CƠ SỞ DỮ LIỆUGiới thiệu Mô hình dữ liệu NCBI (tuần 1) Cơ sở dữ liệu trình tự GenBank (tuần 2) Cơ sở dữ liệu về cấu trúc (tuần 3) Cơ sở dữ liệu bản đồ genom (tuần 4).Các cơ sở dữ liệuCơ sở dữ liệu NCBI (National Center forBiotechnology Information) C

Chia sẻ: Trâu Quân | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:6

Thêm vào BST

Báo xấu

225
lượt xem 44
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Giới thiệu Mô hình dữ liệu NCBI (tuần 1) Cơ sở dữ liệu trình tự GenBank (tuần 2) Cơ sở dữ liệu về cấu trúc (tuần 3) Cơ sở dữ liệu bản đồ genom (tuần 4) - Các cơ sở dữ liệu Cơ sở dữ liệu NCBI (National Center for Biotechnology Information) Cơ sở dữ liệu EMBL-EBI (European Molecular Biology Laboratory-European Bioinformatics Institute) Cơ sở dữ liệu CIB-DDBJ (Center for Information Biology-DNA Data Bank of Japan)

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: CƠ SỞ DỮ LIỆUGiới thiệu Mô hình dữ liệu NCBI (tuần 1) Cơ sở dữ liệu trình tự GenBank (tuần 2) Cơ sở dữ liệu về cấu trúc (tuần 3) Cơ sở dữ liệu bản đồ genom (tuần 4).Các cơ sở dữ liệuCơ sở dữ liệu NCBI (National Center forBiotechnology Information) C

CƠ SỞ DỮ LIỆU Giới thiệu Mô hình dữ liệu NCBI (tuần 1) Cơ sở dữ liệu trình tự GenBank (tuần 2) Cơ sở dữ liệu về cấu trúc (tuần 3) Cơ sở dữ liệu bản đồ genom (tuần 4)
Các cơ sở dữ liệu Cơ sở dữ liệu NCBI (National Center for Biotechnology Information) Cơ sở dữ liệu EMBL-EBI (European Molecular Biology Laboratory-European Bioinformatics Institute) Cơ sở dữ liệu CIB-DDBJ (Center for Information Biology-DNA Data Bank of Japan)
Mô hình dữ liệu NCBI NCBI dựa trên 4 dữ liệu cơ bản: - Bài báo khoa học - Trình tự ADN - Trình tự protein - Cấu trúc ba chiều. Ngoài ra còn có các cơ sở dữ liệu khác: - Taxonomy - Bản đồ genome
Mô hình dữ liệu NCBI: Bài báo khoa học Tên tác giả Bài báo: Tên bài báo, tập, số, trang. Patent Yếu tố nhận dạng MEDLINE và PubMed: Để truy cập bài báo. - MEDLINE unique identifier (MUID): số nguyên - PubMed (Có chứa tất cả MEDLINE) với yếu tố nhận dạng: PubMed identifier (PMID). - Ghi chú: Bài báo có trong MEDLINE sẽ có cả PMID và MUID. Bài báo chỉ có trong PubMed sẽ chỉ có PMID. - PubMed Central: Bao gồm cả các bài báo điện tử hoặc trước khi xuất bản chính thức trong các tạp chí in.
Mô hình dữ liệu NCBI: Yếu tố nhận dạng trình tự (SEQ-Ids) Locus name: Nhằm cung cấp yếu tố nhận dạng duy nhất - Có trong GenBank, EMBL và DDBJ - Gồm một số số (
Mô hình dữ liệu NCBI: Yếu tố nhận dạng trình tự (SEQ-Ids) Accession.Version Combined Identifier: Do hợp tác của GenBank, EMBL và DDBJ đưa ra - Vẫn cho phép truy cập một bản ghi chỉ dựa trên số truy cập mà không có phiên bản. - Cho phép truy cập trình tự đã thay đổi sử dụng số truy cập và số phiên bản. - Cho biết trình tự đã thay đổi bao nhiêu lần dựa trên số phiên bản. Accession Numbers on Protein Sequences: - Accession.version Numbers cũng đã được sử dụng cho trình tự protein trong CDS feature’s /protein ID qualifier. - Gồm 3 chữ in hoa kèm 5 số và 1 số chỉ phiên bản.