intTypePromotion=3

Luận văn Thạc sĩ Công nghệ thông tin: Nghiên cứu phương pháp nén dữ liệu để tăng hiệu quả lưu trữ chuỗi DNA

Chia sẻ: Nguyễn Văn H | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:80

0
8
lượt xem
3
download

Luận văn Thạc sĩ Công nghệ thông tin: Nghiên cứu phương pháp nén dữ liệu để tăng hiệu quả lưu trữ chuỗi DNA

Mô tả tài liệu
  Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Bố cục luận văn được chia thành 3 chương: Chương 1 trình bày về tổng quan các phương thức nén dữ liệu sử dụng cho nén chuỗi DNA. Thuật toán nén tham chiếu cụ thể mà người viết luận văn tập trung nghiên cứu, thuật toán nén tham chiếu JDNA, được trình bày ở chương 2. Chương 3 của luận văn mô tả môi trường thực nghiệm so sánh thuật toán nén tham chiếu JDNA với hai thuật toán thuộc phương thức nén khác và một số phân tích đánh giá của người viết về kết quả đạt được. Cuối cùng là kết luận về hiệu quả cũng như hạn chế còn tồn tại và hướng phát triển trong tương lai.

Chủ đề:
Lưu

Nội dung Text: Luận văn Thạc sĩ Công nghệ thông tin: Nghiên cứu phương pháp nén dữ liệu để tăng hiệu quả lưu trữ chuỗi DNA

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI<br /> TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ<br /> <br /> CAO THỤC TUYẾT TRINH<br /> <br /> NGHIÊN CỨU PHƯƠNG PHÁP NÉN DỮ LIỆU ĐỂ<br /> TĂNG HIỆU QUẢ LƯU TRỮ CHUỖI DNA<br /> <br /> LUẬN VĂN THẠC SĨ HỆ THỐNG THÔNG TIN<br /> <br /> HÀ NỘI – 2016<br /> <br /> ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI<br /> TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ<br /> <br /> CAO THỤC TUYẾT TRINH<br /> <br /> NGHIÊN CỨU PHƯƠNG PHÁP NÉN DỮ LIỆU ĐỂ<br /> TĂNG HIỆU QUẢ LƯU TRỮ CHUỖI DNA<br /> <br /> Ngành: Hệ thống thông tin<br /> Chuyên ngành: Hệ thống thông tin<br /> Mã số: 60 48 01 04<br /> <br /> LUẬN VĂN THẠC SĨ HỆ THỐNG THÔNG TIN<br /> <br /> NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: Tiến sĩ Nguyễn Thị Hậu<br /> <br /> HÀ NỘI – 2016<br /> <br /> 1<br /> <br /> LỜI CAM ĐOAN<br /> Tôi xin cam đoan nội dung của luận văn “Nghiên cứu phương pháp nén<br /> dữ liệu để tăng hiệu quả lưu trữ chuỗi DNA” là sản phẩm do tôi thực hiện dưới<br /> sự hướng dẫn của TS. Nguyễn Thị Hậu. Trong toàn bộ nội dung của luận văn,<br /> những điều được trình bày hoặc là của cá nhân hoặc là được tổnghợp từ nhiều<br /> nguồn tài liệu. Tất cả các tài liệu tham khảo đều có xuất xứ rõ ràng và được trích<br /> dẫn hợp pháp.<br /> Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm và chịu mọi hình thức kỷ luật theo quy<br /> định cho lời cam đoan của mình.<br /> Hà Nội, ngày 20 tháng 5 năm 2016<br /> TÁC GIẢ<br /> <br /> Cao Thục Tuyết Trinh<br /> <br /> 2<br /> <br /> LỜI CẢM ƠN<br /> Trước tiên tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới tập thể các các thầy cô giáo<br /> trong Khoa Công nghệ Thông tin, Trường Đại học Công nghệ, Đại học Quốc gia<br /> Hà Nội đã giúp đỡ tận tình và chu đáo để tôi có môi trường tốt học tập và nghiên<br /> cứu.<br /> Đặc biệt, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới TS. Nguyễn Thị Hậu, người<br /> trực tiếp đã hướng dẫn, chỉ bảo tôi tận tình trong suốt quá trình nghiên cứu và<br /> hoàn thiện luận văn này.<br /> Một lần nữa tôi xin được gửi lời cảm ơn đến tất cả các thầy cô giáo, bạn bè<br /> và gia đình đã giúp đỡ tôi trong thời gian vừa qua. Tôi xin kính chúc các thầy cô<br /> giáo, các anh chị và các bạn mạnh khỏe và hạnh phúc.<br /> Hà Nội, ngày 20 tháng 5 năm 2016<br /> TÁC GIẢ<br /> <br /> Cao Thục Tuyết Trinh<br /> <br /> 3<br /> <br /> MỤC LỤC<br /> LỜI CAM ĐOAN .............................................................................................. 1<br /> LỜI CẢM ƠN .................................................................................................... 2<br /> MỤC LỤC ......................................................................................................... 3<br /> DANH MỤC KÍ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT .................................................... 5<br /> GIỚI THIỆU ...................................................................................................... 6<br /> CHƯƠNG 1 – TỔNG QUAN VỀ THUẬT TOÁN NÉN DỮ LIỆU................. 10<br /> 1.1. Thuật toán mã hóa bit (Naïve Bit) ........................................................ 10<br /> 1.1.1.<br /> <br /> Mã hóa trực tiếp phần khác biệt (thuật toán 2D) ......................... 11<br /> <br /> 1.1.2.<br /> <br /> Thuật toán nén DNABIT ............................................................ 16<br /> <br /> 1.2. Thuật toán nén dựa trên bộ từ điển ....................................................... 20<br /> 1.2.1.<br /> <br /> LZ77 ........................................................................................... 21<br /> <br /> 1.2.2.<br /> <br /> LZ78 ........................................................................................... 22<br /> <br /> 1.3. Thuật toán nén xác suất thống kê ......................................................... 24<br /> 1.3.1. Thuật toán nén HuffBit sử dụng cây nhị phân mở rộng với mã<br /> Huffman ................................................................................................... 26<br /> 1.3.2.<br /> <br /> Thuật toán Expert Markov (XM) ................................................ 29<br /> <br /> 1.4. Thuật toán nén tham chiếu ................................................................... 33<br /> 1.4.1.<br /> <br /> Đặc trưng thuật toán tham chiếu ................................................. 33<br /> <br /> 1.4.2.<br /> <br /> Các thuật toán nén tham chiếu .................................................... 38<br /> <br /> CHƯƠNG 2 – THUẬT TOÁN NÉN THAM CHIẾU JDNA ........................... 40<br /> 2.1. THUẬT TOÁN JDNA - Nén tham chiếu các chuỗi gen đã sắp xếp ..... 41<br /> 2.1.1.<br /> <br /> Thuật toán nén ............................................................................ 42<br /> <br /> 2.1.2.<br /> <br /> Thư viện FRESCO ...................................................................... 42<br /> <br /> 2.1.3.<br /> <br /> Bảng K-mer ................................................................................ 46<br /> <br /> 2.1.4.<br /> <br /> Định dạng tệp ............................................................................. 46<br /> <br /> 2.2. Đánh giá............................................................................................... 47<br /> 2.2.1.<br /> <br /> Cải thiện tỉ lệ nén ........................................................................ 47<br /> <br /> 2.2.2.<br /> <br /> Cải thiện thời gian....................................................................... 57<br /> <br /> 2.2.3.<br /> <br /> Cải thiện vùng nhớ...................................................................... 59<br /> <br />

CÓ THỂ BẠN MUỐN DOWNLOAD

 

Đồng bộ tài khoản