Bài giảng Microarray

Chia sẻ: Năm Tháng Tĩnh Lặng | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:103

Thêm vào BST

Báo xấu

163
lượt xem 36
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Bìa giảng này giúp người học nắm bắt được lịch sử phát triển Microarray, Microarray và hệ thống thiết bị Microarray. Đây là tài liệu tham khảo hữu ích cho các bạn đang học và nghiên cứu về Công nghệ sinh học, mời các bạn cùng tham khảo.

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Bài giảng Microarray

MICROARRAY NGUYEN THAI THUY, MSc NATIONAL SALES MANAGER BIO-RAD LABORATORIES
NOÄI DUNG Lòch söû phaùt trieån Microarray Heä thoáng thieát bò
NOÄI DUNG Lòch söû phaùt trieån Microarray Heä thoáng thieát bò
LÒCH SÖÛ PHAÙT TRIEÅN  1953 Watson & Crick: moâ hình caáu truùc DNA  1975 Phaùt trieån bôûi Edwin Southern: ‚Southern Blot‛ ” DNA coá ñònh ñöôïc probe baèng cDNA ñaùnh daáu ” Ñöôïc xem laø macroarray treân maøng
LÒCH SÖÛ PHAÙT TRIEÅN  Maøng Nylon Toái ña 60 spots / cm2 “ 5 - 10 ml dung dòch lai “ Coù theå söû duïng laïi toái ña 8 laàn “ Ñoä phaân giaûi: 20 -100 µm “ Tín hieäu neàn cao
LÒCH SÖÛ PHAÙT TRIEÅN  Slide kính 2,500 - 10,000 spots / cm2 10 - 20 µl Taùi söû duïng tuøy theo ñaëc tính cuûa slide Ñoä phaân giaûi cao: 5 -10 µm Tín hieäu neàn thaáp
LÒCH SÖÛ PHAÙT TRIEÅN  Caøng nhoû caøng toát !!  Löôïng maãu caøng ít caøng toát  Nhieàu cô hoäi thí nghieäm  Nhieàu thoâng tin nhaän ñöôïc trong moät kích thöôùc giôùi haïn
LÒCH SÖÛ PHAÙT TRIEÅN  Microarray phaùt trieån theo hai höùông:  Steven Fodor; Affymetrix  Affychips  Pat Brown et al; Stanford University  Synteni/Standford chips
LÒCH SÖÛ PHAÙT TRIEÅN Affymetrix  DNA oligos ñöôïc toång hôïp tröôïc tieáp thaønh array treân slide  Öu:  Chính xaùc vôùi trình töï ñaõ bieát  Khuyeát:  Giôùi haïn kích thöôùc trình töï toång hôïp (ngaén)  Ít söû duïng
LÒCH SÖÛ PHAÙT TRIEÅN Brown  ‘In’ caùc ñoïan DNA hieän dieän saün leân beà maët slide taïo array  Khueách ñaïi ñoïan DNA (clone set) nhôø PCR, tinh saïch maãu, troän vôùi buffer  Maãu ñöôïc ‘in’ baèng heä thoáng robot
LÒCH SÖÛ PHAÙT TRIEÅN Brown  Öu  Hieäu quaû kinh teá  oligos + cDNA  Heä thoáng môû, phoå bieán  Khuyeát  Caáu truùc beà maët  Ngöôøi söû duïng phaûi töï ñoäc laäp veà kyõ thuaät  Khoâng deã coù keát quaû
LÒCH SÖÛ PHAÙT TRIEÅN  1995 - microarray phaùt trieån cho phaân tích bieåu hieän gene  2003 - döï aùn human genome hoøan taát, 1 slide caàn > 120,000 spot, tuy nhieân caùc slide hieän taïi giôùi haïn trong voøng 80,000 spot  In treân 2 slides  Spots nhoû hôn (70/80 um so vôùi hieän taïi 100um). Scanner ñoä phaân giaûi cao hôn (< 3um)
Soá löôïng caùc coâng boá öùng duïng microarray taêng nhanh Microarray Publications 3000 2500 Number of Papers 2000 1500 1000 500 Microarray OR Microarrays 0 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 Year
NOÄI DUNG Lòch söû phaùt trieån Microarray Heä thoáng thieát bò
Microarray laø gì? Microarrays laø taám kính hoaëc silicon, hay maøng nylon mang matrix 2 chieàu cuûa caùc gene. Caùc gene ñöôïc coá ñònh treân beà maët baèng phöông tieän töï ñoäng. Sau khi coá ñònh, caùc gene ñöôïc probe baèng caùc probe huøynh quang. Baèng caùch ñònh löôïng maät ñoä huøynh quang cuûa caùc spot trong matrix, chuùng ta coù ñöôïc toøan caûnh möùc ñoä hoïat ñoäng cuûa gene vaø caùc töông quan giöõa caùc gene trong caùc ñieàu kieän nhaát ñònh. Definitions
Öu ñieåm cuûa Microarray  Nghieân cöùu phieân maõ cuûa haøng ngaøn gene cuøng luùc - Xaùc ñònh chöùc naêng cuûa caùc gene môùi - Xaùc ñònh chöùc naêng cuûa caùc gene ñaõ bieát - Xaùc ñònh pathways cuûa töông taùc gene  Thuaän tieän cho caùc öùng duïng ‘high throughput screening’: - Phaùt hieän SNP, screening khaùng nguyeân , Proteomic…
Thuaät ngöõ “ Substrate: Beà maët phaúng nôi in microarray, thöôøng laø kính ñaõ qua xöû lyù hoùa chaát ñeå taêng ñoä baùm. “ Array elements: DNA, protein hoaëc caùc vaät lieäu khaùc ñeå in (spot) leân microarray substrate. “ Probe: phaân töû ñöôïc ñaùnh daáu huøynh quang hay coøn goïi laø ‘Target’. “ Hybridization phaûn öùng giöõa probe vaø caùc microarray element.
ÑKTN 1. ÑKTN 2. Probes Array Elements Substrate Lai probes vôùi array elements
Array element ña daïng phuï thuoäc öùng duïng “ Bieåu hieän gene (DNA) “ Phaùt hieän SNP (oligos ngaén) “ Chaån ñoùan & saøng loïc (DNA, proteins, khaùng theå, khaùng nguyeân) Probes ñöôïc taïo theo töøng ñieàu kieän thí nghieäm rieâng bieät Control Maãu Teá baøo/moâ thí nghieäm Teá baøo/moâ control
Quy Trình DNA Microarray Toång hôïp Probe Taïo microarray Thöïc hieän thí nghieäm Lai Microarray Phaân tích Scan bieåu hieän döõ lieäu