Hướng dẫn sử dụng HyperChem 7.04

Chia sẻ: Le Thanh Dan | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:268

Thêm vào BST

Báo xấu

629
lượt xem 135
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Phần mềm HyperChem là phần mềm chuyên dụng trong bộ môn Hóa tính toán (Ứng dụng tin học trong Hóa học) hiện nay. Mô phỏng cấu trúc 3D của hợp chất, tối ưu hóa cấu trúc, tính toán mọi thông số liên quan đến hợp chất như: Năng lượng bề mặt, phổ IR, UV,..., các dao động nhiệt, độ dài và năng lượng liên kết,... Tài liệu sau đây sẽ hướng dẫn bạn cách sử dụng HyperChem phiên bản 7.04.

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Hướng dẫn sử dụng HyperChem 7.04

Hướng dẫn sử dụng HyperChem 7.04
H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04 Bμi 1 B¾t ®Çu sö dông phÇn mÒm NhÊp chuét vμo biÓu t−îng HyperChem, mμn h×nh lμm viÖc hiÖn lªn nh− sau: Thanh tiªu ®Ò (title bar) BiÓu diÔn tªn file ®ang biÓu diÔn trªn cöa sæ. NÕu ch−a l−u file th× tªn sÏ lμ untitled Thanh c«ng cô lùa chän (menu bar) Chøa c¸c c«ng cô tÝnh to¸n kh¸c: File, Edit (hiÖu chØnh), Build (x©y dùng), Databases (d÷ liÖu), Setup (®Æt ph−¬ng ph¸p tÝnh), Compute (tÝnh to¸n), Annotations (ghi chó, diÔn gi¶i), cancel (tho¸t), Script, vμ Help (trî gióp). Thanh biÓu t−îng c«ng cô (tool bar) Chøa c¸c c«ng cô cho phÐp ta vÏ, chän, biÓu diÔn, vμ di chuyÓn c¸c nguyªn tö, ph©n tö. PhÇn bªn ph¶i thanh c«ng cô cã chøa c¸c c«ng cô gióp ta ghi chó thªm, l−u nhanh, c¾t, d¸n, in, trî gióp. Mμn lμm viÖc (workspace) Lμ n¬i biÓu diÔn hÖ ph©n tö hiÖn t¹i. 1
H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04 Dßng hiÖn tr¹ng tÝnh to¸n (status line) Cho ta biÕt th«ng tin nh− lμ sè nguyªn tö trong mét ph©n tö, hiÖn tr¹ng tÝnh to¸n, gi¸ trÞ tÝnh to¸n Trî gióp (help) Chøa c¸c h−íng dÉn thªm cho ng−êi sö dông. C¸ch sö dông chuét: Muèn thao t¸c trªn c«ng cô nμo ta chØ viÖc nhÊp tr¸i chuét (L-Click) vμo biÓu t−îng c«ng cô ®ã. VÝ dô muèn sö dông c«ng cô vÏ, ta di chuyÓn biÓu t−îng chuét ®Õn biÓu t−îng ®ã vμ nhÊp chuét: Sö dông bμn phÝm Thay v× ph¶i dïng chuét ta cã thÓ dïng bμn phÝm ®Ó di chuyÓn ®Õn nh÷ng lùa chän cÇn thiÕt. VÝ dô ®Ó më select menu ta nhÊn ®ång thêi hai phÝm [Alt] + [S] ([Alt] vμ [S]). §Ó chän c¸c lùa chän kh¸c trong hép tho¹i ta nhÊp tiÕp vμo ký tù t¾t ®−îc g¹ch d−íi trong mçi lùa chän. VÝ dô ®Ó chän tiÕp select all ta nhÊp ch÷ e trªn bμn phÝm. 2
H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04 C¸c phÝm t¾t kh¸c: Ctrl + N T¹o trang lμm viÖc míi Ctrl + O Më file Ctrl + S L−u file (save) trong File menu Ctrl + X C¾t (cut) trong File menu Ctrl + C Copy (copy) trong Edit menu Ctrl + V D¸n (paste) trong Edit menu Alt + F4 Tho¸t khái HyperChem Ctrl + D Xo¸ (delete) trong Annotations menu Ctrl + K Lùa chän tiÕp (select next) trong Annotations menu Ctrl + L Lùa chän phÇn tr−íc (select previous) trong Annotations menu Ctrl + F Di chuyÓn tiÕp (move forward) trong Annotations menu Ctrl + B Di chuyÓn trë l¹i (move backward) trong Annotations menu Spacebar Di chuyÓn hÖ ph©n tö vμo trung t©m vμ biÓu diÔn theo tû lÖ mμn lμm viÖc. F2 Tr¶ l¹i kiÓu biÓu diÔn lóc tr−íc (last rendering) trong Display menu F9 Copy h×nh ¶nh (copy image) trong Edit menu Esc Nh− môc tho¸t (cancel) trªn thanh c«ng cô C¸c c«ng cô quan träng trªn thanh céng cô 3
H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04 C¸c thao t¸c trªn HyperChem Më mét file vÝ dô: VÝ dô më file cã ®u«i HIN. 1. Di chuyÓn con trá chuét ®Õn File trªn thanh c«ng cô. 2. NhÊp tr¸i chuét (L-click) vμo File mμn h×nh sÏ hiÖn ra nh− sau: 3. NhÊp tr¸i chuét vμo Open. Mμn h×nh sÏ hiÖn ra nh− sau: 4
H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04 4. NÕu mμn h×nh list vÉn cßn c¸c chÊt kh¸c, cã thÓ kÐo thanh tr−ît ®Ó t×m kiÕm. §Ó kÐo thanh tr−ît ta nhÊp tr¸i biÓu t−îng chuét vμo thanh tr−ît, gi÷ nguyªn nh− thÕ vμ rª chuét theo chiÒu muèn kÐo. 5. Muèn më file nμo ta chØ cÇn nhÊp tr¸i (L-click) chuét vμo file ®ã råi nhÊn tiÕp vμo nót Open trªn list Trªn mμn h×nh sÏ hiÖn ra ph©n tö chøa trong file 5
H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04 C¸ch sö dông Display Settings Display settings chøa c¸c lùa chän ®Ó biÓu diÔn hÖ ph©n tö trªn trang lμm viÖc §Ó më Display menu ta thùc hiÖn nh− sau 1. NhÊp tr¸i chuét vμo biÓu t−îng Display trªn thanh c«ng cô. Mμn h×nh khi ®ã hiÖn ra nh− sau: Sö dông nh·n (Labels) 6
H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04 NhÊp tr¸i chuét vμo Labels trong Display. Hép tho¹i Labels hiÖn ra víi c¸c lùa chän kh¸c nhau, ta cã thÓ lùa chän h×nh thøc nh·n biÓu hiÖn cña c¸c nguyªn tö trong hÖ. Atoms None Bá tÊt c¶ c¸c nh·n. Symbol BiÓu t−îng nguyªn tö, vÝ dô C, O, N.. Name Tªn cña nguyªn tö theo ng©n hμng d÷ liÖu, vÝ dô CA, CB ®èi víi cacbon alpha vμ beta. Number Sè thø tù t¹o nguyªn tö. Type KiÓu nguyªn tö, theo t¸c ®éng cña tr−êng lùc, vÝ dô CT ®èi víi cacbon tø diÖn trong tr−êng lùc AMBER. Charge §iÖn tÝch thùc cña nguyªn tö. Spin Tæng spin thùc (alpha-beta) cña mét nguyªn tö Poputation Mass Khèi l−îng nguyªn tö Basis set TËp hîp hμm c¬ b¶n ¸p dông cho nguyªn tö Chirality R hoÆc S RMS Gradient GÝa trÞ v« h−íng cña vect¬ biÕn thiªn m« t¶ tr−êng lùc trªn mét nguyªn tö. Custom §Æt tuú chän. Residues None Bá tÊt c¶ c¸c nh·n. Name Tªn hîp phÇn, vÝ dô: TRP, ILE. Sequence Thø tù hîp phÇn tõ hîp phÇn ®u«i N (N- teminus).1,2,3 Name+Seq C¶ tªn lÉn thø tù. Bonds 7
H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04 None Bá tÊt c¶ c¸c nh·n Bond Length §é dμi liªn kÕt gi÷a c¸c nguyªn tö Bond Order Thø tù liªn kÕt tÝnh to¸n theo c¬ häc l−îng tö. H×nh thøc biÓu diÔn ph©n tö: Ta hoμn toμn cã thÓ biÓu diÔn c¸c ph©n tö kh¸c nhau trong hÖ. Thay ®æi h×nh thøc biÓu diÔn: 1. NhÊp tr¸i chuét vμo Rendering trong Display menu Hép tho¹i lùa chän hiÖn ra nh− sau: NhÊp tr¸i chuét vμo mét trong nh÷ng h×nh thøc biÓu diÔn, vÝ dô chän Balls and Cylinders (kiÓu h×nh cÇu vμ h×nh trô) th× trªn mμ h×nh c¸c nguyªn tö cña hÖ ®−îc biÓu diÔn d−íi d¹ng h×nh cÇu, liªn kÕt d¹ng h×nh trô nh− sau: 8
H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04 Chó ý: HyperChem cßn cã c¸c kiÓu biÓu diÔn kh¸c: - Sticks: KiÓu que. - Balls : KiÓu h×nh cÇu. - Overlapping Spheres: KiÓu h×nh cÇu chång lªn nhau. - Dots: KiÓu chÊm. - Sticks & Dots: KiÓu chÊm - g¹ch. §Æt mÇu nÒn trang lμm viÖc §Ó ®Æt mμu nÒn trang lμm viÖc ta lμm nh− sau: 1. NhÊp tr¸i chuét tÝch chän Preferences trong File menu. 2. TÝch chän môc Window Color trong hép tho¹i Preferences. Mμu ngÇm ®Þnh cho trang lμm viÖc cña HyperChem lμ mμu ®en: 9
H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04 3. TÝch chän White råi nhÊp OK ®Ó xem biÓu diÔn mμu nÒn cña mμn lμm viÖc. Mμu nÒn lóc nμy lμ mμu tr¾ng: Chó ý: NÕu ta ®Æt mμu kh¸c th× nÒn sÏ cã mμu kh¸c: - Black: Mμu ®en. - Blue: Mμu xanh n−íc biÓn. - Green: Mμu xanh da trêi. - Cyan: Mμu lôc lam. - Red: Mμu ®á. - Violet: Mμu tÝa. - Yellow: Mμu vμng. - White: Mμu tr¾ng. §Æt mμu s¾c liªn kÕt trong ph©n tö 1. TÝch chän Preferences trong File menu. 10
H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04 2. Chän môc Bond Color trong hép tho¹i Preferences. TÝch chän mμu mμ ta muèn ®Æt cho liªn kÕt. VÝ dô ta chän mμu ®en (Black). H×nh ¶nh biÓu diÔn trªn mμn lμm viÖc sÏ nh− sau: Chó ý: Tuú theo ta chän mμu nμo, liªn kÕt sÏ ®−îc biÓu diÔn theo mμu Êy. HyperChem ngÇm ®Þnh mμu cho liªn kÕt theo c¸c nguyªn tè, nhê ®ã ta cã thÓ quan s¸t dÔ dμng c¸c liªn kÕt kh¸c nhau, tuy nhiªn ®iÒu ®ã kh«ng cã lîi trong khi ta ph¶i in ®en tr¾ng. Mμu s¾c cña nguyªn tè HyperChem ngÇm ®Þnh mμu s¾c cña c¸c nguyªn tè ®Æc tr−ng nh− sau: Nguyªn tè Mμu ngÇm ®Þnh 11
H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04 Cacbon Lôc lam Nit¬ Xanh Oxy §á Flo Vμng L−u huúnh Vμng Natri TÝa Kali Týa S¾t §á Coban Xanh §ång Xanh l¸ c©y Brom Vμng Iot §á Vμng Vμng TÊt c¶ c¸c nguyªn Mμu tr¾ng tè cßn l¹i Ta cã thÓ ®Æt l¹i mμu s¾c biÓu diÔn c¸c nguyªn tè theo s¸u mμu chuÈn, céng víi mμu tr¾ng vμ mμu ®en. HyperChem sö dông mét tËp hîp mμu ngÇm ®Þnh. NÕu ta thay ®æi mμu s¾c cña mét nguyªn tè, ta vÉn cã thÓ trë l¹i víi mμu ngÇm ®Þnh b»ng c¸ch nhÊp vμo Revert trong hép tho¹i sau: §Ó ®Æt mμu míi cho nguyªn tè ta lμm nh− sau: 1. NhÊp tr¸i chuét chän Element color trong Display menu. 2. NhÊp tr¸i chuét vμo tªn nguyªn tè muèn ®æi mμu. 3. NhÊp tr¸i chuét vμo mμu muèn ®æi. 4. NhÊp OK ®Ó chän. 5. §Ó trë l¹i mμu ngÇm ®Þnh nhÊp Revert. §Æt chÕ ®é Copy h×nh ¶nh 12
H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04 §©y lμ phÇn kh¸ thó vÞ nÕu ta muèn lÊy h×nh ¶nh cña HyperChem chuyÓn qua tr×nh øng dông kh¸c, vÝ dô nh− tr×nh Word cña Microsoft. 1. NhÊp tr¸i chuét chän Preferences trong File menu. Chän môc Setup Image. H×nh ¶nh hép tho¹i lóc nμy nh− sau: 2. §Æt c¸c lùa chän nh− trªn h×nh vÏ. NhÊp OK ®Ó chän. 3. NhÊp F9 hoÆc nhÊp tr¸i chuét chän Copy Image trong Edit menu. 4. NhÊp OK nÕu HyperChem ®Æt ra c©u c¶nh b¸o nμo. C¶ cña sæ mμn lμm viÖc cña HyperChem sÏ ®−îc Copy. NÕu ta d¸n qua Word th× sÏ thÊy nh− sau: 13
H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04 Chó ý: HyperChem cho ta nhiÒu lùa chän ®Ó copy h×nh ¶nh. Window Top leve Copy c¶ c¸c hép tho¹i vμ menu kÐo xuèng nÕu ta nhÊp vμo Copy image (Cöa sæ) thay v× nhÊp F9. Workspace ChØ Copy phÇn mμn lμm viÖc. HyperChem Copy c¶ cöa sæ lμm viÖc HyperChem Full screen Copy c¶ mμn h×nh, kÓ c¶ c¸c cöa sæ kh¸c. File format Bitmap L−u kiÓu file cã ®u«i .bmp. Dïng (KiÓu file) mμu chuÈn. ThÝch hîp l−u cho biÓu diÔn ph©n tö kiÓu h×nh cÇu, c¸c biÓu ®å cña tÝnh to¸n ®iÓm ®¬n, tÝnh to¸n b¸n kinh nghiÖm. RGB Bitmap Gièng nh− .bmp, dïng ®ñ 24 mμu. Kh¸ h¹n chÕ trong c¸c øng dông kh¸c kh«ng cã chÕ ®é 24 mμu. Metafile File ®u«i më réng lμ .wmf. ThÝch hîp ®Ó l−u víi c¸c kiÓu biÓu diÔn ph©n tö nh− Sticks, Ball and Cylinder, Dots vμ Stick & Dots. Detination(N¬i File HyperChem l−u ¶nh cã phÇn ®u«i lμ ®Æt file) .bmp hay .wmf vμo trong file. Clipboard L−u ¶nh vμo bé nhí t¹m thêi, mçi lÇn ®−îc mét ¶nh. Color TÝch chän ®Ó l−u h×nh ¶nh víi mμu s¾c ®Çy ®ñ, nÕu kh«ng nã chØ cã 14
H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04 d¹ng ®en tr¾ng. Cursor TÝch chän ®Ó ®iÓm trá chuét cã trong ¶nh. Filename Dïng ®Ó ®Æt tªn vμ vÞ trÝ file ®Æt ¶nh. Tho¸t khái HyperChem Cã nhiÒu c¸ch ®Ó tho¸t khái ch−¬ng tr×nh lμm viÖc 1. NhÊp tr¸i chuét vμo Exit trong Menu file 2. NhÊp Alt + F4 §äc thªm: Ch−¬ng 1 trong HyperChem for Windows Reference Manual. 15
H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04 Bμi 2. VÏ vμ hiÖu chØnh VÏ nguyªn tö vμ liªn kÕt §Ó vÏ nguyªn tö ta cÇn cã b¶ng lùa chän c¸c nguyªn tè. Cã hai c¸ch ®Ó thùc hiÖn ®iÒu nμy 1. NhÊp tr¸i chuét vμo Default Element trong Menu Build. 1. NhÊp liªn tôc hai lÇn chuét tr¸i (Double-click) vμo c«ng cô Vï B¶ng lùa chän c¸c nguyªn tè hiÖn ra nh− sau: §Ó lùa chän nguyªn tè nμo ta chØ viÖc nhÊp tr¸i chuét vμo nguyªn tè ®ã. 2. Muèn biÕt thuéc tÝnh cña tõng nguyªn tè ta chØ viÖc nhÊp vμo biÓu t−îng thuéc tÝnh (Properties) trong tho¹i, b¶ng c¸c thuéc tÝnh cña nguyªn tè sÏ xuÊt hiÖn. Sau khi ®· lùa chän nguyªn tè muèn vÏ, nhÊp tr¸i chuét lªn mμn lμm viÖc ta sÏ ®−îc nguyªn tè muèn vÏ. Mμn h×nh hiÖn ra cã d¹ng nh− sau: 16
H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04 3. Muèn vÏ liªn kÕt ta chØ viÖc nhÊn nót tr¸i chuét vμ rª tõ vÞ trÝ nμy ®Õn vÞ trÝ kh¸c muèn vÏ. NÕu ®Çu kia lμ mét nguyªn tè kh¸c th× ta ph¶i lùa chän nguyªn tè l¹i sau ®ã còng nhÊn nót tr¸i chuét vμ rª tõ vÞ trÝ nguyªn tè ban ®Çu ®Õn vÞ trÝ mμ nguyªn tè thø hai muèn biÓu diÔn. 4. §Ó vÏ ph©n tö d¹ng vßng ta nhÊn vμ rª chuét nèi c¸c nguyªn tè víi nhau. 17
H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04 5. T¹o liªn kÕt ®«i, ba b»ng c¸ch nhÊp tr¸i chuét vμo chÝnh liªn kÕt ®ã. 6. T¹o vßng liªn hîp b»ng c¸ch nhÊp liªn tiÕp hai lÇn chuét tr¸i vμo liªn kÕt vßng ®· ®−îc vÏ. 7. Thªm nhanh nh÷ng nguyªn tö Hydro cßn thiÕu trong ph©n tö, nÕu cã b»ng c¸ch nhÊp liªn tiÕp hai lÇn chuét tr¸i vμo biÓu t−îng c«ng cô lùa chän trªn thanh c«ng cô. Chän nguyªn tö (Selecting Atoms) Trong phÇn nμy ta häc nh÷ng kü thuËt c¬ b¶n ®Ó lùa chän mét nguyªn tö, nhãm nguyªn tö hay mét tËp hîp nμo ®ã ®ang biÓu diÔn trªn trang lμm viÖc. §Ó ®Æt c¸c h×nh thøc chän cã mét sè b−íc sau: 1. NhÊp tr¸i chuét vμo Select menu. Trªn mμn h×nh hiÖn ra nh− sau: 18
H−íng dÉn sö dông HyperChem 7.04 2. NÕu c¸c nguyªn tö ch−a ®−îc chän th× h·y nhÊp chuét tr¸i vμo Atoms ®Ó chän. TiÕp theo t¾t chän nhiÒu (Multiple Selections) b»ng c¸ch nhÊp chuét tr¸i bá dÊu tÝch (√). Khi ta tÝch chän Atoms, ®¬n vÞ lùa chän nhá nhÊt ®Ó chän nguyªn tö, víi c«ng cô lùa chän, khi ®ã ta cã thÓ lùa chän c¸c nguyªn tö, liªn kÕt vμ gãc riªng. Giíi h¹n nμy vÉn ho¹t ®éng cho ®Õn khi ta chän Residures hoÆc Molecules. Chó ý: Sö dông lùa chän Atoms nÕu ta kh«ng muèn chän c¸c hîp phÇn hay c¸c ph©n tö. 19