: Pkjd Opiuj | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:17

65
lượt xem
8
download
 
  Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Chính những thông tin đa dạng, quá phong phú trong các cơ sở dữ liệu khổng lồ trên thế giới, đƣợc tải trên nhiều trang thông tin khác nhau đã trở thành những khó khăn đầu tiên cho các nhà nghiên cứu. Việc tìm kiếm những thông tin ngắn gọn, dễ dàng và nhanh chóng nhƣng vẫn đảm bảo tính chính xác nhằm phục vụ riêng cho từng cá nhân nghiên cứu ở mỗi phòng thí nghiệm là hết sức cần thiết....

Chủ đề:
Lưu

Nội dung Text: Luận văn : THU THẬP VÀ TỔ CHỨC DỮ LIỆU GENE PHỤC VỤ NGHIÊN CỨU CÂY TRỒNG BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN part 10

  1. Phần phụ lục 185 2. Lớp Get FieldInLocVerAcc: tách trƣờng con trong các trƣờng chính LOCUS và VERSION NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
  2. Phần phụ lục 186 3. Lớp GetFieldInSmallFieldOfFeature: Tách các nội dung khác trong trƣờng CDS. NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
  3. Phần phụ lục 187 NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
  4. Phần phụ lục 188 4. Lớp Servlet Controller: Nhận tham số do ngƣời dùng gởi tới khi nhấn nút submit NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
  5. Phần phụ lục 189 5. Lớp Check: kiểm tra các điều kiện ngƣời dùng đặt ra. 6. Lớp CheckFieldOfVerAcc: tìm kiếm trong các trƣờng LOCUS, VERSION, ACCESSION. NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
  6. Phần phụ lục 190 7. Lớp CheckOtherRequest: cho phép tìm kiếm trong các trƣờng còn lại, nhƣ DEFINITION, TITLE… 8. Lớp CheckFieldInSmallFieldOfFeature: cho phép tìm kiếm các trƣờng trong CDS nhƣ gene, product… NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
  7. Phần phụ lục 191 9. Lớp CheckOriginRequest: cho phép tìm kiếm trình tự trong ORIGIN NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
  8. Phần phụ lục 192 10. Lớp Servlet Result: Nhận các file thỏa kết quả tìm kiếm, tại đây thực hiện việc lấy nội dung các file kết quả và thực hiện xuất kết quả theo yêu cầu ngƣời dùng NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
  9. Phần phụ lục 193 NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
  10. Phần phụ lục 194 11. Lớp Servlet printSummaryHtml: xuất kết quả với thông tin tóm tắt trình tự. NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
  11. Phần phụ lục 195 12. Lớp Servlet PrintGenbankHtml: xuất kết quả theo định dạng GenBank NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
  12. Phần phụ lục 196 13. Lớp printCdsNucleotideSeqHtml: xuất kết quả trình tự CDS dƣới dạng FASTA NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
  13. Phần phụ lục 197 14. Lớp ReadGB: cho phép xuất trình tự toàn bộ Nucleotide hay trình tự từ điểm khởi đầu đến điểm kết thúc cho trƣớc. NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
  14. Phần phụ lục 198 15. Lớp Servlet PrintNucleotideSeqFastaHtml: xuất kết quả trình tự nucleotide dƣới dạng FASTA NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
  15. Phần phụ lục 199 16. Lớp Servlet PrintCdsAAcidSeqFastaHtml: xuất kết quả trình tự amino acid dƣới dạng FASTA NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
  16. Phần phụ lục 200 PHỤ LỤC E * Nguyên tắc hoạt động của hai công cụ tìm kiếm Google và Scirus  Google Trong bảng trên cho thấy Google dung lƣợng chỉ mục rộng nhất. Đây là công cụ tìm kiếm mang tính chất mới mẽ dựa trên các chỉ mục tác phẩm khoa học đƣợc trích dẫn (Butler, 2000). Các công cụ tìm kiếm truyền thống sử dụng thuật toán và qui luật đơn giản tạo ra thứ tự các trang dựa trên tần số xuất hiện keywords đƣợc chỉ ra tr ong query. Google dựa vào việc kết nối giữa các trang web để xếp loại kết quả tìm kiếm. Vì thế các trang web đƣợc trích dẫn cao trên thế giới với nhiều liên kết dẫn đến chúng đƣợc sắp xếp cao nhất trong kết quả tìm kiếm. Đây là một cơ chế tìm kiếm hiệu quả mà bắt hiệu quả chính xác trên các trang web tốt và hay đƣợc dùng nhất trên Internet.  Scirus Sự giới hạn lớn nhất cho các công cụ tìm web là không đƣợc chỉ mục tới đƣợc cơ sở dữ liệu. Vấn đề này xảy ra ở nhiều cơ sở dữ liệu tạo ra internet sinh học, nhƣ cơ sở dữ liệu trình tự và một vài nguồn dựa trên sự cho phép nhƣ các tạp chí full -text, và cơ sở dữ liệu thƣơng mại. Mặc dù nội dung bị giới hạn ở các địa chỉ này, tuy nhiên tài liệu và nội dung tóm tắt vẫn đƣợc liệt kê bởi các công cụ tìm kiếm, nhƣng dữ l iệu nằm bên dƣới không có sẵn bởi vì tƣờng lửa (firewalls) của cơ sở dữ liệu khóa sự chỉ mục nội bộ. Trong một nỗ lực để giải quyết vấn đề này, nhà xuất bản Elsevier đã phát triển Scirus (http://www.scirus.com/). Đây là một dự án đƣợc kết hợp với FAST, công ty công cụ tìm kiếm của NaUy đã tạo ra các công cụ tìm kiếm chuyên biệt về khoa học. Scirus tăng cƣờng phạm vi và tính chuyên biệt của nó bởi chỉ chỉ mục tới các nguồn với các thông tin khoa học. Các trang web này bao gồm, tạp chí full-text và các tóm tắt của Medline. Điều này khiến cho Scirus là công cụ hiệu quả cho cả hai công cụ tìm tác phẩm và web. Cả hai full-text và tạp chí định dạng PDF đƣợc chỉ mục bởi thực hiện MetaSearch của các nhà cung cấp full-text chủ yếu – Elsevier‟s ScienceDirect và Academic Press‟s IDEAL. Scirus cũng tìm kiếm web dựa vào key words, phạm vi bao NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
  17. Phần phụ lục 201 gồm Medline, các bản quyền từ cơ sở dữ liệu của phòng bản quyền Mỹ (the US Patent Office), các hội nghị và các tóm tắt liên quan khoa học. Cơ sở dữ liệu Medline đƣợc cung cấp trên hệ thống BioMedNet, đòi hỏi đăng nhập BioMedNet miễn phí và mật mã để lấy ra. Scirus cung cấp nhiều tùy chọn qui định cách tìm kiếm để tìm kiếm chỉ trên địa chỉ miễn phí, chỉ trên địa chỉ thành viên hay chỉ trên một địa chỉ đặc biệt. Tháng 3 năm 2002 Scirus đã chỉ mục tới 69 triệu trang liên quan tới khoa học, bao gồm file PDF và các mẫu tin phản biện, vì thế nó bao phủ đa số internet liên quan sinh học. NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG
ADSENSE

CÓ THỂ BẠN MUỐN DOWNLOAD

 

Đồng bộ tài khoản
2=>2