Phân tích cấu trúc gen LMP-1 và mối quan hệ nguồn gốc phả hệ của 34 chủng virut epstein barr từ bệnh nhân ung thư vòm họng ở Việt Nam

TẠP CHÍ Y - DƢỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ PHỤ TRƢƠNG 2014<br /> <br /> PHÂN TÍCH CẤU TRÚC GEN LMP-1 VÀ MỐI QUAN HỆ<br /> NGUỒN GỐC PHẢ HỆ CỦA 34 CHỦNG VIRUT EPSTEIN-BARR<br /> TỪ BỆNH NHÂN UNG THƢ VÒM HỌNG Ở VIỆT NAM<br /> Lê Thanh Hà*; Nguyễn Lĩnh Toàn**<br /> Nguyễn Đình Phúc***; Lê Thanh Hòa****<br /> TÓM TẮT<br /> Tách chiết ADN tổng số chứa hệ gen Epstein-Barr virut (EBV) từ mẫu mô sinh thiết của 64 BN<br /> được chẩn đoán ung thư vòm mũi họng (UTVMH) ở 3 miền Bắc Trung Nam (Việt Nam). Bằng phản<br /> ứng PCR sử dụng cặp mồi LPMP1F/LMP1R, thu nhận, dòng hóa và giải trình tự 34 sản phẩm PCR.<br /> Trình tự nucleotid của 34 chuỗi gen LMP-1 có độ dài biến động từ 1.238 - 1.337 bp. Kết quả phân<br /> tích gen LMP-1 của 34 chủng này cho thấy có 3 exon và 2 intron trong khung gen của LMP-1, trong<br /> đó exon 1 là 268 bp; intron là 76 - 78 bp; exon 2 là 87 bp; intron 2 là 76 -77 bp và exon 3 có độ biến<br /> động độ dài cao nhất từ 728 - 827 bp. Kích thước ARN thông tin từ 1.083 - 1.182 bp, mã hóa protein<br /> LMP-1 có độ dài 353 - 387 a.a. So sánh đối chiếu với các chủng quốc tế đã được đăng ký trong<br /> Ngân hàng Gen cho thấy, 34 chủng nghiên cứu này của Việt Nam có độ đồng nhất cao nhất với<br /> chủng China 1 (Trung Quốc) và 3 chủng khác (NPC1, NPC2, NPC3) của Việt Nam. Phân tích phả<br /> hệ cho thấy 34 chủng nghiên cứu thuộc về 3 nhóm, trong đó, nhóm I: 20/34 thuộc về nhóm gồm các<br /> chủng di truyền China 1, nhóm I: 9/34 thuộc về nhóm các chủng di truyền China 2, Alaska và North<br /> Carolina và nhóm III: 5/34 thuộc về nhóm các chủng di truyền Med+ và Med-.<br /> * Từ khóa: Ung thư vòm mũi họng; EBV; Exon; Intron; LMP-1, Phả hệ.<br /> <br /> STRUCTURE OF LMP-1 AND PHYLOGENETIC ANALYSIS OF 34 EBV<br /> STRAINS ISOLATED FROM NASOPHARYNGEAL CARCINOMA<br /> PATIENTS IN VIETNAM<br /> SUMMARY<br /> Genomic DNAs of Epstein-Barr virus were extracted from biopsy tissue of 64 patients with<br /> nasopharyngeal carcinoma. Of 64 templates using PCR with primers LPMP1F/LMP1R, 34 products<br /> were successfully obtained, cloned and sequenced. The entire LMP-1 sequence for 34 isolates was<br /> between 1,238 and 1,337 bp. There were 3 exons and 2 introns inside the LMP1 frame of which,<br /> exon 1 was 268 bp, itron 1 was 76 -78 bp, exon 2 was 87 bp, intron 2 was 76 - 77 bp and exon 3<br /> was variable, between 728 and 827 bp. The full length of mRNA varied between 1,083 and 1,182<br /> bp, encoding for 353 - 387 amino acid. Comparative analysis revealed that 34 EBV strains of the<br /> Vietnamese patients have highest identity and homology with China 1 (China) and 3 others of<br /> Vietnam (NPC1, NPC2, NPC3). Phylogenetic tree showed that there were 3 groups, including group<br /> I of 20/34 strains clustered with the China 1; group II with 9/34 belonging to the China 2, Alaska and<br /> NC (North Carolina); and group III of 5/34 strains with the Med + and Med- .<br /> * Key words: Nasopharyngeal carcinoma; EBV; Exon; Intron; LMP-1; Phylogeny.<br /> * Bệnh viện Quân y 103<br /> ** Học viện Quân y<br /> *** Viện Tai Mũi Họng Trung ương<br /> **** Viện Công nghệ Sinh học - Viện Hàn lâm KHCN Việt Nam<br /> Người phản hồi (Corresponding): Lê Thanh Hà (lethanhhash@yahoo.com)<br /> Ngày nhận bài: 24/01/2014; Ngày phản biện đánh giá bài báo: 12/02/2014<br /> Ngày bài báo được đăng: 25/02/2014<br /> <br /> 18<br /> <br /> TẠP CHÍ Y - DƢỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ PHỤ TRƢƠNG 2014<br /> <br /> ĐẶT VẤN ĐỀ<br /> Epstein-Barr virut (EBV) là một loại<br /> Herpesvirut thuộc họ Herpesviridae, tồn<br /> tại trong cơ thể người và thường không<br /> gây ra các triệu chứng lâm sàng. EBV có<br /> tỷ lệ nhiễm cao trong cộng đồng và hầu<br /> như tất cả mọi người đến tuổi trưởng thành<br /> đều có khả năng mang EBV (Adham và CS,<br /> 2012; Ai và CS, 2012; Young, Rickinson,<br /> 2004). Trạng thái nhiễm tiềm tàng EBV<br /> là hiện tượng đặc trưng ở loại virut này,<br /> khi gặp điều kiện thuận lợi, chúng chuyển<br /> sang dạng hoạt động và làm tăng nguy<br /> cơ mắc một số bệnh như ung thư dạ dày,<br /> UTVMH và u lympho Burkitt (Kondo và<br /> CS, 2012).<br /> Nhiễm tiềm tàng EBV là hiện tượng<br /> khởi đầu cho quá trình tiến triển ung thư<br /> (Kondo và CS., 2012). Sự truyền nhiễm<br /> EBV chủ yếu đặc trưng bởi biểu hiện của<br /> những gen tiềm tàng, bao gồm EBNA-1,<br /> LMP-1, LMP-2 và EBER (Junker, 2005).<br /> Trong các gen và protein ảnh hưởng đến<br /> sự tiến triển thành ung thư, LMP-1 có vai<br /> trò đặc biệt quan trọng, được chứng minh<br /> có khả năng đơn phương gây ung thư<br /> trên chuột thực nghiệm (Shair và CS,<br /> 2008). LMP-1 chính là gen tiềm ẩn đầu<br /> tiên của EBV được phát hiện có chức<br /> năng chuyển đổi và thay đổi kiểu hình của<br /> dòng tế bào lympho B.<br /> Sản phẩm ARN thông tin của LMP-1 là<br /> kết quả ghép-nối (splicing) của 3 chuỗi<br /> exon 1, 2 và 3, chịu trách nhiệm tổng hợp<br /> protein LMP-1 (Ai và CS., 2012). Protein<br /> LMP-1 có phân tử lượng 63 kDa, cấu tạo<br /> từ khoảng 386 axít amin, chia thành 3<br /> vùng: i) Vùng N tận (từ axít amin 1 - 23): có<br /> vai trò gắn phần gốc của protein LMP-1<br /> <br /> vào nguyên sinh chất tế bào; ii) Vùng 6<br /> nhóm axít amin kỵ nước nằm ở giữa và<br /> liên quan đến chức năng tự liên kết; iii)<br /> Vùng C tận (từ axít amin 187 - 386): chứa<br /> 200 axít amin, có chức năng kích hoạt<br /> các con đường dẫn truyền tín hiệu chính<br /> gây chuyển dạng và thay đổi kiểu hình tế<br /> bào lympho B. Nếu loại bỏ đoạn này của<br /> LMP-1, sẽ làm EBV mất khả năng gây<br /> biệt hóa tế bào lympho B. Kỹ thuật phân<br /> tích gen xác định được ba vùng chức<br /> năng riêng biệt trong đầu tận cùng C của<br /> LMP-1 gọi là CTAR (C-terminal activator<br /> regions), bao gồm CTAR1, CTAR2 và<br /> CTAR3 (Young, Rickinson, 2004).<br /> EBV được phân chia thành 7 nhánh<br /> chính đại diện 7 nhóm di truyền, bao gồm<br /> Raji, China 1, China 2, Alaska, Med+, Med(Mediterranean) và NC (North Carolina),<br /> phân lập theo vùng địa lý, nhưng hiện nay<br /> có xu hướng xâm nhập xuyên quốc gia<br /> (Mainou, Raab-Traub, 2006).<br /> Bài báo này trình bày quá trình giải<br /> trình tự, thu nhận chuỗi nucleotid, phân<br /> tích đặc điểm khung gen LMP-1 và thu<br /> nhận chuỗi gen ARN thông tin của 34<br /> chủng EBV phân lập từ BN UTVMH ở<br /> Việt Nam. Trình tự nucleotid, đặc điểm<br /> cấu trúc phân tử gen LMP-1 và mối quan<br /> hệ nguồn gốc phả hệ của 34 chủng dựa<br /> vào dữ liệu gen ARN thông tin LMP-1<br /> cũng được xây dựng, so với các chủng<br /> thế giới nhằm xác định phân nhánh của<br /> EBV Việt Nam.<br /> ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP<br /> NGHIÊN CỨU<br /> 1. Đối tƣợng nghiên cứu.<br /> 34 chủng EBV phân lập từ mô sinh<br /> thiết khối u của 64 mẫu bệnh phẩm từ BN<br /> UTVMH (đã được chẩn đoán xác định<br /> <br /> 21<br /> <br /> TẠP CHÍ Y - DƢỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ PHỤ TRƢƠNG 2014<br /> <br /> dựa vào triệu chứng lâm sàng và kết quả<br /> giải phẫu bệnh lý) tại Bệnh viện Tai Mũi<br /> Họng TW.<br /> 2. Phƣơng pháp nghiên cứu.<br /> * Tách chiết ADN tổng số:<br /> Sử dụng bộ kit tách chiết ADN tổng số<br /> (Hãng BIONEER, Hàn Quốc) hoặc QIAGEN<br /> (Mỹ) để tách chiết ADN tổng số chứa hệ<br /> gen của EBV từ 64 mẫu bệnh phẩm<br /> UTVMH. Tách chiết và tinh sạch ADN hệ<br /> <br /> gen của EBV theo hướng dẫn của nhà<br /> sản xuất. Đo hàm lượng ADN bằng quang<br /> phổ kế (Spectrophotometer).<br /> * Thực hiện phản ứng PCR đối với gen<br /> LMP-1:<br /> Thực hiện phản ứng PCR với cặp mồi<br /> LMP1-F và LMP1-R để phát hiện gen<br /> LMP-1 có mặt trong các mẫu UTVMH<br /> (bảng 1). Sản phẩm thu được sẽ được giải<br /> trình tự trực tiếp hoặc sau khi dòng hóa.<br /> <br /> Bảng 1: Trình tự nucleotid cặp mồi LMP1-F/LMP1-R và điều kiện phản ứng PCR.<br /> Tªn måi<br /> <br /> Tr×nh tù nucleotid (5’>3’)<br /> <br /> ®iÒu kiÖn PCR<br /> <br /> LMP1-F<br /> <br /> ATGGAACGCGACCTTGAGAG<br /> <br /> LMP1-R<br /> <br /> TTAGTCATAGTAGCTTAGCTGAAC<br /> <br /> 940C 5 phút, 35 chu kỳ gồm các bước: 940C 1 phút,<br /> 550C 1 phút, 720C 1 phút, 720C 10 phút.<br /> <br /> * Dòng hoá sản phẩm, tách dòng, giải trình và phân tích trình tự:<br /> Sản phẩm PCR đoạn gen LMP-1 của các mẫu sau khi tinh sạch được dòng hoá vào<br /> plasmid vector pCR2.1 (Invitrogen Inc.). Chọn lọc khuẩn lạc và tách chiết ADN plasmid<br /> tái tổ hợp theo quy trình của Hãng Bioneer (Hàn Quốc). Trình tự nucleotid của ADN của<br /> plasmid tái tổ hợp mang khung gen LMP-1 được giải trình trên máy tự động ABI-3100<br /> Genetic Analyzer. Xử lý chuỗi nucleotid bằng các chương trình SeqEd1.03,<br /> AssemblyLIGN1.9, MacVector 8.2 (Accelrys Inc.) và so sánh đối chiếu bằng chương trình<br /> GENEDOC2.6, xác lập cây phả hệ bằng chương trình MEGA5.0 (Tamura và CS, 2011).<br /> KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ BÀN LUẬN<br /> 1. Kết quả phân tích đặc điểm gen LMP-1.<br /> Toàn bộ 64 mẫu mô sinh thiết UTVMH được tách chiết ADN tổng số. Sử dụng ADN<br /> tổng số này làm khuôn để chạy PCR với cặp mồi LMP1-F và LMP1-R (bảng 1). Kết<br /> quả: 34/64 mẫu cho sản phẩm PCR chứa toàn bộ gen LMP-1, 30 mẫu còn lại không<br /> phát hiện được LMP-1 (phản ứng PCR âm tính) (hình 1).<br /> <br /> Hình 1: Hình ảnh điện di sản phẩm PCR gen LMP-1 với cặp mồi LMP1-F/LMP1-R của<br /> một số mẫu UTVMH trên thạch agarose 1%.<br /> (Ghi chú: M: chỉ thị phân tử ADN (ở đây sử dụng hệ gen Lamda cắt bằng enzym giới<br /> <br /> 22<br /> <br /> TẠP CHÍ Y - DƢỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ PHỤ TRƢƠNG 2014<br /> <br /> hạn HindIII); (-): Đối chứng âm; (+): Đối chứng dương; Các mẫu ký hiệu S5, S7, S11,<br /> S16, H2, S9, S18, H9,S1, B4, B5, B6, B9, B10, B12, E61, H12, M12, M14: sản phẩm<br /> PCR của các mẫu UTVMH tương ứng).<br /> Sản phẩm PCR của 34 mẫu EBV được và 3 xác định trước và sau intron 1 và<br /> dòng hóa và giải trình tự để phân tích đặc intron 2. Đối với exon 3, trình tự nucleotide<br /> điểm cấu trúc gen LMP-1 cũng như phân tích biến đổi giữa các chủng. Đây là đặc điểm<br /> nguồn gốc phả hệ. Xác định giới hạn exon cần khai thác để phân tích biến đổi di<br /> và intron bằng phương pháp so sánh đối truyền (phân tử) giữa các chủng. Với<br /> chiếu chuỗi nucleotid của toàn bộ khung phương pháp xác định như vậy, chúng tôi<br /> gen LMP-1 với ARN thông tin của một chủng tiến hành thu thập chuỗi nucleotid exon<br /> Trung Quốc, chủng China 1 (AY337723), của từng chủng và ghép lại để thu nhận<br /> có độ dài 1.116 bp. Khi đối chiếu, phần toàn bộ chuỗi nucleotid của ARN thông tin<br /> intron 1 và intron 2, sẽ được xác định dựa từng chủng. Kết quả tổng hợp cấu trúc<br /> trên khoảng trống tạo ra giữa chuỗi gen và protein LMP-1 của chủng EBV<br /> nucleotid của các chủng và phần exon 1, 2 Việt Nam được trình bày ở bảng 2.<br /> Bảng 2: Đặc điểm cấu trúc gen và protein LMP-1 của 34 chủng EBV Việt Nam.<br /> Ký<br /> hiÖu<br /> chñng<br /> <br /> N-íc/<br /> <br /> ®é dµi<br /> ®é dµi ARN<br /> protein<br /> th«ng tin<br /> LMP1<br /> (bp)<br /> (aa)<br /> <br /> L·nh thæ<br /> ph©n lËp<br /> <br /> Toµn bé<br /> khung<br /> gen (bp)<br /> <br /> BC4<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1271<br /> <br /> 1116<br /> <br /> 364<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 761<br /> <br /> BC5<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1303<br /> <br /> 1148<br /> <br /> 377<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 793<br /> <br /> BC6<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1270<br /> <br /> 1116<br /> <br /> 364<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 76<br /> <br /> 761<br /> <br /> EB4<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1301<br /> <br /> 1146<br /> <br /> 375<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 791<br /> <br /> EB8<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1304<br /> <br /> 1149<br /> <br /> 375<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 794<br /> <br /> EB9<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1334<br /> <br /> 1179<br /> <br /> 386<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 824<br /> <br /> EB10A<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1304<br /> <br /> 1149<br /> <br /> 375<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 794<br /> <br /> EB10B<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1304<br /> <br /> 1149<br /> <br /> 375<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 794<br /> <br /> EB61<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1304<br /> <br /> 1149<br /> <br /> 375<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 794<br /> <br /> EB102<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1304<br /> <br /> 1149<br /> <br /> 375<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 794<br /> <br /> EB103<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1304<br /> <br /> 1149<br /> <br /> 375<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 794<br /> <br /> HN2<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1337<br /> <br /> 1182<br /> <br /> 387<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 827<br /> <br /> HN9<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1271<br /> <br /> 1116<br /> <br /> 364<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 761<br /> <br /> HN11<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1303<br /> <br /> 1149<br /> <br /> 376<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 76<br /> <br /> 794<br /> <br /> HN12<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1304<br /> <br /> 1149<br /> <br /> 375<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 794<br /> <br /> HP1<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1301<br /> <br /> 1146<br /> <br /> 375<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 791<br /> <br /> HP2<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1304<br /> <br /> 1149<br /> <br /> 375<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 794<br /> <br /> ®é dµi<br /> E1 (bp)<br /> <br /> ®é<br /> ®é dµi ®é dµi E2 ®é dµi<br /> dµi E3<br /> (bp)<br /> I1 (bp)<br /> I2 (bp)<br /> (bp)<br /> <br /> 8<br /> <br /> TẠP CHÍ Y - DƢỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ PHỤ TRƢƠNG 2014<br /> <br /> HP3<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1304<br /> <br /> 1149<br /> <br /> 375<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 794<br /> <br /> HP6<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1271<br /> <br /> 1116<br /> <br /> 364<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 761<br /> <br /> MT7<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1333<br /> <br /> 1179<br /> <br /> 387<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 76<br /> <br /> 824<br /> <br /> MT8<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1299<br /> <br /> 1146<br /> <br /> 375<br /> <br /> 268<br /> <br /> 76<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 791<br /> <br /> (2)<br /> <br /> (3)<br /> <br /> (4)<br /> <br /> (5)<br /> <br /> (6)<br /> <br /> (7)<br /> <br /> (8)<br /> <br /> (9)<br /> <br /> (10)<br /> <br /> MT9<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1304<br /> <br /> 1149<br /> <br /> 375<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 794<br /> <br /> MT10<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1301<br /> <br /> 1146<br /> <br /> 375<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 791<br /> <br /> MT12<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1301<br /> <br /> 1146<br /> <br /> 375<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 791<br /> <br /> MT14<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1303<br /> <br /> 1148<br /> <br /> 374<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 793<br /> <br /> S1<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1238<br /> <br /> 1083<br /> <br /> 353<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 728<br /> <br /> S5<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1304<br /> <br /> 1149<br /> <br /> 375<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 794<br /> <br /> S7<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1268<br /> <br /> 1113<br /> <br /> 364<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 758<br /> <br /> S9<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1271<br /> <br /> 1116<br /> <br /> 364<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 761<br /> <br /> S11<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1337<br /> <br /> 1182<br /> <br /> 387<br /> <br /> 268<br /> <br /> 77<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 827<br /> <br /> S16<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1334<br /> <br /> 1179<br /> <br /> 386<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 824<br /> <br /> S17<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1304<br /> <br /> 1149<br /> <br /> 374<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 77<br /> <br /> 794<br /> <br /> S18<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1300<br /> <br /> 1146<br /> <br /> 375<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 76<br /> <br /> 791<br /> <br /> S20<br /> <br /> Việt Nam<br /> <br /> 1303<br /> <br /> 1149<br /> <br /> 376<br /> <br /> 268<br /> <br /> 78<br /> <br /> 87<br /> <br /> 76<br /> <br /> 794<br /> <br /> (1)<br /> <br /> (Ghi chú: ký hiệu in đậm: các chủng EBV trong nghiên cứu; E: exon; I: Intron).<br /> Toàn bộ khung gen LMP-1 của 34 chuỗi<br /> nghiên cứu có kích thước dao động từ<br /> 1.238 - 1.337 bp, exon 1: 268 bp, itron<br /> 1: 76 - 78 bp, exon 2: 87 bp, intron 2:<br /> 76 - 77 bp và exon 3: 728 - 827 bp.<br /> Từ đó, ARN thông tin sau khi ghép 3 exon<br /> với nhau, có độ dài từ 1.083 - 1.182 bp<br /> mã hóa cho protein LMP-1 là 353 - 387 a.a<br /> suy diễn.<br /> 2. Kết quả phân tích mối quan hệ<br /> phả hệ nguồn gốc của EBV dựa vào<br /> trình tự gen LMP-1.<br /> Bằng chương trình GENEDOC 2.6 và<br /> MEGA 5.0, ARN thông tin của gen LMP-1<br /> (nucleotid và axít amin) các chủng Việt<br /> Nam và thế giới được sử dụng để phân<br /> tích phả hệ và xác lập mối quan hệ của<br /> chúng. Để phân tích mối quan hệ phả hệ<br /> <br /> nguồn gốc của chủng EBV được phân lập<br /> trong nghiên cứu này, chúng tôi sử dụng<br /> 10 chủng EBV đã đăng ký trong Ngân<br /> hàng Gen, bao gồm các chủng đại diện<br /> Âu-Mỹ (Raji, Alaska, Med-, Med+, NC),<br /> một số chủng đại diện phân lập ở các<br /> nước châu Á (China 1, China 2) và một<br /> số chủng của Việt Nam (NPC1, NPC2,<br /> NPC3). Kết quả cho thấy:<br /> - Nhóm I: gồm phần lớn các chủng<br /> EBV trong nghiên cứu (20/34), bao gồm<br /> các chủng phân lập ở miền Bắc (ký hiệu<br /> là HN, EB và HP), miền Trung (ký hiệu là<br /> MT) và miền Nam (ký hiệu là S) thuộc<br /> về nhóm chủng di truyền China 1 (Trung<br /> Quốc) cùng với một chủng Việt Nam<br /> nghiên cứu trước đây (NPC1, NPC2,<br /> NPC3).<br /> <br /> 23<br /> <br />